outils dans Galaxy
by Alois GARAUD
Bonjour,
Je cherche à analyser des données de séquençage de miRs. Je cherche à
utiliser miRdeep2. Il est présent sur Galaxy Tool Shed
(http://galaxy-contrib.genouest.org:9009/repository?repository_id=430d510d...). Mais je n'arrive pas à l'utiliser pour mes données. Comment dois-je
procéder?
Merci beaucoup
Aloïs
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6 years, 6 months
appel à des .js dans un rendu html
by Lionel Chiron
Bonjour,
pour l'intégration complète de d3.js dans les rendus html de Galaxy il
me manque de savoir comment intégrer mes propres librairies js qui
servent à faire les graphes d3.
J'ai essayé de les mettre dans "static/scripts/viz".. puis d'y faire
appel dans le code html produit..
Mais ca ne fonctionne pas .. Les appel sont transformés et notammé les
deux librairies appelées sont renommées en .html.. j'imagine qu'il y a
une manière plus propre de procéder non?
Merci d'avance!
Lionel
6 years, 6 months
outils dans Galaxy
by Lionel Chiron
Bonjour à tous,
je cherche à produire des pages avec des graphes d3.js..
Quand une telle page est produite et attachée à un lien défini dans le
fichier .xml au final le résultat ne contient pas le code html attendu..
Galaxy semble enlever le "header" ainsi que toutes les dépendances..
Comment faut il procéder pour que toutes les dépendances soient utilisées?
Merci d'avance.
Lionel
6 years, 6 months
Fwd: [bioinfo] Tutoriel « Utilisation du Cloud pour la Biologie »
by Dave Clements
Hello all,
Forwarding from SFBI list.
Dave C
---------- Forwarded message ----------
From: Christophe Blanchet <christophe.blanchet(a)ibcp.fr>
Date: 2014-02-28 3:45 GMT-08:00
Subject: [bioinfo] Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >>
To: Bioinfo <bioinfo(a)sfbi.fr>
Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >>
Les plateformes IDB-IBCP et GenOuest organisent une formation initiale à l
'utilisation du cloud computing pour des analyses de données biologiques
avec les techniques usuelles en bioinformatique. Elle s'appuiera sur les
deux clouds bioinformatiques actuellement opérationnels au niveau national:
le cloud IDB à l'IBCP (Lyon, membre du PRABI) et le Génocloud à Genouest
(Rennes, membre de IFB-GO). Ces deux infrastructures sont fonctionnelles
depuis plusieurs années et proposent des services d'analyse à leur
communauté propre d'utilisateurs. Ces clouds ont été choisis comme pilotes
par l'institut Français de Bioinformatique (CNRS UMS3601) pour la
préparation de son infrastructure de cloud académique. L'objectif est de
former les utilisateurs, biologistes et bioinformaticiens, à l'utilisation
du cloud IDB et GenoCloud comme précurseurs du futur cloud IFB. Le
programme de la formation contiendra les concepts et principes généraux du
cloud, ainsi que la description des outils, usages et avantages actuels
pour la Bioinformatique. Une partie pratique sera effectuée par les
participants sur le cloud concerné par la session (IDB ou Génocloud).
L'inscription est gratuite mais obligatoire, par mail auprès des
organisateurs. Le nombre de places étant limitées, les inscriptions se
feront dans l'ordre d'arrivée.
Ce tutoriel est soutenu par l'Institut Français de Bioinformatique - IFB.
IDB-IBCP: http://idee-b.ibcp.fr
GenOuest: http://www.genouest.org
## Date: 18 mars 2014, 9h-17h30
Lieu: Institut de Biologie et Chimie des Protéines, CNRS-IBCP, 7 passage du
Vercors, Lyon, France
## Formateurs
Christophe BLANCHET (IDB-IBCP)
Olivier COLLIN (GenOuest)
Clément GAUTHEY (IDB-IBCP)
Charles LOOMIS (LAL)
Cyril MONJEAUD (GenOuest)
Olivier SALLOU (GenOuest)
## Programme
(chaque session comprendra une partie théorique et une mise en application
sur les clouds académiques en production à IDB-IBCP, GenOuest et P2IO)
9h00: Accueil
9h30: Cloud computing: principes généraux et exemple de StratusLab (C.
Loomis)
11h00: pause café
11h30: Cloud pour la biologie: exemples des clouds IDB-IBCP (C. Blanchet,
C. Gauthey) et GenOuest (O. Sallou, C. Monjeaud).
13h00: repas
14h00: Exemples d'applications de cloud en NGS (Galaxy), protéomique et
analyse de séquences intensive avec Hadoop MapReduce
15h30: pause café
16h00: Perspectives et cas d'usage de la salle (Tous)
17h30: fin du tutoriel
## Bulletin d'inscription
à envoyer à : Christophe Blanchet <christophe.blanchet(a)ibcp.fr>, Olivier
Collin <olivier.collin(a)irisa.fr>
Souhaite participer au Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >>
le 18 mars 2014 à l'IBCP.
Civilité (Mme, M., Pr., Dr):
NOM:
Prénom:
Email:
Tél.:
Statut (chercheur, ens.-cherch., thésard, postdoc, etc.) :
Organisme :
Fonction:
Laboratoire (Nom et Sigle) :
Adresse postale:
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/
http://getgalaxy.org/
http://usegalaxy.org/
http://wiki.galaxyproject.org/
6 years, 6 months
