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123 discussions

Fwd: [Emplois_SFBI] [CDD autre] Bioinformaticien
by Dave Clements 26 Jan '17

26 Jan '17

Hi All, Cross posting this from SFBI. And hope to see you all in Montpellier <https://gcc2017.sciencesconf.org/>, Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <admin(a)sfbi.fr> Date: 2017-01-25 3:11 GMT-08:00 Subject: [Emplois_SFBI] [CDD autre] Bioinformaticien To: emplois(a)sfbi.fr Une nouvelle offre d'emploi vient d'être postée sur le site www.sfbi.fr Intitulé du poste : Bioinformaticien Type de poste : CDD autre Durée du poste : 5 mois Ville : Chappes (Clermont-Ferrand) Nom du contact : Mme Jehannin Lénaick Email du contact : lenaick.jehannin(a)biogemma.com Laboratoire : Biogemma Voir la description complète du poste sur http://www.sfbi.fr/content/bio informaticien-18 -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Re: [Galaxy-france] [bioinfo] Choisissez les sessions de formation pour la GCC2017.
by Dave Clements 13 Jan '17

13 Jan '17

Hello all, In case you were't aware of this, the 2017 Galaxy Community Conference will be in Montpellier. I'm forwarding an SFBI post from Olivier Inizan about training topic nominations. See below. However, in general, I will only send GCC2017 related emails to the Galaxy-France list if it specifically pertains to the French speaking Galaxy community. If you want to receive notice when registration and abstract submission opens, I recommend subscribing to the low volume Galaxy-Announce list: https://lists.galaxyproject.org/listinfo/galaxy-announce And I hope to see you all in Montpellier in June! Dave C 2017-01-12 0:04 GMT-08:00 <olivier.inizan(a)inra.fr>: > Bonjour à tous, > > La Galaxy Community Conférence 2017 se déroulera à Montpellier du 26 au 30 > juin prochain. > https://gcc2017.sciencesconf.org/ > > Lors de cette conférence des formations sont proposées et c'est la > communauté des utilisateurs Galaxy qui choisi les sessions. > > N'hésitez pas à proposer des sessions: > https://t.co/DkOmqELY6h > > Pour ce faire, vous pouvez vous inspirer des sessions précédentes: > - 2016 bit.ly/gcc2016noms, > - 2015 bit.ly/gcc2015vote, > - 2014 bit.ly/1s6NtMN, > - 2013 bit.ly/1i2j1gN, > > Pour le comité d'organisation, > Olivier >

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Fwd: [Emplois_SFBI] [CDD Ingénieur] Développeur d'outils bioinfor matique dans le framework Galaxy
by Dave Clements 09 Jan '17

09 Jan '17

Hello all, Cross-posting from SFBI. Happy new year, Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <admin(a)sfbi.fr> Date: 2017-01-09 8:38 GMT-08:00 Subject: [Emplois_SFBI] [CDD Ingénieur] Développeur d'outils bioinfor matique dans le framework Galaxy To: emplois(a)sfbi.fr Une nouvelle offre d'emploi vient d'être postée sur le site www.sfbi.fr Intitulé du poste : Développeur d'outils bioinformatique dans le framework Galaxy Type de poste : CDD Ingénieur Durée du poste : 24 mois Ville : Paris Nom du contact : Antoniewski Christophe Email du contact : christophe.antoniewski(a)upmc.fr Laboratoire : Plateforme de Bioinformatique ARTbio Voir la description complète du poste sur https://www.sfbi.fr/content/d% C3%A9veloppeur-doutils-bioinformatique-dans-le-framework-galaxy -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [Emplois_SFBI] [Stage] Réalisation de modules d'interoperabil ité entre la base de données OMICmDB et l'ins tance Galaxy de la Plateforme d’Exploration d u Métabolisme de l’INRA de Clermont Ferrand- Theix.
by Dave Clements 29 Dec '16

