September 2014 - Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

Fwd: [bioinfo] CDD Ingénieur NGS - Institut Curie
by Dave Clements 29 Sep '14

29 Sep '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Nicolas Servant <nservant(a)curie.fr> Date: 2014-09-29 1:32 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] CDD Ingénieur NGS - Institut Curie To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Un poste d'ingénieur en Bioinformatique pour l'analyse des données à haut-débit est ouvert au Centre de Recherche de l'Institut Curie ( http://www.curie.fr) à Paris. Le candidat travaillera au sein de la plate-forme bioinformatique de l'unité U900 « Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système » (U900 INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie, http://u900.curie.fr) Contexte : L'Institut Curie est un acteur majeur dans le traitement et la recherche contre le Cancer. Composé à la fois d’un Hôpital et d’un Centre de Recherche, l'expertise de l'Institut Curie s'étend de la recherche fondamentale au soin du patient. L’objectif du Centre de Recherche de l’Institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser ces connaissances pour améliorer le diagnostic, le pronostic, le traitement des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade. L'unité U900 compte près de 80 ingénieurs, chercheurs et étudiants en bioinformatique, biostatistiques et biologie des systèmes (mathématiciens, statisticiens, bioinformaticiens, informaticiens, biologistes, physiciens, médecins et bioanalystes). Mission : Dans le cadre du projet France Génomique, les plates-formes de bioinformatique sont chargées de mettre à la disposition des utilisateurs une collection de ressources dédiées à l'analyse de données NGS. L'ingénieur recruté sera responsable de l'évaluation et de l'implémentation des méthodes bioinformatiques permettant l’analyse de données NGS, notamment smallRNA-seq, ChIP-seq et methyl-seq. Au sein de la plate-forme bioinformatique U900, l’Ingénieur en bioinformatique participera : - à la définition des stratégies d'analyse des données de grand séquençage, - à l'implémentation et à la mise en place des chaînes de traitement d'analyses, - à la maintenance des pipelines et outils d’analyse existant, - à la valorisation et au partage des applications développées dans la communauté scientifique (packages distribués, et services en ligne) - aux analyses tertiaires des données en collaboration avec les différentes équipes utilisatrices de la plate-forme Profil recherché : Titulaire d’un diplôme d'ingénieur ou d’un master en bioinformatique, vous disposez des compétences suivantes : - Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales. - Maîtrise des concepts et outils bioinformatiques appliqués à l’analyse de données NGS. - Maîtrise de l'environnement linux/unix. - Bonne connaissance d’un langage de script (Perl et/ou Python), et R (des connaissances en langage C, C++ seraient un plus). - Avoir un bon niveau d'anglais écrit et oral. - Avoir un bon sens relationnel, organisé, et consciencieux Une première expérience en analyse de données NGS ainsi qu’une connaissance de l’environnement Galaxy, seront appréciées. Lieu de travail : Paris (5 ) Rémunération : Selon profil et expérience Adresser vos candidatures (CV, motivation et références par courrier électronique à bcsb73(a)curie.fr Cordialement, -- Nicolas Servant Plateforme de Bioinformatique Unité 900 : Institut Curie - Inserm - Mines ParisTech 26, rue d'Ulm - 75248 Paris Cedex 05 - FRANCE Email: Nicolas.Servant(a)curie.fr Tel: 01 56 24 69 85 http://bioinfo.curie.fr/ -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Écolethématique Galaxy4Bioinformatics : 3 au 5 novembre 2014
by Dave Clements 22 Sep '14

