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Fwd: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS)
by Dave Clements 11 Jan '13

11 Jan '13

Hello all, Cross posting from bioinfo list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> Date: 2013/1/10 Subject: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) To: bioinfo(a)sfbi.fr CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) Poste : CDD. 1 an renouvelable jusqu'à 3 ans Localisation : Gif-sur-Yvette, France Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS Contacts : Johann Joets joets(a)moulon.inra.fr Paul Leadley paul.leadley(a)u-psud.fr Description du poste : Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs. Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes ( http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinfor…) qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS, le bioinformaticien bénéficiera également de collaborations avec les plateformes de bioinformatique d’Ile de France (Aplibio http://www.renabi.fr/platforms/aplibio/,) du projet européen Transplant (http://transplantdb.eu) et du programme Investissement d’Avenir AMAIZING (http://www.amaizing.fr/) Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Une expérience avec les données de NGS serait appréciée bien que non requise. Le poste est ouvert pour un an renouvelable deux fois (total de trois ans) Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à joets(a)moulon.inra.fr INRA - UMR de Genetique Vegetale Ferme du Moulon 91190 Gif-sur-Yvette - France tel 33169332378 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] [Emploi][CDD autre] Bioinformatics Specialist
by Dave Clements 07 Jan '13

07 Jan '13

Cross posting from Bioinfo. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: www-data <www-data(a)sfbi.mti.univ-paris-diderot.fr> Date: 2013/1/4 Subject: [bioinfo] [Emploi][CDD autre] Bioinformatics Specialist To: bioinfo(a)sfbi.fr Une nouvelle offre d'emploi vient d'être postée sur le site www.sfbi.fr Type de poste : CDD autre Intitulé du poste : Bioinformatics Specialist Ville : Montpellier Nom du contact : Rouard Mathieu Email du contact : m.rouard(a)cgiar.org Voir la description complète du poste sur http://www.sfbi.fr/content/** bioinformatics-specialist<http://www.sfbi.fr/content/bioinformatics-specialist> -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD bio-informaticien en métagénomique au CEA/IG/Genoscope
by Dave Clements 07 Jan '13

07 Jan '13

Hello all, Cross-posting from bioinfo. Bonne Année ! Dave C PS: I hope I just wished everyone a happy New Year. :-) ---------- Forwarded message ---------- From: Claudine Medigue <cmedigue(a)genoscope.cns.fr> Date: 2013/1/7 Subject: [bioinfo] CDD bio-informaticien en métagénomique au CEA/IG/Genoscope To: bioinfo(a)sfbi.fr Poste d’ingénieur bio-informaticien en métagénomique au Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques en Génomique et Métabolisme (LABGeM) Contexte : Le Genoscope (http://www.genoscope.cns.fr - Institut de Génomique du Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives) est une grande plateforme de réputation internationale dans le domaine de la génomique. A l'issue des étapes de séquençage et d'analyse primaire de l'ADN, l'exploitation biologique des données originales et massives nécessite des techniques informatiques de calcul intensif et des méthodes bioinformatiques en constante évolution. Dans le cadre de l'Infrastructure France Génomique (Investissements d'Avenir, https://www.france-genomique.**org/<https://www.france-genomique.org/>), qui vise à intégrer à l'échelon national les capacités d'analyse du génome et de traitement bio-informatique des données à haut débit ainsi générées, un poste d'Ingénieur Bio-informaticien (CDD de 18 mois à 36 mois), spécialisation métagénomique, est à pourvoir au sein du LABGeM (CEA/IG & CNRS UMR8030). Missions : - Veille technologique et mise en œuvre de programmes d’assemblage de métagénomes et de métatranscriptomes - Développement de workflows dédiés à l'analyse qualitative et quantitative de metagénomes (prédiction de gènes, comparaison de métagénomes, taxonomie) dans le cadre de la PF MicroScope (http://www.genoscope.cns.fr/**agc/microscope<http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope>) et des développements réalisés au CCRT (Centre de calcul du CEA) - Participation au développement d'une extension de la PF MicroScope dédiée à l'analyse de métagénomes/métatranscriptomes s'appuyant sur une expertise interne issue du projet SynBioWatch (http://www.genoscope.cns.fr/**synbiowatch/<http://www.genoscope.cns.fr/synbiowatch/> ). Compétences/connaissances : - Langages : Java, R, PHP - Connaissance des SGBD (Mysql, PostgreSQL) ainsi que du langage SQL et des systèmes NoSQL (MongoDB) - Maîtrise des systèmes Unix/Linux et des langages de scripts - Connaissance des outils bioinformatiques utilisés pour l'analyse des données métagénomiques - Expérience dans le domaine de l'analyse des données en métagénomique et métatranscriptomique. - Connaissance des gestionnaires de workflow bioinformatiques (e.g., Galaxy, JBPM/Drools) Durée du contrat : 18 à 36 mois Candidature : Pour postuler merci de nous faire parvenir une lettre de motivation, un CV, des copies de vos principales productions scientifiques ainsi que trois référents à scruveil(a)genoscope.cns.fr, flefevre(a)genoscope.cns.fr, et cmedigue(a)genoscope.cns.fr. Date limite de dépôt des candidatures : 31/01/2013 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Offre de stage Bioinfo Syngenta Seeds
by Dave Clements 18 Dec '12

