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Fwd: [bioinfo] Cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" 2014 (INRA Jouy)
by Dave Clements 05 Feb '14

05 Feb '14

Hello all, Forwarding from the SFBI List. Dave C. ---------- Forwarded message ---------- From: Sophie Schbath <sophie.schbath(a)jouy.inra.fr> Date: 2014-02-05 Subject: [bioinfo] Cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" 2014 (INRA Jouy) To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, L'unité MIG et sa plateforme MIGALE, de l'INRA de Jouy-en-Josas, proposent un certain nombre de modules de formation dans le cadre de leur cycle 2014 "Bioinformatique par la pratique". http://migale.jouy.inra.fr/?q=formations Voici une liste de modules non encore complets : * Linux (1j) : 31 mars ou 13 mai ou 2 juin * Comparaison de séquences protéiques, recherche d'homologues dans les banques. Application à l'analyse fonctionnelle : attribution d'une fonction aux produits des gènes (2j) : 1&2 avril * Initiation à la phylogénie (2j) : 7&8 avril * Ressources Ensembl : Biomart et serveurs DAS (1j) : 9 avril * Initiation à l'utilisation de Galaxy (1j) : 16 juin * Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS) en version ligne de commande (1j) : 10 avril * Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération (NGS) sous Galaxy (1j) : 11 juin ou 17 juin * Traitement bioinformatique des données RNA-Seq (1j) : 14 mai * Analyse statistique de données RNA-Seq - Recherche des régions d'intérêt différentiellement exprimées (1j) : 15 mai * Initiation à Perl (2j) : 3&4 juin * Perl avancé (1j) : 5 juin * Recherche de motifs sur-représentés dans des séquences (1j) : 6 juin * Initiation à Python (1j) : 12 juin * Python avancé (1j) : 13 juin * Edition de métadonnées de contenu pour les textes scientifiques (1j) : 19 juin (*EXCLUSIVITE*) Les plaquettes descriptives de chacun de ces modules ainsi que les tarifs (de 150EUR à 200EURHT selon le nb de jours) et les pré-requis sont disponibles sur le site http://migale.jouy.inra.fr/?q=formations. Règlement uniquement par bon de commande. Pour toute information supplémentaire : formation.migale(a)jouy.inra.fr Cordialement, Sophie -- ___ / _ \\ ,, Sophie SCHBATH Sophie.Schbath(a)jouy.inra.fr /=(_)=\\// \ =(_) (O} Unite Mathematique, Informatique & Genome (MIG) \_____\\ .--. INRA - Domaine de Vilvert /=(_)\\\ .'_\/_'. F-78352 Jouy-en-Josas \____/// '. /\ .' Tel : +33 1 34 65 28 90 ()) "||" Fax : +33 1 34 65 29 01 || /\ /\ ||//\) http://genome.jouy.inra.fr/~schbath/ (/\\||/ http://www.ssbgroup.fr ____________\||/____________________________________________ -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Configuration Serveur Galaxy
by Antoine ROUSSELIN 09 Jan '14

09 Jan '14

Bonjour à tous, Notre structure aimerait se doter d'un serveur dédié "Galaxy" pour une installation en locale. D'après vous quelle est la meilleure configuration ? Par exemple, le société BioTeam propose : - INTEL® XEON® E5 PROCESSORS (16 CORES) - 384 GB RAM - 100GB SOLID STATE DRIVE -16TB INTEGRATED HIGH-SPEED STORAGE Merci d'avance pour votre aide Antoine

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Fwd: [bioinfo] Postdoctoral position in genomics/bio-informatics (NGS) at University of Rennes 1 (France)
by Dave Clements 08 Jan '14

