- Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

Fwd: [bioinfo] Emploi CDD Ingénieur Bioinformatique - ChIP-seq France Génomique
by Dave Clements 22 Sep '14

22 Sep '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Jacques van Helden <jacques.van-helden(a)univ-amu.fr> Date: 2014-09-22 5:58 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Emploi CDD Ingénieur Bioinformatique - ChIP-seq France Génomique To: bioinfo(a)sfbi.fr ================================================================ Emploi CDD Ingénieur Bioinformatique - ChIP-seq France Génomique ================================================================ Durée : CDD 18 mois Type de poste: Ingénieur de recherche (IR) ou ingénieur d’études expérimenté (IE) Ville : Marseille Site : Plate-forme TGML du laboratoire TAGC, Marseille ( http://tagc.univ-mrs.fr/) Contact : Jacques.van-Helden(a)univ-amu.fr Date recrutement : à partir d'octobre 2014 Financement : France Génomique ===== Description du poste ===== Contexte : Ressources bioinformatiques pour l’analyse de données ChIP-seq. Dans le cadre du projet France Génomique, les plates-formes de séquençage et de bioinformatique sont chargées de mettre à la disposition des utilisateurs une collection de ressources bioinformatiques pour l’analyse des données de séquençage à haut débit ("Next Generation Sequencing"). Le présent appel se place dans le cadre de la régulation génique (WP2.6), et plus particulièrement du volet ChIP-seq. La mission générale de l’ingénieur recruté sera de développer l’accessibilité des ressources bioinformatiques pour l’analyse des données de ChIP-seq (bases de données et outils d’analyse). Ces ressources pourraient également être connectées aux autres ressources permettant d’analyser des données NGS liées à la régulation (en particulier, données RNA-seq). Le laboratoire d’accueil (TAGC) regroupe une plate-forme technologique (TGML) qui assure des services à la communauté, ainsi que des chercheurs travaillant dans différents domaines de biologie expérimentale et de bioinformatique. L’analyse de la régulation génétique est un axe transversal aux activités de recherche et aux services du TAGC, qui offrira donc un environnement humain propice au déroulement de la mission. ===== Missions ===== * recenser les outils existants ; * identifier les besoins des utilisateurs, et les manques éventuels ; * développer des interfaces conviviales pour des outils existants (en particulier, certains outils de la suite Regulatory Sequence Analysis Tools, développée au sein du laboratoire); * faciliter le déploiement des ressources bioinformatiques pour l’analyse de la régulation génétique; * développer des chaînes d'analyse combinant ces outils ; * documenter les outils et chaînes d’analyse ; * préparer du matériel de formation ; * mener une étude pilote visant à connecter des outils ChIP-seq via des Web services. ===== Profil recherché ===== Eléments requis : - Double compétence informatique / biologie (niveau Master ou thèse de doctorat). - Maîtrise du système opérateur Unix (utilisation, installation, maintenance) - Forte expérience de programmation (PERL, Python, standards d’échange de données) - Bon niveau de compréhension de l’anglais - Expérience en analyse de données à haut débit. Eléments souhaités : - Connaissance de l’environnement Galaxy (https://usegalaxy.org/) - Expérience en développement d’interfaces utilisateurs, API, pipelines d’analyse. - Capacités rédactionnelles (rédaction de documentation et matériel didactique). ===== Liens ===== France Génomique : https://www.france-genomique.org/ Plate-forme TGML : http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/tgml-facility Laboratoire TAGC : http://tagc.univ-mrs.fr/ Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) : http://www.rsat.fr/ Galaxy : https://usegalaxy.org/ -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 0

Fwd: [bioinfo] Prochains cycles d'apprentissage organisés par la plateforme Bioinfo Genotoul et l'équipe Sigenae.
by Dave Clements 05 Sep '14

