Fwd: [bioinfo] CDD Gif-sur-Yvette NGS et Variation Structurales
by Dave Clements
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From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr>
Date: 2013/11/25
Subject: [bioinfo] CDD Gif-sur-Yvette NGS et Variation Structurales
To: bioinfo(a)sfbi.fr
CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage
(NGS)
Poste : CDD. 2 ans renouvelable jusqu'à 3 ans
Localisation : Gif-sur-Yvette, France
Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS
Contacts : Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr
Description du poste :
Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau
de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un
bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS).
Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la
capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable
d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL,
SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques.
Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les
génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat
retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes
bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire
la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les
résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques
représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés
dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté
assurera la formation des utilisateurs.
Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes qui dispose
d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte
experience en analyse des NGS.
le (la) candidat(e) devra être titulaire d'un master minimum. Le poste
requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de
bonnes connaissances en développement de pipelines.
Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux
références à joets(a)moulon.inra.fr
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/
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Fwd: [bioinfo] Journée d'animation de ReNaBi GrandOuest, le 29 novembre à Rennes - Focus sur les workflows
by Dave Clements
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From: Audrey Bihouée <audrey.bihouee(a)univ-nantes.fr>
Date: 2013/11/8
Subject: [bioinfo] Journée d'animation de ReNaBi GrandOuest, le 29 novembre
à Rennes - Focus sur les workflows
To: bioinfo(a)sfbi.fr
*
Comme chaque année la plate-forme ReNaBI-Grand Ouest organise une journée
de rencontres autour d’un thème lié à la bio-informatique. Cette année,
pour la 11ème édition de ces rencontres, la journée sera consacrée aux
workflows en bio-informatique.* *Elle aura lieu vendredi 29 novembre sur le
campus de Beaulieu (Amphithéâtre de l'INRIA/IRISA), l’inscription est
gratuite mais obligatoire**. *
Inscriptions : http://registration.genouest.org/?ee=13 <
http://registration.genouest.org/?ee=13>
*_
Programme prévisionnel_* :
09h30-10h15 Accueil des participants
/Matinée/
- 10H15-11h00 : Workflows et parallélisation (François Moreews - INRA)
- 11H-11h45 : Actualité Galaxy (Galaxy-IFB, GUGGO, Instances dans le GO)
- 11H45-12h30 : Présentation des formations en bioinformatique en Bretagne
et Pays de Loire (Christian Delamarche - Université de Rennes, Bernard
Offman - Université de Nantes)
12H30-14h00 : /Déjeuner/
/Après-midi/
- 14H00-14h30 : Construction de workflows à partir de ressources annotées
sémantiquement - Mobyle 2 ( Hervé Ménager - Institut Pasteur)
- 14H30-15h00 : "Mon Make à moi": parallelisation, workflows et pipelines
pour le NGS , tout sauf Galaxy. (Pierre Lindenbaum)
- 15H00-15h30 : - 16h00-16h30 : Exemple de workflow en biologie marine (S.
Goulitquer - Station Biologique de Roscoff) - "Metabomer: avant/après
Galaxy"
- 15H30-16h00 : Pause
- 16h00-16h30 : Médecine personnalisée, Test compagnon et Recherche de
Mutations Cibles (Birama N'Diaye - Génétique Moléculaire et Génomique - CHU
Pontchaillou)
- 16h30-17h00 : Clôture
------------------------------------------------------------------------
*Audrey Bihouee*
/Plateforme Bioinformatique de Nantes - BIRD
<http://cardioserve.nantes.inserm.fr/BIRD/>/
IRS UN
l'institut du thorax, Inserm UMR 1087 / CNRS UMR 6291 8 Quai Moncousu
BP 70721
44007 Nantes cedex 1
Tel : 33 (0)2 28 08 00 55
Fax : 33 (0)2 28 08 00 49
www.umr1087.univ-nantes.fr <http://www.umr1087.univ-nantes.fr>
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
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Fwd: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de l’esturgeon"
by Dave Clements
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From: <abarre(a)u-bordeaux2.fr>
Date: 2013/11/7
Subject: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de
l’esturgeon"
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Sujet : Première annotation du transcriptome de l’esturgeon européen
(Acipenser sturio)
L’esturgeon européen est une espèce en danger critique d’extinction. La
dernière population sauvage vit actuellement dans le bassin versant de la
Gironde. La surpêche, la destruction des zones de frayères, la construction
de barrages … ont sans doute historiquement contribué au déclin de cette
espèce. L’impact de la pollution des eaux et du réchauffement climatique
sur la dynamique de la population n’a jamais été étudié. Ces facteurs
pourraient compromettre la reconstitution des effectifs de cette espèce en
Gironde et dans d’autres estuaires européens.
Un ambitieux projet de recherche financé par L’Agence National de la
Recherche (ANR CESA) et la région Aquitaine a été récemment lancé pour
étudier la vulnérabilité et l’adaptabilité de l’esturgeon européen à la
pollution, à l’hypoxie et à la l’hyperthermie (projet SturTOP). Il est
prévu notamment d’étudier les réponses biologiques de larves d’esturgeon
soumises à des stress multiples d’ordre chimique, thermique ou hypoxique
afin de déterminer précisément leur gamme de tolérance à ces facteurs. Le
séquençage et l’analyse du transcriptome des larves d’esturgeon européen
doit permettre d’identifier les gènes exprimés à ce stade de développement
et de caractériser les séquences traduites.
Quatre échantillons de larves provenant de deux couples de géniteurs ont
été soumis à un séquençage haut débit (RNA-Seq) de type Illumina GAIIx. Les
séquences obtenues feront l'objet d'un assemblage ab initio car il n'existe
pas de génome de référence. A la suite de cet assemblage le principal défi
est d'annoter les séquences obtenues.
Le stage proposé se situe dans cette dernière étape et vise à définir et
mettre en place des méthodes bioinformatiques permettant de réaliser
l'annotation fonctionnelle des séquences. En liaison avec les biologistes,
le candidat devra analyser précisément les besoins, réaliser un cahier des
charges, proposer et mettre en œuvre une solution logicielle intégrée
répondant à la demande.
La solution mise en œuvre pourra être intégrée sur la plateforme web GALAXY
(http://galaxyproject.org/) du CBiB afin de permettre aux biologistes de
visualiser et de valider les résultats obtenus.
Ce stage est susceptible de faire appel aux concepts et langage de
programmation suivants : base de données, python, interface web, shell
script, perl.
Le stage sera réalisé au sein du Centre de de Bioinformatique de Bordeaux
(CBiB – http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/). Cette plate-forme scientifique et
technologique située sur le campus de l'Université Bordeaux Segalen (campus
Carreire) est adossée à l'équipe MaBioVis du LaBRI (UMR 5800). Elle
regroupe des compétences d'ingénieurs et de chercheurs entre autre dans le
domaine de l'analyse de séquences NGS et de la comparaison des génomes.
Durée du stage : 6 mois
Début du stage : mars 2014
Rémunération : application de la convention pour la rémunération des
stagiaires
Laboratoire d'accueil :
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
Plateforme Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB)
Université Bordeaux Segalen
146 Rue Léo Saignat
33076 Bordeaux - France
Les candidatures ou demandes de renseignement sont à envoyer en format
électronique à: Aurélien BARRE (abarre(a)u-bordeaux2.fr)
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http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
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http://galaxyproject.org/
http://getgalaxy.org/
http://usegalaxy.org/
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