November 2012 - Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

Re: [Galaxy-france] upload SRA format dans galaxy
by Christophe Antoniewski 29 Nov '12

29 Nov '12

OK merci, en effet cela m'aide beaucoup ! Il ne reste plus qu'à espérer que l'EBI fasse toujours la conversion fastq, et que tous les fichiers sra soit dans EBI (je n'ai pas de contre exemple pour le moment, c'est vrai). Cela dit, entre temps j'ai regardé les échanges sur ce problème et je ne comprends pas trop pourquoi le format sra n'est pas implémenté puisque il existe un wrapper de fastq-dump sur le toolshed principal.... Un truc a du m'échapper. En attendant, vive l'EBI ! Chris Le 29 novembre 2012 23:29, saci zohra <zsaci(a)curie.fr> a écrit : > Bonsoir, > Il est possible de télécharger les données directement fastq dans Galaxy à > partir Get data puis directement sur le site de l'EBI. > J'espère que ça vous aidera > Zohra > > Le 29/11/2012 23:17, Christophe Antoniewski a écrit : > > Bonsoir, > > De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA. > Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça > me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à > downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, > puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy. > J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion > SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à > la base par le framework... > Peut-être avez vous une solution à ce petit soucis ? > > Christophe > > -- > > Christophe Antoniewski > > Drosophila Genetics and Epigenetics > Laboratoire de Biolologie du Développement > > 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 > 75252 Paris Cedex 05 > > Tel +33 1 44 27 34 39 > Fax +33 1 44 27 34 45 > Mobile +33 6 68 60 51 50 > > http://drosophile.org > > > > _______________________________________________ > Galaxy-France mailing listGalaxy-France@lists.bx.psu.eduhttp://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france > > > -- ¡ Note that my email address has changed ! ¡ Please update your records with ! ¡ *christophe.antoniewski(a)snv.jussieu.fr*<christophe.antoniewski(a)snv.jussieu.fr>! -- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biolologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org

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upload SRA format dans galaxy
by Christophe Antoniewski 29 Nov '12

29 Nov '12

Bonsoir, De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA. Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy. J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à la base par le framework... Peut-être avez vous une solution à ce petit soucis ? Christophe -- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biolologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org

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Offre de stage M2 PRO
by sandra 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Voici une offre de stage M2 PRO. *_Contexte :_* Mathématique, Informatique et Génome (MIG) est une unité de l'INRA de Jouy-en-Josas qui regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des physico-chimistes et des biologistes autour de l'analyse des génomes. MIG héberge la plateforme bioinformatique MIGALE, qui regroupe un ensemble de ressources dédiéees à la bioinformatique. MIGALE a ainsi installé le gestionnaire de workfl ows Galaxy et cherche à y intégrer progressivement des pipelines utilisés dans l'analyse de données de type "Next-Generation Sequencing". _*Travail à réaliser :*_ Le stagiaire devra intégrer des pipelines existants ou en cours de développement dans Galaxy. Ces work flows concernent l'assemblage de données de type NGS et l'annotation de génomes bactériens. Cela implique l'intégration d'outils developpés dans le laboratoire dans Galaxy ainsi que la mise à disposition de cette intégration via le tool-shed Galaxy. Pour faciliter la communication et l'échange de données avec les autres outils du laboratoire (plateforme d'annotation de génomes Agmial, . . .), il sera envisagé d'utiliser l'API REST de GALAXY. _*Pré-requis :*_ Interêt dans les problématiques abordées : NGS, assemblage et annotation de génomes bactériens, workflows bioinformatiques. Connaissances en Python/Perl. _*Contacts :*_ * Valentin Loux : valentin.loux(a)jouy.inra.fr * Sandra Derozier : sandra.derozier(a)jouy.inra.fr _*Références :*_ * MIG http ://mig.jouy.inra.fr * MIGALE http ://migale.jouy.inra.fr * Galaxy http ://galaxyproject.org/

