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[PRESENTATION] Christophe Antoniewski - Institut de Biologie Paris Seine
by Christophe Antoniewski 02 Sep '12

02 Sep '12

Bonjour à toutes et à tous. Je m'appelle Christophe Antoniewski. Je suis Directeur de Recherche au CNRS et je suis responsable du groupe "Génétique et Epigénétique de la Drosophile" dans l'UMR7622 (Laboratoire de Biologie du Développement) situé sur le quai Saint-Bernard, Université Paris 6 Pierre & Marie Curie. Nous étudions la biogenèse et les fonctions des petits ARN: siRNA, miRNA et piRNA. Dans ce contexte, nous avons participé au développement des premiers séquenceurs Illumina à l'Institut Pasteur (2008), et nous avons été tôt confrontés à la difficulté d'intégrer les compétences des biologistes et des informaticiens pour parvenir à des analyses pertinentes. Nous avons commencé à évaluer Galaxy pendant l'été 2010, en local, puis sur le cloud Amazon après la parution de l'article décrivant le système Cloudman. Nous utilisons Galaxy en configuration de production depuis notre arrivée à l'Université Pierre et Marie Curie, en janvier 2012. A l'heure actuelle, nous travaillons également avec trois instances. - Un serveur local de développement installé sous MacOS - Un serveur distant installé sur le Cloud Amazon, également destiné à tester l'analyse en environnement déporté - Un serveur de production sous Ubuntu, accessible depuis http://drosophile.org (onglet Galaxy). Cet accès est soumis à une demande de credentials, pour gérer la charge de la machine. Mais je souhaite vivement améliorer notre infrastructure (en local ou en cloud) pour que l'instance soit ouverte sans aucune restriction. Nous utilisons Galaxy pour analyser les données de small RNAseq. A cet effet, nous avons développé un portefeuille d'outils et de workflows (Mississipi tools) disponibles pour tous les utilisateurs de l'instance. Ce portefeuille inclus des procédures d'établissement de cartes, d'annotation génomique des petits ARNs, d'analyse statistique de "signatures" (par exemple la signature ping-pong des piRNA) et enfin d'analyse statistique pour profiling (encapsulation de packages R pour unrooted clustering, DESeq, tests de fisher, etc...) Nous n'utilisons pas encore ToolShed pour partager les outils, par manque de temps pour implémenter le "feature", mais nous souhaitons trouver du temps pour le faire ! Nos moyens en temps et personnels étant limités, notre priorité est d'améliorer nos outils d'analyses des petits ARN et de travailler à l'implementation de Trackster car nous pensons que ce génome browser intégré à Galaxy est une excellente opportunité pour améliorer le travail de recherche en collaboration. Je suis partisan de l'open source - open science, et je pense que ce modèle, pas toujours partagé, peux faire avancer la recherche plus rapidement. Il me semble que la recherche en biologie et en médecine est aujourd'hui sérieusement freinée à cause de la difficulté de communication entre les biologistes et les informaticiens. Comme Alban, je crois que Galaxy représente une belle opportunité (parmi d'autres) pour partager savoir-faire et connaissances, pour le bénéfice de tous. Il m'arrive d'intervenir sur la liste galaxy-dev (christophe - drosofff(a)gmail.com) et je me demande déjà si discuter de Galaxy en français ce n'est pas se couper un peu d'une source majeure de solutions. Mais, je suis un bavard invétéré et tous les moyens pour chatter à propos de bio, de médecine, de codes, de projets collaboratifs, sont bons... Christophe -- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biolologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org

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[PRESENTATION] Alban Lermine - Institut Curie
by Alban Lermine 31 Aug '12

31 Aug '12

Bonjour à tous, En guise d'introduction dans la communauté Française Galaxy, je vous propose de vous présenter ainsi que votre travail avec Galaxy via un mail à la liste de diffusion. Pour une meilleure lisibilité, taguer l'objet de votre mail avec le tag [PRESENTATION] Prénom Nom - Laboratoire. J'ouvre donc les hostilités: Je m'appelle Alban Lermine et je travaille à l'Institut Curie sur la plate-forme de Bioinformatique en tant que data-manager pour les données de grand séquençage. Nous travaillons avec Galaxy depuis Juin 2011 et nous avons à l'heure actuelle trois instances de Galaxy installées: - Un serveur local de développement - Un serveur local de production - Un serveur public dédié à l'analyse de données type ChIP-seq (http://nebula.curie.fr) Nous utilisons Galaxy pour l'analyse mais aussi pour le management des données. Une de nos motivations dans l'utilisation de Galaxy est de mettre à disposition pour chacun (bioinformaticien comme biologiste) le panel d'outils le plus fourni possible (outils publiés et largement utilisés - outils développés en interne). Nous disposons aujourd'hui d'outils pour différents types de données (principalement Exome-seq, ChIP-seq et RNA-seq), mais nous continuons de diversifier notre panel avec entre autre (en dev) des outils pour l'analyse des petits ARN ainsi que des outils orientés diagnostiques. Depuis quelques mois, nous mettons à disposition via le toolshed certains de nos outils développés en interne: - SVdetect (Bruno Zeitouni) - Permet la détection de réarrangements inter et intra chromosomaux. - GFAP (Romain Daveau) - Pour l'annotation génomique et fonctionnelle des variants (type SNP,indels) - Nebula (Valentina Boeva) - Suite d'outils pour l'identification de sites de fixations de facteurs de transcription / l'annotation des experiences de ChIP-sequencing - Upload local file (Moi) - Permet d'uploader des fichiers dans Galaxy sans passer par un upload via le réseau Nous souhaitons continuer dans cette voie de partage (d'outils comme de connaissances), c'est pourquoi j'essaierais d'être le plus actif possible au sein de la communauté. A très bientôt, Alban -- Alban Lermine Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie « Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer » 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

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[IMPORTANT/A LIRE] Bienvenue sur la liste de diffusion Galaxy France!
by Alban Lermine 21 Aug '12

21 Aug '12

Bonjour à tous et toutes, Bienvenue sur la liste de diffusion Galaxy France! Cette liste a pour but de partager et communiquer sur nos différentes expériences avec Galaxy au sein de l'hexagone. La langue officielle de cette liste est le français. Vous avez besoin d'aide dans l'utilisation de Galaxy, Vous hébergez un serveur public Galaxy, Vous maintenez une instance locale de Galaxy, Vous venez de déposer un outil sur le toolshed, Vous avez des trucs et astuces pouvant interresser la communauté, Vous organisez des formations avec Galaxy, Postez une annonce à galaxy-france(a)lists.bx.psu.edu ! Pour toutes les questions techniques (installation, développement d'outil) nous tenterons de vous aider dans la mesure du possible, mais nous vous conseillons de vous adresser en parallèle à la liste de développement (http://dev.list.galaxyproject.org/) le temps que la communauté française se mette en place. Pour vous aider dans votre utilisation de Galaxy, voici une liste de liens utiles (en plus de la présente liste): http://wiki.g2.bx.psu.edu <http://wiki.g2.bx.psu.edu/> -> Wiki Galaxy officiel https://main.g2.bx.psu.edu/ -> Serveur public principal http://announce.list.galaxyproject.org/ -> Liste d'annonce http://user.list.galaxyproject.org/ -> Liste utilisateurs "simples" Galaxy http://dev.list.galaxyproject.org/ -> Liste developpeurs Galaxy A très bientôt sur la liste Galaxy France, Les administrateurs: Alban Lermine, Olivier Inizan, Rémi Marenco, Dave Clements & Jennifer Jackson -- Alban Lermine Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie « Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer » 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84

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