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Erreur en upload...
by Julie Nocq 25 Nov '14

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Galaxy France Mailing List moved to lists.galaxyproject.org
by Dave Clements 22 Nov '14

22 Nov '14

Hello all, Yesterday Nate moved this list from the lists.bx.psu.edu domain to the lists.galaxyproject.org domain. This gives us better control over the list, including spam. We should be able to open the list to non-member posts again in a week or so. This transition should be largely transparent to you, but there are a few things to be aware of: - List sender addresses and headers will change to reflect the updated domain: from bx.psu.edu togalaxyproject.org. Existing email filters you have set up may require adjustments. - Posts from lists.galaxyproject.org could be categorized as spam until you train your filtering method. - Mailing list archives and posting functionality will be briefly inaccessible during the migration. - The prior bx.psu.edu list posting email addresses will continue to accept email, which will be forwarded to the new list addresses. Please let us know if you have any questions. Thanks, Dave C and Nate -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Galaxy Day 2014 - Ouverture des inscriptions
by Dave Clements 19 Nov '14

19 Nov '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Lermine Alban <alban.lermine(a)curie.fr> Date: 2014-11-13 9:33 GMT-08:00 Subject: [bioinfo] Galaxy Day 2014 - Ouverture des inscriptions To: "bioinfo(a)sfbi.fr" <bioinfo(a)sfbi.fr> Bonjour, Le Groupe de Travail Galaxy-IFB (http://www.ifb-galaxy.org/index.html) organise une journée d'animation autour de la plateforme Galaxy le mercredi 3 décembre à Paris (Institut Curie). Cette journée permettra à la communauté d'exposer des retours d'expériences autour de la plateforme Galaxy. Les inscriptions sont ouvertes et gratuites (limitées à 90 personnes). Le programme, le formulaire d’inscription ainsi que toutes les informations pratiques sont disponibles via l'url: http://www.ifb-galaxy.org/GALAXYDAYS2014.html La date limite des inscriptions est le 21 novembre. Le groupe de travail IFB-Galaxy, URGI, GenoToul, MIGALE, PFEM, SouthGreen, ABiMS, Institut Curie -- Alban Lermine Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie " Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer" 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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fichiers vides
by Julie Nocq 04 Nov '14

04 Nov '14

Bonjour, J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider? Merci, Julie

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fichiers vides
by julie dubois 04 Nov '14

04 Nov '14

Bonjour, Je n'ai jamais eu ce problème, mais peut-être s'agit-il d'un problème de taille de tes fichiers. S'ils sont >2Go, l'upload classique ne fonctionne pas il me semble (mais dans ce cas tes jobs devraient se mettre en rouge) As-tu essayé de les charger en mode admin non pas en faisant un upload mais en pointant vers le path où ils se trouvent ("upload from filesystem path" + dé-cocher la case "copy in galaxy"). Avantages : 1. pas de doublon sur ta machine (pas de fichier .dat créé) 2. ultra rapide à charger Julie C. > Message: 1 > Date: Mon, 3 Nov 2014 17:41:21 +0100 > From: Julie Nocq <julie.nocq(a)gmail.com> > To: galaxy-france(a)lists.bx.psu.edu > Subject: [Galaxy-france] fichiers vides > Message-ID: > <CAKHTPhNta2FfDnA=bGrbRu+y=kW_vO6HXDrunqzmnuz3xwpyrA(a)mail.gmail.com> > Content-Type: text/plain; charset="utf-8" > > Bonjour, > > J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure > et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon > compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé > (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont > vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat > sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne > fonctionne pas... Pouvez vous m'aider? > > Merci, > > Julie

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Fwd: [bioinfo] Formation en bio-informatique (Galaxy) à Montpellier en Février 2015.
by Dave Clements 31 Oct '14