05 Sep '14

Hello all, Forwarding from the SFBI list. And, by the way, there is a lot going on in France this fall, starting with ECCB on Saturday: https://wiki.galaxyproject.org/Events Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Claire Hoede <Claire.Hoede(a)toulouse.inra.fr> Date: 2014-09-05 1:28 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Prochains cycles d'apprentissage organisés par la plateforme Bioinfo Genotoul et l'équipe Sigenae. To: bioinfo(a)sfbi.fr Chers collègues, (Désolée pour les éventuels doublons.) La plateforme bioinfo Genotoul organise en collaboration avec l'équipe Sigenae plusieurs cycles d'apprentissage cet automne. Du 3 au 6 novembre 2014 : *Galaxy training days* : 4 jours indivisibles de formation aux traitements de données des séquenceurs haut débit sous environnement Galaxy. Après une initiation à l’environnement Galaxy, cette formation vous permettra d'effectuer un alignement de séquences, la recherche de polymorphisme et l'analyse de données RNA-Seq sous environnement Galaxy. Ce cycle ne nécessite aucune connaissance préalable en ligne de commande. Du 1er au 3 décembre : *RNA-Seq de novo assembly* : 2 jours et demi indivisibles consacrés à l'assemblage de novo des données de transcriptome de novo obtenues grâce aux nouvelles technologies de séquençage. Vous apprendrez comment vérifier la qualité des données et pré-traiter les lectures en conséquences, comment fonctionne un assembleur et comment l'utiliser sur ce type de données. Enfin, ce stage vous donnera des clefs pour appréhender la qualité d'un assemblage et choisir le meilleur. Du 8 au 10 décembre : *Phylogénie et évolution de séquences* : 3 journées divisibles constituées de 4 modules indépendants. Module 1 (8 déc.) : Initiation à l'alignement de séquences et à la phylogénie. Aucun pré-requis n'est nécessaire. Public visé : biologistes et bioinformaticiens souhaitant s'initier à l'analyse phylogénétique. Module 2 (9 déc.) : Présentation est mise en œuvre de différentes méthodes de construction d'arbres phylogénétiques. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences. Module 3 (10 déc. au matin) : Présentation et mise en œuvre de méthodes de phylogénomique. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences, connaître les principaux modèles évolutifs et les méthodes de constructions d'arbres phylogénétiques. Module 4 (10 déc. après-midi) : Présentation et mise en œuvre de méthodes de détection de pression de sélection. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences, connaître les principaux modèles évolutifs et les méthodes de constructions d'arbres phylogénétiques. Ces formations sont organisées sur le site de l'INRA de Toulouse Auzeville. Toutes les informations sont sur notre site web : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=10 Les tarifs sont disponibles ici : http://bioinfo.genotoul.fr/ index.php?id=115 Cordialement, Claire Hoede -- Claire Hoede INRA, MIAT & PF GenoToul Bioinfo 24 Chemin de Borde Rouge - Auzeville CS 52 627 31326 Castanet Tolosan cedex Tel : 33 (0) 5 61 28 53 05 email :Claire.Hoede@toulouse.inra.fr web :http://bioinfo.genotoul.fr -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 0

Galaxy Events in Europe This Fall - Lots of them.
by Dave Clements 26 Aug '14

26 Aug '14

Hello all, There are several Galaxy related events in Europe this fall. These events are a great way to meet other Galaxy users and developers and learn and share best practices. Events start with ECCB and then wander the continent ending in Italy in November. If you are interested in learning more about Galaxy and/or the community, then please give these a look. Date Topic/Event Venue/Location Contact September 6-10 At least one tutorial, a panel of European Public Galaxy Instances, and 5 posters <https://wiki.galaxyproject.org/Events/ECCB2014> *European Conference on Computational Biology (ECCB'14) <https://wiki.galaxyproject.org/Events/ECCB2014>*, Strasbourg, France Presenters <https://wiki.galaxyproject.org/Events/ECCB2014> September 11 *Tools integration on Galaxy <http://go4bioinformatics.genouest.org/integration-doutils-dans-la-plateform…>* This event is now full. Galaxy User Group Grand Ouest <https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo>, Rennes, France Cyril Monjeaud <https://www.e-biogenouest.org/members/1005>, Yvan Le Bras <https://www.e-biogenouest.org/members/1003> September 15 *Fourth GUGGO meeting <http://www.biogenouest.org/agenda/evenement/groupe-de-travail-des-utilisate…>* Galaxy User Group Grand Ouest <https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo>, Rennes, France Cyril Monjeaud <https://www.e-biogenouest.org/members/1005>, Yvan Le Bras <https://www.e-biogenouest.org/members/1003> September 23-25 *Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy <http://www.bioinformatica.crs4.it/next_generation_sequencing_course_with_ga…>* Cagliari, Italy CRS4 <ngs-courses(a)crs4.it> September 24 *Introduction to Galaxy - Data Manipulation and Visualisation <http://training.csx.cam.ac.uk/event/1222231>* University of Cambridge, United Kingdom Anne Pajon, Jing Su September 25 *RADseq analysis using STACKS on Galaxy <http://go4bioinformatics.genouest.org/analyse-de-donnees-de-type-rad-par-le…>* Galaxy User Group Grand Ouest <https://www.e-biogenouest.org/groups/guggo>, Rennes, France Yvan Le Bras <https://www.e-biogenouest.org/members/1003>, Cyril Monjeaud <https://www.e-biogenouest.org/members/1005> September 30 - October 2 *RNA-Seq & ChIP-Seq analysis course using Galaxy <http://www.fc3bio.fr/Analyse-des-donnees-RNA-seq-et-ChIP-seq-sequencage-hau…>* PRABI <http://www.prabi.fr/>, Lyon, France Navratil V <navratil(a)prabi.fr>., Oger C. <oger(a)prabi.fr>, Veber P. <veber(a)prabi.fr>, Deschamps C. <deschamps(a)prabi.fr>, Perriere G. <perriere(a)prabi.fr> September 30 - October 2 Galaxy Training and Demo Day <https://wiki.galaxyproject.org/Events/Switzerland2014/trainingday> Bern (Switzerland) Hans-Rudolf Hotz <https://wiki.galaxyproject.org/HansrudolfHotz> and Bjoern Gruening <https://wiki.galaxyproject.org/BjoernGruening> *(second Swiss) Galaxy Workshop <https://wiki.galaxyproject.org/Events/Switzerland2014>* SyBIT Tech Day, Bern (Switzerland) *German Galaxy Developers Day <https://wiki.galaxyproject.org/Events/Germany2014>* Freiburg (Germany) November 18-20 *Analisi dati Next Generation Sequencing con Galaxy <http://www.bioinformatica.crs4.it/training>* Cagliari, Italy CRS4 <ngs-courses(a)crs4.it> Europe does not have a monopoly on events in the coming months. There are also events in Australia and North America, See the Galaxy Events Page <https://wiki.galaxyproject.org/Events> for a complete list. Cheers / Au revoir / Ciao / Auf Wiedersehen, Dave C -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 0