18 Dec '12

Hello all, Forwarding from the bioinfo list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <cedric.muller(a)syngenta.com> Date: 2012/12/18 Subject: [bioinfo] Offre de stage Bioinfo Syngenta Seeds To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Une offre de stage pour un stage de 6 mois (Master2) dans l'équipe Bioinformatique de Syngenta Seeds à Toulouse. La clôture des candidatures sera à la mi-janvier. Cedric Muller TITRE: Développement de workflows sous Galaxy pour l’analyse et l’exploitation de polymorphismes par les biologistes. CONTEXTE : Syngenta Seeds est une multinationale travaillant sur de nombreuses espèces de grande culture. L’une des missions de l’équipe Bioinformatique est d’exploiter les polymorphismes potentiellement impliqués dans des caractères d’intérêt agronomique. Ce stage, basé sur le site de Syngenta Seeds de Saint-Sauveur (Toulouse Nord), s'inscrit dans le cadre de l’amélioration et le développement de workflows d’analyse de gros volumes de données. Ces outils seront développés au sein de l’équipe bioinformatique de Saint-Sauveur et mise à disposition des biologistes. Une interaction forte avec les biologistes sera nécessaire afin de répondre au mieux à leurs besoins. L’équipe bioinformatique a mis en place une plateforme afin de faciliter le développement de workflows d’analyses en vue de traiter les séquences nucléiques (Sanger, NGS, etc…). Cette plateforme nous permet d’analyser nos séquences nucléiques à grande échelle et de structurer les données analysées. L’analyse des séquences nucléiques avec différents outils (Haplotypage, SNP tagging, etc) nous permet de mettre en avant les polymorphismes SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) les plus intéressants à cibler et de formater ceux-ci au format des différentes technologies utilisées au laboratoire pour le développement de marqueurs moléculaires. Nous souhaiterions améliorer le processus existant et mettre en place une meilleure intégration avec nos bases de données internes afin de permettre le stockage des différentes analyses générées par ces outils. Le travail du stagiaire consistera à conceptualiser de nouveaux workflows d’analyses afin d’automatiser au maximum le traitement des données. Ces workflows devront être conçus afin de répondre aux traitements de données à haut débit. Ces scripts devront être mis en place en suivant les règles de développements imposées par la plateforme afin d’utiliser au mieux la grille de calcul. Enfin, le stagiaire devra former les biologistes à l’utilisation de ses workflows d’analyses. PROFIL REQUIS : - Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5 - Connaissances : Bioinformatique, Génomique végétale serait un plus - Compétences opérationnelles : langage de programmation : Perl/Python et java - Langues : Français et Anglais DESCRIPTIF DU STAGE : - Organisme : Syngenta Seeds SAS - Lieu : 12 chemin de l'hobit 31 790 Saint-Sauveur - Responsable de Stage : Cédric Muller - Durée : 4 à 6 mois minimum - Dates : A définir - Profil du stage : Bioinformatique et Bioanalyse - Date de diffusion : Décembre 2012 - Candidatures acceptées jusqu’au 14 janvier 2013 CONTACT : cedric.muller(a)syngenta.com -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Charlene ROBAST est absent(e).
by Charlene.ROBAST＠vilmorin.com 05 Dec '12

