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Dave C
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From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr>
Date: 2013/10/29
Subject: [bioinfo] CDD - Ingénieur de Recherche, Gif-sur-Yvette
To: bioinfo(a)sfbi.fr
CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage
(NGS)
Poste : CDD. 2 ans renouvelable jusqu'à 3 ans
Localisation : Gif-sur-Yvette, France
Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS
Contacts : Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr
Description du poste :
Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau
de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un
bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS).
Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la
capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable
d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL,
SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques.
Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les
génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat
retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes
bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire
la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les
résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques
représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés
dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté
assurera la formation des utilisateurs.
Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes qui dispose
d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte
experience en analyse des NGS.
le (la) candidat(e) devra être titulaire d'un master minimum. Le poste
requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de
bonnes connaissances en développement de pipelines. Des connaissance de
base en analyse des données NGS sont demandées.
Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux
références à joets(a)moulon.inra.fr
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
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Dave C.
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From: Emmanuelle Beyne <emmanuelle.beyne(a)inserm.fr>
Date: 2013/10/8
Subject: [bioinfo] Stage Master 2 : Développement et intégrationd’outils
pour la bioanalyse dans l’environnement Galaxy
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Sujet : Développement et intégration d’outils pour la bioanalyse dans
l’environnement Galaxy
Lieu : Laboratoire de Génétique des Maladies Rares, IURC UMR_S 827 /CHU
Montpellier
Date : printemps – été 2014 Durée : 4-6 mois
Contexte :
Notre équipe a pour objectif la caractérisation moléculaire de maladies
héréditaires (myopathie, mucoviscidose, dystrophinopathie, etc), au travers
d'une approche intégrative incluant l'étude des causes et conséquences des
mutations en relation avec les corrélations entre le génotype et le
phénotype. Notre intérêt scientifique couvre les divers champs de la
génétique des maladies mendéliennes : altérations de l'ADN en cause dans le
phénotype ou dans la modulation de son expression, impact sur la régulation
de l'ARN (notamment transcription et épissage), impact sur la fonction
protéique, aspects épigénétiques et épidémiologiques (banques de données
génétiques et phénotypiques). Notre matériel d'étude biologique est issu
essentiellement des sujets malades et de leurs apparentés. Nous veillons à
définir nos orientations de recherche en dialogue avec les équipes de
diagnostic, afin de conserver un lien permanent avec la pathologie et les
applications médicales potentielles.
L’objectif du stage est de faciliter les analyses bio-informatiques
nécessaires aux différents projets du laboratoire via l’intégration
d’outils dans la plate-forme Galaxy, installée en local.
Description du stage :
- Développer et implémenter des outils (scripts et pipeline) pour la
bioanalyse
- Intégrer les outils (créés et existants) dans l’environnement Galaxy
- Documenter les outils et communiquer avec les équipes de recherche
Profil recherché :
- Familiarité du système d’exploitation Unix/Mac OS, ligne de commande,
script shell, administration système
- Solides connaissances en langages de programmation Perl et/ou Python
- Bon relationnel
- Autonomie
- Aisance en anglais écrit et oral recommandée
Environnement de travail :
Le/la stagiaire travaillera sur un système d'exploitation de type Mac OS.
Il/elle sera encadré(e) par une ingénieure en bio-informatique du
laboratoire et sera en interaction avec les différentes équipes du
laboratoire.
Rémunération : 436 euros.
Envoi des CV et lettre de motivation, contact :
Emmanuelle Beyne : emmanuelle.beyne(a)inserm.fr
Emmanuelle Beyne
CHRU Montpellier - INSERM
IURC UMR_S 827
Laboratoire de Génétique Moléculaire
641 avenue du Doyen Gaston Giraud
34093 Montpellier
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http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
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http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/