October 2014 - Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

Fwd: [bioinfo] Formation en bio-informatique (Galaxy) à Montpellier en Février 2015.
by Dave Clements 01 Nov '14

01 Nov '14

Hello all, Forwarding from the SFBI list. Not sure how I missed this when it was posted. Thanks to everyone for making the French Galaxy community a vibrant one. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <ranwez(a)supagro.inra.fr> Date: 2014-10-14 7:53 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Formation en bio-informatique (Galaxy) à Montpellier en Février 2015. To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Nous organisons en Février 2015 une nouvelle édition de formation à l'utilisation de Galaxy pour l'analyse de données génomiques. ########################################################### Intitulé : Analyse bioinformatique de séquences sous Galaxy (9-13 Février 2015) Responsables pédagogiques : J.F. Dufayard et V. Ranwez ########################################################### Galaxy est un outil puissant qui permet de créer facilement des « pipelines » d’analyses à l’aide d’une représentation visuelle de ces pipelines. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) maîtriser les fonctionnalités de la plateforme bioinformatique Galaxy ii) savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble de traitements bioinformatiques pour analyser des données de séquences. Au-delà des aspects techniques, l’accent sera mis sur le choix des outils pertinents et de leurs paramétrages pour répondre au mieux à un besoin d’analyse. Cette formation s’appuie donc sur un large panel d’intervenants spécialistes des thématiques abordées (e.g. analyse de données NGS, annotation de séquences, prédiction de structure 3D) ########################################################### Compléments d’informations et inscriptions ########################################################### Pour plus d’information sur cette formations vous pouvez consulter notre affiche au format PDF (https://sites.google.com/site/ranwez/teaching) ainsi que le site de la formation continue de Montpellier SupAgro ( http://www.supagro.fr/web/pages/?idl=19&page=375&id_page=502) Cette formation offre un nombre de places limité, il est donc préférable de s’inscrire au plus tôt. Pour les inscriptions ou toutes informations sur les tarifs et aspects administratifs vous pouvez contacter Y. Olivier du service formation continue de Montpellier SupAgro (olivier(a)supagro.inra.fr, 04.99.61.23.56). Pour plus d’information sur le contenu de cette formation vous pouvez contacter : J.F. Dufayard, jean-francois.dufayard(a)cirad.fr. Cordialement, Vincent Ranwez Professor at Montpellier SupAgro (bat 21, campus de la Gaillarde) web site: https://sites.google.com/site/ranwez/ tel : +33 (0)4 99 61 28 75 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Re: [Galaxy-france] [bioinfo] Tutoriel Cloud computing pour la Biologie : 6 novembre 2014 - Rennes
by Dave Clements 14 Oct '14

14 Oct '14

Hello all, And this is coming up to. Dave C 2014-10-10 5:46 GMT-07:00 Olivier Collin <olivier.collin(a)irisa.fr>: > > Cloud computing pour la Biologie - Institut Français de Bioinformatique > Date: 6 novembre 2014, 9h30-17h30 > > L'Institut Français de Bioinformatique et la plate-forme GenOuest > organisent une formation d'initiation à l‘utilisation du cloud computing > pour l'analyse de données biologiques avec les outils usuels de > bioinformatique. > Cette formation abordera les concepts et principes généraux du cloud, > ainsi que la description des outils, des usages et de son intérêt pour la > Bioinformatique. Une partie pratique sera effectuée par les participants > sur les clouds concernés par la session (IFB-core ou Genocloud). > > L'inscription est gratuite mais obligatoire en remplissant le formulaire à > l'adresse suivante : http://registration.genouest.org/?ee=23 > Le nombre de place est limité à 30. Si le nombre de participants venait à > dépasser ce nombre, n'hésitez pas à nous écrire pour que nous puissions > planifier une autre session. > > Ce tutoriel est soutenu par l’Institut Français de Bioinformatique - IFB. > > Cordialement, > Christophe Blanchet et Olivier Collin > > > Programme : > > ## Date: 6 novembre 2014, 9h30-17h30 > Lieu: IRISA/INRIA - Campus de Beaulieu - Campus universitaire de Beaulieu > - 263 Avenue du Général Leclerc - 35000 Rennes > Salle Markov > > ## Formateurs > Christophe BLANCHET (IFB-core) > Olivier COLLIN (GenOuest) > Charles LOOMIS (LAL) > Cyril MONJEAUD (GenOuest) > Olivier SALLOU (GenOuest) > > ## Programme > (chaque session comprendra une partie théorique et une mise en application > sur les clouds académiques en production à IFB-core, GenOuest ) > > Pré-requis généraux : Venir avec un ordinateur avec un navigateur web > récent. > > > 9h00: Accueil > > 9h30: Cloud computing: principes généraux et exemple de StratusLab (C. > Loomis) > > Pré-requis : pour ceux qui le souhaiteront, il sera possible de pratiquer > StratusLab à l'aide du client en commande ligne. Pour cela il faudra que > vous ayez sur votre ordinateur le client StratusLab et les composants > nécessaires [détails installation du client StratusLab], et un navigateur > web récent. Une machine Linux ou Mac est préférée, mais une machine Windows > est acceptable. > > 11h00: pause café > > 11h30: Cloud pour la biologie: exemples des clouds IFB-core (C. Blanchet, > C. > Gauthey) et GenOuest (O. Sallou, C. Monjeaud). > > 13h00: repas > > 14h00: Exemples d’applications de cloud en NGS (Galaxy), protéomique et > analyse intensive de séquences avec Hadoop MapReduce > > Pré-requis : installer le client X2Go [détails] > > 15h30: pause café > > 16h00: Perspectives et cas d’usage de la salle (Tous) > > 17h30: fin du tutoriel > > > > > > -- > -------------------------------------------------------- > Olivier Collin - Plate-forme GenOuest > IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu > 35042 Rennes cedex, France > Tél: +33 (0) 2 99 84 72 78 > Fax: +33 (0) 2 99 84 71 71 > > > > -- > http://www.sfbi.fr > Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo > -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Galaxy Day : 2 & 3 décembre 2014 / Appel à contributions
by Dave Clements 14 Oct '14

14 Oct '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2014-10-12 12:31 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Galaxy Day : 2 & 3 décembre 2014 / Appel à contributions To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Le Groupe de Travail Galaxy-IFB organise pour la deuxième année une animation autour de la plateforme Galaxy. Cette année, nous proposons deux journées ciblant à la fois les communautés 'bio-informaticiens' et 'utilisateurs'. Ces deux journées auront pour objectif d'exposer les retours d'expérience autour de la plateforme Galaxy de laboratoires ou plateformes, sous la forme de présentations de 20 minutes. Ces présentations cibleront - 2 décembre : des retours d'expérience d'utilisateurs souhaitant exposer/partager des usages - 3 décembre : des exposés technologiques (nouvel environnement, mise en production d'une plateforme, nouveaux usages/domaines, etc.) Si vous souhaitez soumettre une présentation, merci d'envoyer un résumé en anglais de 10/20 lignes maximum à ifb.galaxy(a)sb-roscoff.fr avant le 31 octobre, avec pour sujet [Galaxy Day]. Horaires prévisionnels: 2 décembre : 13H30-17H30 3 décembre : 9H30-17H00 Lieu : Institut Curie / Paris Vous pouvez bien sûr faire suivre ce message, notamment à vos communautés d'utilisateurs pour la première demi-journée ! Pour les membres du Groupe Galaxy IFB URGI, GenoToul, MIGALE, PFEM, SouthGreen, Institut Curie, ABiMS -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ christophe.caron(a)sb-roscoff.fr tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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