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Fwd: [bioinfo] Offre de stage M2 Bioinformatique, IRD Montpellier
by Dave Clements 23 Nov '12

23 Nov '12

Hello all, I saw this posted on the SFBI list. Cross-posting it to the French Galaxy Community. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Alexis Dereeper <alexis.dereeper(a)ird.fr> Date: 2012/11/21 Subject: [bioinfo] Offre de stage M2 Bioinformatique, IRD Montpellier To: Liste bioinfo <bioinfo(a)sfbi.fr> SUJET : Conception et développement de stratégies bioinformatiques pour l'analyse de données RNA-Seq du nématode parasite du riz Meloidogyne graminicola CONTEXTE SCIENTIFIQUE Les nématodes du genre Meloidogyne sont des vers microscopiques phytoparasites. Ils agissent en infectant les racines où ils induisent des sites nourriciers et se développent aux dépends de la plante hôte. L’espèce Meloidogyne graminicola est particulièrement préjudiciable à la culture du riz en Asie et toutes les variétés de riz cultivées (espèce Oryza sativa) sont sensibles à ce nématode. Cependant, il existe des accessions de riz résistants qui ont été identifiées dans le riz africain O. glaberrima. La compréhension des mécanismes moléculaires associés à ces interactions plantes-parasites constitue le thème de recherche de notre équipe. En particulier, nos recherches sont focalisées sur les protéines effectrices (=effecteurs) du nématode qui sont secrétées dans la plante afin d’en manipuler les fonctions et structures cellulaires, facilitant ainsi le développement et la reproduction du nématode. OBJECTIFS ET MISSIONS BIOINFORMATIQUES A ce jour, quasi aucune donnée de séquences n'est disponible pour M. graminicola. Un séquençage massif Illumina est en cours de réalisation au Génoscope (France Génomique) sur des échantillons obtenus à partir d'ARNm extraits de M. graminicola au stade préparasitique et à différents stades d'infection de plantes sensibles et résistantes. A partir des données obtenues, les missions de ce stage seront les suivantes: - Obtenir une description du transcriptome de M. graminicola à différents stades de développement, chez la plante sensible ou résistante - Rechercher les effecteurs de virulence potentiels présents dans le génome de M. graminicola DEROULEMENT DU STAGE Les différentes phases à entreprendre seront: - Valider l'assemblage global des séquences déjà réalisé qui servira de référence - Mettre en place un pipeline d’annotation de cette référence et développer une stratégie pour séparer les contigs issus de la plante et de l'agent pathogène, dans le but d’établir un transcriptome de référence complet annoté pour M. graminicola - Rechercher les effecteurs de virulence potentiels sur le transcriptome du nématode - Réaliser un mapping des différents échantillons sur la référence puis les analyses d'expression différentielle - Intégrer les pipelines développés sous forme de workflows Galaxy FORMATION / COMPÉTENCES - Niveau Master 2 bioinformatique - Bioinformatique: analyse de séquences, bioanalyse, annotations de séquences. La connaissance d’outils bioinformatiques pour le séquençage haut débit serait un plus. - Informatique : bonne connaissance du langage Perl, XML. Maîtrise de l’environnement Linux. DURÉE 6 mois ENCADREMENT Le stage se déroulera au sein de l’UMR RPB (http://www.umr-rpb.fr), sur le site de l’IRD de Montpellier, sous la responsabilité d'Alexis Dereeper, bioinformaticien de l’Unité et Anne-Sophie Petitot, biologiste moléculaire de l’équipe «Effecteurs et Cibles». Le stagiaire sera accueilli sur le plateau bioinformatique de l'IRD ( http://bioinfo.mpl.ird.fr/) et travaillera en lien avec la plate-forme SouthGreen (http://southgreen.cirad.fr/). CONTACTS Alexis DEREEPER <alexis.dereeper(a)ird.fr> 04 67 41 62 28 ou 04 67 61 57 21 Anne-Sophie PETITOT <anne-sophie.petitot(a)ird.fr> 04 67 41 62 87 ACCUEIL Indemnités de stage : 417 € / mois -- Alexis DEREEPER UMR RPB (IRD-UM2-CIRAD) Résistance des Plantes aux Bioagresseurs IRD - Institut de Recherche pour le Développement Bureau 351 911, avenue Agropolis BP 64501 34394 MONTPELLIER CEDEX 5 FRANCE Alexis.Dereeper(a)ird.fr tel IRD : + 33 (0)4 67 41 61 88 tel CIRAD : + 33 (0)4 67 61 57 21 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Téléchargement deux fichiers depuis l'icône "disquette" d'un dataset.
by Sarah Maman 20 Nov '12

