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Fwd: [bioinfo] Ingénieur Maturation Bioinformaticien H/F - Institut Bergonié - Bordeaux
by Dave Clements 05 Apr '13

05 Apr '13

Hello all, Cross-posting from the bioinfo list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <celine.brulard(a)gmail.com> Date: 2013/4/4 Subject: [bioinfo] Ingénieur Maturation Bioinformaticien H/F - Institut Bergonié - Bordeaux To: bioinfo(a)sfbi.fr Intitulé de poste : Ingénieur Maturation Bioinformaticien H/F Nature de l'emploi : CDD de 6 mois éventuellement renouvelable. Date de début du contrat : à partir de mai 2013 Localisation : Laboratoire VINCO « Validation et Identification de Nouvelles Cibles en Oncologie » à l’Institut Bergonié (Centre régional de Lutte Contre le Cancer de Bordeaux et du Sud-Ouest). Contexte : S.A.S au capital de 1M€, constituée par des actionnaires publics, le PRES Université de Bordeaux, l’Université de Pau et des Pays de l’Adour, le CNRS, l’INSERM et la Caisse des Dépôts et Consignations, Aquitaine Science Transfert a vocation à mettre en lumière, à l’échelle nationale et internationale, le potentiel et l’expertise universitaire de ses associés (7.000 chercheurs, 400 M€ de budget recherche cumulé) vers les PME/PMI et les grands groupes par le développement et la commercialisation des compétences et du portefeuille de titres. Grâce à une équipe pluridisciplinaire, son intervention prend la forme, pour les chercheurs et les entreprises clientes, de prestations de services (gestion de portefeuilles de PI, négociation de contrats de recherche, stimulation au transfert de technologie, incubation....) et d’investissements (détection d’inventions et de besoins du marché, maturation technique, PI et économique, licencing/cession de droits de PI, gestion de portefeuilles de licences…). La structure s’attache en Aquitaine à conforter les filières régionales (aéronautique, spatial, défense, santé, instrumentation…) et l’émergence de nouvelles, (énergie, filières vertes, économie créative…). Dans cette perspective, elle recherche un(e) ingénieur(e) en bioinformatique dédié(e) à l’analyse bioinformatique de résultats de séquençage d’ARN au sein de l’équipe « Génétique et Biologie des Sarcomes », Inserm U916, Institut Bergonié, Bordeaux Situation du poste : En tant qu’Ingénieur Maturation, vous contribuerez à l’analyse bioinformatique de séquences d’ARN issues de séquençage NGS dans le cadre du développement d’une signature moléculaire pronostique de la survenue de métastases dans des cancers de type sarcome. Ce type de projets fournit une passerelle de qualité pour un jeune ingénieur soucieux de valoriser ses compétences et d’évoluer vers le milieu industriel. Mission principale : Sous la responsabilité du chef de projet d’Aquitaine Sciences Transfert et du responsable scientifique du projet vous participez au transfert technologique d’une signature moléculaire pronostique de la survenue de métastases dans des cancers de type sarcome. Vous travaillerez dans l’environnement d’une équipe projet qui vous fournira l’accompagnement et les moyens nécessaires à la réalisation de votre mission. Activité principales : 1) Développement d’outils permettant l’analyse et la gestion de données issues du séquençage haut débit, 2) Application de méthodes statistiques et bioinformatique pour l’analyse de données génomiques et transcriptomiques (RNASeq), 3) Proposer des solutions adaptées à la problématique de l’analyse des ARN extraits de blocks de tumeurs FFPE, 4) Rendu du résultat des projets analysés, 5) Veille scientifique et technique pour l’analyse du séquençage haut débit 6) Assurer le lien entre l’analyse bioinformatique et les biologistes Champ relationnel du poste en interne : Chef de projet AST Responsable scientifique Equipe de recherche impliquée (biologistes et bioinformaticien) Champ relationnel du poste en externe : Collaborateur scientifiques et médicaux Fournisseurs Niveau de qualification : Master 2 en bioinformatique/diplôme d’ingénieur ou équivalent en bioinformatique avec une première expérience en Next Generation Sequencing. Compétences : Savoirs : Solide expérience en analyse bioinformatique de données NGS, Maîtrise écrite et orale de l’anglais, Des connaissances biologiques en séquençage NGS seront un plus. Savoir-faire : Maitriser les outils d’analyse de données NGS (BWA, BOWTY2, Samtools, FASTQC, etc...), Maitriser l’environnement informatique Linux, Maitriser un ou plusieurs langages communément utilisés en bioinformatique (perl, python, shell, etc....), Maitriser les analyses statistique et bioinformatique avec R et bioconductor, Connaissance de l’environnement Galaxy, Connaissance des langages de programmation objet (java, C++). Savoir-être : Autonomie, disponibilité et apprécier le travail en équipe, Réactivité, rigueur, discrétion, Grand sens de l’organisation, Bon relationnel, être à l’écoute, Capacité d’adaptation. Rémunération : Fonction de l’expérience du candidat Candidature : Merci d’adresser votre candidature (CV + lettre de motivation), soit par mail : recrutement(a)ast-innovations.com ou par courrier : Aquitaine Science Transfert Centre Condorcet 162 avenue Albert Schweitzer 33600 Pessac -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2013 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) Registration and Abstract Submission are Now Open
by Dave Clements 15 Mar '13