05 Dec '12

Je serai absent(e) à partir du 04/12/2012 de retour le 07/12/2012. Je répondrai à votre message dès mon retour. I will be out of my office from December 3rd to December 7th. I will be back on December 10th. Due to travelling, I will only have occasional e-mail contact. I will respond to your message when I return.

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Neighbor Joining et 8-bit bytestrings erreur
by Gauthier Jean-Pierre 05 Dec '12

05 Dec '12

Bonjour, Je ne trouve pas de solution à ce problème de codage qui arrive quand je veux faire un arbre à partir d'un alignement généré par clustal. J'ai beau convertir le fichier, rien n'y fait You must not use 8-bit bytestrings unless you use a text_factory that can interpret 8-bit bytestrings (like text_factory = str). It is highly recommended that you instead just switch your application to Unicode strings. Quelqu'un sait-il d'où vient cette erreur? Merci -- Gauthier Jean-Pierre. Bio-informatique. INRA. UMR IGEPP. Domaine de la Motte. BP. 35327. 35653 LE RHEU CEDEX. tel : 33(0)2.23.48.51.68 fax : 33(0)2.23.48.51.50 mail : Jean-Pierre.Gauthier(a)rennes.inra.fr

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Re: [Galaxy-france] upload SRA format dans galaxy
by Christophe Antoniewski 30 Nov '12

30 Nov '12

OK merci, en effet cela m'aide beaucoup ! Il ne reste plus qu'à espérer que l'EBI fasse toujours la conversion fastq, et que tous les fichiers sra soit dans EBI (je n'ai pas de contre exemple pour le moment, c'est vrai). Cela dit, entre temps j'ai regardé les échanges sur ce problème et je ne comprends pas trop pourquoi le format sra n'est pas implémenté puisque il existe un wrapper de fastq-dump sur le toolshed principal.... Un truc a du m'échapper. En attendant, vive l'EBI ! Chris Le 29 novembre 2012 23:29, saci zohra <zsaci(a)curie.fr> a écrit : > Bonsoir, > Il est possible de télécharger les données directement fastq dans Galaxy à > partir Get data puis directement sur le site de l'EBI. > J'espère que ça vous aidera > Zohra > > Le 29/11/2012 23:17, Christophe Antoniewski a écrit : > > Bonsoir, > > De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA. > Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça > me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à > downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, > puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy. > J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion > SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à > la base par le framework... > Peut-être avez vous une solution à ce petit soucis ? > > Christophe > > -- > > Christophe Antoniewski > > Drosophila Genetics and Epigenetics > Laboratoire de Biolologie du Développement > > 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 > 75252 Paris Cedex 05 > > Tel +33 1 44 27 34 39 > Fax +33 1 44 27 34 45 > Mobile +33 6 68 60 51 50 > > http://drosophile.org > > > > _______________________________________________ > Galaxy-France mailing listGalaxy-France@lists.bx.psu.eduhttp://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france > > > -- ¡ Note that my email address has changed ! ¡ Please update your records with ! ¡ *christophe.antoniewski(a)snv.jussieu.fr*<christophe.antoniewski(a)snv.jussieu.fr>! -- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biolologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org

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upload SRA format dans galaxy
by Christophe Antoniewski 29 Nov '12

29 Nov '12

Bonsoir, De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA. Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy. J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à la base par le framework... Peut-être avez vous une solution à ce petit soucis ? Christophe -- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biolologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org

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Offre de stage M2 PRO
by sandra 28 Nov '12

