Fwd: [bioinfo] Formation détection et annotation des éléments transposables dans les génomes eucaryote
by Dave Clements
Hello all,
Cross-posting from SFBI.
Dave C
---------- Forwarded message ----------
From: <olivier.inizan(a)inra.fr>
Date: 2017-03-20 12:13 GMT-07:00
Subject: [bioinfo] Formation détection et annotation des éléments
transposables dans les génomes eucaryote
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Bonjour à tous,
L’URGI (Unité de Recherche en Génomique-Info) organise une formation sur la
"détection et l'annotation des éléments transposables dans les génomes
eucaryotes", du 6 au 9 juin 2017, sur le site de l'INRA de Versailles.
Objectifs :
1. Acquérir des connaissances sur les éléments transposables.
2. Réaliser l’annotation des éléments transposables dans un génome en
utilisant les pipelines REPET.
3. Pouvoir être autonome sur ces propres données.
Programme :
Partie 1 : REPET-Lite
- Introduction générale sur les éléments transposables
- Présentation des pipelines REPET et des différentes stratégies
d’annotation
- Présentation et utilisation de l’environnement Galaxy
- TP : lancement de REPET-Lite sous Galaxy : paramètrage, analyse des
résultats, masquage des répétitions dans un génome, ...
Partie 2 : Curation manuelle des éléments transposables
- Présentation des différentes démarches possibles pour la curation
- TP "curation manuelle" : lancement des outils sous Galaxy, analyse des
résultats, visualisation des données sous IGV, ...
La journée du 9 juin est optionnelle : nous proposons aux participants qui
le souhaitent d’analyser leurs propres données. Nous les accueillerons à
l'URGI où ils pourront travailler de façon autonome sur leur machine, avec
un support en cas de problème.
Public​ :
Cette formation ne nécessite pas de pré-requis. Elle est ouverte à la fois
aux biologistes et aux bioinformaticiens.
La formation est gratuite; le nombre de place est limité (10 max).
Les inscriptions se font directement par mail auprès de :
nathalie.choisne(a)inra.fr "ET" olivier.inizan(a)inra.fr
Lors de votre inscription, veuillez préciser si vous êtes intéressés par la
journée du 9 juin. Dans ce cas, vous recevrez un questionnaire qui nous
permettra d’évaluer la faisabilité de vos analyses.
​Bien cordialement,
Nathalie et Olivier
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Pour plus de lisibilité des offres d'emploi, merci de les poster en priorité
sur le site de la SFBI. Elles seront ainsi présentes sur le site et la liste
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http://www.sfbi.fr
Abonnements et archives : http://listes.sfbi.fr/wws/info/bioinfo
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3 years, 6 months
Re: [Galaxy-france] S'il vous plaît aider si vous parlez français
by Yvan Le Bras
Hi Dave, Hi everyone,
Thank you for sharing this amazing news! Gildas and I have started to exchange with Dannon and others and Gildas is beginning translation tasks if I don't make mistake. As working on this task is part of the job of an intern, Valentin, copied, who is working with me at Concarneau, I have proposed to Dannon that Valentin will start to work with him regarding Galaxy core code tasks thus we can create a french continuum and work to maintain this "frenchization".... For the "translation" tasks, maybe we have to synchronize with Gildas to be sure not duplicating work ?
This is really an amazing beautiful birthday gift for me Dannon! You made my day !
Whishing you a good end of week.
Cheers,
Yvan
Le 16 mars 2017 21:34, "Dave Clements" <clements(a)galaxyproject.org> a écrit :
Hello all,
Dannon Baker just opened this pull request: https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/3762 for better support of the French language in Galaxy. If you are interested in helping, that PR links to other issues and forks.
Cheers,
Dave C
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