Change to List Moderation Policy
by Dave Clements 21 Jul '14

21 Jul '14

Hello all, Due to an increase in Spam volume (now more than 300 messages a week), this list has a new moderation policy: You must first subscribe to the list before you can post to it. Postings by non-members will be returned to the sender. This will discourage posting by non-members (which we want to encourage), but with the previous policy, postings from non-members were getting lost in the flood (which was even more discouraging). Please let me know if you have any questions. Thanks, Dave C -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 0

Fwd: [bioinfo] 2 formations bioinfo (Galaxy et Linux) à Montpellier
by Dave Clements 10 Jul '14

10 Jul '14

Hello all, Cross posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Vincent Ranwez <vincent.ranwez(a)supagro.inra.fr> Date: 2014-07-07 2:04 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] 2 formations bioinfo (Galaxy et Linux) à Montpellier To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Deux formations en bio-informatique auront lieu à Montpellier en Février 2015. ########################################################### Formation 1 : Analyse bioinformatique de séquences sous Galaxy (9-13 Février 2015) Responsables pédagogiques : J.F. Dufayard et V. Ranwez ########################################################### Galaxy est un outil puissant qui permet de créer facilement des « pipelines » d’analyses à l’aide d’une représentation visuelle de ces pipelines. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) maîtriser les fonctionnalités de la plateforme bioinformatique Galaxy ii) savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble de traitements bioinformatiques pour analyser des données de séquences. Au-delà des aspects techniques, l’accent sera mis sur le choix des outils pertinents et de leurs paramétrages pour répondre au mieux à un besoin d’analyse. Cette formation s’appuie donc sur un large panel d’intervenants spécialistes des thématiques abordées (e.g. analyse de données NGS, annotation de séquences, prédiction de structure 3D) ########################################################### Formation 2 : Automatiser des analyses génomiques grâce aux commandes Linux et à l'écriture de scripts (16-20 Février 2015) Responsable pédagogique : V. Ranwez ########################################################### Le système d’exploitation Linux est disponible sur de nombreux ordinateurs, il offre un ensemble de commandes textuelles très puissantes qu’il est possible d’enchainer (sous forme de « script ») pour réaliser automatiquement des tâches complexes et/ou répétitives. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) connaître les commandes essentielles du système Linux, ii) savoir les utiliser pour traiter des données génomiques, iii) être capable d’utiliser un cluster de calculs pour effectuer ces traitements. iv) savoir écrire des scripts « simples » en « bash » (le langage de base de Linux) La formation vise une autonomie des stagiaires via une mise en situation lors de TP (qui constituent l’essentiel de la formation) portant sur des données/problèmes réels (e.g. manipulation de fichiers fasta, assemblage et mapping de données NGS). L’accent est mis sur les aspects techniques et la maitrise de Linux via un fort taux d’encadrement (2 ou 3 encadrants, selon les TP, pour 12 stagiaires max). ########################################################### Compléments d’informations et inscriptions ########################################################### Pour plus d’information sur ces deux formations vous pouvez consulter le site de la formation continue de Montpellier SupAgro ( http://www.supagro.inra.fr, rubrique catalogue des formations). Ces deux formations offrent un nombre de places limité, l’expérience montre qu’il est préférable de s’inscrire au plus tôt car nous sommes chaque année contraints de refuser des inscriptions afin de pouvoir garantir une pédagogie personnalisée à chaque inscrit. Pour les inscriptions ou toutes informations sur les tarifs et aspects administratifs vous pouvez contacter Y. Olivier du service formation continue de Montpellier SupAgro (olivier(a)supagro.inra.fr, 04.99.61.23.56). Pour plus d’information sur le contenu des formations vous pouvez contacter : J.F. Dufayard, jean-francois.dufayard(a)cirad.fr pour la formation Galaxy et V. Ranwez, ranwez(a)supagro.inra.fr (04 99 61 28 75) pour la formation Linux Cordialement, Vincent Ranwez Professor at Montpellier SupAgro (bat 21, campus de la Gaillarde) web site: https://sites.google.com/site/ranwez/ tel : +33 (0)4 99 61 28 75 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 0