20 Nov '12

Bonjour, L'outil "SAM to BAM" génère un dataset à partir duquel il est possible de télécharger deux fichiers (au lieu d'un) depuis l'icône "disquette". Comme mon script génère un output résultat et un autre output txt contenant des informations sur le traitement lançé, je souhaiterai ne pas générer 2 datasets dans l'historique mais un seul dataset avec deux fichiers téléchargeables depuis l'icône "disquette". Savez-vous comment coder le xml correspondant ? Remerciements anticipés, Sarah Maman

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Engineer position in bioinformatics: structural polymorphism analysis from NGS data
by Dave Clements 14 Nov '12

14 Nov '12

Hello all, I saw this posted on the SFBI list. Cross-posting it to the French Galaxy Community. Dave C On Wed, Nov 14, 2012 at 2:38 AM, Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> wrote: > > Position: Research engineer, CDD. One year with possible extension up to > three years > Start: 01/01/2013 > City: Gif-sur-Yvette, France > Laboratory: UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS > > Contacts: > Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr > Paul Leadley paul.leadley(a)u-psud.fr > > > > Description of the position > > The LabEx BASC (Biodiversity, Agroecosystems, Society, Climate), a network > of 13 laboratories of the Paris-Saclay Scientific Cluster, is seeking a > bioinformatician to analyze Next Generation Sequencing (NGS) data analysis. > In the context of a flagship project aiming at understanding and improving > the adaptive capacity of agroecosystems it will be critical to establish a > link between sequence variation, functional variation, gene/protein > expression and phenotypic adaptation. We will gather NGS data in many > genotypes of various species, the genomes of which harbor a high level of > structural complexity, with copy number variations, insertions-deletions, > whole genome and segmental duplications. The successful candidate will be > in charge of the detection of polymorphisms including structural variants, > of the comparison of multiple and diverse genomes of a same species and of > the construction of pan- and core-genomes. These challenging tasks will > require bioinformatics developments and implementation of methods for > accommodating the high level of repetitiveness of complex genomes. The > tools will be integrated into pipelines and made available to end-users > through the Galaxy platform. The bioinformatician will therefore also have > to provide researchers with advices on their experimental designs in order > to ensure compliance of produced datasets with pipelines requirements. He > will be hosted by a bioinformatics/informatics team (7 people) ( > http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinfor…) > which has computational facilities and expertise in NGS data analysis, and > will benefit as well from national and international collaborative networks > (Aplibio http://www.renabi.fr/platforms/aplibio/, Transplant > http://transplantdb.eu, AMAIZING http://www.amaizing.fr/). > > The position requires a doctoral degree (PhD) in bioinformatics with > strong expertise in script writing (Python/Perl) and pipeline development. > Experience with NGS data handling will be greatly appreciated. The > applicant will have to demonstrate excellent capacity to work in a team and > ability to communicate with researchers. > > Funding is available for one year and can be extended to three (monthly > salary includes health insurance). Applicants should send a CV and the > names of 2 referees willing to provide a letter of recommendation to > joets(a)moulon.inra.fr. > > > > > -- > http://www.sfbi.fr > Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo > -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Charlene ROBAST est absent(e).
by Charlene.ROBAST＠vilmorin.com 09 Nov '12

09 Nov '12

Je serai absent(e) à partir du 09/11/2012 de retour le 16/11/2012. Je répondrai à votre message dès mon retour. I will be out of my office from November 12 to November 16. I will be back on November 19th. Due to travelling, I will only have occasional e-mail contact. I will respond to your message when I return.

