Fwd: [bioinfo] [Emploi][CDD] Ingenieur BioInformatique hopital Necker-Enfants malades
by Dave Clements
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From: Patrick Nitschke <patrick.nitschke(a)parisdescartes.fr>
Date: 2014-04-28 13:48 GMT-07:00
Subject: [bioinfo] [Emploi][CDD] Ingenieur BioInformatique hopital
Necker-Enfants malades
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Le Pôle de Biologie et Produits de Santé de l’hôpital Universitaire
Necker-Enfants malades recherche un bioinformaticien (niveau BAC+5 ou
école d’ingénieur) pour la mise en place d’outils diagnostiques
utilisant les techniques de séquençage à haut débit.
Missions :
• Mise en point et mise en place des workflows d’analyse
bioinformatique des données issues de séquenceurs NGS Illumina
• Mise au point et mise en place des algorithmes décisionnels et des
outils de validation des résultats
• Participation à la définition et à l’intégration des outils
développés dans le système d’information du laboratoire
• Participation aux études techniques et cliniques de validation
• Participation à la formation des utilisateurs finaux
Durée du CDD :
• 12 mois avec possibilité de transformation ultérieure en CDI
Compétences requises :
• Maîtrise des outils bioinformatiques du NGS
• Maîtrise du système UNIX, du SGBD MySQL et du langage de script PERL
• La connaissance d’un système de work-flow type Galaxy est un plus
pour cette mission
Environnement :
• Cette mission sera menée dans un environnement multidisciplinaire.
Outre les laboratoires du pôle de biologie, le bioinformaticien
travaillera en interaction étroite avec le service de biostatistique
et d’informatique médicale et la plate-forme bioinformatique
Paris-Descartes - Imagine.
Contacts :
• Pr Jean-Paul Bonnefont (jean-paul.bonnefont(a)nck.aphp.fr)
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
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7 years, 9 months
Installation de l'outil Chip-seq SICER
by Kassam Mohamed
Bonjour à tous,
j'essaie d'installer sur notre serveur Galaxy l'outil de "peak calling"
de Chip-seq *SICER*.
J'ai installé via le tool shed de Galaxy avec toutes les dépendances,
cependant j'ai une erreur sur le répertoire des fichiers temporaires crées :
> IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/NextGenSeqData/galaxy-data/database/tmp/tmpHPGhcN/input_bed_file-W200-G600-E0.01.scoreisland'
Je voudrais savoir si il y a une personne qui a pu installé cet outil,
et si elle peut me dire comment le faire proprement.
Merci pour votre aide,
Mohamed
-
*****************************************************
Mohamed KASSAM
Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS)
CNRS UMR8197 - INSERM U1024
Arabidopsis Epigenetics & Epigenomics A2E
Section 3
46 rue d'Ulm
75230 PARIS CEDEX 05
FRANCE
Tel: +33 1 44 32 35 69
Fax: +33 1 44 32 39 35
kassam(a)biologie.ens.fr
*****************************************************
7 years, 9 months
affichage du graphique de krona
by Clement Lionnet
Bonjour,
J'ai téléchargé la tool krona afin de réaliser un graphique sur un assignement taxonomique. Mon problème est que lorsque j'ouvre dans galaxy le "dataset" créé par le wrapper je n'ai que les images et les données contenu par les balises html alors que normalement je doit avoir un graphique. J'ai ouvert le fichier html dans mon navigateur et il s'ouvre correctement avec le graphique. Je me demande si il est possible d'afficher le graphique de krona dans la vue galaxy?
Respectueusement
Clément LIONNET
7 years, 9 months
Fwd: [bioinfo] Post-doctoral position in computational mass spectrometry at CEA Saclay (France, Paris area)
by Dave Clements
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From: <etienne.thevenot(a)cea.fr>
Date: Tue, Apr 15, 2014 at 1:07 AM
Subject: [bioinfo] Post-doctoral position in computational mass
spectrometry at CEA Saclay (France, Paris area)
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Innovative algorithms and software tools for spectra interpretation and
structure elucidation in metabolomics
Background
The Laboratory for Data Analysis and Smart Systems (LADIS) at CEA
(French Alternative Energies and Atomic Energy Commission) has strong
expertise in processing and analysis of mass spectrometry (MS) data and has
a longstanding partnership with Laboratory of Drug Metabolism (LEMM) which
is specialized in LC-MS metabolomics. Together with three INRA platforms
(PFEM, BMP and MetaToul at Clermont-Ferrand, Bordeaux and Toulouse,
respectively), we develop the bioinformatics tools for MetaboHUB, the
national infrastructure in metabolomics and fluxomics (www.metabohub.fr/en).
The three main tasks are: 1) developing a Galaxy workflow for data
processing, analysis and annotation (in collaboration with the French
Institute for Bioinformatics), 2) building a reference database for
compounds and spectra (NMR and MS) with the corresponding tools for spectra
visualization, matching and interpretation, and 3) managing the data and
metadata resulting from the analysis of samples from large cohorts
on the four platforms.
