Galaxy-France March 2014

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outils dans Galaxy
by Alois GARAUD 14 Mar '14

14 Mar '14

Bonjour, Je cherche à analyser des données de séquençage de miRs. Je cherche à utiliser miRdeep2. Il est présent sur Galaxy Tool Shed (http://galaxy-contrib.genouest.org:9009/repository?repository_id=430d510d85…). Mais je n'arrive pas à l'utiliser pour mes données. Comment dois-je procéder? Merci beaucoup Aloïs ---------------------------------------------------------------- This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.

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appel à des .js dans un rendu html
by Lionel Chiron 13 Mar '14

13 Mar '14

Bonjour, pour l'intégration complète de d3.js dans les rendus html de Galaxy il me manque de savoir comment intégrer mes propres librairies js qui servent à faire les graphes d3. J'ai essayé de les mettre dans "static/scripts/viz".. puis d'y faire appel dans le code html produit.. Mais ca ne fonctionne pas .. Les appel sont transformés et notammé les deux librairies appelées sont renommées en .html.. j'imagine qu'il y a une manière plus propre de procéder non? Merci d'avance! Lionel

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outils dans Galaxy
by Lionel Chiron 13 Mar '14

13 Mar '14

Bonjour à tous, je cherche à produire des pages avec des graphes d3.js.. Quand une telle page est produite et attachée à un lien défini dans le fichier .xml au final le résultat ne contient pas le code html attendu.. Galaxy semble enlever le "header" ainsi que toutes les dépendances.. Comment faut il procéder pour que toutes les dépendances soient utilisées? Merci d'avance. Lionel

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Fwd: [bioinfo] Tutoriel « Utilisation du Cloud pour la Biologie »
by Dave Clements 04 Mar '14

04 Mar '14

Hello all, Forwarding from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Blanchet <christophe.blanchet(a)ibcp.fr> Date: 2014-02-28 3:45 GMT-08:00 Subject: [bioinfo] Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >> To: Bioinfo <bioinfo(a)sfbi.fr> Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >> Les plateformes IDB-IBCP et GenOuest organisent une formation initiale à l 'utilisation du cloud computing pour des analyses de données biologiques avec les techniques usuelles en bioinformatique. Elle s'appuiera sur les deux clouds bioinformatiques actuellement opérationnels au niveau national: le cloud IDB à l'IBCP (Lyon, membre du PRABI) et le Génocloud à Genouest (Rennes, membre de IFB-GO). Ces deux infrastructures sont fonctionnelles depuis plusieurs années et proposent des services d'analyse à leur communauté propre d'utilisateurs. Ces clouds ont été choisis comme pilotes par l'institut Français de Bioinformatique (CNRS UMS3601) pour la préparation de son infrastructure de cloud académique. L'objectif est de former les utilisateurs, biologistes et bioinformaticiens, à l'utilisation du cloud IDB et GenoCloud comme précurseurs du futur cloud IFB. Le programme de la formation contiendra les concepts et principes généraux du cloud, ainsi que la description des outils, usages et avantages actuels pour la Bioinformatique. Une partie pratique sera effectuée par les participants sur le cloud concerné par la session (IDB ou Génocloud). L'inscription est gratuite mais obligatoire, par mail auprès des organisateurs. Le nombre de places étant limitées, les inscriptions se feront dans l'ordre d'arrivée. Ce tutoriel est soutenu par l'Institut Français de Bioinformatique - IFB. IDB-IBCP: http://idee-b.ibcp.fr GenOuest: http://www.genouest.org ## Date: 18 mars 2014, 9h-17h30 Lieu: Institut de Biologie et Chimie des Protéines, CNRS-IBCP, 7 passage du Vercors, Lyon, France ## Formateurs Christophe BLANCHET (IDB-IBCP) Olivier COLLIN (GenOuest) Clément GAUTHEY (IDB-IBCP) Charles LOOMIS (LAL) Cyril MONJEAUD (GenOuest) Olivier SALLOU (GenOuest) ## Programme (chaque session comprendra une partie théorique et une mise en application sur les clouds académiques en production à IDB-IBCP, GenOuest et P2IO) 9h00: Accueil 9h30: Cloud computing: principes généraux et exemple de StratusLab (C. Loomis) 11h00: pause café 11h30: Cloud pour la biologie: exemples des clouds IDB-IBCP (C. Blanchet, C. Gauthey) et GenOuest (O. Sallou, C. Monjeaud). 13h00: repas 14h00: Exemples d'applications de cloud en NGS (Galaxy), protéomique et analyse de séquences intensive avec Hadoop MapReduce 15h30: pause café 16h00: Perspectives et cas d'usage de la salle (Tous) 17h30: fin du tutoriel ## Bulletin d'inscription à envoyer à : Christophe Blanchet <christophe.blanchet(a)ibcp.fr>, Olivier Collin <olivier.collin(a)irisa.fr> Souhaite participer au Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >> le 18 mars 2014 à l'IBCP. Civilité (Mme, M., Pr., Dr): NOM: Prénom: Email: Tél.: Statut (chercheur, ens.-cherch., thésard, postdoc, etc.) : Organisme : Fonction: Laboratoire (Nom et Sigle) : Adresse postale: -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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