15 Mar '13

Dear Galaxy-France Community, We are pleased to announce that early registration<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register> and paper and poster abstract submission<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts> are now open for the 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013)<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013> . GCC2013 will be held 30 June through July 2 in Oslo Norway, at the University of Oslo <http://uio.no/>. GCC2013 <http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013> is an opportunity to participate in two full days of presentations, discussions, poster sessions, keynotes, lightning talks and breakouts, all about high-throughput biology and the tools that support it. The conference also includes a Training Day<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay> for the second year in a row, this year with more in-depth topic coverage, more concurrent sessions, and more topics. If you are a biologist or bioinformatician performing or enabling high-throughput biological research, then please consider attending. GCC2013 is aimed at: - Bioinformatics tool developers and data providers - Workflow developers and power bioinformatics users - Sequencing and Bioinformatics core staff - Data archival and analysis reproducibility specialists *Early registration <http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register>* *saves up to 75% off regular registration costs,* and is very affordable, with combined registration (Training Day<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay> + main meeting) starting at ~ €95 for post-docs and students. Registering early also assures you a spot in the Training Day workshops you want to attend. Once a Training Day session becomes full, it will be closed to new registrations. Early registration closes 24 May. *Abstract submission<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts> * for oral presentations closes 12 April, and for posters on 3 May. Please consider presenting your work. If you are working with big biological data, then the people at this meeting want to hear about your work. Thanks, and hope to see you in Oslo! The GCC2013 Organizing Committee<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Organizers> PS: And please help get the word out<http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Promotion>, especially to any Europe based organizations that we are not reaching. -- http://galaxyproject.org/GCC2013 <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: Galaxy Community Conference 2013 (GCC2013) Les inscriptions et soumissions d'articles sont ouvertes
by Dave Clements 15 Mar '13