22 Sep '14

Hello all, Cross posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2014-09-16 6:18 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Écolethématique Galaxy4Bioinformatics : 3 au 5 novembre 2014 To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Le groupe de travail GT-Galaxy de l'IFB, et avec un soutien financier du CNRS, propose une école thématique sur 3 jours, autour des bonnes pratiques d'intégration d'outils sous Galaxy. Cette formation s'adresse en premier lieu aux personnes ne disposant pas d'une trop forte expérience dans le domaine d'intégration d'outils sous Galaxy. Des pré-requis sont malgré tout demandés et précisés sur le formulaire de pré-inscription. L’école s’articulera autour de plusieurs ateliers : - Présentation des concepts de workflows et de l’architecture Galaxy - Intégration d’outils - « Toolshed » - L'API Galaxy La formation se déroulera sur 3 jours à Roscoff, du 3 au 5 novembre 2014. Elle sera effectué par plusieurs intervenants issus de plateformes et laboratoires utilisant Galaxy depuis maintenant quelques années. Nombre de places : 18 Participation aux frais d'inscriptions, incluant notamment les frais d'hébergement et de restauration - CNRS : gratuit - Académiques : 200 euros - Privé : 1000 euros Les frais de déplacement sont à la charge des participants. Le programme de la formation, ainsi que d'autres informations, et un formulaire de *pre-inscription* : http://galaxy4bioinformatics.sb-roscoff.fr/ Clôture des pré-inscriptions : 30 Septembre 2014 Pour le GT Galaxy -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ christophe.caron(a)sb-roscoff.fr tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Emploi CDD Ingénieur Bioinformatique - ChIP-seq France Génomique
by Dave Clements 22 Sep '14

22 Sep '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Jacques van Helden <jacques.van-helden(a)univ-amu.fr> Date: 2014-09-22 5:58 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Emploi CDD Ingénieur Bioinformatique - ChIP-seq France Génomique To: bioinfo(a)sfbi.fr ================================================================ Emploi CDD Ingénieur Bioinformatique - ChIP-seq France Génomique ================================================================ Durée : CDD 18 mois Type de poste: Ingénieur de recherche (IR) ou ingénieur d’études expérimenté (IE) Ville : Marseille Site : Plate-forme TGML du laboratoire TAGC, Marseille ( http://tagc.univ-mrs.fr/) Contact : Jacques.van-Helden(a)univ-amu.fr Date recrutement : à partir d'octobre 2014 Financement : France Génomique ===== Description du poste ===== Contexte : Ressources bioinformatiques pour l’analyse de données ChIP-seq. Dans le cadre du projet France Génomique, les plates-formes de séquençage et de bioinformatique sont chargées de mettre à la disposition des utilisateurs une collection de ressources bioinformatiques pour l’analyse des données de séquençage à haut débit ("Next Generation Sequencing"). Le présent appel se place dans le cadre de la régulation génique (WP2.6), et plus particulièrement du volet ChIP-seq. La mission générale de l’ingénieur recruté sera de développer l’accessibilité des ressources bioinformatiques pour l’analyse des données de ChIP-seq (bases de données et outils d’analyse). Ces ressources pourraient également être connectées aux autres ressources permettant d’analyser des données NGS liées à la régulation (en particulier, données RNA-seq). Le laboratoire d’accueil (TAGC) regroupe une plate-forme technologique (TGML) qui assure des services à la communauté, ainsi que des chercheurs travaillant dans différents domaines de biologie expérimentale et de bioinformatique. L’analyse de la régulation génétique est un axe transversal aux activités de recherche et aux services du TAGC, qui offrira donc un environnement humain propice au déroulement de la mission. ===== Missions ===== * recenser les outils existants ; * identifier les besoins des utilisateurs, et les manques éventuels ; * développer des interfaces conviviales pour des outils existants (en particulier, certains outils de la suite Regulatory Sequence Analysis Tools, développée au sein du laboratoire); * faciliter le déploiement des ressources bioinformatiques pour l’analyse de la régulation génétique; * développer des chaînes d'analyse combinant ces outils ; * documenter les outils et chaînes d’analyse ; * préparer du matériel de formation ; * mener une étude pilote visant à connecter des outils ChIP-seq via des Web services. ===== Profil recherché ===== Eléments requis : - Double compétence informatique / biologie (niveau Master ou thèse de doctorat). - Maîtrise du système opérateur Unix (utilisation, installation, maintenance) - Forte expérience de programmation (PERL, Python, standards d’échange de données) - Bon niveau de compréhension de l’anglais - Expérience en analyse de données à haut débit. Eléments souhaités : - Connaissance de l’environnement Galaxy (https://usegalaxy.org/) - Expérience en développement d’interfaces utilisateurs, API, pipelines d’analyse. - Capacités rédactionnelles (rédaction de documentation et matériel didactique). ===== Liens ===== France Génomique : https://www.france-genomique.org/ Plate-forme TGML : http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/tgml-facility Laboratoire TAGC : http://tagc.univ-mrs.fr/ Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) : http://www.rsat.fr/ Galaxy : https://usegalaxy.org/ -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Prochains cycles d'apprentissage organisés par la plateforme Bioinfo Genotoul et l'équipe Sigenae.
by Dave Clements 05 Sep '14

