September 2013 - Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

Fwd: [bioinfo] Journée d'animation Galaxy : Appel à contribution
by Dave Clements 30 Sep '13

30 Sep '13

Hello all, Forwarded from SFBI mailing list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2013/9/30 Subject: [bioinfo] Journée d'animation Galaxy : Appel à contribution To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Le Groupe de Travail Galaxy-IFB organise une journée d'animation autour de la plateforme Galaxy le mercredi 4 décembre à Paris (Institut Curie - 9H30-17H00). Cette journée a pour principal objectif d'exposer les retours d'expérience de laboratoires ou plateformes, sous la forme de présentations de 20 minutes, autour de la plateforme Galaxy. Ces présentations peuvent aussi bien cibler des retours d'expérience autour d'une installation et mise en production d'une plateforme, que des nouveaux usages/domaines, ou encore des développements technologiques. Si vous souhaitez soumettre une présentation, merci d'envoyer un résumé en anglais de 15/20 lignes maximum à ifb.galaxy(a)sb-roscoff.fr avant le 10 octobre, avec pour sujet [Galaxy Day]. En vous remerciant. Pour les membres du Groupe Galaxy IFB URGI, GenoToul, MIGALE, PFEM, SouthGreen, Institut Curie, ABiMS -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ christophe.caron(a)sb-roscoff.fr tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Stage M2 Développement et intégration d'outils pour la bioanalyse dans Galaxy chez Vilmorin & Cie.
by LE, Hien 24 Sep '13

24 Sep '13

Bonjour, Nous proposons le stage suivant: Stage M2 Développement et intégration d'outils pour la bioanalyse dans Galaxy chez Vilmorin & Cie. Vilmorin & Cie, quatrième acteur mondial, crée des semences potagères et de grandes cultures à haute valeur ajoutée. Nous proposons un stage de six mois au sein de l'équipe bioinformatique de la division potagère, située dans le centre de recherche Limagrain à Chappes (Puy-de-Dôme, Auvergne). Description du stage : . Développer et implémenter des scripts pour la bioanalyse . Intégrer les outils dans la plateforme Galaxy (usegalaxy.org) chez Vilmorin et Cie. . Connecter la plateforme Galaxy avec d'autres applications bioinformatiques . Documenter les outils et communiquer avec les équipes de recherche Profil recherché : . Master 2 en bioinformatiques. . Solides connaissances des langages de programmation Python et/ou Perl . Bonnes connaissances des systèmes de gestion de bases de données relationnelles . Familiarité avec la ligne de commande et les systèmes d'exploitation Linux . Une connaissance du langage de programmation R serait appréciée. . Autonomie. . Une aisance en anglais oral et écrit est recommandée. . Bon relationnel. Le stage est rémunéré suivant le barème de l'entreprise. Pour plus d'informations et pour adresser votre candidature, merci de contacter : Quang Hien LE Bioanalyst - Vegetable Seeds Division VILMORIN & Cie Centre de Recherches Limagrain, Bâtiment 1, CS90126 63720 Chappes, FRANCE hien.le(a)vilmorin.info | http://www.vilmorin.info Tel.: +33 473 678 832 | Cel.: +33 637 466 426

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Fwd: [bioinfo] [Emploi][CDD]
by Dave Clements 20 Sep '13

20 Sep '13

Hello all, Forwarded from Bioinfo. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Patrick Nitschke <patrick.nitschke(a)parisdescartes.fr> Date: 2013/9/19 Subject: [bioinfo] [Emploi][CDD] To: bioinfo(a)sfbi.fr Les services d’Histologie-Embryologie-Cytogénétique et de Biostatistique-Informatique Médicale de l’hôpital Necker-Enfants Malades recherchent un bioinformaticien (niveau BAC+5 ou école d’ingénieur) pour la mise au point d’approches-diagnostiques anténatales non invasives utilisant les techniques de séquençage à haut débit. Missions : • Mise en point et mise en place des workflows d’analyse bioinformatique des données issues du séquenceur NGS • Mise au point et mise en place des algorithmes décisionnels et des outils de validation des résultats • Participation à la définition et à l’intégration des outils développés dans le système d’information du laboratoire • Participation aux études techniques et cliniques de validation • Participation à la formation des utilisateurs finaux Durée du CDD : • 12 mois Compétences requises : • Maîtrise des outils bioinformatiques du NGS • Maîtrise de R Bioconductor • La connaissance d’un système de work-flow type Galaxy est un plus pour cette mission Environnement : • Cette mission sera menée dans un environnement multidisciplinaire. Outre les deux services hospitaliers, le bioinformaticien travaillera en interaction étroite avec la plate-forme bioinformatique Paris-Descartes et pourra aussi s’appuyer sur les plateaux techniques et les équipes de recherche de l’IHU Imagine. Contacts : • Jean-Philippe JAIS (jean-philippe.jais(a)parisdescartes.fr) -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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[PRESENTATION] Instance de Galaxy de l¹IGBMC (Strasbourg)
by Stephanie LE GRAS 16 Sep '13