15 Mar '13

Hello all, Many thanks to Alban Lermine for translating and posting this to the SFBI list. And many thanks to Valérie Cognat and Alexandra Louis for telling me the key to SFBI is to post in *plain text.* And finally, thanks to Hans-Rudolf Hotz for distributing this in Switzerland. I have said this before, but it bears repeating: You are a great community to work with. Thanks, Dave C. ---------- Forwarded message ---------- From: alermine <alban.lermine(a)curie.fr> Date: 2013/3/15 Subject: Galaxy Community Conference 2013 (GCC2013) Les inscriptions et soumissions d'articles sont ouvertes To: "bioinfo(a)sfbi.fr" <bioinfo(a)sfbi.fr> Cc: Dave Clements <clements(a)galaxyproject.org> Bonjour à tous, Nous sommes heureux de vous annoncer que les inscriptions et soumissions (présentation orale et poster) sont maintenant ouvertes pour la Galaxy Community Conference 2013 (GCC2013) qui se tiendra du 30 Juin au 2 Juillet 2013 à l'Université d'Oslo (Norvège). Cette conference est l'occasion de participer à 2 journées de présentations (orales et posters) et de discussions autour des technologies haut débit en biologie et des outils utilisés dans ce cadre. Une journée de formation est aussi prévue (pour la seconde année consécutive), avec cette année plus de sujets abordés et plus en profondeur. Si vous êtes biologiste ou bioinformaticien travaillant avec des technologies haut débit, inscrivez vous! La GCC2013 vise à rassembler: Les développeurs d'outils bioinformatiques et les fournisseurs de données Les développeurs de workflows et les utilisateurs de ressources bioinformatiques Toutes personnes travaillant dans le séquençage et/ou la bioinformatique Les spécialistes de l'archivage des données et de la reproductibilité des analyses Economisez jusqu'à 75% en vous inscrivant dès maintenant. Les tarifs sont très abordables, à partir de 95€ (posts docs et étudiants) pour assister à la journée de formation ainsi qu'aux deux jours de conférence. Une inscription anticipée vous assurera une place pour la session de formation qui vous interresse. En effet, le nombre d'inscription par session de formation est limité. La fin des inscriptions anticipées est programmée pour le 24 Mai. Les soumissions d'articles sont ouvertes jusqu'au 12 Avril, les soumissions pour les posters sont ouvertes jusqu'au 3 Mai. N'hésitez pas à soumettre, les personnes présentes seront intéressées par votre travail. Liens utiles: Présentation: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013 Inscription: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register Soumission: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts Formations: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay Université d'Oslo: http://www.uio.no Merci et à bientôt à Oslo! Le comité organisateur de la GCC2013 PS: Passez le mot autour de vous! ---------------------------------------------- Dear All, We are pleased to announce that early registration and paper and poster abstract submission are now open for the 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013). GCC2013 will be held 30 June through July 2 in Oslo Norway, at the University of Oslo. GCC2013 is an opportunity to participate in two full days of presentations, discussions, poster sessions, keynotes, lightning talks and breakouts, all about high-throughput biology and the tools that support it. The conference also includes a Training Day for the second year in a row, this year with more in-depth topic coverage, more concurrent sessions, and more topics. If you are a biologist or bioinformatician performing or enabling high-throughput biological research, then please consider attending. GCC2013 is aimed at: Bioinformatics tool developers and data providers Workflow developers and power bioinformatics users Sequencing and Bioinformatics core staff Data archival and analysis reproducibility specialists Early registration saves up to 75% off regular registration costs, and is very affordable, with combined registration (Training Day + main meeting) starting at ~ €95 for post-docs and students. Registering early also assures you a spot in the Training Day workshops you want to attend. Once a Training Day session becomes full, it will be closed to new registrations. Early registration closes 24 May. Abstract submission for oral presentations closes 12 April, and for posters on 3 May. Please consider presenting your work. If you are working with big biological data, then the people at this meeting want to hear about your work. Useful links: Conference: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013 Register: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Register Abstract submission: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/Abstracts Training day: http://wiki.galaxyproject.org/Events/GCC2013/TrainingDay Oslo University: http://www.uio.no Thanks, and hope to see you in Oslo! The GCC2013 Organizing Committee PS: And please help get the word out, especially to any Europe based organizations that we are not reaching. -- Alban Lermine Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie " Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer" 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84 -- http://galaxyproject.org/GCC2013 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD Ingénieur en Bioinformatique grand séquençage - Institut Curie
by Dave Clements 15 Mar '13