05 Sep '14

Hello all, Forwarding from the SFBI list. And, by the way, there is a lot going on in France this fall, starting with ECCB on Saturday: https://wiki.galaxyproject.org/Events Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Claire Hoede <Claire.Hoede(a)toulouse.inra.fr> Date: 2014-09-05 1:28 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Prochains cycles d'apprentissage organisés par la plateforme Bioinfo Genotoul et l'équipe Sigenae. To: bioinfo(a)sfbi.fr Chers collègues, (Désolée pour les éventuels doublons.) La plateforme bioinfo Genotoul organise en collaboration avec l'équipe Sigenae plusieurs cycles d'apprentissage cet automne. Du 3 au 6 novembre 2014 : *Galaxy training days* : 4 jours indivisibles de formation aux traitements de données des séquenceurs haut débit sous environnement Galaxy. Après une initiation à l’environnement Galaxy, cette formation vous permettra d'effectuer un alignement de séquences, la recherche de polymorphisme et l'analyse de données RNA-Seq sous environnement Galaxy. Ce cycle ne nécessite aucune connaissance préalable en ligne de commande. Du 1er au 3 décembre : *RNA-Seq de novo assembly* : 2 jours et demi indivisibles consacrés à l'assemblage de novo des données de transcriptome de novo obtenues grâce aux nouvelles technologies de séquençage. Vous apprendrez comment vérifier la qualité des données et pré-traiter les lectures en conséquences, comment fonctionne un assembleur et comment l'utiliser sur ce type de données. Enfin, ce stage vous donnera des clefs pour appréhender la qualité d'un assemblage et choisir le meilleur. Du 8 au 10 décembre : *Phylogénie et évolution de séquences* : 3 journées divisibles constituées de 4 modules indépendants. Module 1 (8 déc.) : Initiation à l'alignement de séquences et à la phylogénie. Aucun pré-requis n'est nécessaire. Public visé : biologistes et bioinformaticiens souhaitant s'initier à l'analyse phylogénétique. Module 2 (9 déc.) : Présentation est mise en œuvre de différentes méthodes de construction d'arbres phylogénétiques. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences. Module 3 (10 déc. au matin) : Présentation et mise en œuvre de méthodes de phylogénomique. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences, connaître les principaux modèles évolutifs et les méthodes de constructions d'arbres phylogénétiques. Module 4 (10 déc. après-midi) : Présentation et mise en œuvre de méthodes de détection de pression de sélection. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences, connaître les principaux modèles évolutifs et les méthodes de constructions d'arbres phylogénétiques. Ces formations sont organisées sur le site de l'INRA de Toulouse Auzeville. Toutes les informations sont sur notre site web : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=10 Les tarifs sont disponibles ici : http://bioinfo.genotoul.fr/ index.php?id=115 Cordialement, Claire Hoede -- Claire Hoede INRA, MIAT & PF GenoToul Bioinfo 24 Chemin de Borde Rouge - Auzeville CS 52 627 31326 Castanet Tolosan cedex Tel : 33 (0) 5 61 28 53 05 email :Claire.Hoede@toulouse.inra.fr web :http://bioinfo.genotoul.fr -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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