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Forwarded from SFBI mailing list.
Dave C
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From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr>
Date: 2013/9/30
Subject: [bioinfo] Journée d'animation Galaxy : Appel à contribution
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Bonjour,
Le Groupe de Travail Galaxy-IFB organise une journée d'animation autour de
la plateforme Galaxy le mercredi 4 décembre à Paris (Institut Curie -
9H30-17H00).
Cette journée a pour principal objectif d'exposer les retours d'expérience
de laboratoires ou plateformes, sous la forme de présentations de 20
minutes, autour de la plateforme Galaxy.
Ces présentations peuvent aussi bien cibler des retours d'expérience autour
d'une installation et mise en production d'une plateforme, que des nouveaux
usages/domaines, ou encore des développements technologiques.
Si vous souhaitez soumettre une présentation, merci d'envoyer un résumé en
anglais de 15/20 lignes maximum à ifb.galaxy(a)sb-roscoff.fr avant le 10
octobre, avec pour sujet [Galaxy Day].
En vous remerciant.
Pour les membres du Groupe Galaxy IFB
URGI, GenoToul, MIGALE, PFEM, SouthGreen, Institut Curie, ABiMS
--
Christophe Caron
Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique
Place Georges Teissier - CS 90074
29688 Roscoff Cedex
Analysis and Bioinformatics for Marine Science
http://abims.sb-roscoff.fr/
christophe.caron(a)sb-roscoff.fr
tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
Bonjour,
Nous proposons le stage suivant:
Stage M2 Développement et intégration d'outils pour la bioanalyse dans Galaxy chez Vilmorin & Cie.
Vilmorin & Cie, quatrième acteur mondial, crée des semences potagères et de grandes cultures à haute valeur ajoutée. Nous proposons un stage de six mois au sein de l'équipe bioinformatique de la division potagère, située dans le centre de recherche Limagrain à Chappes (Puy-de-Dôme, Auvergne).
Description du stage :
. Développer et implémenter des scripts pour la bioanalyse
. Intégrer les outils dans la plateforme Galaxy (usegalaxy.org) chez Vilmorin et Cie.
. Connecter la plateforme Galaxy avec d'autres applications bioinformatiques
. Documenter les outils et communiquer avec les équipes de recherche
Profil recherché :
. Master 2 en bioinformatiques.
. Solides connaissances des langages de programmation Python et/ou Perl
. Bonnes connaissances des systèmes de gestion de bases de données relationnelles
. Familiarité avec la ligne de commande et les systèmes d'exploitation Linux
. Une connaissance du langage de programmation R serait appréciée.
. Autonomie.
. Une aisance en anglais oral et écrit est recommandée.
. Bon relationnel.
Le stage est rémunéré suivant le barème de l'entreprise. Pour plus d'informations et pour adresser votre candidature, merci de contacter :
Quang Hien LE
Bioanalyst - Vegetable Seeds Division
VILMORIN & Cie
Centre de Recherches Limagrain,
Bâtiment 1, CS90126
63720 Chappes, FRANCE
hien.le(a)vilmorin.info | http://www.vilmorin.info
Tel.: +33 473 678 832 | Cel.: +33 637 466 426
Hello all,
Forwarded from Bioinfo.
Dave C
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From: Patrick Nitschke <patrick.nitschke(a)parisdescartes.fr>
Date: 2013/9/19
Subject: [bioinfo] [Emploi][CDD]
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Les services d’Histologie-Embryologie-Cytogénétique et de
Biostatistique-Informatique Médicale
de l’hôpital Necker-Enfants Malades recherchent un bioinformaticien
(niveau BAC+5 ou école
d’ingénieur) pour la mise au point d’approches-diagnostiques
anténatales non invasives utilisant les
techniques de séquençage à haut débit.
Missions :
• Mise en point et mise en place des workflows d’analyse
bioinformatique des données issues
du séquenceur NGS
• Mise au point et mise en place des algorithmes décisionnels et des
outils de validation des
résultats
• Participation à la définition et à l’intégration des outils
développés dans le système
d’information du laboratoire
• Participation aux études techniques et cliniques de validation
• Participation à la formation des utilisateurs finaux
Durée du CDD :
• 12 mois
Compétences requises :
• Maîtrise des outils bioinformatiques du NGS
• Maîtrise de R Bioconductor
• La connaissance d’un système de work-flow type Galaxy est un plus
pour cette mission
Environnement :
• Cette mission sera menée dans un environnement multidisciplinaire.
Outre les deux services
hospitaliers, le bioinformaticien travaillera en interaction étroite
avec la plate-forme
bioinformatique Paris-Descartes et pourra aussi s’appuyer sur les
plateaux techniques et les
équipes de recherche de l’IHU Imagine.
