March 2013 - Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) Registration and Abstract Submission are Now Open
by Dave Clements 15 Mar '13

15 Mar '13

Dear Galaxy-France Community, We are pleased to announce that early registration<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register> and paper and poster abstract submission<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts> are now open for the 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013)<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013> . GCC2013 will be held 30 June through July 2 in Oslo Norway, at the University of Oslo <http://uio.no/>. GCC2013 <http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013> is an opportunity to participate in two full days of presentations, discussions, poster sessions, keynotes, lightning talks and breakouts, all about high-throughput biology and the tools that support it. The conference also includes a Training Day<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay> for the second year in a row, this year with more in-depth topic coverage, more concurrent sessions, and more topics. If you are a biologist or bioinformatician performing or enabling high-throughput biological research, then please consider attending. GCC2013 is aimed at: - Bioinformatics tool developers and data providers - Workflow developers and power bioinformatics users - Sequencing and Bioinformatics core staff - Data archival and analysis reproducibility specialists *Early registration <http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register>* *saves up to 75% off regular registration costs,* and is very affordable, with combined registration (Training Day<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay> + main meeting) starting at ~ €95 for post-docs and students. Registering early also assures you a spot in the Training Day workshops you want to attend. Once a Training Day session becomes full, it will be closed to new registrations. Early registration closes 24 May. *Abstract submission<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts> * for oral presentations closes 12 April, and for posters on 3 May. Please consider presenting your work. If you are working with big biological data, then the people at this meeting want to hear about your work. Thanks, and hope to see you in Oslo! The GCC2013 Organizing Committee<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Organizers> PS: And please help get the word out<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Promotion>, especially to any Europe based organizations that we are not reaching. -- http://galaxyproject.org/GCC2013 <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: Galaxy Community Conference 2013 (GCC2013) Les inscriptions et soumissions d'articles sont ouvertes
by Dave Clements 15 Mar '13

15 Mar '13

Hello all, Many thanks to Alban Lermine for translating and posting this to the SFBI list. And many thanks to Valérie Cognat and Alexandra Louis for telling me the key to SFBI is to post in *plain text.* And finally, thanks to Hans-Rudolf Hotz for distributing this in Switzerland. I have said this before, but it bears repeating: You are a great community to work with. Thanks, Dave C. ---------- Forwarded message ---------- From: alermine <alban.lermine(a)curie.fr> Date: 2013/3/15 Subject: Galaxy Community Conference 2013 (GCC2013) Les inscriptions et soumissions d'articles sont ouvertes To: "bioinfo(a)sfbi.fr" <bioinfo(a)sfbi.fr> Cc: Dave Clements <clements(a)galaxyproject.org> Bonjour à tous, Nous sommes heureux de vous annoncer que les inscriptions et soumissions (présentation orale et poster) sont maintenant ouvertes pour la Galaxy Community Conference 2013 (GCC2013) qui se tiendra du 30 Juin au 2 Juillet 2013 à l'Université d'Oslo (Norvège). Cette conference est l'occasion de participer à 2 journées de présentations (orales et posters) et de discussions autour des technologies haut débit en biologie et des outils utilisés dans ce cadre. Une journée de formation est aussi prévue (pour la seconde année consécutive), avec cette année plus de sujets abordés et plus en profondeur. Si vous êtes biologiste ou bioinformaticien travaillant avec des technologies haut débit, inscrivez vous! La GCC2013 vise à rassembler: Les développeurs d'outils bioinformatiques et les fournisseurs de données Les développeurs de workflows et les utilisateurs de ressources bioinformatiques Toutes personnes travaillant dans le séquençage et/ou la bioinformatique Les spécialistes de l'archivage des données et de la reproductibilité des analyses Economisez jusqu'à 75% en vous inscrivant dès maintenant. Les tarifs sont très abordables, à partir de 95€ (posts docs et étudiants) pour assister à la journée de formation ainsi qu'aux deux jours de conférence. Une inscription anticipée vous assurera une place pour la session de formation qui vous interresse. En effet, le nombre d'inscription par session de formation est limité. La fin des inscriptions anticipées est programmée pour le 24 Mai. Les soumissions d'articles sont ouvertes jusqu'au 12 Avril, les soumissions pour les posters sont ouvertes jusqu'au 3 Mai. N'hésitez pas à soumettre, les personnes présentes seront intéressées par votre travail. Liens utiles: Présentation: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013 Inscription: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register Soumission: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts Formations: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay Université d'Oslo: http://www.uio.no Merci et à bientôt à Oslo! Le comité organisateur de la GCC2013 PS: Passez le mot autour de vous! ---------------------------------------------- Dear All, We are pleased to announce that early registration and paper and poster abstract submission are now open for the 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013). GCC2013 will be held 30 June through July 2 in Oslo Norway, at the University of Oslo. GCC2013 is an opportunity to participate in two full days of presentations, discussions, poster sessions, keynotes, lightning talks and breakouts, all about high-throughput biology and the tools that support it. The conference also includes a Training Day for the second year in a row, this year with more in-depth topic coverage, more concurrent sessions, and more topics. If you are a biologist or bioinformatician performing or enabling high-throughput biological research, then please consider attending. GCC2013 is aimed at: Bioinformatics tool developers and data providers Workflow developers and power bioinformatics users Sequencing and Bioinformatics core staff Data archival and analysis reproducibility specialists Early registration saves up to 75% off regular registration costs, and is very affordable, with combined registration (Training Day + main meeting) starting at ~ €95 for post-docs and students. Registering early also assures you a spot in the Training Day workshops you want to attend. Once a Training Day session becomes full, it will be closed to new registrations. Early registration closes 24 May. Abstract submission for oral presentations closes 12 April, and for posters on 3 May. Please consider presenting your work. If you are working with big biological data, then the people at this meeting want to hear about your work. Useful links: Conference: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013 Register: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register Abstract submission: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts Training day: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay Oslo University: http://www.uio.no Thanks, and hope to see you in Oslo! The GCC2013 Organizing Committee PS: And please help get the word out, especially to any Europe based organizations that we are not reaching. -- Alban Lermine Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie " Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer" 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84 -- http://galaxyproject.org/GCC2013 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD Ingénieur en Bioinformatique grand séquençage - Institut Curie
by Dave Clements 15 Mar '13