29 Dec '16

Hello all, Just saw this. Cross-posting from SFBI list. If I read this correctly (and there is no guarantee of that!), applications are due 6 January. Happy new year! / Bonne Année ! Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <admin(a)sfbi.fr> Date: 2016-12-14 1:53 GMT-08:00 Subject: [Emplois_SFBI] [Stage] Réalisation de modules d'interoperabil ité entre la base de données OMICmDB et l'ins tance Galaxy de la Plateforme d’Exploration d u Métabolisme de l’INRA de Clermont Ferrand- Theix. To: emplois(a)sfbi.fr Une nouvelle offre d'emploi vient d'être postée sur le site www.sfbi.fr Intitulé du poste : Réalisation de modules d'interoperabilité entre la base de données OMICmDB et l'instance Galaxy de la Plateforme d’Exploration du Métabolisme de l’INRA de Clermont Ferrand-Theix. Type de poste : Stage Durée du poste : 6 mois Ville : Clermont Ferrand Nom du contact : Giacomoni Franck Email du contact : franck.giacomoni(a)inra.fr Laboratoire : Plateforme d’Exploration du Métabolisme - Biological computing & Metabolomics Voir la description complète du poste sur https://www.sfbi.fr/content/r% C3%A9alisation-de-modules-dinteroperabilit%C3%A9-entre-la- base-de-donn%C3%A9es-omicmdb-et-linstance-galax -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Re: [Galaxy-france] Problem in downloading files
by Dave Clements 05 Dec '16

05 Dec '16

Hi Kazz, Forwarding to Galaxy-France. Dave C. On Fri, Dec 2, 2016 at 8:39 AM, Kazz Kawasaki <kuk2(a)psu.edu> wrote: > Hi, > > I began to use Galaxeast recently. When I uploaded SRA data using EBI SRA > for a couple of times, it worked. As my data accumulated more than 40GB, I > erased all fastq data and deleted all files to decrease the total size down > to 12.76 MB (0%). However, now I cannot upload any new data set (tried many > different data sets) since yesterday, even though it appears running, as it > says "The job is currently running." > > Please let me know what is wrong with my account. > > Thanks, > > kazz > > -- > ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ > Kazuhiko Kawasaki, PhD > Research Associate > > Department of Anthropology > Penn State University > 409 Carpenter Building > University Park, PA 16802 > > Tel: (814) 863-0032 > ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ > -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Hackathon pour les formations Galaxy - 6 et 7 Octobre 2016
by Bérénice Batut 12 Sep '16

12 Sep '16

Bonjour à tous, Nous avons commencé à travailler sur l’unification des supports de formation Galaxy : https://gist.github.com/bgruening/a54a8600c5cddca82424ad13569708c3 <https://gist.github.com/bgruening/a54a8600c5cddca82424ad13569708c3> Nous voulons rendre les formations Galaxy exceptionnelles en bioinformatique ! Mais, il y a encore beaucoup de travail à faire, en particulier pour les formations RNA-Seq, Chip-Seq, Methyl-Seq et annotation de génomes. Le 6 et 7 Octobre 2016, nous avons donc planifié un hackathon pour consolider et améliorer les supports. L’évènement est international et à distance. Nous maintiendrons une ToDo list et un fil de discussion sur GitHub : https://github.com/bgruening/training-material/issues <https://github.com/bgruening/training-material/issues> Toute contribution est la bienvenue ! N'hésitez pas à y prendre part, même pour quelques heures ! Amicalement, Bérénice et Björn, Bérénice Batut ----------------------------------------------------------------------------- PhD in Bioinformatics and Computational Biology Post-doctoral researcher in Bioinformatics ----------------------------------------------------------------------------- http://bebatut.fr <http://bebatut.fr/>

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Galaxy Hackathon IUC à distance sur le RADseq : Lundi et mardi prochain
by Yvan Le Bras 02 Mar '16

