Galaxy-France November 2014

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RADseq sous Galaxy : Le pipeline STACKS disponible depuis Septembre maintenant sous Docker!
by Yvan Le Bras 27 Nov '14

27 Nov '14

"Vous n'avez pas peur d'être en rade à cause d'un réservoir à sec, alors faites du RADseq via Stacks sous Galaxy!" Bonjour à tous les Gars laxistes (pour reprendre le jeu de mot du Galaxy day 2013 ;) ), Un petit mail pour véhiculer le fait que Cyril et moi avons mis à disposition de la communauté nos outils Galaxy permettant l'utilisation du pipeline STACKS via le Toolshed du Groupe GUGGO ( http://toolshed.genouest.org/ ). L'image Docker ylebras/stacks_galaxy est disponible sur le repository public officiel Docker à cet URL Si vous êtes intéressés par le RADseq, nous avons créé un espace d'échange ouvert à tous à cet URL . Y sont notamment répertoriées des ressources d'intérêt. Nous proposons une formation initiation à l'analyse de données RADseq sous Galaxy. Les souhaits d'inscription se font en se rendant à cette adresse . Les supports sont accessibles ici . Le wiki GUGGO est toujours ouvert à tous à cet URL . Vous y trouverez notamment le descriptif de nos premiers tests de l'utilisation de Docker sous Galaxy ( https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/FirstGenOuest ), ainsi qu'un rassemblement des liens d'intérêt concernant Docker et Galaxy ( https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/PresenDocker ). Beaucoup d'autres infos sur Galaxy dans le cloud, l'utilisation du tool shed, l'intégration d'outils dans Galaxy, ..... L'offre de formation des communautés GUGGO est accessible en se rendant à cet URL N'hésitez pas à me contacter pour toute information supplémentaire. Amicalement, Yvan -- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Yvan Le Bras, PhD <°))))>< e-Biogenouest project http://www.e-biogenouest.org CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex tél.: +33 (0) 2 99 84 72 78 / +33 (0) 6.10.43.96.51 yvan.le_bras(a)irisa.fr

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Erreur en upload...
by Julie Nocq 25 Nov '14

25 Nov '14

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Galaxy France Mailing List moved to lists.galaxyproject.org
by Dave Clements 22 Nov '14

22 Nov '14

Hello all, Yesterday Nate moved this list from the lists.bx.psu.edu domain to the lists.galaxyproject.org domain. This gives us better control over the list, including spam. We should be able to open the list to non-member posts again in a week or so. This transition should be largely transparent to you, but there are a few things to be aware of: - List sender addresses and headers will change to reflect the updated domain: from bx.psu.edu togalaxyproject.org. Existing email filters you have set up may require adjustments. - Posts from lists.galaxyproject.org could be categorized as spam until you train your filtering method. - Mailing list archives and posting functionality will be briefly inaccessible during the migration. - The prior bx.psu.edu list posting email addresses will continue to accept email, which will be forwarded to the new list addresses. Please let us know if you have any questions. Thanks, Dave C and Nate -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Galaxy Day 2014 - Ouverture des inscriptions
by Dave Clements 19 Nov '14

19 Nov '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Lermine Alban <alban.lermine(a)curie.fr> Date: 2014-11-13 9:33 GMT-08:00 Subject: [bioinfo] Galaxy Day 2014 - Ouverture des inscriptions To: "bioinfo(a)sfbi.fr" <bioinfo(a)sfbi.fr> Bonjour, Le Groupe de Travail Galaxy-IFB (http://www.ifb-galaxy.org/index.html) organise une journée d'animation autour de la plateforme Galaxy le mercredi 3 décembre à Paris (Institut Curie). Cette journée permettra à la communauté d'exposer des retours d'expériences autour de la plateforme Galaxy. Les inscriptions sont ouvertes et gratuites (limitées à 90 personnes). Le programme, le formulaire d’inscription ainsi que toutes les informations pratiques sont disponibles via l'url: http://www.ifb-galaxy.org/GALAXYDAYS2014.html La date limite des inscriptions est le 21 novembre. Le groupe de travail IFB-Galaxy, URGI, GenoToul, MIGALE, PFEM, SouthGreen, ABiMS, Institut Curie -- Alban Lermine Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie " Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer" 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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fichiers vides
by Julie Nocq 04 Nov '14

04 Nov '14

Bonjour, J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider? Merci, Julie

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fichiers vides
by julie dubois 04 Nov '14

04 Nov '14

Bonjour, Je n'ai jamais eu ce problème, mais peut-être s'agit-il d'un problème de taille de tes fichiers. S'ils sont >2Go, l'upload classique ne fonctionne pas il me semble (mais dans ce cas tes jobs devraient se mettre en rouge) As-tu essayé de les charger en mode admin non pas en faisant un upload mais en pointant vers le path où ils se trouvent ("upload from filesystem path" + dé-cocher la case "copy in galaxy"). Avantages : 1. pas de doublon sur ta machine (pas de fichier .dat créé) 2. ultra rapide à charger Julie C. > Message: 1 > Date: Mon, 3 Nov 2014 17:41:21 +0100 > From: Julie Nocq <julie.nocq(a)gmail.com> > To: galaxy-france(a)lists.bx.psu.edu > Subject: [Galaxy-france] fichiers vides > Message-ID: > <CAKHTPhNta2FfDnA=bGrbRu+y=kW_vO6HXDrunqzmnuz3xwpyrA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Bonjour, > > J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure > et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon > compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé > (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont > vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat > sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne > fonctionne pas... Pouvez vous m'aider? > > Merci, > > Julie

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