31 Oct '14

Hello all, Forwarding from the SFBI list. Not sure how I missed this when it was posted. Thanks to everyone for making the French Galaxy community a vibrant one. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <ranwez(a)supagro.inra.fr> Date: 2014-10-14 7:53 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Formation en bio-informatique (Galaxy) à Montpellier en Février 2015. To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Nous organisons en Février 2015 une nouvelle édition de formation à l'utilisation de Galaxy pour l'analyse de données génomiques. ########################################################### Intitulé : Analyse bioinformatique de séquences sous Galaxy (9-13 Février 2015) Responsables pédagogiques : J.F. Dufayard et V. Ranwez ########################################################### Galaxy est un outil puissant qui permet de créer facilement des « pipelines » d’analyses à l’aide d’une représentation visuelle de ces pipelines. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) maîtriser les fonctionnalités de la plateforme bioinformatique Galaxy ii) savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble de traitements bioinformatiques pour analyser des données de séquences. Au-delà des aspects techniques, l’accent sera mis sur le choix des outils pertinents et de leurs paramétrages pour répondre au mieux à un besoin d’analyse. Cette formation s’appuie donc sur un large panel d’intervenants spécialistes des thématiques abordées (e.g. analyse de données NGS, annotation de séquences, prédiction de structure 3D) ########################################################### Compléments d’informations et inscriptions ########################################################### Pour plus d’information sur cette formations vous pouvez consulter notre affiche au format PDF (https://sites.google.com/site/ranwez/teaching) ainsi que le site de la formation continue de Montpellier SupAgro ( http://www.supagro.fr/web/pages/?idl=19&page=375&id_page=502) Cette formation offre un nombre de places limité, il est donc préférable de s’inscrire au plus tôt. Pour les inscriptions ou toutes informations sur les tarifs et aspects administratifs vous pouvez contacter Y. Olivier du service formation continue de Montpellier SupAgro (olivier(a)supagro.inra.fr, 04.99.61.23.56). Pour plus d’information sur le contenu de cette formation vous pouvez contacter : J.F. Dufayard, jean-francois.dufayard(a)cirad.fr. Cordialement, Vincent Ranwez Professor at Montpellier SupAgro (bat 21, campus de la Gaillarde) web site: https://sites.google.com/site/ranwez/ tel : +33 (0)4 99 61 28 75 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Re: [Galaxy-france] [bioinfo] Tutoriel Cloud computing pour la Biologie : 6 novembre 2014 - Rennes
by Dave Clements 13 Oct '14

13 Oct '14

Hello all, And this is coming up to. Dave C 2014-10-10 5:46 GMT-07:00 Olivier Collin <olivier.collin(a)irisa.fr>: > > Cloud computing pour la Biologie - Institut Français de Bioinformatique > Date: 6 novembre 2014, 9h30-17h30 > > L'Institut Français de Bioinformatique et la plate-forme GenOuest > organisent une formation d'initiation à l‘utilisation du cloud computing > pour l'analyse de données biologiques avec les outils usuels de > bioinformatique. > Cette formation abordera les concepts et principes généraux du cloud, > ainsi que la description des outils, des usages et de son intérêt pour la > Bioinformatique. Une partie pratique sera effectuée par les participants > sur les clouds concernés par la session (IFB-core ou Genocloud). > > L'inscription est gratuite mais obligatoire en remplissant le formulaire à > l'adresse suivante : http://registration.genouest.org/?ee=23 > Le nombre de place est limité à 30. Si le nombre de participants venait à > dépasser ce nombre, n'hésitez pas à nous écrire pour que nous puissions > planifier une autre session. > > Ce tutoriel est soutenu par l’Institut Français de Bioinformatique - IFB. > > Cordialement, > Christophe Blanchet et Olivier Collin > > > Programme : > > ## Date: 6 novembre 2014, 9h30-17h30 > Lieu: IRISA/INRIA - Campus de Beaulieu - Campus universitaire de Beaulieu > - 263 Avenue du Général Leclerc - 35000 Rennes > Salle Markov > > ## Formateurs > Christophe BLANCHET (IFB-core) > Olivier COLLIN (GenOuest) > Charles LOOMIS (LAL) > Cyril MONJEAUD (GenOuest) > Olivier SALLOU (GenOuest) > > ## Programme > (chaque session comprendra une partie théorique et une mise en application > sur les clouds académiques en production à IFB-core, GenOuest ) > > Pré-requis généraux : Venir avec un ordinateur avec un navigateur web > récent. > > > 9h00: Accueil > > 9h30: Cloud computing: principes généraux et exemple de StratusLab (C. > Loomis) > > Pré-requis : pour ceux qui le souhaiteront, il sera possible de pratiquer > StratusLab à l'aide du client en commande ligne. Pour cela il faudra que > vous ayez sur votre ordinateur le client StratusLab et les composants > nécessaires [détails installation du client StratusLab], et un navigateur > web récent. Une machine Linux ou Mac est préférée, mais une machine Windows > est acceptable. > > 11h00: pause café > > 11h30: Cloud pour la biologie: exemples des clouds IFB-core (C. Blanchet, > C. > Gauthey) et GenOuest (O. Sallou, C. Monjeaud). > > 13h00: repas > > 14h00: Exemples d’applications de cloud en NGS (Galaxy), protéomique et > analyse intensive de séquences avec Hadoop MapReduce > > Pré-requis : installer le client X2Go [détails] > > 15h30: pause café > > 16h00: Perspectives et cas d’usage de la salle (Tous) > > 17h30: fin du tutoriel > > > > > > -- > -------------------------------------------------------- > Olivier Collin - Plate-forme GenOuest > IRISA-INRIA, Campus de Beaulieu > 35042 Rennes cedex, France > Tél: +33 (0) 2 99 84 72 78 > Fax: +33 (0) 2 99 84 71 71 > > > > -- > http://www.sfbi.fr > Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo > -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Galaxy Day : 2 & 3 décembre 2014 / Appel à contributions
by Dave Clements 13 Oct '14