02 Mar '16

Bonsoir à tous, Un petit mail pour véhiculer l'info concernant le hackathon RADseq qui aura lieu lundi et mardi prochain. L'événement est international, le but est de proposer des outils et workflows facilitant l'analyse de données RADseq sous Galaxy, et une centralisation de la participation française s'organise à l'INRIA de Rennes grâce au support du GDR Génomique Environnementale, de l'IFB, Biogenouest et INRIA. Actuellement, une bonne dizaine de fous proposent de se réunir à Rennes pour aider lors de ces 2 jours, notamment autour des développements / mise à jour d'outils Galaxy ou de containers Docker. Toute contribution, même hors développement est la bienvenue ! N'hésitez pas à y prendre part, même pour quelques heures ! Programme prévisionnel : Un espace d'échange est dispo ici http://cesgo.genouest.org/groups/guggo/wiki/RADseqHackathon et le recensement des tâches d'intérêt sont centralisées sur un Trello ici https://trello.com/b/EfGYBOPX/hackthon-radseq Un espace visioconférence dédié pour la participation française sera mis en place via le service Rendez-vous de Renater : https://rendez-vous.renater.fr/RADseqIUCGalaxyhackathon Lundi matin 10h-12h (heure bretonne) : -Introduction à la technologie RADseq et applications en génomique des populations + cartographie génétique -Introduction à Docker -Introduction à Planemo, utilitaires en ligne de commande facilitant le développement d'outils pour Galaxy -Introduction à Bioconda, gestionnaire de dépendances désormais utilisé par Galaxy Lundi après midi et mardi toute la journée : -développement / mise à jour d'outils / pipelines Galaxy pour leRADseq -dockerisation des dépendances -test des pipelines sur des vraies données et comparaison des pipelines -pizzas -fun -... Ci-dessous le message officiel de la Galaxy team, Amicalement, Yvan March 7-8: Online IUC Contribution Fest - RADSeq Tools and Workflows A remote Contribution Fest will be held 7th and 8th of March for developers to work on Galaxy RADSeq tools . RADSeq is a cheap sequencing technology that is used by many resource-limited groups who would benefit a lot from easy-to-use galaxy tools. Indeed there has been quite some interest in analyzing RADSeq with Galaxy. Currently there is a wrapper for stacks and little more to help with RAD specific analysis (though many other galaxy tools are useful with RADs - bwa, cap3, gatk, velvet, ...). If you are interested in participating in the hackathon but not interested in actual tool development - we will assemble a list of smaller, manageable Python and JavaScript tasks to work on and certainly documentation is a chronically lacking for collections so we could use help there and no actual coding would be required. We encourage ideas or advice about how to organize this so please let us know. A core group will be available on IRC all day and we will have google hangouts across those days to organize, answer questions, and report progress. We will do our best to coordinate and make this hackathon a nice and productive experience and we would like to especially focus on working reasonable hours and discourage overnighters. All forms of contribution are welcome! -- ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Yvan Le Bras, PhD @Yvan2935 <°))))>< e-Biogenouest project http://www.e-biogenouest.org CNRS UMR 6074 IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu, 35042 Rennes Cedex tél.: +33 (0) 2 99 84 71 79 / +33 (0) 6.10.43.96.51 yvan.le_bras(a)irisa.fr

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Re: [Galaxy-france] [bioinfo] Cycle formation "Bioinfo par la pratique", MIGALE, INRA Jouy-en-Josas
by Dave Clements 27 Jan '16

27 Jan '16

Hello all, Several upcoming workshops are being offered by MIGALE this spring. See below. Dave C 2016-01-26 7:10 GMT-08:00 Sophie Schbath <sophie.schbath(a)jouy.inra.fr>: > Bonjour, > > La plateforme MIGALE vient d'ouvrir son nouveau cycle 2016 de formation > "Bioinformatique par la pratique". > > Voici la liste des modules proposés : > =================================== > > 6-7 mars : Initiation au langage R (aussi les 9-10 mai) > > 9 mars : Analyse bioinformatique de données NGS en ligne de commande > 10 mars : Traitement bioinformatique de données RNA-Seq > > 15 mars : Initiation à l'utilisation de Galaxy (aussi le 30 mai) > 16 mars : Analyse bioinfo de données NGS sous Galaxy (ou 31 mai) > 17 mars : Traitement bioinformatique de données RNA-Seq sous Galaxy > > 21-22 mars : Modélisation 3D de protéines > > 29 mars : Linux (aussi le 17 mai) > 30-31 mars : Initiation à PYTHON > 1 avril : PYTHON avancé > > 2-3-4 mai : Analyse de données métagénomiques 16S *** Nouveau module > > 18-19 mai : Initiation à PERL > 20 mai : PERL avancé > > 23-24 mai : Analyse différentielle de données RNA-Seq sous Galaxy > > 7-8-9 juin : Annotation de génomes microbiens > > > > Pour plus d'informations (planning, programme, inscriptions...) : > http://migale.jouy.inra.fr/?q=formations > > Bonne journée, > Sophie Schbath > -- > ____________________________________________________________________ > L'unite MIG se fond dans l'unite fusionnee MaIAGE au 1er janvier 2015 > --------------------------------------------------------------------- > ___ > / _ \\ ,, Sophie SCHBATH Sophie.Schbath(a)jouy.inra.fr > /=(_)=\\// Unite Mathematiques et Informatique Appliquees, > \ =(_) (O} du Genome a l'Environnement (MaIAGE) > \_____\\ .--. > /=(_)\\\ .'_\/_'. INRA - Domaine de Vilvert - Bat 233 > \____/// '. /\ .' F-78352 Jouy-en-Josas > ()) "||" Tel : +33 1 34 65 28 90 > || /\ > /\ ||//\) http://genome.jouy.inra.fr/~schbath/ > (/\\||/ http://www.ssbgroup.fr > ____________\||/____________________________________________ > > > > -- > > ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ > Pour plus de lisibilité des offres d'emploi, merci de les poster en > priorité > sur le site de la SFBI. Elles seront ainsi présentes sur le site et la > liste > > ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ > http://www.sfbi.fr > Abonnements et archives : http://listes.sfbi.fr/wws/info/bioinfo > > > -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [BBC] Computational Biology post-doctoral position available: European Institute for Systems Biology and Medicine, Lyon France
by Dave Clements 21 Dec '15