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[PRESENTATION] Franck Giacomoni - INRA
by fgiacomoni inra 27 Nov '12

27 Nov '12

Bonjour à tous, Affecté à l'Unité de Nutrition Humaine, sur la plate-forme d'Exploration du Métabolisme (PFEM) - INRA de Clermont-Ferrand/Theix , je m'occupe principalement des développements logiciel liés aux chaînes de traitement des données de métabolomique. Nous avons commencé à évaluer la plate-forme Galaxy pendant l'été 2012 en collaboration avec la PF CNRS ABIMS. Ne pouvant exploiter les fonctionnalités déjà fournies pour la génomique, nous développons une instance de Galaxy utilisable en analyse métabolomique avec des modules d'analyses de signaux, d'extraction de données, d'analyses statistiques, d'identification de composés chimiques et d'intégration dans les réseaux biologiques. En parallèle des modules "métiers", nous avons à réfléchir à de nouveaux formats d'entrée et de sortie. Actuellement, nous disposons d'une instance locale de Galaxy pour le développement (déployée en juin 2012) et à moyen terme, nous souhaitons mettre en place une instance locale de Galaxy de production (déploiement début 2013) et un ToolShed (juin 2013). Membre du réseau français de Métabolomique et de Fluxomique et co-fondateur du projet d'infrastructure d'avenir MEtaboHUB, la plate-forme PFEM veut jouer un rôle central dans la mise à disposition d'outils et dans le partage des développements avec sa communauté. Nos moyens en terme de temps et de personnels étant en train d'évoluer favorablement, 2013-2014 devraient voir émerger bon nombre de fonctionnalités dans le traitement des données LC-MS / GC-MS. Je suis aussi d'avis que Galaxy peut jouer un rôle dans le rapprochement des domaines de la biologie, de la chimie et de l'informatique voir des mathématiques. Une communauté française de Galaxy : j'y suis fortement favorable et je vais y oeuvrer du côté des volcans d'Auvergne. A bientôt... -- INRA - Unite de Nutrition Humaine Plate-Forme 'Exploration du Métabolisme' Biological computing & Metabolomics Franck GIACOMONI Centre de Theix 63122 SAINT GENES CHAMPANELLE FRANCE mail : franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr tel : + 33(0)4 73 62 47 72 web : http://www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme LIMS : http://pfem-lims.clermont.inra.fr/session/new

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Fwd: [bioinfo] Offre de stage M2 Bioinformatique, IRD Montpellier
by Dave Clements 23 Nov '12

