January 2013 - Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

Fwd: [galaxy-user] 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) Training Day: Please vote!
by Sophie Gallina 29 Jan '13

29 Jan '13

-------- Message original -------- Sujet: [galaxy-user] 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) Training Day: Please vote! Date : Mon, 28 Jan 2013 11:55:38 -0800 De : Dave Clements <clements(a)galaxyproject.org> Pour : Galaxy Announcements List <galaxy-announce(a)bx.psu.edu>, Galaxy Dev List <galaxy-dev(a)bx.psu.edu>, Galaxy User List <galaxy-user(a)bx.psu.edu> Hello all, A list of possible topics <http://bit.ly/gcc2013td> for the GCC2013 Training Day <http://bit.ly/gcc2013td> is now available at http://bit.ly/gcc2013td. Please take a few minutes to review these possibilities <http://bit.ly/gcc2013td> and *then vote for your three favorite topics* at http://bit.ly/gcc2013tdpoll* Your votes will determine not only the topics that are offered, but also which topics should be offered more than once, assigned to the larger rooms, and which ones should not be scheduled at the same time. Your vote matters. Once voting closes on 11 February, we will contact possible instructors and publish a Training Day schedule before registration opens on 22 February. *About the GCC2013 Training Day* The 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) <http://galaxyproject.org/GCC2013> will start on 30 June with a Training Day <http://bit.ly/gcc2013td> featuring 4 parallel tracks, each with three workshops, each of which are two hours long, for a total of twelve sessions. There will be at least one complete track (3 consecutive workshops) about using Galaxy for biological research, and at least one full track on deploying and managing Galaxy instances. As always, please let us know if you have any questions. Thanks, and hope to see you in Oslo! Dave Clements, on behalf of the GCC2013 Organizing Committee * Note: You don't have to vote for exactly three topics. You can vote for fewer topics and have each vote count for more, or you can vote for more topics and have each vote count for less. Links: http://bit.ly/gcc2013td - Training Day possible topics list http://bit.ly/gcc2013tdpoll - Vote! http://galaxyproject.org/GCC2013 - Conference home page http://bit.ly/gcc2013prom - help get the word out -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Ressources Galaxy sur cloud académique
by Christophe Blanchet 23 Jan '13

23 Jan '13

Bonjour, Quelques mots pour vous présenter un service que nous proposons et qui peut intéresser la communauté Galaxy. Nous ne sommes pas des spécialistes NGS mais nous avons mis en place en 2011 une infrastructure de cloud pour la Biologie, à vocation interne dans un premier temps mais que nous ouvrons maintenant à la communauté académique. Avec cette infrastructure cloud, nous avons créé des machines virtuelles prédéfinies, des appliances, dont une concerne le portail Galaxy. En 2 mots, nous avons pré-configuré un serveur Galaxy avec les logiciels standard et le stockons sous la forme d'une appliance prête à être lancée à la demande. Vous pouvez ainsi lancer très simplement votre propre portail Galaxy sous la forme d'une machine virtuelle utilisant les ressources de notre cloud (700 coeurs, 2,5 To de mémoire). Vous vous connectez sur votre portail Galaxy de la même manière qu'un autre, simplement ce portail et cette partie de nos ressources sont dédiées à vos analyses. Pour plus d'informations, vous pouvez me contacter ou vous rendre dans la rubrique "Cloud" sur notre site web http://idee-b.ibcp.fr Cordialement Christophe Blanchet plateforme Infrastructure distribué pour la Biologie CNRS IBCP FR3302 christophe.blanchet(a)ibcp.fr

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Fwd: [bioinfo] Ingénieur en intégration de données NGS –Université Paris-Sud
by Dave Clements 18 Jan '13