15 Mar '13

Hello all, Cross posting from the SFBI mailing list.. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Nicolas Servant <nservant(a)curie.fr> Date: 2013/3/14 Subject: [bioinfo] CDD Ingénieur en Bioinformatique grand séquençage - Institut Curie To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Un poste d'Ingénieur en Bioinformatique pour l'analyse des données à haut-débit est ouvert au Centre de Recherche de l'Institut Curie à Paris ( http://www.curie.fr) Le candidat travaillera au sein de la plate-forme bioinformatique de l'unité U900 de Bioinformatique et Biologie des Systèmes du Cancer (U900 INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie, http://u900.curie.fr ). Contexte : L'Institut Curie est un acteur majeur dans le traitement et la recherche contre le Cancer. Composé à la fois d’un Hôpital et d’un Centre de Recherche, l'expertise de l'Institut Curie s'étend de la recherche fondamentale au soin du patient. L’objectif du Centre de Recherche de l’Institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser ces connaissances pour améliorer le diagnostic, le pronostic, le traitement des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade. L'unité U900 compte près de 80 ingénieurs, chercheurs et étudiants en bioinformatique, biostatistiques et biologie des systèmes (mathématiciens, statisticiens, bioinformaticiens, informaticiens, biologistes, physiciens, médecins et bioanalystes). Mission : Au sein de la plate-forme bioinformatique et dans le cadre de l'initiative France Génomique, l’Ingénieur en Bioinformatique participera : - à l'implémentation et à la mise en place des chaînes de traitements de données NGS issues de différentes technologies de séquençage (Illumina, IonTorrent et SOLiD), - à la mise en place des tests, à la validation et à la maintenance des solutions d'analyses bioinformatiques. - à la mise à disposition des solutions d’analyses aux utilisateurs via l'environnement Galaxy. L’Ingénieur en Bioinformatique interviendra dans des projets de recherche fondamentale et/ou translationnelle (smallRNA-seq, ChIP-seq) ainsi que dans des approches d'analyses cliniques (re-séquencage ciblé de gènes). Profil recherché : Titulaire d’un diplôme d'ingénieur ou d’un master en bioinformatique, vous disposez des compétences suivantes : - Connaissance des principaux logiciels et méthodes de bio-informatique, en particulier ceux utilisés en génomique et pour les analyses de données NGS. - Maîtrise de l'environnement linux/unix et des outils de développement collaboratifs (SVN, etc.) - Maîtrise des langages Perl et Python. La connaissance du langage C, C++ ou R serait un plus. - Connaissances sur les bases de données (MySQL, SQL) et les technologies web - Aisance dans un environnement multidisciplinaire, goût du travail en équipe, sens du relationnel. - Curiosité scientifique, rigueur méthodologique - Avoir un bon niveau d'anglais écrit et oral. Une connaissance des approches NGS appliquées aux recherches de variants (SNPs, indels) et de l’outil Galaxy seront des atouts importants. Lieu de travail : Paris (5e) Rémunération : Selon profil et expérience Adresser vos candidatures (CV, motivation et références par courrier électronique à : bcsb61(a)curie.fr Bien Cordialement Nicolas Servant -- Nicolas Servant Plateforme de Bioinformatique Unité 900 : Institut Curie - Inserm - Mines ParisTech 26, rue d'Ulm - 75248 Paris Cedex 05 - FRANCE Email: Nicolas.Servant(a)curie.fr Tel: 01 56 24 69 85 http://bioinfo.curie.fr/ -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2013 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Galaxy Main & Test Server downtime for hardware relocation Thursday, March 14, 2013
by Jennifer Jackson 07 Mar '13

07 Mar '13

Notice Date: Thursday, March 7, 2013 Greetings Galaxy *Main* & *Test* Users, The *Galaxy* *Public* *Main Galaxy Server <http://wiki.galaxyproject.org/Main>* at *http://main.g2.bx.psu.edu* (/usegalaxy.org/) and *Test Galaxy Server <http://wiki.galaxyproject.org/Test>* at *http://test.g2.bx.psu.edu* will be *down on Thursday, March 14, while the team _/relocates core hardware /to a new server room_*. Please note that _/ALL jobs running at the time of the shutdown will be terminated/_. Once the move is complete, any terminated jobs can be easily restarted using the "re-run" function. dataset re-run The /yellow banner on //*Main*//and //*Test*//will provide updates/ (when the servers are up) as well our *@galaxyproject Twitter* posts. Don't use Twitter? See our *Twitter Wiki <http://wiki.galaxyproject.org/Galaxy%20on%20Twitter>*. *Galaxy's **Tool Shed <http://toolshed.g2.bx.psu.edu>**, **GalaxyProject.org <http://wiki.galaxyproject.org>**Wiki, and **Mailing list <http://wiki.galaxyproject.org/MailingLists>**services* will be /*unaffected*/ during this time. /Thanks for using Galaxy!!/ Galaxy team