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Tests fonctionnels
by Sandra Derozier 09 Nov '12

09 Nov '12

Bonjour, J'aimerais exécuter des tests fonctionnels sur mon serveur Galaxy. J'ai donc cherché dans la documentation et j'ai trouvé ce lien : http://wiki.galaxyproject.org/Admin/Running%20Tests. Il est mentionné l'utilisation d'un script Bash nommé "nosetests.sh" que je ne trouve pas. Est-ce normal ? Peut-on procéder autrement ? Merci d'avance, Sandra DEROZIER

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Configuration de l'outil de visualisation Tablet
by Sandra Derozier 09 Nov '12

09 Nov '12

Bonjour, Tout d'abord, je me présente : je suis Sandra DEROZIER, ingénieur en développement au sein de la plateforme MIGALE du centre INRA de Jouy-en-Josas. Je suis en train de mettre en place un serveur Galaxy sur la plateforme. J'aimerais savoir si l'un(e) d'entre vous a configuré l'outil de visualisation Tablet au sein de son serveur Galaxy ? Si oui, aurait-il(elle) un lien vers une documentation à me fournir afin de connaitre la démarche à suivre. Merci d'avance, Sandra DEROZIER

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Libraries galaxy et gestion des permissions
by Fabien Mareuil 30 Oct '12

30 Oct '12

Bonjour à tous, J'aimerai savoir si l'un de vous a déjà utilisé l'API galaxy pour créer une library galaxy et surtout pour manager ces permissions. Merci pour votre réponse, Fabien -- Fabien Mareuil | Centre d'Informatique pour la Biologie fabien.mareuil(a)pasteur.fr | Institut Pasteur 25,28 rue du Docteur Roux 75015 Paris, France

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Utilisation d'Apache en proxy de Galaxy: mod_rewrite versus mod_proxy
by Christophe Antoniewski 18 Oct '12

18 Oct '12

Bonjour, Les guide-lines pour la configuration d'Apache en proxy de Galaxy sont d'utiliser le module mod_rewrite et les règles indiquées dans le wiki des galaxy développeurs. Je me demande pourquoi la solution proxypass et proxyreversepass n'est pas utilisée. L'un(e) d'entre vous a t il (elle) essayé ? il me semble que les capacités de cache et de loadbalancing qui sont attachés à mod_proxy and co pourrait être un plus en configuration de production. Je n'ai pas fait l'essai sur galaxy, mais entre mod_proxy et mod rewrite comme système de reverse proxy sur d'autres applications comme par exemple redmine, il n'y a pas photo: mod_proxy en version apache 2.2 est clairement plus performant sur nos machines qu'un rewrite [P]. Any input appreciated ! Chris -- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biolologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org

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Installation d'une version locale du toolshed
by Moncuquet, Philippe (CMIS, Acton) 15 Oct '12