Contacts :
• Jean-Philippe JAIS (jean-philippe.jais(a)parisdescartes.fr)
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
Bonjour à tous,
Pour faire suite aux différentes présentations de plateformes Galaxy, nous souhaiterions prendre part à la discussion et présenter l’instance de Galaxy que nous avons installée au sein de l’IGBMC.
Le groupe Galaxy de l’IGBMC (regroupant 5 informaticiens et bioinformaticiens de l’institut) a installé une instance locale de la plateforme, accessible via l’adresse (http://www.galaxy-igbmc.fr/) et disponible depuis le 5 Juin aux utilisateurs enregistrés (internes à l’institut pour l’instant pour des raisons techniques mais nous souhaitons à terme ouvrir cette instance à des utilisateurs externes.).
Cette plateforme est composé d’un cluster de 16 nœuds rassemblant 256 cœurs et 384 Gb de RAM. 51 utilisateurs sont, à ce jour, déjà enregistrés.
La plateforme Galaxy de l’IGBMC propose des outils d’analyse de données essentiellement pour des données NGS de type ChIP-seq et RNA-seq pour le moment mais nous espérons dans le futur pouvoir également proposer des outils d’analyse de données de protéomique.
Nous avons deux instances de Galaxy : une instance de production et une instance de test pour les nouveaux développements et mises à jour qui, une fois validés, passent dans l’instance de production. Les sources de notre instance sont gérés sur un dépôt Mercurial interne synchronisé avec le dépôt officiel galaxy-dist.
Jusqu’à présent, nous avons installé des outils fournis par le toolshed officiel de Galaxy mais également nos propres outils et avons planifié l’installation d’un toolshed interne.
Nous avons également un wiki permettant aux utilisateurs de demander l’ajout de nouveaux outils et génomes. Ils peuvent également y trouver de la documentation (lien vers d’autres wiki Galaxy, présentation sur Galaxy réalisées et quelques tutoriaux).
Nous souhaitons organiser des formations de nos utilisateurs à Galaxy. Pour l’instant, par manque de temps des membres de notre groupe, nous nous tournons vers l’intervention de formateurs externes. Mais à terme nous souhaiterions organiser des formations à un rythme régulier qui soient accessibles aux personnes internes et externes à l’institut.
Nous voudrions saluer l’initiative du groupe de travail autour de Galaxy qui offre à tous une opportunité de partager nos expériences.
Pour le groupe Galaxy de l’IGBMC,
--
Stephanie Le Gras
INSERM
Computational scientist - Bioinformatician
Microarray and high throughput sequencing platform
IGBMC
1, rue Laurent Fries
67404 ILLKIRCH Cedex
France
Tel. : +33 (0)3 88 65 32 73
Hello all,
And for those who did not see this post on bioinfo ....
Dave C
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From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr>
Date: 2013/9/2
Subject: [bioinfo] Animation Galaxy
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Bonjour,
L’Institut Français de Bioinformatique lance une première action
autour de la plateforme scientifique web Galaxy, avec la constitution d'un
groupe de travail.
L'animation de ce groupe de travail est assurée par un ensemble de
plateformes regroupant plusieurs sites : ABiMS (UPMC/CNRS Roscoff),
l'Institut Curie, Genotoul/SIGENAE (INRA Toulouse), MIGALE (INRA Jouy),
PFEM (INRA Clermont), SouthGreen (CIRAD Montpellier) et URGI (INRA
Versailles).
Certains ont pu découvrir l'existence de ce groupe, au travers de
posters présentés lors du dernier JOBIM 2013 à Toulouse et de la
conférence GCC 2013 à Oslo.
Les animations que nous proposons s'articulent principalement autour
de 3 axes de travail :
- le développement et l'intégration d'outils sous un environnement Galaxy
- architecture et optimisation des environnements
- animation et formations (recensement des instances, organisation,
école thématiques, etc.)
Un site WEB devrait être prochainement ouvert d'ici fin 2013 pour
diffuser à la communauté une présentation des actions en cours, un
agenda des événements "Galaxy" et peut-être mettre à disposition un wiki
francophone (bonnes pratiques, etc.).
Enfin, une journée 'Retour d'expériences' est en préparation pour la fin
de l'année 2013 sur Paris, ce qui permettra notamment de présenter les
différentes initiatives (plateformes, laboratoires, etc.) ou
régionales (Groupe des Utilisateurs de Galaxy dans le Grand Ouest, etc.).
Pour le Groupe de Travail IFB-Galaxy.