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Galaxy February 8, 2013 Distribution & News Brief
by Jennifer Jackson 09 Feb '13

09 Feb '13

Galaxy Feb 8, 2013 Distribution & News Brief <http://wiki.galaxyproject.org/News/2013_02_08_GalaxyNewsBrief> *Complete News Brief <http://wiki.galaxyproject.org/DevNewsBriefs/2013_02_08> * *Highlights:* * /Improvements/ to our release process <http://wiki.galaxyproject.org/DevNewsBriefs/2013_02_08#Improvements_to_Rele…>. *Release tag must be used in the hg update command to upgrade*. More at *usegalaxy.org <http://wiki.galaxyproject.org/Admin/Get%20Galaxy>*. * Tool Shed /Complex repository dependencies/ <http://wiki.galaxyproject.org/DefiningRepositoryDependencies#Complex_reposi…> are introduced, streamlining core dependency use across individual tools. * Also updated in the Tool Shed: multiple repository installation, dependency installation (when defined), and many usability enhancements and fixes. * New /Bedgraph-to-bigwig/ <http://wiki.galaxyproject.org/Learn/Datatypes#BedGraph> tool plus /Filter/ tool updated. * /Workflows/ now include option to export an image and the core /Framework/ now allows more unified reference genome usage and access. * /Ten Community Pull-Requests/ incorporated, plus another contribution to the tool Shed, addressing general usability, API, tools, error handling, workflows, and more. Thanks!! * Review highlights from the latest monthly */Galaxy Update/* <http://wiki.galaxyproject.org/GalaxyUpdates> newsletter and Galaxy Project Stats <http://wiki.galaxyproject.org/Galaxy%20Project/Statistics>! * Plus bug fixes and related enhancements for visualizations, histories, workflows, and tools. *http://getgalaxy.org* *http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-dist* *http://galaxy-dist.readthedocs.org * new: $ hg clone http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy galaxy-dist upgrade: $ hg pull $ hg update release_2013.02.08 To ensure that you continue to receive updates about *Galaxy Distributions and News Briefs* <http://wiki.galaxyproject.org/DevNewsBriefs>, be sure to subscribe to the Galaxy-Announce mailing list <http://wiki.galaxyproject.org/MailingLists#The_lists>, a low-volume list dedicated to News Items <http://wiki.galaxyproject.org/News> and priority messages from the Galaxy community <http://wiki.galaxyproject.org/Community> and project core team <http://wiki.galaxyproject.org/Galaxy%20Project>. /Thanks for using Galaxy,/ The Galaxy Team <http://wiki.galaxyproject.org/Galaxy%20Team>

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Fwd: [galaxy-user] 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) Training Day: Please vote!
by Sophie Gallina 29 Jan '13

