Aïe, sans les hyperliens, ça fait mal aux ouïes...
La version explicite ci-dessous ;)
Amicalement,
Yvan
"Vous n'avez pas peur d'être en rade à cause d'un réservoir à sec, alors
faites du RADseq via Stacks sous Galaxy!"
Bonjour à tous les Gars laxistes (pour reprendre le jeu de mot du Galaxy day 2013 ),
Un petit mail pour véhiculer le fait que Cyril et moi avons mis à disposition de la
communauté nos outils Galaxy permettant l'utilisation du pipeline STACKS (
http://creskolab.uoregon.edu/stacks/ ) via le Toolshed du Groupe GUGGO (
https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo,
http://toolshed.genouest.org/ ).
L'image Docker ylebras/stacks_galaxy est disponible sur le repository public officiel
Docker à cet URL (
https://registry.hub.docker.com/u/ylebras/stacks_galaxy/ )
Si vous êtes intéressés par le RADseq, nous avons créé un espace d'échange ouvert à
tous à l' URL
https://www.e-biogenouest.org/groups/radseq . Y sont notamment
répertoriées des ressources d'intérêt.
Nous proposons une formation initiation à l'analyse de données RADseq sous Galaxy. Les
souhaits d'inscription se font en se rendant à cette adresse (
http://registration.genouest.org/ ) . Les supports sont accessibles ici (
https://www.e-biogenouest.org/resources/1287/supportingdocs ) .
Le wiki GUGGO est toujours ouvert à tous à cet URL (
https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki ) .
Vous y trouverez notamment le descriptif de nos premiers tests de l'utilisation de
Docker sous Galaxy (
https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/FirstGenOuest ),
ainsi qu'un rassemblement des liens d'intérêt concernant Docker et Galaxy (
https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo/wiki/PresenDocker ). Beaucoup d'autres
infos sur Galaxy dans le cloud, l'utilisation du tool shed, l'intégration
d'outils dans Galaxy, .....
L'offre de formation des communautés GUGGO est accessible en se rendant à
l'adresse
https://www.e-biogenouest.org/einfrastructure/education
N'hésitez pas à me contacter pour toute information supplémentaire.
Amicalement,
Yvan
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Yvan Le Bras, PhD <°))))><
e-Biogenouest project
http://www.e-biogenouest.org
CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex
tél.: +33 (0) 2 99 84 72 78 / +33 (0) 6.10.43.96.51
yvan.le_bras(a)irisa.fr