08 Jan '14

Hello all, Cross posting this from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <yoann.augagneur(a)univ-rennes1.fr> Date: Wed, Jan 8, 2014 at 1:11 AM Subject: [bioinfo] Postdoctoral position in genomics/bio-informatics (NGS) at University of Rennes 1 (France) To: bioinfo(a)sfbi.fr Postdoctoral position in genomics/bio-informatics (NGS) at University of Rennes 1 (France) An 18 months-funded position is immediately available for a highly motivated postdoctoral researcher to work in the group of Brice Felden, in the school of pharmacy of the University of Rennes 1 (France). Current research in the lab (INSERM U835) includes the study of bacterial regulatory RNAs and their function. The research unit focuses on the study of Staphylococcus aureus, an opportunistic pathogen responsible for nosocomial infections. Responsibilities: The fellow will analyze NGS DNA-seq and RNA-seq data in order to study the transcriptome (with primary interested on RNA regulators) of clinical strains isolated from sepsis and septic shock and to identify the molecular primary targets of Staphylococcal regulatory RNAs (sRNAs) by pulse expression of a sRNA in knock-out strains already available in the lab. The candidate will perform de novo DNA sequencing to map RNA reads onto the genome of each clinical isolates. RNAseq data will be analyzed by differential analysis of data obtained in control conditions versus conditions miming a Staphylococcal infection. The candidate will work closely with Dr. Yoann AUGAGNEUR, an Assistant Professor in the department. He will be strongly encouraged to use Galaxy platform or to implement programs onto Galaxy platform for enhanced interaction with other members of the lab which are not familiar with the analysis of NGS data. He will benefit from the proximity of the genomic facility located on the same block. The contract can be extended based on funding available and performance Required qualifications: - A Ph.D in bioinformatics, genomics, computer science, RNA skills or other relevant fields. - Must be familiar with existing NGS toolbox (DESEQ etc…) - Research experience in the field (first-author publications) - Experience in DNA-seq and RNA-seq data - Ability to work independently Eligibility criterion: The candidate must be foreigner or must have spent at least 12 months outside the country during the last three years. Application to the position: Please send the following to both Yoann AUGAGNEUR and Brice felden: - Curriculum vitae, including the names of three references. - A brief statement describing research achievements, motivation and future research goals Contact: Dr. Yoann AUGAGNEUR : yoann.augagneur(a)univ-rennes1.fr Pr. Brice Felden : brice.felden(a)univ-rennes1.fr Lab website: http://www.biochpharma.univ-rennes1.fr/ Pubmed: - Felden B - Augagneur Y -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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2013 Galaxy Day Meeting Report
by Dave Clements 17 Dec '13

17 Dec '13

Hello all, A meeting report <http://bit.ly/1fk7qVf> (written by Olivier Inizan and Jean-François Dufayard) and all 13 presentations<http://wiki.sb-roscoff.fr/ifb/index.php/Accueil> from the 2013 Galaxy Day event are now available online. Please give them a look. The 2013 Galaxy Day was held in Paris on December 4. On behalf of all those who could not make it (like myself), I'd like to say thanks to the organizers and speakers for making this event happen, and putting this event material online Merci, Dave C -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Formation Analyse Bioinformatique de séquences pour l'amélioration des plantes
by Dave Clements 02 Dec '13

02 Dec '13

Hello all, Forwarding from SFBI list. Cheers, Dave C. ---------- Forwarded message ---------- From: Jean-François Dufayard <jean-francois.dufayard(a)cirad.fr> Date: 2013/12/2 Subject: [bioinfo] Formation Analyse Bioinformatique de séquences pour l'amélioration des plantes To: bioinfo(a)sfbi.fr Note: les dates et le lieu de formation sont compatibles avec la session "Linux & génomique 17-21 Février 2014" proposée par V. Ranwez. Site d'inscription: http://www.supagro.fr/web/pages/?idl=19&page=498&id_page=2666 Pour info, programme et supports de l'année dernière: http://www.southgreen.fr/node/3313 Thématique de la formation : informatique, biostatistique, et agriculture de précision Niveau d'entrée : Formation continue Public concerné : Formation continue Date de début de la formation : Du lundi 10 au vendredi 14 février 2014 Période de la formation : 1er Semestre Nombre d'heures de la formation : 35 OBJECTIFS DE LA FORMATION - Se familiariser avec les concepts et outils de bioinformatique appliquée au traitement des informations de séquençage massif et à l’analyse comparative des séquences biologiques. - Les intégrer dans un objectif d’amélioration des plantes. Compétences visées : - Savoir enchaîner de façon pertinente un ensemble de traitements bioinformatiques des données de séquences. - Maîtriser les fonctionnalités de la plateforme bioinformatique "Galaxy"; Pré-requis exigés : Connaissances des grands concepts de génétique moléculaire. Public visé : Professionnels du secteur des semences et de l’amélioration des plantes souhaitant acquérir une première expérience pratique en bioanalyse des données, chercheurs en biologie ou en amélioration des plantes souhaitant pouvoir valoriser efficacement leurs données de séquençage à haut débit. Des étudiants ingénieurs-agronomes en Amélioration des Plantes de Montpellier SupAgro participeront également à cette formation. Responsables pédagogiques : Dominique THIS (dominique.this(a)supagro.inra.fr) et Jean-François DUFAYARD (jean-francois.dufayard(a)cirad.fr ) -- Jean-François Dufayard CIRAD-BIOS UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales Equipe "Intégration des données" TA A-108/03 Avenue Agropolis 34398 Montpellier Cedex 5 France Tel : (33) 4 67 61 56 31 Fax : (33) 4 67 61 56 05 e-mail : jean-francois.dufayard(a)cirad.fr http://sites.google.com/site/jeanfrancoisdufayard/Home -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD Gif-sur-Yvette NGS et Variation Structurales
by Dave Clements 26 Nov '13