29 Jan '13

-------- Message original -------- Sujet: [galaxy-user] 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) Training Day: Please vote! Date : Mon, 28 Jan 2013 11:55:38 -0800 De : Dave Clements <clements(a)galaxyproject.org> Pour : Galaxy Announcements List <galaxy-announce(a)bx.psu.edu>, Galaxy Dev List <galaxy-dev(a)bx.psu.edu>, Galaxy User List <galaxy-user(a)bx.psu.edu> Hello all, A list of possible topics <http://bit.ly/gcc2013td> for the GCC2013 Training Day <http://bit.ly/gcc2013td> is now available at http://bit.ly/gcc2013td. Please take a few minutes to review these possibilities <http://bit.ly/gcc2013td> and *then vote for your three favorite topics* at http://bit.ly/gcc2013tdpoll* Your votes will determine not only the topics that are offered, but also which topics should be offered more than once, assigned to the larger rooms, and which ones should not be scheduled at the same time. Your vote matters. Once voting closes on 11 February, we will contact possible instructors and publish a Training Day schedule before registration opens on 22 February. *About the GCC2013 Training Day* The 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013) <http://galaxyproject.org/GCC2013> will start on 30 June with a Training Day <http://bit.ly/gcc2013td> featuring 4 parallel tracks, each with three workshops, each of which are two hours long, for a total of twelve sessions. There will be at least one complete track (3 consecutive workshops) about using Galaxy for biological research, and at least one full track on deploying and managing Galaxy instances. As always, please let us know if you have any questions. Thanks, and hope to see you in Oslo! Dave Clements, on behalf of the GCC2013 Organizing Committee * Note: You don't have to vote for exactly three topics. You can vote for fewer topics and have each vote count for more, or you can vote for more topics and have each vote count for less. Links: http://bit.ly/gcc2013td - Training Day possible topics list http://bit.ly/gcc2013tdpoll - Vote! http://galaxyproject.org/GCC2013 - Conference home page http://bit.ly/gcc2013prom - help get the word out -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Ressources Galaxy sur cloud académique
by Christophe Blanchet 23 Jan '13

23 Jan '13

Bonjour, Quelques mots pour vous présenter un service que nous proposons et qui peut intéresser la communauté Galaxy. Nous ne sommes pas des spécialistes NGS mais nous avons mis en place en 2011 une infrastructure de cloud pour la Biologie, à vocation interne dans un premier temps mais que nous ouvrons maintenant à la communauté académique. Avec cette infrastructure cloud, nous avons créé des machines virtuelles prédéfinies, des appliances, dont une concerne le portail Galaxy. En 2 mots, nous avons pré-configuré un serveur Galaxy avec les logiciels standard et le stockons sous la forme d'une appliance prête à être lancée à la demande. Vous pouvez ainsi lancer très simplement votre propre portail Galaxy sous la forme d'une machine virtuelle utilisant les ressources de notre cloud (700 coeurs, 2,5 To de mémoire). Vous vous connectez sur votre portail Galaxy de la même manière qu'un autre, simplement ce portail et cette partie de nos ressources sont dédiées à vos analyses. Pour plus d'informations, vous pouvez me contacter ou vous rendre dans la rubrique "Cloud" sur notre site web http://idee-b.ibcp.fr Cordialement Christophe Blanchet plateforme Infrastructure distribué pour la Biologie CNRS IBCP FR3302 christophe.blanchet(a)ibcp.fr

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Fwd: [bioinfo] Ingénieur en intégration de données NGS –Université Paris-Sud
by Dave Clements 18 Jan '13

18 Jan '13

Hello all, Cross-posting from bioinfo. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <daniel.gautheret(a)u-psud.fr> Date: 2013/1/18 Subject: [bioinfo] Ingénieur en intégration de données NGS –Université Paris-Sud To: bioinfo(a)sfbi.fr Un poste d'ingénieur contractuel d'une durée de 12 à 18 mois est ouvert à l'Université Paris-Sud dans le domaine de l'intégration de données de séquençage à haut débit (NGS). Mission – Dans le cadre de l'initiative France Génomique, l'ingénieur sera responsable de l'évaluation et de l'implémentation de méthodes bioinformatiques permettant d'intégrer des données de transcriptome à haut débit (RNA-seq) dans le but de mettre en évidence des réseaux d'interaction, impliquant notamment des ARN régulateurs. Le travail s'effectuera au sein de l'une des plateformes de bioinformatique de l'Université Paris-Sud, à l'Institut Gustave Roussy (Villejuif) ou l'Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay). Diplômes et salaire – Le candidat sera diplômé de master ou d'école d'ingénieur en bioinformatique. Nous pouvons considérer également les candidats de niveau doctorat désireux de s'impliquer dans des projets technologiques en bioinformatique. Le salaire est établi en fonction du niveau d'étude et d'expérience selon la grille des ingénieurs CNRS (master: IE, doctorant: IR). Compétences attendues – Très bonne maîtrise du système Unix/Linux, d'un langage de programmation (C, Java), d'un langage de scriptage (Perl ou Python)et d'un système de gestion de bases de données (MySQL, postgreSQL). Un bon niveau en statistiques, une connaissance des techniques d'analyse NGS et du gestionnaire de workflow Galaxy seront des atouts importants. Contact – Envoyer lettre et CV, à Pr. Daniel Gautheret: daniel.gautheret(a)u-psud.fr. Laboratoire: Université Paris-Sud, IGM. Bat 400. 91405 Orsay. -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Re: [Galaxy-france] [bioinfo] Offre à diffuser
by Dave Clements 14 Jan '13

