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July 2014

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Change to List Moderation Policy
by Dave Clements 22 Jul '14

22 Jul '14

Hello all, Due to an increase in Spam volume (now more than 300 messages a week), this list has a new moderation policy: You must first subscribe to the list before you can post to it. Postings by non-members will be returned to the sender. This will discourage posting by non-members (which we want to encourage), but with the previous policy, postings from non-members were getting lost in the flood (which was even more discouraging). Please let me know if you have any questions. Thanks, Dave C -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] 2 formations bioinfo (Galaxy et Linux) à Montpellier
by Dave Clements 11 Jul '14

11 Jul '14

Hello all, Cross posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Vincent Ranwez <vincent.ranwez(a)supagro.inra.fr> Date: 2014-07-07 2:04 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] 2 formations bioinfo (Galaxy et Linux) à Montpellier To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Deux formations en bio-informatique auront lieu à Montpellier en Février 2015. ########################################################### Formation 1 : Analyse bioinformatique de séquences sous Galaxy (9-13 Février 2015) Responsables pédagogiques : J.F. Dufayard et V. Ranwez ########################################################### Galaxy est un outil puissant qui permet de créer facilement des « pipelines » d’analyses à l’aide d’une représentation visuelle de ces pipelines. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) maîtriser les fonctionnalités de la plateforme bioinformatique Galaxy ii) savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble de traitements bioinformatiques pour analyser des données de séquences. Au-delà des aspects techniques, l’accent sera mis sur le choix des outils pertinents et de leurs paramétrages pour répondre au mieux à un besoin d’analyse. Cette formation s’appuie donc sur un large panel d’intervenants spécialistes des thématiques abordées (e.g. analyse de données NGS, annotation de séquences, prédiction de structure 3D) ########################################################### Formation 2 : Automatiser des analyses génomiques grâce aux commandes Linux et à l'écriture de scripts (16-20 Février 2015) Responsable pédagogique : V. Ranwez ########################################################### Le système d’exploitation Linux est disponible sur de nombreux ordinateurs, il offre un ensemble de commandes textuelles très puissantes qu’il est possible d’enchainer (sous forme de « script ») pour réaliser automatiquement des tâches complexes et/ou répétitives. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) connaître les commandes essentielles du système Linux, ii) savoir les utiliser pour traiter des données génomiques, iii) être capable d’utiliser un cluster de calculs pour effectuer ces traitements. iv) savoir écrire des scripts « simples » en « bash » (le langage de base de Linux) La formation vise une autonomie des stagiaires via une mise en situation lors de TP (qui constituent l’essentiel de la formation) portant sur des données/problèmes réels (e.g. manipulation de fichiers fasta, assemblage et mapping de données NGS). L’accent est mis sur les aspects techniques et la maitrise de Linux via un fort taux d’encadrement (2 ou 3 encadrants, selon les TP, pour 12 stagiaires max). ########################################################### Compléments d’informations et inscriptions ########################################################### Pour plus d’information sur ces deux formations vous pouvez consulter le site de la formation continue de Montpellier SupAgro ( http://www.supagro.inra.fr, rubrique catalogue des formations). Ces deux formations offrent un nombre de places limité, l’expérience montre qu’il est préférable de s’inscrire au plus tôt car nous sommes chaque année contraints de refuser des inscriptions afin de pouvoir garantir une pédagogie personnalisée à chaque inscrit. Pour les inscriptions ou toutes informations sur les tarifs et aspects administratifs vous pouvez contacter Y. Olivier du service formation continue de Montpellier SupAgro (olivier(a)supagro.inra.fr, 04.99.61.23.56). Pour plus d’information sur le contenu des formations vous pouvez contacter : J.F. Dufayard, jean-francois.dufayard(a)cirad.fr pour la formation Galaxy et V. Ranwez, ranwez(a)supagro.inra.fr (04 99 61 28 75) pour la formation Linux Cordialement, Vincent Ranwez Professor at Montpellier SupAgro (bat 21, campus de la Gaillarde) web site: https://sites.google.com/site/ranwez/ tel : +33 (0)4 99 61 28 75 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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