21 Dec '15

And forwarding another job posting from the BBC list. Cheers, Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Bertrand <bdemeulder(a)eisbm.org> Date: Fri, Dec 18, 2015 at 6:14 AM Subject: [BBC] Computational Biology post-doctoral position available: European Institute for Systems Biology and Medicine, Lyon France To: bbclist(a)psb.vib-ugent.be Dear all, We open a post-doctoral researcher position in Computational Biology at CNRS-EISBM in Lyon, France, in relation to the IMI-eTRIKS consortium. The subject is 'Contribution to the development of eTRIKS Galaxy tools and workflows for disease stratification and biomarker discovery from single and multiple omics datasets'. We are looking for highly motivated candidates with a PhD in sciences, computational biology, bioinformatics, computer sciences or equivalent, with a strong basis in programming (R and python), experience in omics analysis and excellent IT skills. Good communication skills in English are required, and experience with Big Data computing in a plus. More details can be found in the atached document. Please send your CV, application letter and the name of two references to Dr Charles Auffray: jobs(a)eisbm.org, mentionning the reference 'EISBM-12-15-BDM'. Don't hesitate to circulate this offer to anyone interested! Best regards, Bertrand De Meulder -- [image: EISBM logo] <http://www.eisbm.org> * Bertrand De Meulder Researcher * European Institute for Systems Biology and Medicine Campus Charles Mérieux - Université de Lyon CNRS - UCBL - ENS *E-mail:* <bdemeulder(a)eisbm.org>bdemeulder(a)eisbm.org *Office:* +33(0)4 37 28 74 41 *Office* Université Claude Bernard 3e étage plot 2 50 Avenue Tony Garnier 69366 Lyon cedex 07 France *Laboratory* LyonBioPôle - Centre d'Infectiologie 2e étage Bât. Domilyon 321 Avenue Jean Jaurès 69007 Lyon France Follow us : [image: EISBM] eisbm.org <http://www.eisbm.org> | [image: Facebook] Facebook <http://www.facebook.com/EISBM> | [image: Twitter] Twitter <http://twitter.com/EISBM_EU> <https://www.avast.com/?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-em…> Cet e-mail a été envoyé depuis un ordinateur protégé par Avast. www.avast.com <https://www.avast.com/?utm_medium=email&utm_source=link&utm_campaign=sig-em…> _______________________________________________ BBClist mailing list BBClist(a)psb.ugent.be https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/bbclist -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [BBC] bioinformatics Post-doc position for 2 years
by Dave Clements 21 Dec '15

21 Dec '15

Hello all, Cross-posting from the BBC list (for a change). Happy Holidays, Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Stephane Rombauts <strom(a)psb.vib-ugent.be> Date: 2015-12-19 4:36 GMT-08:00 Subject: [BBC] bioinformatics Post-doc position for 2 years To: bbclist(a)psb.vib-ugent.be Dear. > Comme vous le savez nous sommes toujours à la recherche d’un(e) candidat(e) pour un postDoc en bio-analyse . > Si la personne est étrangère et n’a pas séjourné en France nous pouvons lui proposer un contrat plus long >grace a un financement régional que nous avons obtenu sur le projet . in attachment position in France Roscoff (Bretagne) for a bioinformatics position for 2years if the candidate is currently not living in France. Deadline end of 2015!!! Best regards _______________________________________________ BBClist mailing list BBClist(a)psb.ugent.be https://maillist.psb.ugent.be/mailman/listinfo/bbclist -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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