23 Nov '12

Hello all, I saw this posted on the SFBI list. Cross-posting it to the French Galaxy Community. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Alexis Dereeper <alexis.dereeper(a)ird.fr> Date: 2012/11/21 Subject: [bioinfo] Offre de stage M2 Bioinformatique, IRD Montpellier To: Liste bioinfo <bioinfo(a)sfbi.fr> SUJET : Conception et développement de stratégies bioinformatiques pour l'analyse de données RNA-Seq du nématode parasite du riz Meloidogyne graminicola CONTEXTE SCIENTIFIQUE Les nématodes du genre Meloidogyne sont des vers microscopiques phytoparasites. Ils agissent en infectant les racines où ils induisent des sites nourriciers et se développent aux dépends de la plante hôte. L’espèce Meloidogyne graminicola est particulièrement préjudiciable à la culture du riz en Asie et toutes les variétés de riz cultivées (espèce Oryza sativa) sont sensibles à ce nématode. Cependant, il existe des accessions de riz résistants qui ont été identifiées dans le riz africain O. glaberrima. La compréhension des mécanismes moléculaires associés à ces interactions plantes-parasites constitue le thème de recherche de notre équipe. En particulier, nos recherches sont focalisées sur les protéines effectrices (=effecteurs) du nématode qui sont secrétées dans la plante afin d’en manipuler les fonctions et structures cellulaires, facilitant ainsi le développement et la reproduction du nématode. OBJECTIFS ET MISSIONS BIOINFORMATIQUES A ce jour, quasi aucune donnée de séquences n'est disponible pour M. graminicola. Un séquençage massif Illumina est en cours de réalisation au Génoscope (France Génomique) sur des échantillons obtenus à partir d'ARNm extraits de M. graminicola au stade préparasitique et à différents stades d'infection de plantes sensibles et résistantes. A partir des données obtenues, les missions de ce stage seront les suivantes: - Obtenir une description du transcriptome de M. graminicola à différents stades de développement, chez la plante sensible ou résistante - Rechercher les effecteurs de virulence potentiels présents dans le génome de M. graminicola DEROULEMENT DU STAGE Les différentes phases à entreprendre seront: - Valider l'assemblage global des séquences déjà réalisé qui servira de référence - Mettre en place un pipeline d’annotation de cette référence et développer une stratégie pour séparer les contigs issus de la plante et de l'agent pathogène, dans le but d’établir un transcriptome de référence complet annoté pour M. graminicola - Rechercher les effecteurs de virulence potentiels sur le transcriptome du nématode - Réaliser un mapping des différents échantillons sur la référence puis les analyses d'expression différentielle - Intégrer les pipelines développés sous forme de workflows Galaxy FORMATION / COMPÉTENCES - Niveau Master 2 bioinformatique - Bioinformatique: analyse de séquences, bioanalyse, annotations de séquences. La connaissance d’outils bioinformatiques pour le séquençage haut débit serait un plus. - Informatique : bonne connaissance du langage Perl, XML. Maîtrise de l’environnement Linux. DURÉE 6 mois ENCADREMENT Le stage se déroulera au sein de l’UMR RPB (http://www.umr-rpb.fr) sur le site de l’IRD de Montpellier, sous la responsabilité d'Alexis Dereeper, bioinformaticien de l’Unité et Anne-Sophie Petitot, biologiste moléculaire de l’équipe «Effecteurs et Cibles». Le stagiaire sera accueilli sur le plateau bioinformatique de l'IRD ( http://bioinfo.mpl.ird.fr/) et travaillera en lien avec la plate-forme SouthGreen (http://southgreen.cirad.fr/) CONTACTS Alexis DEREEPER <alexis.dereeper(a)ird.fr> 04 67 41 62 28 ou 04 67 61 57 21 Anne-Sophie PETITOT <anne-sophie.petitot(a)ird.fr> 04 67 41 62 87 ACCUEIL Indemnités de stage : 417 € / mois -- Alexis DEREEPER UMR RPB (IRD-UM2-CIRAD) Résistance des Plantes aux Bioagresseurs IRD - Institut de Recherche pour le Développement Bureau 351 911, avenue Agropolis BP 64501 34394 MONTPELLIER CEDEX 5 FRANCE Alexis.Dereeper(a)ird.fr tel IRD : + 33 (0)4 67 41 61 88 tel CIRAD : + 33 (0)4 67 61 57 21 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Téléchargement deux fichiers depuis l'icône "disquette" d'un dataset.
by Sarah Maman 20 Nov '12

20 Nov '12

Bonjour, L'outil "SAM to BAM" génère un dataset à partir duquel il est possible de télécharger deux fichiers (au lieu d'un) depuis l'icône "disquette". Comme mon script génère un output résultat et un autre output txt contenant des informations sur le traitement lançé, je souhaiterai ne pas générer 2 datasets dans l'historique mais un seul dataset avec deux fichiers téléchargeables depuis l'icône "disquette". Savez-vous comment coder le xml correspondant ? Remerciements anticipés, Sarah Maman

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Engineer position in bioinformatics: structural polymorphism analysis from NGS data
by Dave Clements 14 Nov '12