--
Christophe Caron
Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique
Place Georges Teissier - CS 90074
29688 Roscoff Cedex
Analysis and Bioinformatics for Marine Science
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christophe.caron(a)sb-roscoff.fr
tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
Suite à la présentation du groupe de travail Galaxy Grand Ouest (GUGGO) sur la liste bioinfo, les plateformes BiRD, GenOuest et le PCIM ont souhaité présenter conjointement leurs initiatives de mise en place d'instances de Galaxy, s'ajoutant à celle déjà faite de la plateforme ABiMS de Roscoff:
-L'instance GenOuest:
La plateforme Genouest ( http://www.genouest.org ) propose de nombreux services en bioinformatique. Suite à la demande de création de compte, les scientifiques en sciences de la vie, principalement de Bretagne et Pays de la Loire, ont ainsi accès à un jeu complet d’outils bioinformatiques, de banques de données publiques mises à jours quotidiennement et de nombreux liens vers des séminaires, des formations, et autres contenus d’intérêt. La plateforme, labélisée ISO 9001 propose à la fois un fonctionnement sous forme de libre-service et des collaborations pour des projets nécessitant une forte expertise en bioinformatique et/ou d’importants développements.
Depuis début 2012, nous organisons la mise en place d’une instance Galaxy pour la communauté Biogenouest. Dans ce cadre, des ressources ont été spécifiquement mobilisées afin de tester l’utilisation de Galaxy et Mobyle sur un cluster SGE. Parallèlement à cela, un groupe de travail, le Galaxy User Group Grand Ouest (GUGGO), a été créé, et une première réunion officielle effectuée le 5 avril 2012.
L’instance de GalaxyatGenouest ( http://galaxy.genouest.org ):
* propose un volet analyse de données, notamment en génomique, protéomique, génétique des populations, génétique quantitative et phylogénie. Pour cela, ont été incorporés des composants Galaxy d’une part et des outils développés par la plateforme GenOuest mais également par la communauté scientifique du Grand Ouest d’autre part.
* est dotée d’une gestion de version basée sur Gitlab
* est associé à un dispositif de gestion des données et métadonnées développé autour du système ISA-Infrastructure (pour plus d’informations : http://emme.genouest.org/emme/).
* est testée dans le cadre d’analyses de données environnementales autour de la collaboration avec l’OSUR (Observatoire des Sciences de l’Univers de Rennes). Les développements s’appliqueront au traitement récurrent des données produites par les plateformes de séquençage notamment via des outils tels que Mothur ou Dnaclust. De plus des petits scripts pour automatiser la formation et l’analyse d’OTUs (Operationnal Taxonomic Units) à partir de fichiers de séquences sont proposés.
Dans le cadre des formations proposées par la plateforme, une demi-journée d’introduction au portail Galaxy est proposée depuis le début de l’année 2013. Nous réfléchissons et testons actuellement la mise en place de formations thématiques. L’utilisation de portails web d’analyse de données comme Galaxy et Mobyle nous parait essentielle à l’amélioration des connexions entre biologistes, bioinformaticiens et ressources informatiques. La mise en place d’un tel système d’analyse et de partage des données au sein de communautés est au centre des réflexions actuelles autour de l‘évolution des pratiques de la recherche en sciences de la vie.
Les aspects collaborations deviennent de plus en plus “à la mode”. Il apparaît clairement que la mutualisation d‘équipements et de connaissances a beaucoup a apporter à nos communautés pour négocier au mieux le virage du digital. Nous souhaitions profiter de cette présentation pour revenir sur ces aspects collaboratifs qui nous apportent à tous un gain de temps et d’efficacité. Dans cette optique, nous voulions mentionner le fait que l’instance de Galaxy mise en place sur la plateforme GenOuest a été dupliquée et est utilisée par nos collègues de la plateforme INRA de génomique des insectes ravageurs de cultures BIPAA (BioInformatics Platform for Agro-ecosystems Arthropods, http://www.inra.fr/bipaa/ ). Nous souhaitions également en profiter pour remercier les membres de la plateforme Migale spécialement Sandra Dérozier et Franck Samson. Ils ont en effet proposés de mettre en partage des scripts qu’ils avaient développés pour l’utilisation de Velvet sur leur instance de Galaxy suite à la demande d’un personnel INRA du centre de Rennes. Nous tenions a saluer ce geste collaboratif!
