Galaxy-France April 2014

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Fwd: [bioinfo] [Emploi][CDD] Ingenieur BioInformatique hopital Necker-Enfants malades
by Dave Clements 29 Apr '14

29 Apr '14

Hello all, Cross posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Patrick Nitschke <patrick.nitschke(a)parisdescartes.fr> Date: 2014-04-28 13:48 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] [Emploi][CDD] Ingenieur BioInformatique hopital Necker-Enfants malades To: bioinfo(a)sfbi.fr Le Pôle de Biologie et Produits de Santé de l’hôpital Universitaire Necker-Enfants malades recherche un bioinformaticien (niveau BAC+5 ou école d’ingénieur) pour la mise en place d’outils diagnostiques utilisant les techniques de séquençage à haut débit. Missions : • Mise en point et mise en place des workflows d’analyse bioinformatique des données issues de séquenceurs NGS Illumina • Mise au point et mise en place des algorithmes décisionnels et des outils de validation des résultats • Participation à la définition et à l’intégration des outils développés dans le système d’information du laboratoire • Participation aux études techniques et cliniques de validation • Participation à la formation des utilisateurs finaux Durée du CDD : • 12 mois avec possibilité de transformation ultérieure en CDI Compétences requises : • Maîtrise des outils bioinformatiques du NGS • Maîtrise du système UNIX, du SGBD MySQL et du langage de script PERL • La connaissance d’un système de work-flow type Galaxy est un plus pour cette mission Environnement : • Cette mission sera menée dans un environnement multidisciplinaire. Outre les laboratoires du pôle de biologie, le bioinformaticien travaillera en interaction étroite avec le service de biostatistique et d’informatique médicale et la plate-forme bioinformatique Paris-Descartes - Imagine. Contacts : • Pr Jean-Paul Bonnefont (jean-paul.bonnefont(a)nck.aphp.fr) -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Installation de l'outil Chip-seq SICER
by Kassam Mohamed 29 Apr '14

29 Apr '14

Bonjour à tous, j'essaie d'installer sur notre serveur Galaxy l'outil de "peak calling" de Chip-seq *SICER*. J'ai installé via le tool shed de Galaxy avec toutes les dépendances, cependant j'ai une erreur sur le répertoire des fichiers temporaires crées : > IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/NextGenSeqData/galaxy-data/database/tmp/tmpHPGhcN/input_bed_file-W200-G600-E0.01.scoreisland' Je voudrais savoir si il y a une personne qui a pu installé cet outil, et si elle peut me dire comment le faire proprement. Merci pour votre aide, Mohamed - ***************************************************** Mohamed KASSAM Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS) CNRS UMR8197 - INSERM U1024 Arabidopsis Epigenetics & Epigenomics A2E Section 3 46 rue d'Ulm 75230 PARIS CEDEX 05 FRANCE Tel: +33 1 44 32 35 69 Fax: +33 1 44 32 39 35 kassam(a)biologie.ens.fr *****************************************************

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affichage du graphique de krona
by Clement Lionnet 25 Apr '14

25 Apr '14

Bonjour, J'ai téléchargé la tool krona afin de réaliser un graphique sur un assignement taxonomique. Mon problème est que lorsque j'ouvre dans galaxy le "dataset" créé par le wrapper je n'ai que les images et les données contenu par les balises html alors que normalement je doit avoir un graphique. J'ai ouvert le fichier html dans mon navigateur et il s'ouvre correctement avec le graphique. Je me demande si il est possible d'afficher le graphique de krona dans la vue galaxy? Respectueusement Clément LIONNET

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Fwd: [bioinfo] Post-doctoral position in computational mass spectrometry at CEA Saclay (France, Paris area)
by Dave Clements 15 Apr '14

15 Apr '14

Hello all, Forwarding this from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <etienne.thevenot(a)cea.fr> Date: Tue, Apr 15, 2014 at 1:07 AM Subject: [bioinfo] Post-doctoral position in computational mass spectrometry at CEA Saclay (France, Paris area) To: bioinfo(a)sfbi.fr Innovative algorithms and software tools for spectra interpretation and structure elucidation in metabolomics Background The Laboratory for Data Analysis and Smart Systems (LADIS) at CEA (French Alternative Energies and Atomic Energy Commission) has strong expertise in processing and analysis of mass spectrometry (MS) data and has a longstanding partnership with Laboratory of Drug Metabolism (LEMM) which is specialized in LC-MS metabolomics. Together with three INRA platforms (PFEM, BMP and MetaToul at Clermont-Ferrand, Bordeaux and Toulouse, respectively), we develop the bioinformatics tools for MetaboHUB, the national infrastructure in metabolomics and fluxomics (www.metabohub.fr/en). The three main tasks are: 1) developing a Galaxy workflow for data processing, analysis and annotation (in collaboration with the French Institute for Bioinformatics), 2) building a reference database for compounds and spectra (NMR and MS) with the corresponding tools for spectra visualization, matching and interpretation, and 3) managing the data and metadata resulting from the analysis of samples from large cohorts on the four platforms. As metabolomics is increasingly used for biomarker discovery, high-throughput annotation of MS peak signals is critical. Within task 2, the development of efficient algorithms for mass spectra interpretation is tightly coupled to the building of a comprehensive database of high quality spectra. Whereas software tools exist for the determination of the chemical formula (based on mass accuracy, analysis of isotope distribution, etc.), the elucidation of de novo structures (i.e. from unknown compounds) through interpretation of fragmentation spectra (MS/MS) remains challenging due to the chemical diversity of metabolites. Such a task requires the ability to develop efficient combinatorial algorithms and interactive visualization tools in addition to a good knowledge of both the rules of ionization and fragmentation in the gas phase. Project Within the MetaboHUB project, the post holder will develop the software tools to interpret MS/MS spectra and determine the structure of previously uncharacterized compounds. He/she will work with Pr. Jean-Claude Tabet to automate the process of spectrum interpretation by 1) determining the metadata regarding spectrum acquisition to be stored in the database, 2) designing and implementing the algorithms for MS and MS/MS spectra matching, chemical structure elucidation and visualization, and 3) integrating the tools in the MetaboHUB database. In addition, the post holder will contribute to task 3 by benchmarking software tools and architecture solutions for collaborative management of the huge amount of raw and processed data generated simultaneously by the four MetaboHUB platforms. Profile The successful candidate should hold a PhD in cheminformatics, bioinformatics or computer science and have a strong understanding of organic chemistry. The candidate is expected to have experience with Java and C++, with database management systems (MySQL) and with web content management systems (jQuery). The candidate should have presented his/her Ph.D. thesis for less than two years before the starting date and should have a good record of scientific publications. Our offer 1-year contract (renewable once). Net salary: about 2200 €/month, depending on experience. Application Please send your CV and your letter of motivation to: Etienne Thévenot Laboratory for Data Analysis and Smart Systems CEA, Saclay Center, build. 565 (DRT/LIST/DM2I/LADIS) F-91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France Mail: etienne.thevenot(a)cea.fr Website: http://www-centre-saclay.cea.fr/en -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Cycle de formation "Bioinformatique Initiation" 2014 (Plateforme ABiMS / Institut Français de Bio-informatique - Grand Ouest)
by Dave Clements 10 Apr '14