28 Nov '12

Bonjour, Voici une offre de stage M2 PRO. *_Contexte :_* Mathématique, Informatique et Génome (MIG) est une unité de l'INRA de Jouy-en-Josas qui regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des physico-chimistes et des biologistes autour de l'analyse des génomes. MIG héberge la plateforme bioinformatique MIGALE, qui regroupe un ensemble de ressources dédiéees à la bioinformatique. MIGALE a ainsi installé le gestionnaire de workfl ows Galaxy et cherche à y intégrer progressivement des pipelines utilisés dans l'analyse de données de type "Next-Generation Sequencing". _*Travail à réaliser :*_ Le stagiaire devra intégrer des pipelines existants ou en cours de développement dans Galaxy. Ces work flows concernent l'assemblage de données de type NGS et l'annotation de génomes bactériens. Cela implique l'intégration d'outils developpés dans le laboratoire dans Galaxy ainsi que la mise à disposition de cette intégration via le tool-shed Galaxy. Pour faciliter la communication et l'échange de données avec les autres outils du laboratoire (plateforme d'annotation de génomes Agmial, . . .), il sera envisagé d'utiliser l'API REST de GALAXY. _*Pré-requis :*_ Interêt dans les problématiques abordées : NGS, assemblage et annotation de génomes bactériens, workflows bioinformatiques. Connaissances en Python/Perl. _*Contacts :*_ * Valentin Loux : valentin.loux(a)jouy.inra.fr * Sandra Derozier : sandra.derozier(a)jouy.inra.fr _*Références :*_ * MIG http ://mig.jouy.inra.fr * MIGALE http ://migale.jouy.inra.fr * Galaxy http ://galaxyproject.org/

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[PRESENTATION] Franck Giacomoni - INRA
by fgiacomoni inra 27 Nov '12

27 Nov '12

Bonjour à tous, Affecté à l'Unité de Nutrition Humaine, sur la plate-forme d'Exploration du Métabolisme (PFEM) - INRA de Clermont-Ferrand/Theix , je m'occupe principalement des développements logiciel liés aux chaînes de traitement des données de métabolomique. Nous avons commencé à évaluer la plate-forme Galaxy pendant l'été 2012 en collaboration avec la PF CNRS ABIMS. Ne pouvant exploiter les fonctionnalités déjà fournies pour la génomique, nous développons une instance de Galaxy utilisable en analyse métabolomique avec des modules d'analyses de signaux, d'extraction de données, d'analyses statistiques, d'identification de composés chimiques et d'intégration dans les réseaux biologiques. En parallèle des modules "métiers", nous avons à réfléchir à de nouveaux formats d'entrée et de sortie. Actuellement, nous disposons d'une instance locale de Galaxy pour le développement (déployée en juin 2012) et à moyen terme, nous souhaitons mettre en place une instance locale de Galaxy de production (déploiement début 2013) et un ToolShed (juin 2013). Membre du réseau français de Métabolomique et de Fluxomique et co-fondateur du projet d'infrastructure d'avenir MEtaboHUB, la plate-forme PFEM veut jouer un rôle central dans la mise à disposition d'outils et dans le partage des développements avec sa communauté. Nos moyens en terme de temps et de personnels étant en train d'évoluer favorablement, 2013-2014 devraient voir émerger bon nombre de fonctionnalités dans le traitement des données LC-MS / GC-MS. Je suis aussi d'avis que Galaxy peut jouer un rôle dans le rapprochement des domaines de la biologie, de la chimie et de l'informatique voir des mathématiques. Une communauté française de Galaxy : j'y suis fortement favorable et je vais y oeuvrer du côté des volcans d'Auvergne. A bientôt... -- INRA - Unite de Nutrition Humaine Plate-Forme 'Exploration du Métabolisme' Biological computing & Metabolomics Franck GIACOMONI Centre de Theix 63122 SAINT GENES CHAMPANELLE FRANCE mail : franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr tel : + 33(0)4 73 62 47 72 web : http://www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme LIMS : http://pfem-lims.clermont.inra.fr/session/new

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