13 Oct '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2014-10-12 12:31 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Galaxy Day : 2 & 3 décembre 2014 / Appel à contributions To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Le Groupe de Travail Galaxy-IFB organise pour la deuxième année une animation autour de la plateforme Galaxy. Cette année, nous proposons deux journées ciblant à la fois les communautés 'bio-informaticiens' et 'utilisateurs'. Ces deux journées auront pour objectif d'exposer les retours d'expérience autour de la plateforme Galaxy de laboratoires ou plateformes, sous la forme de présentations de 20 minutes. Ces présentations cibleront - 2 décembre : des retours d'expérience d'utilisateurs souhaitant exposer/partager des usages - 3 décembre : des exposés technologiques (nouvel environnement, mise en production d'une plateforme, nouveaux usages/domaines, etc.) Si vous souhaitez soumettre une présentation, merci d'envoyer un résumé en anglais de 10/20 lignes maximum à ifb.galaxy(a)sb-roscoff.fr avant le 31 octobre, avec pour sujet [Galaxy Day]. Horaires prévisionnels: 2 décembre : 13H30-17H30 3 décembre : 9H30-17H00 Lieu : Institut Curie / Paris Vous pouvez bien sûr faire suivre ce message, notamment à vos communautés d'utilisateurs pour la première demi-journée ! Pour les membres du Groupe Galaxy IFB URGI, GenoToul, MIGALE, PFEM, SouthGreen, Institut Curie, ABiMS -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ christophe.caron(a)sb-roscoff.fr tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD Ingénieur NGS - Institut Curie
by Dave Clements 29 Sep '14