15 Oct '12

Bonjour a tous, Je suis pas sur que soumettre ce probleme a la communaute francaise soit plus efficace que de le faire avec la communaute anglaise mais travaillant 100% en environnement anglais ca fait du bieb de pouvoir s'exprimer sur son travail en francais. Je suis responsable d'un pilote galaxy de production, le serveur abrite une version de production et une version de developpement. Je suis dependant des ITs pour une partie de la maiNtenance de ces serveurs (et oui je ne suis qu'un faible biologiste trempant ses mains dans le cambouis de la bioinformatique). Pour divers raisons techniques j'ai egalement installer une version locale sur mon propre ordinateur afin de pouvoir jouer aveca volonte. J'ai pas de probleme pour installer differents outils venant du toolshed (enfin si mais rien d'insurmontable). J'essaye actuellement d'installer une version locale du toolshed et j'ai vraiment du mal avec ca, j'ia essaye de suivre les informations trouvees ici http://wiki.g2.bx.psu.edu/HostingALocalToolShed#Hosting_your_own_local_tool… et la http://www.agapow.net/science/bioinformatics/galaxy/setting-up-a-galaxy-too… mais certaines choses m'echappent et il ne se passe rien qund je lance le script de demarrage du toolshe, ou plutot le processus est tue en raison d'une erreur que je ne comprends pas. Voir ci dessous. Est ce que certain d'entre vous pourrez partager leur experience a ce sujet et eventuellemt m'indiquer ou chercher pour regler ce probleme. Merci d'avance. Philippe ###############community_webapp.log /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/lib/galaxy/__init__.py:79: UserWarning: Module markupsafe was already imported from /usr/lib/python2.7/dist-packages/markupsafe/__init__.pyc, but /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/MarkupSafe-0.12-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg is being added to sys.path self.check_version_conflict() python path is: /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/Fabric-1.4.2-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/ssh-1.7.14-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/Whoosh-0.3.18-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/MarkupSafe-0.12-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/pycrypto-2.5-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/python_lzo-1.08_2.03_static-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/bx_python-0.7.1_7b95ff194725-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/mercurial-2.2.3-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/amqplib-0.6.1-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/pexpect-2.4-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/SQLAlchemy-0.5.6_dev_r6498-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/Babel-0.9.4-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/Mako-0.4.1-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/WebHelpers-0.2-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/simplejson-2.1.1-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/wchartype-0.1-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/elementtree-1.2.6_20050316-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/docutils-0.7-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/WebOb-0.8.5-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/Routes-1.12.3-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/Cheetah-2.2.2-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/PasteDeploy-1.3.3-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/PasteScript-1.7.3-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/Paste-1.6-py2.7.egg, /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/lib, /usr/lib/python2.7, /usr/lib/python2.7/plat-linux2, /usr/lib/python2.7/lib-tk, /usr/lib/python2.7/lib-old, /usr/lib/python2.7/lib-dynload, /usr/local/lib/python2.7/dist-packages, /usr/lib/python2.7/dist-packages/PIL, /usr/lib/python2.7/dist-packages/gst-0.10, /usr/lib/python2.7/dist-packages/gtk-2.0, /usr/lib/pymodules/python2.7, /usr/lib/python2.7/dist-packages/ubuntu-sso-client, /usr/lib/python2.7/dist-packages/ubuntuone-client, /usr/lib/python2.7/dist-packages/ubuntuone-control-panel, /usr/lib/python2.7/dist-packages/ubuntuone-couch, /usr/lib/python2.7/dist-packages/ubuntuone-installer, /usr/lib/python2.7/dist-packages/ubuntuone-storage-protocol, /usr/lib/python2.7/dist-packages/wx-2.8-gtk2-unicode, /usr/lib/python2.7/dist-packages galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,937 Loading datatypes from datatypes_conf.xml galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.tabular:Vcf' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.binary:TwoBit' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.binary:Bam' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.binary:Sff' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.xml:GenericXml' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.sequence:Maf' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.sequence:Lav' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.sequence:csFasta' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,944 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.sequence:Fasta' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.sequence:Fastq' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.interval:Wiggle' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Html' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Pdf' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.sequence:Axt' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.interval:Bed' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.interval:CustomTrack' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.interval:Gtf' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.interval:Gff' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.interval:Gff3' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.tabular:Pileup' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.interval:Interval' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,945 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.tabular:Sam' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Jpg' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Png' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Tiff' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Bmp' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Gif' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Im' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Pcd' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Pcx' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Ppm' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Psd' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Xbm' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Rgb' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,946 