RADseq sous Galaxy : Le pipeline STACKS disponible depuis Septembre maintenant sous Docker!
by Yvan Le Bras
"Vous n'avez pas peur d'être en rade à cause d'un réservoir à sec, alors faites du RADseq via Stacks sous Galaxy!"
Bonjour à tous les Gars laxistes (pour reprendre le jeu de mot du Galaxy day 2013 ;) ),
Un petit mail pour véhiculer le fait que Cyril et moi avons mis à disposition de la communauté nos outils Galaxy permettant l'utilisation du pipeline STACKS via le Toolshed du Groupe GUGGO ( http://toolshed.genouest.org/ ).
L'image Docker ylebras/stacks_galaxy est disponible sur le repository public officiel Docker à cet URL
Si vous êtes intéressés par le RADseq, nous avons créé un espace d'échange ouvert à tous à cet URL . Y sont notamment répertoriées des ressources d'intérêt.
Nous proposons une formation initiation à l'analyse de données RADseq sous Galaxy. Les souhaits d'inscription se font en se rendant à cette adresse . Les supports sont accessibles ici .
Le wiki GUGGO est toujours ouvert à tous à cet URL .
Vous y trouverez notamment le descriptif de nos premiers tests de l'utilisation de Docker sous Galaxy ( https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/FirstGenOuest ), ainsi qu'un rassemblement des liens d'intérêt concernant Docker et Galaxy ( https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/PresenDocker ). Beaucoup d'autres infos sur Galaxy dans le cloud, l'utilisation du tool shed, l'intégration d'outils dans Galaxy, .....
L'offre de formation des communautés GUGGO est accessible en se rendant à cet URL
N'hésitez pas à me contacter pour toute information supplémentaire.
Amicalement,
Yvan
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Yvan Le Bras, PhD <°))))><
e-Biogenouest project http://www.e-biogenouest.org
CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex
tél.: +33 (0) 2 99 84 72 78 / +33 (0) 6.10.43.96.51
yvan.le_bras(a)irisa.fr
8 years
Fwd: [bioinfo] Galaxy Day 2014 - Ouverture des inscriptions
by Dave Clements
Hello all,
Forwarding from SFBI.
Dave C
---------- Forwarded message ----------
From: Lermine Alban <alban.lermine(a)curie.fr>
Date: 2014-11-13 9:33 GMT-08:00
Subject: [bioinfo] Galaxy Day 2014 - Ouverture des inscriptions
To: "bioinfo(a)sfbi.fr" <bioinfo(a)sfbi.fr>
Bonjour,
Le Groupe de Travail Galaxy-IFB (http://www.ifb-galaxy.org/index.html)
organise une journée d'animation autour de la plateforme Galaxy le mercredi
3 décembre à Paris (Institut Curie).
Cette journée permettra à la communauté d'exposer des retours d'expériences
autour de la plateforme Galaxy.
Les inscriptions sont ouvertes et gratuites (limitées à 90 personnes).
Le programme, le formulaire d’inscription ainsi que toutes les
informations pratiques sont disponibles via l'url:
http://www.ifb-galaxy.org/GALAXYDAYS2014.html
La date limite des inscriptions est le 21 novembre.
Le groupe de travail IFB-Galaxy,
URGI, GenoToul, MIGALE, PFEM, SouthGreen, ABiMS, Institut Curie
--
Alban Lermine
Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie
" Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer"
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/
http://getgalaxy.org/
http://usegalaxy.org/
https://wiki.galaxyproject.org/
8 years
fichiers vides
by Julie Nocq
Bonjour,
J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure
et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon
compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé
(le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont
vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat
sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne
fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?
Merci,
Julie
8 years
fichiers vides
by julie dubois
Bonjour,
Je n'ai jamais eu ce problème, mais peut-être s'agit-il d'un problème
de taille de tes fichiers. S'ils sont >2Go, l'upload classique ne
fonctionne pas il me semble (mais dans ce cas tes jobs devraient se
mettre en rouge)
As-tu essayé de les charger en mode admin non pas en faisant un upload
mais en pointant vers le path où ils se trouvent ("upload from
filesystem path" + dé-cocher la case "copy in galaxy").
Avantages :
1. pas de doublon sur ta machine (pas de fichier .dat créé)
2. ultra rapide à charger
Julie C.
> Message: 1
> Date: Mon, 3 Nov 2014 17:41:21 +0100
> From: Julie Nocq <julie.nocq(a)gmail.com>
> To: galaxy-france(a)lists.bx.psu.edu
> Subject: [Galaxy-france] fichiers vides
> Message-ID:
> <CAKHTPhNta2FfDnA=bGrbRu+y=kW_vO6HXDrunqzmnuz3xwpyrA(a)mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Bonjour,
>
> J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure
> et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon
> compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé
> (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont
> vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat
> sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne
> fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?
>
> Merci,
>
> Julie
8 years
