Bonjour à toutes et à tous.
Je m'appelle Christophe Antoniewski.
Je suis Directeur de Recherche au CNRS et je suis responsable du groupe
"Génétique et Epigénétique de la Drosophile" dans l'UMR7622 (Laboratoire de
Biologie du Développement) situé sur le quai Saint-Bernard, Université
Paris 6 Pierre & Marie Curie. Nous étudions la biogenèse et les fonctions
des petits ARN: siRNA, miRNA et piRNA. Dans ce contexte, nous avons
participé au développement des premiers séquenceurs Illumina à l'Institut
Pasteur (2008), et nous avons été tôt confrontés à la difficulté d'intégrer
les compétences des biologistes et des informaticiens pour parvenir à des
analyses pertinentes.
Nous avons commencé à évaluer Galaxy pendant l'été 2010, en local, puis sur
le cloud Amazon après la parution de l'article décrivant le système
Cloudman. Nous utilisons Galaxy en configuration de production depuis notre
arrivée à l'Université Pierre et Marie Curie, en janvier 2012.
A l'heure actuelle, nous travaillons également avec trois instances.
- Un serveur local de développement installé sous MacOS
- Un serveur distant installé sur le Cloud Amazon, également destiné à
tester l'analyse en environnement déporté
- Un serveur de production sous Ubuntu, accessible depuis
http://drosophile.org (onglet Galaxy). Cet accès est soumis à une demande
de credentials, pour gérer la charge de la machine. Mais je souhaite
vivement améliorer notre infrastructure (en local ou en cloud) pour que
l'instance soit ouverte sans aucune restriction.
Nous utilisons Galaxy pour analyser les données de small RNAseq. A cet
effet, nous avons développé un portefeuille d'outils et de workflows
(Mississipi tools) disponibles pour tous les utilisateurs de l'instance. Ce
portefeuille inclus des procédures d'établissement de cartes, d'annotation
génomique des petits ARNs, d'analyse statistique de "signatures" (par
exemple la signature ping-pong des piRNA) et enfin d'analyse statistique
pour profiling (encapsulation de packages R pour unrooted clustering,
DESeq, tests de fisher, etc...)
Nous n'utilisons pas encore ToolShed pour partager les outils, par manque
de temps pour implémenter le "feature", mais nous souhaitons trouver du
temps pour le faire !
Nos moyens en temps et personnels étant limités, notre priorité est
d'améliorer nos outils d'analyses des petits ARN et de travailler à
l'implementation de Trackster car nous pensons que ce génome browser
intégré à Galaxy est une excellente opportunité pour améliorer le travail
de recherche en collaboration.
Je suis partisan de l'open source - open science, et je pense que ce
modèle, pas toujours partagé, peux faire avancer la recherche plus
rapidement.
Il me semble que la recherche en biologie et en médecine est aujourd'hui
sérieusement freinée à cause de la difficulté de communication entre les
biologistes et les informaticiens. Comme Alban, je crois que Galaxy
représente une belle opportunité (parmi d'autres) pour partager
savoir-faire et connaissances, pour le bénéfice de tous.
Il m'arrive d'intervenir sur la liste galaxy-dev (christophe -
drosofff(a)gmail.com), et je me demande déjà si discuter de Galaxy en
français ce n'est pas se couper un peu d'une source majeure de solutions.
Mais, je suis un bavard invétéré et tous les moyens pour chatter à propos
de bio, de médecine, de codes, de projets collaboratifs, sont bons...
Christophe
--
Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biolologie du Développement
9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24
75252 Paris Cedex 05
Tel +33 1 44 27 34 39
Fax +33 1 44 27 34 45
Mobile +33 6 68 60 51 50
http://drosophile.org
Bonjour à tous,
En guise d'introduction dans la communauté Française Galaxy, je vous
propose de vous présenter ainsi que votre travail avec Galaxy via un
mail à la liste de diffusion.
Pour une meilleure lisibilité, taguer l'objet de votre mail avec le tag
[PRESENTATION] Prénom Nom - Laboratoire.
J'ouvre donc les hostilités:
Je m'appelle Alban Lermine et je travaille à l'Institut Curie sur la
plate-forme de Bioinformatique en tant que data-manager pour les données
de grand séquençage.
Nous travaillons avec Galaxy depuis Juin 2011 et nous avons à l'heure
actuelle trois instances de Galaxy installées:
- Un serveur local de développement
- Un serveur local de production
- Un serveur public dédié à l'analyse de données type ChIP-seq
(http://nebula.curie.fr)
Nous utilisons Galaxy pour l'analyse mais aussi pour le management des
données.
Une de nos motivations dans l'utilisation de Galaxy est de mettre à
disposition pour chacun (bioinformaticien comme biologiste) le panel
d'outils le plus fourni possible (outils publiés et largement utilisés -
outils développés en interne).
Nous disposons aujourd'hui d'outils pour différents types de données
(principalement Exome-seq, ChIP-seq et RNA-seq), mais nous continuons de
diversifier notre panel avec entre autre (en dev) des outils pour
l'analyse des petits ARN ainsi que des outils orientés diagnostiques.
Depuis quelques mois, nous mettons à disposition via le toolshed
certains de nos outils développés en interne:
- SVdetect (Bruno Zeitouni) - Permet la détection de réarrangements
inter et intra chromosomaux.
- GFAP (Romain Daveau) - Pour l'annotation génomique et
fonctionnelle des variants (type SNP,indels)
- Nebula (Valentina Boeva) - Suite d'outils pour l'identification de
sites de fixations de facteurs de transcription / l'annotation des
experiences de ChIP-sequencing
- Upload local file (Moi) - Permet d'uploader des fichiers dans
Galaxy sans passer par un upload via le réseau
Nous souhaitons continuer dans cette voie de partage (d'outils comme de
connaissances), c'est pourquoi j'essaierais d'être le plus actif
possible au sein de la communauté.
A très bientôt,
Alban
--
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84
Bonjour à tous et toutes,
Bienvenue sur la liste de diffusion Galaxy France!
Cette liste a pour but de partager et communiquer sur nos différentes
expériences avec Galaxy au sein de l'hexagone.
La langue officielle de cette liste est le français.
Vous avez besoin d'aide dans l'utilisation de Galaxy,
Vous hébergez un serveur public Galaxy,
Vous maintenez une instance locale de Galaxy,
Vous venez de déposer un outil sur le toolshed,
Vous avez des trucs et astuces pouvant interresser la communauté,
Vous organisez des formations avec Galaxy,
Postez une annonce à galaxy-france(a)lists.bx.psu.edu !
Pour toutes les questions techniques (installation, développement
d'outil) nous tenterons de vous aider dans la mesure du possible, mais
nous vous conseillons de vous adresser en parallèle à la liste de
développement (http://dev.list.galaxyproject.org/), le temps que la
communauté française se mette en place.
Pour vous aider dans votre utilisation de Galaxy, voici une liste de
liens utiles (en plus de la présente liste):
http://wiki.g2.bx.psu.edu <http://wiki.g2.bx.psu.edu/> -> Wiki Galaxy
officiel
https://main.g2.bx.psu.edu/ -> Serveur public principal
http://announce.list.galaxyproject.org/ -> Liste d'annonce
http://user.list.galaxyproject.org/ -> Liste utilisateurs "simples" Galaxy
http://dev.list.galaxyproject.org/ -> Liste developpeurs Galaxy
A très bientôt sur la liste Galaxy France,
Les administrateurs:
Alban Lermine, Olivier Inizan, Rémi Marenco, Dave Clements & Jennifer
Jackson
--
Alban Lermine
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84