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Pbm' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,947 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Pgm' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,947 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Xpm' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,947 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Eps' galaxy.datatypes.registry DEBUG 2012-10-15 15:46:23,947 Loaded sniffer for datatype 'galaxy.datatypes.images:Rast' galaxy.webapps.community.model.migrate.check DEBUG 2012-10-15 15:46:23,969 psycopg2 egg successfully loaded for postgres dialect Traceback (most recent call last): File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/lib/galaxy/webapps/community/buildapp.py", line 69, in app_factory app = UniverseApplication( global_conf=global_conf, **kwargs ) File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/lib/galaxy/webapps/community/app.py", line 29, in __init__ create_or_verify_database( db_url, self.config.database_engine_options ) File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/lib/galaxy/webapps/community/model/migrate/check.py", line 48, in create_or_verify_database engine = create_engine( url, **engine_options ) File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/SQLAlchemy-0.5.6_dev_r6498-py2.7.egg/sqlalchemy/engine/__init__.py", line 223, in create_engine return strategy.create(*args, **kwargs) File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/SQLAlchemy-0.5.6_dev_r6498-py2.7.egg/sqlalchemy/engine/strategies.py", line 46, in create u = url.make_url(name_or_url) File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/SQLAlchemy-0.5.6_dev_r6498-py2.7.egg/sqlalchemy/engine/url.py", line 137, in make_url return _parse_rfc1738_args(name_or_url) File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/SQLAlchemy-0.5.6_dev_r6498-py2.7.egg/sqlalchemy/engine/url.py", line 173, in _parse_rfc1738_args return URL(name, **components) File "/home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/eggs/SQLAlchemy-0.5.6_dev_r6498-py2.7.egg/sqlalchemy/engine/url.py", line 49, in __init__ self.port = int(port) ValueError: invalid literal for int() with base 10: '' Removing PID file community_webapp.pid ##############community_wsgi.ini # ---- HTTP Server ---------------------------------------------------------- [server:main] use = egg:Paste#http port = 9009 # The address on which to listen. By default, only listen to localhost (the tool shed will not # be accessible over the network). Use '0.0.0.0' to listen on all available network interfaces. #host = 0.0.0.0 host = 127.0.0.1 use_threadpool = true threadpool_workers = 10 [filter:proxy-prefix] use = egg:PasteDeploy#prefix prefix = /toolshed # ---- Galaxy Webapps Community Interface ------------------------------------------------- [app:main] filter-with = proxy-prefix cookie_path = /toolshed # Specifies the factory for the universe WSGI application paste.app_factory = galaxy.webapps.community.buildapp:app_factory log_level = DEBUG # Database connection database_file = /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/database/community.sqlite # You may use a SQLAlchemy connection string to specify an external database instead #database_connection = postgres:///community_test?host=/var/run/postgresql database_connection = postgres://galaxy:password@http:/127.0.0.1:9009/galaxy_toolshed # Where dataset files are saved file_path = /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/database/community_files # Temporary storage for additional datasets, this should be shared through the cluster new_file_path = /home/mon13m/Galaxy-local/galaxy-dist/database/tmp # Session support (beaker) use_beaker_session = True session_type = memory session_data_dir = %(here)s/database/beaker_sessions session_key = galaxysessions session_secret = changethisinproduction # Galaxy session security id_secret = changethisinproductiontoo # Configuration for debugging middleware debug = true use_lint = false # NEVER enable this on a public site (even test or QA) # use_interactive = true # this should be a comma-separated list of valid Galaxy users # admin_users = # Force everyone to log in (disable anonymous access) require_login = False # path to sendmail sendmail_path = /usr/sbin/sendmail # For use by email messages sent from the tool shed #smtp_server = smtp.your_tool_shed_server #email_from = your_tool_shed_email@server # The URL linked by the "Support" link in the "Help" menu. #support_url = http://wiki.g2.bx.psu.edu/Support # Write thread status periodically to 'heartbeat.log' (careful, uses disk space rapidly!) ## use_heartbeat = True # Profiling middleware (cProfile based) ## use_profile = True # Use the new iframe / javascript based layout use_new_layout = true # Serving static files (needed if running standalone) static_enabled = True static_cache_time = 360 static_dir = %(here)s/static/ static_images_dir = %(here)s/static/images static_favicon_dir = %(here)s/static/favicon.ico static_scripts_dir = %(here)s/static/scripts/ static_style_dir = %(here)s/static/june_2007_style/blue

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Gestion d'un nombre indéfini de fichiers output / Managment of undefined outputs
by Sarah Maman 02 Oct '12

02 Oct '12

Bonjour, Je souhaiterai intégrer un script perl (script quantifier de mirdeep2) dans un nouveau tool de mon instance locale de Galaxy. Le problème est que ce script génère plusieurs outputs (fichiers images) mais le nombre d'outputs est variable d'une fois sur l'autre. Il me semble que le nombre d'outputs doit être défini et fixe dans le fichier xml du tool ? Ou existe t'il un moyen pour que le nombre d'outputs ne soit pas précisé à l'avance ? Merci d'avance pour votre aide, Sarah Maman ************** Hello, I would like to integrate a perl script (script quantifier of mirdeep2) in a new tool in my local instance of Galaxy. The problem is that this script generates several outputs (image files), but the number of outputs varies from one time to another. It seems that the number of outputs must be defined and fixed in the tool xml file ? Or is there a way to not specify the number of outputs ? Thank you in advance for your help, Sarah Maman

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