29 Sep '14

Hello all, Forwarding from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Nicolas Servant <nservant(a)curie.fr> Date: 2014-09-29 1:32 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] CDD Ingénieur NGS - Institut Curie To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Un poste d'ingénieur en Bioinformatique pour l'analyse des données à haut-débit est ouvert au Centre de Recherche de l'Institut Curie ( http://www.curie.fr) à Paris. Le candidat travaillera au sein de la plate-forme bioinformatique de l'unité U900 « Cancer et génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système » (U900 INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie, http://u900.curie.fr) Contexte : L'Institut Curie est un acteur majeur dans le traitement et la recherche contre le Cancer. Composé à la fois d’un Hôpital et d’un Centre de Recherche, l'expertise de l'Institut Curie s'étend de la recherche fondamentale au soin du patient. L’objectif du Centre de Recherche de l’Institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser ces connaissances pour améliorer le diagnostic, le pronostic, le traitement des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade. L'unité U900 compte près de 80 ingénieurs, chercheurs et étudiants en bioinformatique, biostatistiques et biologie des systèmes (mathématiciens, statisticiens, bioinformaticiens, informaticiens, biologistes, physiciens, médecins et bioanalystes). Mission : Dans le cadre du projet France Génomique, les plates-formes de bioinformatique sont chargées de mettre à la disposition des utilisateurs une collection de ressources dédiées à l'analyse de données NGS. L'ingénieur recruté sera responsable de l'évaluation et de l'implémentation des méthodes bioinformatiques permettant l’analyse de données NGS, notamment smallRNA-seq, ChIP-seq et methyl-seq. Au sein de la plate-forme bioinformatique U900, l’Ingénieur en bioinformatique participera : - à la définition des stratégies d'analyse des données de grand séquençage, - à l'implémentation et à la mise en place des chaînes de traitement d'analyses, - à la maintenance des pipelines et outils d’analyse existant, - à la valorisation et au partage des applications développées dans la communauté scientifique (packages distribués, et services en ligne) - aux analyses tertiaires des données en collaboration avec les différentes équipes utilisatrices de la plate-forme Profil recherché : Titulaire d’un diplôme d'ingénieur ou d’un master en bioinformatique, vous disposez des compétences suivantes : - Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques et/ou médicales. - Maîtrise des concepts et outils bioinformatiques appliqués à l’analyse de données NGS. - Maîtrise de l'environnement linux/unix. - Bonne connaissance d’un langage de script (Perl et/ou Python), et R (des connaissances en langage C, C++ seraient un plus). - Avoir un bon niveau d'anglais écrit et oral. - Avoir un bon sens relationnel, organisé, et consciencieux Une première expérience en analyse de données NGS ainsi qu’une connaissance de l’environnement Galaxy, seront appréciées. Lieu de travail : Paris (5 ) Rémunération : Selon profil et expérience Adresser vos candidatures (CV, motivation et références par courrier électronique à bcsb73(a)curie.fr Cordialement, -- Nicolas Servant Plateforme de Bioinformatique Unité 900 : Institut Curie - Inserm - Mines ParisTech 26, rue d'Ulm - 75248 Paris Cedex 05 - FRANCE Email: Nicolas.Servant(a)curie.fr Tel: 01 56 24 69 85 http://bioinfo.curie.fr/ -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Écolethématique Galaxy4Bioinformatics : 3 au 5 novembre 2014
by Dave Clements 22 Sep '14

22 Sep '14

Hello all, Cross posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2014-09-16 6:18 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Écolethématique Galaxy4Bioinformatics : 3 au 5 novembre 2014 To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Le groupe de travail GT-Galaxy de l'IFB, et avec un soutien financier du CNRS, propose une école thématique sur 3 jours, autour des bonnes pratiques d'intégration d'outils sous Galaxy. Cette formation s'adresse en premier lieu aux personnes ne disposant pas d'une trop forte expérience dans le domaine d'intégration d'outils sous Galaxy. Des pré-requis sont malgré tout demandés et précisés sur le formulaire de pré-inscription. L’école s’articulera autour de plusieurs ateliers : - Présentation des concepts de workflows et de l’architecture Galaxy - Intégration d’outils - « Toolshed » - L'API Galaxy La formation se déroulera sur 3 jours à Roscoff, du 3 au 5 novembre 2014. Elle sera effectué par plusieurs intervenants issus de plateformes et laboratoires utilisant Galaxy depuis maintenant quelques années. Nombre de places : 18 Participation aux frais d'inscriptions, incluant notamment les frais d'hébergement et de restauration - CNRS : gratuit - Académiques : 200 euros - Privé : 1000 euros Les frais de déplacement sont à la charge des participants. Le programme de la formation, ainsi que d'autres informations, et un formulaire de *pre-inscription* : http://galaxy4bioinformatics.sb-roscoff.fr/ Clôture des pré-inscriptions : 30 Septembre 2014 Pour le GT Galaxy -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ christophe.caron(a)sb-roscoff.fr tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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