Fwd: [bioinfo] Tutoriel « Utilisation du Cloud pour la Biologie » - NOUVELLE DATE - 19 juin 2014
by Dave Clements 07 Jun '14

07 Jun '14

Hello all, Forwarding from IFB. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: BLANCHET Christophe <Christophe.BLANCHET(a)france-bioinformatique.fr> Date: 2014-06-04 7:57 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Tutoriel « Utilisation du Cloud pour la Biologie » - NOUVELLE DATE - 19 juin 2014 To: Bioinfo <bioinfo(a)sfbi.fr> Cc: Olivier Collin <olivier.collin(a)irisa.fr>, GIBRAT Jean-François < Jean-Francois.GIBRAT(a)france-bioinformatique.fr>, LAPLAGNE Patricia < patricia.laplagne(a)france-bioinformatique.fr> Bonjour, Le tutoriel « Utilisation du Cloud pour la Biologie », prévu initialement le 18 mars à Lyon, avait été reporté à une date ultérieure. Cette nouvelle session se fera le 19 juin 2014, cependant veuillez noter qu'elle aura lieu dans les locaux de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) à Gif-sur-Yvette (en région parisienne) et non plus à Lyon. Le programme reste inchangé et nous vous le joignons pour rappel à la fin de ce mail. Il reste quelques places.En effet, pour cette nouvelle session nous avons privilégié les personnes inscrites pour la session initiale mais il y a eu quelques désistements. Si vous êtes intéressés, nous vous demandons de nous envoyer rapidement votre bulletin d'inscription par mail (détails ci-dessous). Les inscriptions seront prises dans l’ordre d’arrivée. Bien sincèrement, Christophe et Olivier. (pour le comité d'organisation) ## Date: 19 juin 2014, 9h-17h30 Lieu: Institut Français de Bioinformatique , Avenue de la Terrasse Bât 21, 91190 Gif-sur-Yvette ## Formateurs Christophe BLANCHET (IFB) Olivier COLLIN (GenOuest) Clément GAUTHEY (PRABI-IBCP) Charles LOOMIS (LAL) Cyril MONJEAUD (GenOuest) Olivier SALLOU (GenOuest) ## Programme (chaque session comprendra une partie théorique et une mise en application sur les clouds académiques en production à l'IFB, GenOuest et P2IO) 9h00: Accueil 9h30: Cloud computing: principes généraux et exemple de StratusLab (C. Loomis) 11h00: pause café 11h30: Cloud pour la biologie: exemples des clouds IDB-IBCP (C. Blanchet, C. Gauthey) et GenOuest (O. Sallou, C. Monjeaud). 13h00: repas 14h00: Exemples d’applications de cloud en NGS (Galaxy), protéomique et analyse de séquences intensive avec Hadoop MapReduce 15h30: pause café 16h00: Perspectives et cas d’usage de la salle (Tous) 17h30: fin du tutoriel ## Bulletin d’inscription à envoyer à : Christophe Blanchet <christophe.blanchet(a)ibcp.fr>, Olivier Collin <olivier.collin(a)irisa.fr> Souhaite participer au Tutoriel « Utilisation du Cloud pour la Biologie » le 19 juin 2014 à l'IFB. Civilité (Mme, M., Pr., Dr): NOM: Prénom: Email: Tél.: Statut (chercheur, ens.-cherch., thésard, postdoc, etc.) : Organisme : Fonction: Laboratoire (Nom et Sigle) : Adresse postale: -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 0