As metabolomics is increasingly used for biomarker discovery,
high-throughput annotation of MS peak signals is critical. Within task 2,
the development of efficient algorithms for mass spectra interpretation is
tightly coupled to the building of a comprehensive database of high quality
spectra. Whereas software tools exist for the determination of the chemical
formula (based on mass accuracy, analysis of isotope distribution, etc.),
the elucidation of de novo structures (i.e. from unknown compounds) through
interpretation of fragmentation spectra (MS/MS) remains challenging due to
the chemical diversity of metabolites. Such a task requires the ability to
develop efficient combinatorial algorithms and interactive visualization
tools in addition to a good knowledge of both the rules of ionization and
fragmentation in the gas phase.
Project
Within the MetaboHUB project, the post holder will develop the software
tools to interpret MS/MS spectra and determine the structure of previously
uncharacterized compounds. He/she will work with Pr. Jean-Claude Tabet to
automate the process of spectrum interpretation by 1) determining the
metadata regarding spectrum acquisition to be stored in the database, 2)
designing and implementing the algorithms for MS and MS/MS spectra
matching, chemical structure elucidation and visualization, and 3)
integrating the tools in the MetaboHUB database. In addition, the post
holder will contribute to task 3 by benchmarking software tools and
architecture solutions for collaborative management of the huge amount of
raw and processed data generated simultaneously by the four MetaboHUB
platforms.
Profile
The successful candidate should hold a PhD in cheminformatics,
bioinformatics or computer science and have a strong understanding of
organic chemistry. The candidate is expected to have experience with Java
and C++, with database management systems (MySQL) and with web content
management systems (jQuery). The candidate should have presented his/her
Ph.D. thesis for less than two years before the starting date and should
have a good record of scientific publications.
Our offer
1-year contract (renewable once).
Net salary: about 2200 €/month, depending on experience.
Application
Please send your CV and your letter of motivation to:
Etienne Thévenot
Laboratory for Data Analysis and Smart Systems
CEA, Saclay Center, build. 565 (DRT/LIST/DM2I/LADIS)
F-91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France
Mail: etienne.thevenot(a)cea.fr
Website: http://www-centre-saclay.cea.fr/en
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Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
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7 years, 9 months
Fwd: [bioinfo] Atelier Galaxy4Metabolomics - 8 JS RFMF - Lyon 19 mai 2014
by Dave Clements
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From: fgiacomoni inra <franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr>
Date: 2014-04-07 1:41 GMT-07:00
Subject: [bioinfo] Atelier Galaxy4Metabolomics - 8 JS RFMF - Lyon 19 mai
2014
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Dans le cadre des 8ème journées scientifiques du réseau Français de
Métabolomique et de Fluxomique, l'Infrastructure Nationale de Métabolomique
(MetaboHUB) et l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) propose un
atelier le 19 mai à 10h intitulé :
"Initiation au traitement et à l'analyse des données métabolomiques sur la
plateforme scientifique web Galaxy IFB-MetaboHUB."
L'atelier s'adresse en priorité aux expérimentateurs souhaitant analyser
leurs données ; les modules de traitement actuellement implémentés
concernent uniquement les données LC-MS mais les modules d'analyses
statistiques peuvent également s'étendre aux données de RMN. La
participation à cet atelier nécessite des connaissances de base sur les
étapes du traitement et de l'analyse des données métabolomiques.
L'atelier souhaite proposer aux participants une expérience de premier
niveau de la plateforme web Galaxy, apporter des connaissances sur les
fonctionnalités de gestion de workflows et sur l'enchainement des étapes de
traitement et d'analyse (depuis la donnée brute jusqu'à l'annotation) sur
la plateforme Galaxy IFB-MetaboHUB.
- Lieu et date de l'atelier : Lyon, lundi 19 mai 2014 - 10h . Salle
informatique sur le site des 8 JS RFMF Campus INSA, Villeurbanne.
- Durée de l'atelier : 3 h.
- Inscription : https://colloque.inra.fr/8_js_rfmf_lyon_2014/Inscription
- Nombre de places : limité à 34 participants.
Merci d'avance pour votre participation,
Les organisateurs,
M. Landi, C. Duperier, M. Petera, F. Giacomoni (PF INRA PFEM)
E. Thévenot (CEA, LIST)
D. Jacob (PF INRA METABOLOME)
M. Tremblay-Franco, JF. Martin (PF INRA AXIOM)
G. Le Corguillé, M. Monsoor, S. Goulitquer, C. Caron (PF CNRS ABIMS)
--
franck
INRA <http://www.inra.fr>
*Franck GIACOMONI*
*Human Nutrition Unit - 'Metabolism Exploration Platform'*
*Biological computing & Metabolomics*
franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr <mailto:franck.giacomoni@clermont.inra.fr>
Tel. : +33 1 (0)4 73 62 47 72
*Centre de recherche de Clermont-Theix-Lyon*
63122 Saint Genès-Champanelle
France
Site web INRA <http://www.inra.fr>
Site web de la PFEM <www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme
>
Site web acces PFEM-LIMS <http://pfem-lims.clermont.inra.fr/session/new>
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Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
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7 years, 9 months