16 Sep '13

Bonjour à tous, Pour faire suite aux différentes présentations de plateformes Galaxy, nous souhaiterions prendre part à la discussion et présenter l’instance de Galaxy que nous avons installée au sein de l’IGBMC. Le groupe Galaxy de l’IGBMC (regroupant 5 informaticiens et bioinformaticiens de l’institut) a installé une instance locale de la plateforme, accessible via l’adresse (http://www.galaxy-igbmc.fr/) et disponible depuis le 5 Juin aux utilisateurs enregistrés (internes à l’institut pour l’instant pour des raisons techniques mais nous souhaitons à terme ouvrir cette instance à des utilisateurs externes.). Cette plateforme est composé d’un cluster de 16 nœuds rassemblant 256 cœurs et 384 Gb de RAM. 51 utilisateurs sont, à ce jour, déjà enregistrés. La plateforme Galaxy de l’IGBMC propose des outils d’analyse de données essentiellement pour des données NGS de type ChIP-seq et RNA-seq pour le moment mais nous espérons dans le futur pouvoir également proposer des outils d’analyse de données de protéomique. Nous avons deux instances de Galaxy : une instance de production et une instance de test pour les nouveaux développements et mises à jour qui, une fois validés, passent dans l’instance de production. Les sources de notre instance sont gérés sur un dépôt Mercurial interne synchronisé avec le dépôt officiel galaxy-dist. Jusqu’à présent, nous avons installé des outils fournis par le toolshed officiel de Galaxy mais également nos propres outils et avons planifié l’installation d’un toolshed interne. Nous avons également un wiki permettant aux utilisateurs de demander l’ajout de nouveaux outils et génomes. Ils peuvent également y trouver de la documentation (lien vers d’autres wiki Galaxy, présentation sur Galaxy réalisées et quelques tutoriaux). Nous souhaitons organiser des formations de nos utilisateurs à Galaxy. Pour l’instant, par manque de temps des membres de notre groupe, nous nous tournons vers l’intervention de formateurs externes. Mais à terme nous souhaiterions organiser des formations à un rythme régulier qui soient accessibles aux personnes internes et externes à l’institut. Nous voudrions saluer l’initiative du groupe de travail autour de Galaxy qui offre à tous une opportunité de partager nos expériences. Pour le groupe Galaxy de l’IGBMC, -- Stephanie Le Gras INSERM Computational scientist - Bioinformatician Microarray and high throughput sequencing platform IGBMC 1, rue Laurent Fries 67404 ILLKIRCH Cedex France Tel. : +33 (0)3 88 65 32 73

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Fwd: [bioinfo] Animation Galaxy
by Dave Clements 10 Sep '13

10 Sep '13

Hello all, And for those who did not see this post on bioinfo .... Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2013/9/2 Subject: [bioinfo] Animation Galaxy To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, L’Institut Français de Bioinformatique lance une première action autour de la plateforme scientifique web Galaxy, avec la constitution d'un groupe de travail. L'animation de ce groupe de travail est assurée par un ensemble de plateformes regroupant plusieurs sites : ABiMS (UPMC/CNRS Roscoff), l'Institut Curie, Genotoul/SIGENAE (INRA Toulouse), MIGALE (INRA Jouy), PFEM (INRA Clermont), SouthGreen (CIRAD Montpellier) et URGI (INRA Versailles). Certains ont pu découvrir l'existence de ce groupe, au travers de posters présentés lors du dernier JOBIM 2013 à Toulouse et de la conférence GCC 2013 à Oslo. Les animations que nous proposons s'articulent principalement autour de 3 axes de travail : - le développement et l'intégration d'outils sous un environnement Galaxy - architecture et optimisation des environnements - animation et formations (recensement des instances, organisation, école thématiques, etc.) Un site WEB devrait être prochainement ouvert d'ici fin 2013 pour diffuser à la communauté une présentation des actions en cours, un agenda des événements "Galaxy" et peut-être mettre à disposition un wiki francophone (bonnes pratiques, etc.). Enfin, une journée 'Retour d'expériences' est en préparation pour la fin de l'année 2013 sur Paris, ce qui permettra notamment de présenter les différentes initiatives (plateformes, laboratoires, etc.) ou régionales (Groupe des Utilisateurs de Galaxy dans le Grand Ouest, etc.). Pour le Groupe de Travail IFB-Galaxy. -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ christophe.caron(a)sb-roscoff.fr tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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[PRESENTATION] Instances des plateformes du Grand Ouest GenOuest / Rennes - PCIM / Brest - BiRD / Nantes
by Yvan Le Bras 10 Sep '13