18 Jan '13

Hello all, Cross-posting from bioinfo. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <daniel.gautheret(a)u-psud.fr> Date: 2013/1/18 Subject: [bioinfo] Ingénieur en intégration de données NGS –Université Paris-Sud To: bioinfo(a)sfbi.fr Un poste d'ingénieur contractuel d'une durée de 12 à 18 mois est ouvert à l'Université Paris-Sud dans le domaine de l'intégration de données de séquençage à haut débit (NGS). Mission – Dans le cadre de l'initiative France Génomique, l'ingénieur sera responsable de l'évaluation et de l'implémentation de méthodes bioinformatiques permettant d'intégrer des données de transcriptome à haut débit (RNA-seq) dans le but de mettre en évidence des réseaux d'interaction, impliquant notamment des ARN régulateurs. Le travail s'effectuera au sein de l'une des plateformes de bioinformatique de l'Université Paris-Sud, à l'Institut Gustave Roussy (Villejuif) ou l'Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay). Diplômes et salaire – Le candidat sera diplômé de master ou d'école d'ingénieur en bioinformatique. Nous pouvons considérer également les candidats de niveau doctorat désireux de s'impliquer dans des projets technologiques en bioinformatique. Le salaire est établi en fonction du niveau d'étude et d'expérience selon la grille des ingénieurs CNRS (master: IE, doctorant: IR). Compétences attendues – Très bonne maîtrise du système Unix/Linux, d'un langage de programmation (C, Java), d'un langage de scriptage (Perl ou Python)et d'un système de gestion de bases de données (MySQL, postgreSQL). Un bon niveau en statistiques, une connaissance des techniques d'analyse NGS et du gestionnaire de workflow Galaxy seront des atouts importants. Contact – Envoyer lettre et CV, à Pr. Daniel Gautheret: daniel.gautheret(a)u-psud.fr. Laboratoire: Université Paris-Sud, IGM. Bat 400. 91405 Orsay. -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Re: [Galaxy-france] [bioinfo] Offre à diffuser
by Dave Clements 13 Jan '13

13 Jan '13

Hello all, Saw this on Bioinfo. Dave C 2013/1/11 <helene.reynier-legeron(a)pasteur.fr> > Ingénieur Bio-informaticien -H/F- > > > L’Institut Pasteur, fondation privée de 2500 personnes contribue à la > prévention et au traitement des maladies, en priorité infectieuses, par la > recherche, l’enseignement et des actions de santé publique. > > Un poste d’Ingénieur bio-informaticien est à pourvoir à l’Institut Pasteur > à Paris, dans le cadre d'un programme de recherche collaboratif > public-privé. Le projet consiste à développer des stratégies et des outils > bio-informatiques pour la détection d’agents pathogènes par des > technologies de séquençage à très haut débit (NGS). Il s’agit d’un > programme pluridisciplinaire, mené par deux équipes de l’Institut Pasteur > (plate-forme de Génotypage des Pathogènes et Santé Publique et plate-forme > de Bioanalyse Génomique), en partenariat avec un partenaire privé et le > Genoscope). > > Caractéristiques du poste : CDD de 12 mois – Paris. > > Activité : > > Vous serez chargé(e) de poursuivre la conception d’un environnement > d'analyse de données issues du séquençage à très haut débit. Vous > finaliserez l'intégration des outils d'analyse bio-informatique développés > par les partenaires du projet dans le système de gestion de « workflow » > Galaxy. La mission principale aura pour objectif la conception d’une > interface web permettant de consulter les analyses déjà effectuées, les > résultats obtenus sur les échantillons traités mais aussi de lancer de > nouvelles analyses bio-informatiques. Cette interface sera en communication > avec les bases de données pour la gestion des analyses et l’interprétation > des résultats ; ces bases de données existent déjà, mais il faudra les > pérenniser et éventuellement les adapter. La quantité de données à traiter > ne cessant de croître, un important travail d'optimisation sera à réaliser. > Cela concernera le choix et l’amélioration des méthodes d’analyse, mais > aussi leur intégration dans des environnements informatique > s de calcul intensif. > > > Profil : Diplôme d’ingénieur / Master 2 en bio-informatique, ou > informatique complété par une expérience en biologie. > > Compétences: > > - Maîtrise indispensable de la programmation, notamment connaissance > des langages de scripts (Python de préférence) et de la programmation > d’interfaces web, > - Maîtrise des bases de données relationnelles (My/PgSQL), > - Connaissance des systèmes de gestion de « workflow », si possible > Galaxy, > - Maîtrise de l'environnement UNIX et des systèmes de gestion de > versions (SVN / Hg ou Git), > - Constituerait un plus : une première expérience d’utilisation de > frameworks web tels que Django, Symfony ou Play, > - Expérience dans le domaine du traitement des données NGS appréciée, > - Aptitude au travail en équipe multidisciplinaire, > - Anglais : lu et écrit. > > -------------------------------------- > Merci d’envoyer CV + lettre de motivation S/ ref : 12255LN à > recrutement(a)pasteur.fr ou Institut Pasteur, le Département Recrutement, > Formation et Développement des Compétences, 28 rue du Docteur Roux, 75724 > Paris cedex 15. > > > -- > http://www.sfbi.fr > Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo > -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS)
by Dave Clements 10 Jan '13

