Galaxy-France November 2013

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Fwd: [bioinfo] CDD Gif-sur-Yvette NGS et Variation Structurales
by Dave Clements 26 Nov '13

26 Nov '13

Hello all, Forwarding from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> Date: 2013/11/25 Subject: [bioinfo] CDD Gif-sur-Yvette NGS et Variation Structurales To: bioinfo(a)sfbi.fr CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) Poste : CDD. 2 ans renouvelable jusqu'à 3 ans Localisation : Gif-sur-Yvette, France Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS Contacts : Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr Description du poste : Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs. Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS. le (la) candidat(e) devra être titulaire d'un master minimum. Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à joets(a)moulon.inra.fr -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Journée d'animation de ReNaBi GrandOuest, le 29 novembre à Rennes - Focus sur les workflows
by Dave Clements 11 Nov '13

11 Nov '13

Hello all, Forwarding from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Audrey Bihouée <audrey.bihouee(a)univ-nantes.fr> Date: 2013/11/8 Subject: [bioinfo] Journée d'animation de ReNaBi GrandOuest, le 29 novembre à Rennes - Focus sur les workflows To: bioinfo(a)sfbi.fr * Comme chaque année la plate-forme ReNaBI-Grand Ouest organise une journée de rencontres autour d’un thème lié à la bio-informatique. Cette année, pour la 11ème édition de ces rencontres, la journée sera consacrée aux workflows en bio-informatique.* *Elle aura lieu vendredi 29 novembre sur le campus de Beaulieu (Amphithéâtre de l'INRIA/IRISA), l’inscription est gratuite mais obligatoire**. * Inscriptions : http://registration.genouest.org/?ee=13 < http://registration.genouest.org/?ee=13> *_ Programme prévisionnel_* : 09h30-10h15 Accueil des participants /Matinée/ - 10H15-11h00 : Workflows et parallélisation (François Moreews - INRA) - 11H-11h45 : Actualité Galaxy (Galaxy-IFB, GUGGO, Instances dans le GO) - 11H45-12h30 : Présentation des formations en bioinformatique en Bretagne et Pays de Loire (Christian Delamarche - Université de Rennes, Bernard Offman - Université de Nantes) 12H30-14h00 : /Déjeuner/ /Après-midi/ - 14H00-14h30 : Construction de workflows à partir de ressources annotées sémantiquement - Mobyle 2 ( Hervé Ménager - Institut Pasteur) - 14H30-15h00 : "Mon Make à moi": parallelisation, workflows et pipelines pour le NGS , tout sauf Galaxy. (Pierre Lindenbaum) - 15H00-15h30 : - 16h00-16h30 : Exemple de workflow en biologie marine (S. Goulitquer - Station Biologique de Roscoff) - "Metabomer: avant/après Galaxy" - 15H30-16h00 : Pause - 16h00-16h30 : Médecine personnalisée, Test compagnon et Recherche de Mutations Cibles (Birama N'Diaye - Génétique Moléculaire et Génomique - CHU Pontchaillou) - 16h30-17h00 : Clôture ------------------------------------------------------------------------ *Audrey Bihouee* /Plateforme Bioinformatique de Nantes - BIRD <http://cardioserve.nantes.inserm.fr/BIRD/>/ IRS UN l'institut du thorax, Inserm UMR 1087 / CNRS UMR 6291 8 Quai Moncousu BP 70721 44007 Nantes cedex 1 Tel : 33 (0)2 28 08 00 55 Fax : 33 (0)2 28 08 00 49 www.umr1087.univ-nantes.fr <http://www.umr1087.univ-nantes.fr> -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de l’esturgeon"
by Dave Clements 07 Nov '13

07 Nov '13

Forwarding from the SFBI list. Dave C. ---------- Forwarded message ---------- From: <abarre(a)u-bordeaux2.fr> Date: 2013/11/7 Subject: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de l’esturgeon" To: bioinfo(a)sfbi.fr Sujet : Première annotation du transcriptome de l’esturgeon européen (Acipenser sturio) L’esturgeon européen est une espèce en danger critique d’extinction. La dernière population sauvage vit actuellement dans le bassin versant de la Gironde. La surpêche, la destruction des zones de frayères, la construction de barrages … ont sans doute historiquement contribué au déclin de cette espèce. L’impact de la pollution des eaux et du réchauffement climatique sur la dynamique de la population n’a jamais été étudié. Ces facteurs pourraient compromettre la reconstitution des effectifs de cette espèce en Gironde et dans d’autres estuaires européens. Un ambitieux projet de recherche financé par L’Agence National de la Recherche (ANR CESA) et la région Aquitaine a été récemment lancé pour étudier la vulnérabilité et l’adaptabilité de l’esturgeon européen à la pollution, à l’hypoxie et à la l’hyperthermie (projet SturTOP). Il est prévu notamment d’étudier les réponses biologiques de larves d’esturgeon soumises à des stress multiples d’ordre chimique, thermique ou hypoxique afin de déterminer précisément leur gamme de tolérance à ces facteurs. Le séquençage et l’analyse du transcriptome des larves d’esturgeon européen doit permettre d’identifier les gènes exprimés à ce stade de développement et de caractériser les séquences traduites. Quatre échantillons de larves provenant de deux couples de géniteurs ont été soumis à un séquençage haut débit (RNA-Seq) de type Illumina GAIIx. Les séquences obtenues feront l'objet d'un assemblage ab initio car il n'existe pas de génome de référence. A la suite de cet assemblage le principal défi est d'annoter les séquences obtenues. Le stage proposé se situe dans cette dernière étape et vise à définir et mettre en place des méthodes bioinformatiques permettant de réaliser l'annotation fonctionnelle des séquences. En liaison avec les biologistes, le candidat devra analyser précisément les besoins, réaliser un cahier des charges, proposer et mettre en œuvre une solution logicielle intégrée répondant à la demande. La solution mise en œuvre pourra être intégrée sur la plateforme web GALAXY (http://galaxyproject.org/) du CBiB afin de permettre aux biologistes de visualiser et de valider les résultats obtenus. Ce stage est susceptible de faire appel aux concepts et langage de programmation suivants : base de données, python, interface web, shell script, perl. Le stage sera réalisé au sein du Centre de de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB – http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/). Cette plate-forme scientifique et technologique située sur le campus de l'Université Bordeaux Segalen (campus Carreire) est adossée à l'équipe MaBioVis du LaBRI (UMR 5800). Elle regroupe des compétences d'ingénieurs et de chercheurs entre autre dans le domaine de l'analyse de séquences NGS et de la comparaison des génomes. Durée du stage : 6 mois Début du stage : mars 2014 Rémunération : application de la convention pour la rémunération des stagiaires Laboratoire d'accueil : Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) Plateforme Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) Université Bordeaux Segalen 146 Rue Léo Saignat 33076 Bordeaux - France Les candidatures ou demandes de renseignement sont à envoyer en format électronique à: Aurélien BARRE (abarre(a)u-bordeaux2.fr) -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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