10 Sep '13

Suite à la présentation du groupe de travail Galaxy Grand Ouest (GUGGO) sur la liste bioinfo, les plateformes BiRD, GenOuest et le PCIM ont souhaité présenter conjointement leurs initiatives de mise en place d'instances de Galaxy, s'ajoutant à celle déjà faite de la plateforme ABiMS de Roscoff: -L'instance GenOuest: La plateforme Genouest ( http://www.genouest.org ) propose de nombreux services en bioinformatique. Suite à la demande de création de compte, les scientifiques en sciences de la vie, principalement de Bretagne et Pays de la Loire, ont ainsi accès à un jeu complet d’outils bioinformatiques, de banques de données publiques mises à jours quotidiennement et de nombreux liens vers des séminaires, des formations, et autres contenus d’intérêt. La plateforme, labélisée ISO 9001 propose à la fois un fonctionnement sous forme de libre-service et des collaborations pour des projets nécessitant une forte expertise en bioinformatique et/ou d’importants développements. Depuis début 2012, nous organisons la mise en place d’une instance Galaxy pour la communauté Biogenouest. Dans ce cadre, des ressources ont été spécifiquement mobilisées afin de tester l’utilisation de Galaxy et Mobyle sur un cluster SGE. Parallèlement à cela, un groupe de travail, le Galaxy User Group Grand Ouest (GUGGO), a été créé, et une première réunion officielle effectuée le 5 avril 2012. L’instance de GalaxyatGenouest ( http://galaxy.genouest.org ): * propose un volet analyse de données, notamment en génomique, protéomique, génétique des populations, génétique quantitative et phylogénie. Pour cela, ont été incorporés des composants Galaxy d’une part et des outils développés par la plateforme GenOuest mais également par la communauté scientifique du Grand Ouest d’autre part. * est dotée d’une gestion de version basée sur Gitlab * est associé à un dispositif de gestion des données et métadonnées développé autour du système ISA-Infrastructure (pour plus d’informations : http://emme.genouest.org/emme/) * est testée dans le cadre d’analyses de données environnementales autour de la collaboration avec l’OSUR (Observatoire des Sciences de l’Univers de Rennes). Les développements s’appliqueront au traitement récurrent des données produites par les plateformes de séquençage notamment via des outils tels que Mothur ou Dnaclust. De plus des petits scripts pour automatiser la formation et l’analyse d’OTUs (Operationnal Taxonomic Units) à partir de fichiers de séquences sont proposés. Dans le cadre des formations proposées par la plateforme, une demi-journée d’introduction au portail Galaxy est proposée depuis le début de l’année 2013. Nous réfléchissons et testons actuellement la mise en place de formations thématiques. L’utilisation de portails web d’analyse de données comme Galaxy et Mobyle nous parait essentielle à l’amélioration des connexions entre biologistes, bioinformaticiens et ressources informatiques. La mise en place d’un tel système d’analyse et de partage des données au sein de communautés est au centre des réflexions actuelles autour de l‘évolution des pratiques de la recherche en sciences de la vie. Les aspects collaborations deviennent de plus en plus “à la mode”. Il apparaît clairement que la mutualisation d‘équipements et de connaissances a beaucoup a apporter à nos communautés pour négocier au mieux le virage du digital. Nous souhaitions profiter de cette présentation pour revenir sur ces aspects collaboratifs qui nous apportent à tous un gain de temps et d’efficacité. Dans cette optique, nous voulions mentionner le fait que l’instance de Galaxy mise en place sur la plateforme GenOuest a été dupliquée et est utilisée par nos collègues de la plateforme INRA de génomique des insectes ravageurs de cultures BIPAA (BioInformatics Platform for Agro-ecosystems Arthropods, http://www.inra.fr/bipaa/ ). Nous souhaitions également en profiter pour remercier les membres de la plateforme Migale spécialement Sandra Dérozier et Franck Samson. Ils ont en effet proposés de mettre en partage des scripts qu’ils avaient développés pour l’utilisation de Velvet sur leur instance de Galaxy suite à la demande d’un personnel INRA du centre de Rennes. Nous tenions a saluer ce geste collaboratif! -L’instance galaxyatIfremer : Le service RIC (Ressources Informatiques et Communications) du centre Ifremer de Brest travaille sur la mise à disposition d’une instance Galaxy interfacée avec la machine de calcul du PCIM (Pôle de Calcul Intensif pour la Mer – http://wwz.ifremer.fr/pcim ) pour proposer à la communauté ifremérienne : * des workflows pour l’analyse qualité des données NGS, pour l’analyse de données RNA-seq et Chip-seq * la réalisation d’analyses de métagénomiques basées sur la suite QIIME 1.7 Cette instance passera en production à la rentrée 2013 et servira de support pour former les équipes Ifremer à l’analyse de leurs données RNA-Seq. En fonction de son (espéré !) succès en interne et sous condition de disposer de ressources humaines suffisantes pour maintenir cette instance, il sera envisager d’ouvrir ce service à une plus large communauté. Le service RIC est très favorable pour partager son retour d’expérience avec celui des autres plateformes en terme d’administration de galaxy ou intégration d’outils, ainsi que pour la création et la contribution à un toolshed commun au sein du groupe GUGGO. -La plateforme de Bioinformatique de Nantes (BiRD) : BiRD propose une offre de service historiquement centrée sur la génomique. Elle offre un service d’expertise dans l’analyse de données de puces à ADN, ainsi que dans l’analyse de données issues des nouvelles technologies NGS. La plateforme a installé une première instance de développement de Galaxy sur un serveur interne, et teste la mise en place d’outils pour le contrôle qualité et l’analyse du transcriptome. Un cluster de calcul mutualisé est en cours de mise en place. A terme, BiRD souhaite mettre à disposition une instance de Galaxy sur ce cluster avec des outils spécifiques de la génomique. La liste de diffusion Galaxy France est une très bonne opportunité pour tous d‘échanger. Merci pour sa mise en place et son animation! A bientôt, Pour le groupe de travail GUGGO, --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Yvan Le Bras, PhD <°))))>< e-Biogenouest project http://www.e-biogenouest.org CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex tél.: +33 (0) 2 99 84 72 78 / +33 (0) 6.10.43.96.51 yvan.le_bras(a)irisa.fr