14 Jan '13

Hello all, Saw this on Bioinfo. Dave C 2013/1/11 <helene.reynier-legeron(a)pasteur.fr> > Ingénieur Bio-informaticien -H/F- > > > L’Institut Pasteur, fondation privée de 2500 personnes contribue à la > prévention et au traitement des maladies, en priorité infectieuses, par la > recherche, l’enseignement et des actions de santé publique. > > Un poste d’Ingénieur bio-informaticien est à pourvoir à l’Institut Pasteur > à Paris, dans le cadre d'un programme de recherche collaboratif > public-privé. Le projet consiste à développer des stratégies et des outils > bio-informatiques pour la détection d’agents pathogènes par des > technologies de séquençage à très haut débit (NGS). Il s’agit d’un > programme pluridisciplinaire, mené par deux équipes de l’Institut Pasteur > (plate-forme de Génotypage des Pathogènes et Santé Publique et plate-forme > de Bioanalyse Génomique), en partenariat avec un partenaire privé et le > Genoscope). > > Caractéristiques du poste : CDD de 12 mois – Paris. > > Activité : > > Vous serez chargé(e) de poursuivre la conception d’un environnement > d'analyse de données issues du séquençage à très haut débit. Vous > finaliserez l'intégration des outils d'analyse bio-informatique développés > par les partenaires du projet dans le système de gestion de « workflow » > Galaxy. La mission principale aura pour objectif la conception d’une > interface web permettant de consulter les analyses déjà effectuées, les > résultats obtenus sur les échantillons traités mais aussi de lancer de > nouvelles analyses bio-informatiques. Cette interface sera en communication > avec les bases de données pour la gestion des analyses et l’interprétation > des résultats ; ces bases de données existent déjà, mais il faudra les > pérenniser et éventuellement les adapter. La quantité de données à traiter > ne cessant de croître, un important travail d'optimisation sera à réaliser. > Cela concernera le choix et l’amélioration des méthodes d’analyse, mais > aussi leur intégration dans des environnements informatique > s de calcul intensif. > > > Profil : Diplôme d’ingénieur / Master 2 en bio-informatique, ou > informatique complété par une expérience en biologie. > > Compétences: > > - Maîtrise indispensable de la programmation, notamment connaissance > des langages de scripts (Python de préférence) et de la programmation > d’interfaces web, > - Maîtrise des bases de données relationnelles (My/PgSQL), > - Connaissance des systèmes de gestion de « workflow », si possible > Galaxy, > - Maîtrise de l'environnement UNIX et des systèmes de gestion de > versions (SVN / Hg ou Git), > - Constituerait un plus : une première expérience d’utilisation de > frameworks web tels que Django, Symfony ou Play, > - Expérience dans le domaine du traitement des données NGS appréciée, > - Aptitude au travail en équipe multidisciplinaire, > - Anglais : lu et écrit. > > -------------------------------------- > Merci d’envoyer CV + lettre de motivation S/ ref : 12255LN à > recrutement(a)pasteur.fr ou Institut Pasteur, le Département Recrutement, > Formation et Développement des Compétences, 28 rue du Docteur Roux, 75724 > Paris cedex 15. > > > -- > http://www.sfbi.fr > Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo > -- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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