15 Mar '13

Hello all, Cross posting from the SFBI mailing list.. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Nicolas Servant <nservant(a)curie.fr> Date: 2013/3/14 Subject: [bioinfo] CDD Ingénieur en Bioinformatique grand séquençage - Institut Curie To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Un poste d'Ingénieur en Bioinformatique pour l'analyse des données à haut-débit est ouvert au Centre de Recherche de l'Institut Curie à Paris ( http://www.curie.fr) Le candidat travaillera au sein de la plate-forme bioinformatique de l'unité U900 de Bioinformatique et Biologie des Systèmes du Cancer (U900 INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie, http://u900.curie.fr ). Contexte : L'Institut Curie est un acteur majeur dans le traitement et la recherche contre le Cancer. Composé à la fois d’un Hôpital et d’un Centre de Recherche, l'expertise de l'Institut Curie s'étend de la recherche fondamentale au soin du patient. L’objectif du Centre de Recherche de l’Institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser ces connaissances pour améliorer le diagnostic, le pronostic, le traitement des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade. L'unité U900 compte près de 80 ingénieurs, chercheurs et étudiants en bioinformatique, biostatistiques et biologie des systèmes (mathématiciens, statisticiens, bioinformaticiens, informaticiens, biologistes, physiciens, médecins et bioanalystes). Mission : Au sein de la plate-forme bioinformatique et dans le cadre de l'initiative France Génomique, l’Ingénieur en Bioinformatique participera : - à l'implémentation et à la mise en place des chaînes de traitements de données NGS issues de différentes technologies de séquençage (Illumina, IonTorrent et SOLiD), - à la mise en place des tests, à la validation et à la maintenance des solutions d'analyses bioinformatiques. - à la mise à disposition des solutions d’analyses aux utilisateurs via l'environnement Galaxy. L’Ingénieur en Bioinformatique interviendra dans des projets de recherche fondamentale et/ou translationnelle (smallRNA-seq, ChIP-seq) ainsi que dans des approches d'analyses cliniques (re-séquencage ciblé de gènes). Profil recherché : Titulaire d’un diplôme d'ingénieur ou d’un master en bioinformatique, vous disposez des compétences suivantes : - Connaissance des principaux logiciels et méthodes de bio-informatique, en particulier ceux utilisés en génomique et pour les analyses de données NGS. - Maîtrise de l'environnement linux/unix et des outils de développement collaboratifs (SVN, etc.) - Maîtrise des langages Perl et Python. La connaissance du langage C, C++ ou R serait un plus. - Connaissances sur les bases de données (MySQL, SQL) et les technologies web - Aisance dans un environnement multidisciplinaire, goût du travail en équipe, sens du relationnel. - Curiosité scientifique, rigueur méthodologique - Avoir un bon niveau d'anglais écrit et oral. Une connaissance des approches NGS appliquées aux recherches de variants (SNPs, indels) et de l’outil Galaxy seront des atouts importants. Lieu de travail : Paris (5e) Rémunération : Selon profil et expérience Adresser vos candidatures (CV, motivation et références par courrier électronique à : bcsb61(a)curie.fr Bien Cordialement Nicolas Servant -- Nicolas Servant Plateforme de Bioinformatique Unité 900 : Institut Curie - Inserm - Mines ParisTech 26, rue d'Ulm - 75248 Paris Cedex 05 - FRANCE Email: Nicolas.Servant(a)curie.fr Tel: 01 56 24 69 85 http://bioinfo.curie.fr/ -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2013 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Galaxy Main & Test Server downtime for hardware relocation Thursday, March 14, 2013
by Jennifer Jackson 07 Mar '13

07 Mar '13

Notice Date: Thursday, March 7, 2013 Greetings Galaxy *Main* & *Test* Users, The *Galaxy* *Public* *Main Galaxy Server <http://wiki.galaxyproject.org/Main>* at *http://main.g2.bx.psu.edu* (/usegalaxy.org/) and *Test Galaxy Server <http://wiki.galaxyproject.org/Test>* at *http://test.g2.bx.psu.edu* will be *down on Thursday, March 14, while the team _/relocates core hardware /to a new server room_*. Please note that _/ALL jobs running at the time of the shutdown will be terminated/_. Once the move is complete, any terminated jobs can be easily restarted using the "re-run" function. dataset re-run The /yellow banner on //*Main*//and //*Test*//will provide updates/ (when the servers are up) as well our *@galaxyproject Twitter* posts. Don't use Twitter? See our *Twitter Wiki <http://wiki.galaxyproject.org/Galaxy%20on%20Twitter>*. *Galaxy's **Tool Shed <http://toolshed.g2.bx.psu.edu>**, **GalaxyProject.org <http://wiki.galaxyproject.org>**Wiki, and **Mailing list <http://wiki.galaxyproject.org/MailingLists>**services* will be /*unaffected*/ during this time. /Thanks for using Galaxy!!/ Galaxy team

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