Galaxy Demo Session at ECCB'14?
by Dave Clements 27 May '14

27 May '14

Hello all, The submission deadline for the ECCB demo track is 2 June, about 10 days from now: http://www.eccb14.org/guidelines/demos Is there any interest in having a Galaxy Demo Session featuring public Galaxy Servers in Europe? (I know this is the Galaxy-France list, but it is as close to a Galaxy-Europe list as we have right now.) Demo sessions are an hour long. Here's a starting suggestion: 15 minutes: Intro to Galaxy and the Galaxy Community 3 x 15 minutes on 3 specific Galaxy servers. The intro would be presented by someone who is not doing one of the subsequent 3 presentations. The possible catch is that demo sessions cost €400. However, the Galaxy Project has some funds that it can contribute to defray the session costs. So, if - you are have a European based publicly accessible Galaxy server, - and you would be interested in presenting it at an ECCB demo session, then please let me know off-list. I'll bring everyone who is interested together and we'll see what we can put together. Thanks, Dave C PS: I have Monday, 26 May off (US holiday), but I should have email access over the weekend and Monday night. -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 1

Fwd: [bioinfo] [Emploi][CDD] Ingenieur BioInformatique hopital Necker-Enfants malades
by Dave Clements 29 Apr '14

29 Apr '14

Hello all, Cross posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Patrick Nitschke <patrick.nitschke(a)parisdescartes.fr> Date: 2014-04-28 13:48 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] [Emploi][CDD] Ingenieur BioInformatique hopital Necker-Enfants malades To: bioinfo(a)sfbi.fr Le Pôle de Biologie et Produits de Santé de l’hôpital Universitaire Necker-Enfants malades recherche un bioinformaticien (niveau BAC+5 ou école d’ingénieur) pour la mise en place d’outils diagnostiques utilisant les techniques de séquençage à haut débit. Missions : • Mise en point et mise en place des workflows d’analyse bioinformatique des données issues de séquenceurs NGS Illumina • Mise au point et mise en place des algorithmes décisionnels et des outils de validation des résultats • Participation à la définition et à l’intégration des outils développés dans le système d’information du laboratoire • Participation aux études techniques et cliniques de validation • Participation à la formation des utilisateurs finaux Durée du CDD : • 12 mois avec possibilité de transformation ultérieure en CDI Compétences requises : • Maîtrise des outils bioinformatiques du NGS • Maîtrise du système UNIX, du SGBD MySQL et du langage de script PERL • La connaissance d’un système de work-flow type Galaxy est un plus pour cette mission Environnement : • Cette mission sera menée dans un environnement multidisciplinaire. Outre les laboratoires du pôle de biologie, le bioinformaticien travaillera en interaction étroite avec le service de biostatistique et d’informatique médicale et la plate-forme bioinformatique Paris-Descartes - Imagine. Contacts : • Pr Jean-Paul Bonnefont (jean-paul.bonnefont(a)nck.aphp.fr) -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

1 0

Installation de l'outil Chip-seq SICER
by Kassam Mohamed 29 Apr '14

29 Apr '14

Bonjour à tous, j'essaie d'installer sur notre serveur Galaxy l'outil de "peak calling" de Chip-seq *SICER*. J'ai installé via le tool shed de Galaxy avec toutes les dépendances, cependant j'ai une erreur sur le répertoire des fichiers temporaires crées : > IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/NextGenSeqData/galaxy-data/database/tmp/tmpHPGhcN/input_bed_file-W200-G600-E0.01.scoreisland' Je voudrais savoir si il y a une personne qui a pu installé cet outil, et si elle peut me dire comment le faire proprement. Merci pour votre aide, Mohamed - ***************************************************** Mohamed KASSAM Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS) CNRS UMR8197 - INSERM U1024 Arabidopsis Epigenetics & Epigenomics A2E Section 3 46 rue d'Ulm 75230 PARIS CEDEX 05 FRANCE Tel: +33 1 44 32 35 69 Fax: +33 1 44 32 39 35 kassam(a)biologie.ens.fr *****************************************************

2 1

affichage du graphique de krona
by Clement Lionnet 25 Apr '14

25 Apr '14

Bonjour, J'ai téléchargé la tool krona afin de réaliser un graphique sur un assignement taxonomique. Mon problème est que lorsque j'ouvre dans galaxy le "dataset" créé par le wrapper je n'ai que les images et les données contenu par les balises html alors que normalement je doit avoir un graphique. J'ai ouvert le fichier html dans mon navigateur et il s'ouvre correctement avec le graphique. Je me demande si il est possible d'afficher le graphique de krona dans la vue galaxy? Respectueusement Clément LIONNET

1 0