10 Apr '14

Hello all, Cross-posting from SFBI list. Cheers, Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2014-04-01 5:40 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Cycle de formation "Bioinformatique Initiation" 2014 (Plateforme ABiMS / Institut Français de Bio-informatique - Grand Ouest) To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, le cycle 2014 de formation en Bio-informatique de la plateforme ABiMS est ouvert. Les cours sont dispensés par la plateforme, mais aussi par des formateurs avec qui nous collaborons. Si vous êtes intéressé(e) par l'un des modules ci-dessous, vous pouvez vous *pré-inscrire* et disposer de plus d'informations en ligne : http://abims.sb-roscoff.fr/formation * Linux initiation (1j) * Linux avancé (1j) * Linux scripting (1j) * Cluster (1j) * R Initiation (1j) * R Avancé (1j) * Galaxy initiation (1j) * Galaxy RNAseq de novo/avec référence & cleaning (2j) * Galaxy : initiation à la phylogénie (1j) Les frais d'inscriptions sont indiqués sur le site, et n'hésitez pas si vous avez des questions à envoyer un message à abims.formation(a)sb-roscoff.fr Cordialement La plateforme ABiMS -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 - 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Atelier Galaxy4Metabolomics - 8 JS RFMF - Lyon 19 mai 2014
by Dave Clements 10 Apr '14

10 Apr '14

Hello all, Cross-posting this from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: fgiacomoni inra <franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr> Date: 2014-04-07 1:41 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Atelier Galaxy4Metabolomics - 8 JS RFMF - Lyon 19 mai 2014 To: bioinfo(a)sfbi.fr Dans le cadre des 8ème journées scientifiques du réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique, l'Infrastructure Nationale de Métabolomique (MetaboHUB) et l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) propose un atelier le 19 mai à 10h intitulé : "Initiation au traitement et à l'analyse des données métabolomiques sur la plateforme scientifique web Galaxy IFB-MetaboHUB." L'atelier s'adresse en priorité aux expérimentateurs souhaitant analyser leurs données ; les modules de traitement actuellement implémentés concernent uniquement les données LC-MS mais les modules d'analyses statistiques peuvent également s'étendre aux données de RMN. La participation à cet atelier nécessite des connaissances de base sur les étapes du traitement et de l'analyse des données métabolomiques. L'atelier souhaite proposer aux participants une expérience de premier niveau de la plateforme web Galaxy, apporter des connaissances sur les fonctionnalités de gestion de workflows et sur l'enchainement des étapes de traitement et d'analyse (depuis la donnée brute jusqu'à l'annotation) sur la plateforme Galaxy IFB-MetaboHUB. - Lieu et date de l'atelier : Lyon, lundi 19 mai 2014 - 10h . Salle informatique sur le site des 8 JS RFMF Campus INSA, Villeurbanne. - Durée de l'atelier : 3 h. - Inscription : https://colloque.inra.fr/8_js_rfmf_lyon_2014/Inscription - Nombre de places : limité à 34 participants. Merci d'avance pour votre participation, Les organisateurs, M. Landi, C. Duperier, M. Petera, F. Giacomoni (PF INRA PFEM) E. Thévenot (CEA, LIST) D. Jacob (PF INRA METABOLOME) M. Tremblay-Franco, JF. Martin (PF INRA AXIOM) G. Le Corguillé, M. Monsoor, S. Goulitquer, C. Caron (PF CNRS ABIMS) -- franck INRA <http://www.inra.fr> *Franck GIACOMONI* *Human Nutrition Unit - 'Metabolism Exploration Platform'* *Biological computing & Metabolomics* franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr <mailto:franck.giacomoni@clermont.inra.fr> Tel. : +33 1 (0)4 73 62 47 72 *Centre de recherche de Clermont-Theix-Lyon* 63122 Saint Genès-Champanelle France Site web INRA <http://www.inra.fr> Site web de la PFEM <www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme > Site web acces PFEM-LIMS <http://pfem-lims.clermont.inra.fr/session/new> -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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