14 Nov '12

Hello all, I saw this posted on the SFBI list. Cross-posting it to the French Galaxy Community. Dave C On Wed, Nov 14, 2012 at 2:38 AM, Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> wrote: > > Position: Research engineer, CDD. One year with possible extension up to > three years > Start: 01/01/2013 > City: Gif-sur-Yvette, France > Laboratory: UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS > > Contacts: > Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr > Paul Leadley paul.leadley(a)u-psud.fr > > > > Description of the position > > The LabEx BASC (Biodiversity, Agroecosystems, Society, Climate), a network > of 13 laboratories of the Paris-Saclay Scientific Cluster, is seeking a > bioinformatician to analyze Next Generation Sequencing (NGS) data analysis. > In the context of a flagship project aiming at understanding and improving > the adaptive capacity of agroecosystems it will be critical to establish a > link between sequence variation, functional variation, gene/protein > expression and phenotypic adaptation. We will gather NGS data in many > genotypes of various species, the genomes of which harbor a high level of > structural complexity, with copy number variations, insertions-deletions, > whole genome and segmental duplications. The successful candidate will be > in charge of the detection of polymorphisms including structural variants, > of the comparison of multiple and diverse genomes of a same species and of > the construction of pan- and core-genomes. These challenging tasks will > require bioinformatics developments and implementation of methods for > accommodating the high level of repetitiveness of complex genomes. The > tools will be integrated into pipelines and made available to end-users > through the Galaxy platform. The bioinformatician will therefore also have > to provide researchers with advices on their experimental designs in order > to ensure compliance of produced datasets with pipelines requirements. He > will be hosted by a bioinformatics/informatics team (7 people) ( > http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinfor…) > which has computational facilities and expertise in NGS data analysis, and > will benefit as well from national and international collaborative networks > (Aplibio http://www.renabi.fr/platforms/aplibio/, Transplant > http://transplantdb.eu, AMAIZING http://www.amaizing.fr/) > > The position requires a doctoral degree (PhD) in bioinformatics with > strong expertise in script writing (Python/Perl) and pipeline development. > Experience with NGS data handling will be greatly appreciated. The > applicant will have to demonstrate excellent capacity to work in a team and > ability to communicate with researchers. > > Funding is available for one year and can be extended to three (monthly > salary includes health insurance). Applicants should send a CV and the > names of 2 referees willing to provide a letter of recommendation to > joets(a)moulon.inra.fr. > > > > > -- > http://www.sfbi.fr > Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo > -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Charlene ROBAST est absent(e).
by Charlene.ROBAST＠vilmorin.com 09 Nov '12

09 Nov '12

Je serai absent(e) à partir du 09/11/2012 de retour le 16/11/2012. Je répondrai à votre message dès mon retour. I will be out of my office from November 12 to November 16. I will be back on November 19th. Due to travelling, I will only have occasional e-mail contact. I will respond to your message when I return.

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Tests fonctionnels
by Sandra Derozier 09 Nov '12

09 Nov '12

Bonjour, J'aimerais exécuter des tests fonctionnels sur mon serveur Galaxy. J'ai donc cherché dans la documentation et j'ai trouvé ce lien : http://wiki.galaxyproject.org/Admin/Running%20Tests. Il est mentionné l'utilisation d'un script Bash nommé "nosetests.sh" que je ne trouve pas. Est-ce normal ? Peut-on procéder autrement ? Merci d'avance, Sandra DEROZIER

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Configuration de l'outil de visualisation Tablet
by Sandra Derozier 09 Nov '12

09 Nov '12

Bonjour, Tout d'abord, je me présente : je suis Sandra DEROZIER, ingénieur en développement au sein de la plateforme MIGALE du centre INRA de Jouy-en-Josas. Je suis en train de mettre en place un serveur Galaxy sur la plateforme. J'aimerais savoir si l'un(e) d'entre vous a configuré l'outil de visualisation Tablet au sein de son serveur Galaxy ? Si oui, aurait-il(elle) un lien vers une documentation à me fournir afin de connaitre la démarche à suivre. Merci d'avance, Sandra DEROZIER

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