-L’instance galaxyatIfremer :
Le service RIC (Ressources Informatiques et Communications) du centre Ifremer de Brest travaille sur la mise à disposition d’une instance Galaxy interfacée avec la machine de calcul du PCIM (Pôle de Calcul Intensif pour la Mer – http://wwz.ifremer.fr/pcim ) pour proposer à la communauté ifremérienne :
* des workflows pour l’analyse qualité des données NGS, pour l’analyse de données RNA-seq et Chip-seq
* la réalisation d’analyses de métagénomiques basées sur la suite QIIME 1.7
Cette instance passera en production à la rentrée 2013 et servira de support pour former les équipes Ifremer à l’analyse de leurs données RNA-Seq. En fonction de son (espéré !) succès en interne et sous condition de disposer de ressources humaines suffisantes pour maintenir cette instance, il sera envisager d’ouvrir ce service à une plus large communauté.
Le service RIC est très favorable pour partager son retour d’expérience avec celui des autres plateformes en terme d’administration de galaxy ou intégration d’outils, ainsi que pour la création et la contribution à un toolshed commun au sein du groupe GUGGO.
-La plateforme de Bioinformatique de Nantes (BiRD) :
BiRD propose une offre de service historiquement centrée sur la génomique. Elle offre un service d’expertise dans l’analyse de données de puces à ADN, ainsi que dans l’analyse de données issues des nouvelles technologies NGS. La plateforme a installé une première instance de développement de Galaxy sur un serveur interne, et teste la mise en place d’outils pour le contrôle qualité et l’analyse du transcriptome.
Un cluster de calcul mutualisé est en cours de mise en place. A terme, BiRD souhaite mettre à disposition une instance de Galaxy sur ce cluster avec des outils spécifiques de la génomique.
La liste de diffusion Galaxy France est une très bonne opportunité pour tous d‘échanger. Merci pour sa mise en place et son animation!
A bientôt,
Pour le groupe de travail GUGGO,
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Yvan Le Bras, PhD <°))))><
e-Biogenouest project http://www.e-biogenouest.org
CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex
tél.: +33 (0) 2 99 84 72 78 / +33 (0) 6.10.43.96.51
yvan.le_bras(a)irisa.fr
*A 2 and half years position in Computational Biology* is available at the
laboratory of Drosophila Genetics and Epigenetics (CNRS UMR 7622 –
University Pierre-et-Marie-Curie, Paris) in relation with a consortium of
four laboratories funded by the ANR (Plastisipi project).
*Key words*: Software development for NGS analysis, Galaxy integration,
Small RNA biogenesis and mechanisms of action, siRNAs, piRNAs, miRNAs.
We are looking for a dynamic candidate with a wide knowledge in computer
sciences and statistics. She/He will develop statistical and mathematical
procedures to analyze NGS sequencing datasets and implement them in a
Galaxy Framework dedicated to the consortium.
*Scientific project:* The Plastisipi project is aimed at studying how
modulation of the piRNA silencing pathway may regulate Transposable Element
repression along Drosophila germ cell differentiation, allowing an
appropriate balance between genome protection and genome plasticity.
Another exciting aspect of the project is to study the role of tRNAs – or
tRNAs derived Fragments (tRFs) – in piRNA biogenesis.
*Job description:* The successful candidate will participate in 1- managing
and mining the sequencing datasets generated by Plastisipi to profile
piRNAs, tRFs and mRNAs; 2- developing new visualization tools; 3-
developing new algorithms to analyze the piRNA signatures at genome-wide
level as well as their statistical significance. Depending on the candidate
profile, there is also an opportunity to work through a core computing
science approach at the development of Galaxy instance “stacks” that could
be easily spread into the community.
The ideal candidate holds a PhD degree in computational biology and is
experienced in Galaxy developments; however, this profile is not mandatory
and candidates with little background in biology but strong experience in
core computing sciences, computing infrastructures, mathematics and/or
statistics will be welcome too. He/she will collaborate closely with a
multi-disciplinary team of biologists and bioinformaticians. Excellent
communication, management and reporting skills are essential for this role.
*Favored Experience/Skills:*
• Experience in NGS sequencing dataset analysis
• Advanced knowledge of a least one OOP language
• Knowledge of Postgresql
• Experience in tool integration in the Galaxy framework
• Advanced use of R
• Good notions of cloud computing
• Rigour, autonomy and excellent relational and teamwork skills
*Contract Duration:* Available in January 2014 for two and half years
(starting date flexible)
*Salary:* Depending on qualifications and experience, based on CNRS salary
scale.
*Application*: Send CV, cover letter and two references to Christophe
Antoniewski
Email: christophe.antoniewski(a)upmc.fr
Shortlisted candidates will be invited for an interview.
On line information: http://drosophile.org/GEDlab/?page_id=760
On line bibliographic references: http://drosophile.org/?page_id=92
-------------
Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biologie du Développement
9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24
75252 Paris Cedex 05
Tel +33 1 44 27 34 39
Fax +33 1 44 27 34 45
Mobile +33 6 68 60 51 50
http://drosophile.org