10 Jan '13

Hello all, Cross posting from bioinfo list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> Date: 2013/1/10 Subject: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) To: bioinfo(a)sfbi.fr CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) Poste : CDD. 1 an renouvelable jusqu'à 3 ans Localisation : Gif-sur-Yvette, France Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS Contacts : Johann Joets joets(a)moulon.inra.fr Paul Leadley paul.leadley(a)u-psud.fr Description du poste : Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs. Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes ( http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinfor…) qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS, le bioinformaticien bénéficiera également de collaborations avec les plateformes de bioinformatique d’Ile de France (Aplibio http://www.renabi.fr/platforms/aplibio/,) du projet européen Transplant (http://transplantdb.eu) et du programme Investissement d’Avenir AMAIZING (http://www.amaizing.fr/) Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Une expérience avec les données de NGS serait appréciée bien que non requise. Le poste est ouvert pour un an renouvelable deux fois (total de trois ans) Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à joets(a)moulon.inra.fr INRA - UMR de Genetique Vegetale Ferme du Moulon 91190 Gif-sur-Yvette - France tel 33169332378 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] [Emploi][CDD autre] Bioinformatics Specialist
by Dave Clements 07 Jan '13

07 Jan '13

Cross posting from Bioinfo. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: www-data <www-data(a)sfbi.mti.univ-paris-diderot.fr> Date: 2013/1/4 Subject: [bioinfo] [Emploi][CDD autre] Bioinformatics Specialist To: bioinfo(a)sfbi.fr Une nouvelle offre d'emploi vient d'être postée sur le site www.sfbi.fr Type de poste : CDD autre Intitulé du poste : Bioinformatics Specialist Ville : Montpellier Nom du contact : Rouard Mathieu Email du contact : m.rouard(a)cgiar.org Voir la description complète du poste sur http://www.sfbi.fr/content/** bioinformatics-specialist<http://www.sfbi.fr/content/bioinformatics-specialist> -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD bio-informaticien en métagénomique au CEA/IG/Genoscope
by Dave Clements 07 Jan '13

07 Jan '13

Hello all, Cross-posting from bioinfo. Bonne Année ! Dave C PS: I hope I just wished everyone a happy New Year. :-) ---------- Forwarded message ---------- From: Claudine Medigue <cmedigue(a)genoscope.cns.fr> Date: 2013/1/7 Subject: [bioinfo] CDD bio-informaticien en métagénomique au CEA/IG/Genoscope To: bioinfo(a)sfbi.fr Poste d’ingénieur bio-informaticien en métagénomique au Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques en Génomique et Métabolisme (LABGeM) Contexte : Le Genoscope (http://www.genoscope.cns.fr - Institut de Génomique du Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives) est une grande plateforme de réputation internationale dans le domaine de la génomique. A l'issue des étapes de séquençage et d'analyse primaire de l'ADN, l'exploitation biologique des données originales et massives nécessite des techniques informatiques de calcul intensif et des méthodes bioinformatiques en constante évolution. Dans le cadre de l'Infrastructure France Génomique (Investissements d'Avenir, https://www.france-genomique.**org/<https://www.france-genomique.org/>), qui vise à intégrer à l'échelon national les capacités d'analyse du génome et de traitement bio-informatique des données à haut débit ainsi générées, un poste d'Ingénieur Bio-informaticien (CDD de 18 mois à 36 mois), spécialisation métagénomique, est à pourvoir au sein du LABGeM (CEA/IG & CNRS UMR8030). Missions : - Veille technologique et mise en œuvre de programmes d’assemblage de métagénomes et de métatranscriptomes - Développement de workflows dédiés à l'analyse qualitative et quantitative de metagénomes (prédiction de gènes, comparaison de métagénomes, taxonomie) dans le cadre de la PF MicroScope (http://www.genoscope.cns.fr/**agc/microscope<http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope>) et des développements réalisés au CCRT (Centre de calcul du CEA) - Participation au développement d'une extension de la PF MicroScope dédiée à l'analyse de métagénomes/métatranscriptomes s'appuyant sur une expertise interne issue du projet SynBioWatch (http://www.genoscope.cns.fr/**synbiowatch/<http://www.genoscope.cns.fr/synbiowatch/> ). Compétences/connaissances : - Langages : Java, R, PHP - Connaissance des SGBD (Mysql, PostgreSQL) ainsi que du langage SQL et des systèmes NoSQL (MongoDB) - Maîtrise des systèmes Unix/Linux et des langages de scripts - Connaissance des outils bioinformatiques utilisés pour l'analyse des données métagénomiques - Expérience dans le domaine de l'analyse des données en métagénomique et métatranscriptomique. - Connaissance des gestionnaires de workflow bioinformatiques (e.g., Galaxy, JBPM/Drools) Durée du contrat : 18 à 36 mois Candidature : Pour postuler merci de nous faire parvenir une lettre de motivation, un CV, des copies de vos principales productions scientifiques ainsi que trois référents à scruveil(a)genoscope.cns.fr, flefevre(a)genoscope.cns.fr, et cmedigue(a)genoscope.cns.fr. Date limite de dépôt des candidatures : 31/01/2013 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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