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Position in Computational Biology
by Christophe Antoniewski 03 Sep '13

03 Sep '13

*A 2 and half years position in Computational Biology* is available at the laboratory of Drosophila Genetics and Epigenetics (CNRS UMR 7622 – University Pierre-et-Marie-Curie, Paris) in relation with a consortium of four laboratories funded by the ANR (Plastisipi project). *Key words*: Software development for NGS analysis, Galaxy integration, Small RNA biogenesis and mechanisms of action, siRNAs, piRNAs, miRNAs. We are looking for a dynamic candidate with a wide knowledge in computer sciences and statistics. She/He will develop statistical and mathematical procedures to analyze NGS sequencing datasets and implement them in a Galaxy Framework dedicated to the consortium. *Scientific project:* The Plastisipi project is aimed at studying how modulation of the piRNA silencing pathway may regulate Transposable Element repression along Drosophila germ cell differentiation, allowing an appropriate balance between genome protection and genome plasticity. Another exciting aspect of the project is to study the role of tRNAs – or tRNAs derived Fragments (tRFs) – in piRNA biogenesis. *Job description:* The successful candidate will participate in 1- managing and mining the sequencing datasets generated by Plastisipi to profile piRNAs, tRFs and mRNAs; 2- developing new visualization tools; 3- developing new algorithms to analyze the piRNA signatures at genome-wide level as well as their statistical significance. Depending on the candidate profile, there is also an opportunity to work through a core computing science approach at the development of Galaxy instance “stacks” that could be easily spread into the community. The ideal candidate holds a PhD degree in computational biology and is experienced in Galaxy developments; however, this profile is not mandatory and candidates with little background in biology but strong experience in core computing sciences, computing infrastructures, mathematics and/or statistics will be welcome too. He/she will collaborate closely with a multi-disciplinary team of biologists and bioinformaticians. Excellent communication, management and reporting skills are essential for this role. *Favored Experience/Skills:* • Experience in NGS sequencing dataset analysis • Advanced knowledge of a least one OOP language • Knowledge of Postgresql • Experience in tool integration in the Galaxy framework • Advanced use of R • Good notions of cloud computing • Rigour, autonomy and excellent relational and teamwork skills *Contract Duration:* Available in January 2014 for two and half years (starting date flexible) *Salary:* Depending on qualifications and experience, based on CNRS salary scale. *Application*: Send CV, cover letter and two references to Christophe Antoniewski Email: christophe.antoniewski(a)upmc.fr Shortlisted candidates will be invited for an interview. On line information: http://drosophile.org/GEDlab/?page_id=760 On line bibliographic references: http://drosophile.org/?page_id=92 ------------- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org

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