26 Nov '13

Hello all, Forwarding from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> Date: 2013/11/25 Subject: [bioinfo] CDD Gif-sur-Yvette NGS et Variation Structurales To: bioinfo(a)sfbi.fr CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) Poste : CDD. 2 ans renouvelable jusqu'à 3 ans Localisation : Gif-sur-Yvette, France Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS Contacts : Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr Description du poste : Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs. Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS. le (la) candidat(e) devra être titulaire d'un master minimum. Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à joets(a)moulon.inra.fr -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Journée d'animation de ReNaBi GrandOuest, le 29 novembre à Rennes - Focus sur les workflows
by Dave Clements 11 Nov '13

11 Nov '13

Hello all, Forwarding from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Audrey Bihouée <audrey.bihouee(a)univ-nantes.fr> Date: 2013/11/8 Subject: [bioinfo] Journée d'animation de ReNaBi GrandOuest, le 29 novembre à Rennes - Focus sur les workflows To: bioinfo(a)sfbi.fr * Comme chaque année la plate-forme ReNaBI-Grand Ouest organise une journée de rencontres autour d’un thème lié à la bio-informatique. Cette année, pour la 11ème édition de ces rencontres, la journée sera consacrée aux workflows en bio-informatique.* *Elle aura lieu vendredi 29 novembre sur le campus de Beaulieu (Amphithéâtre de l'INRIA/IRISA), l’inscription est gratuite mais obligatoire**. * Inscriptions : http://registration.genouest.org/?ee=13 < http://registration.genouest.org/?ee=13> *_ Programme prévisionnel_* : 09h30-10h15 Accueil des participants /Matinée/ - 10H15-11h00 : Workflows et parallélisation (François Moreews - INRA) - 11H-11h45 : Actualité Galaxy (Galaxy-IFB, GUGGO, Instances dans le GO) - 11H45-12h30 : Présentation des formations en bioinformatique en Bretagne et Pays de Loire (Christian Delamarche - Université de Rennes, Bernard Offman - Université de Nantes) 12H30-14h00 : /Déjeuner/ /Après-midi/ - 14H00-14h30 : Construction de workflows à partir de ressources annotées sémantiquement - Mobyle 2 ( Hervé Ménager - Institut Pasteur) - 14H30-15h00 : "Mon Make à moi": parallelisation, workflows et pipelines pour le NGS , tout sauf Galaxy. (Pierre Lindenbaum) - 15H00-15h30 : - 16h00-16h30 : Exemple de workflow en biologie marine (S. Goulitquer - Station Biologique de Roscoff) - "Metabomer: avant/après Galaxy" - 15H30-16h00 : Pause - 16h00-16h30 : Médecine personnalisée, Test compagnon et Recherche de Mutations Cibles (Birama N'Diaye - Génétique Moléculaire et Génomique - CHU Pontchaillou) - 16h30-17h00 : Clôture ------------------------------------------------------------------------ *Audrey Bihouee* /Plateforme Bioinformatique de Nantes - BIRD <http://cardioserve.nantes.inserm.fr/BIRD/>/ IRS UN l'institut du thorax, Inserm UMR 1087 / CNRS UMR 6291 8 Quai Moncousu BP 70721 44007 Nantes cedex 1 Tel : 33 (0)2 28 08 00 55 Fax : 33 (0)2 28 08 00 49 www.umr1087.univ-nantes.fr <http://www.umr1087.univ-nantes.fr> -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de l’esturgeon"
by Dave Clements 07 Nov '13

07 Nov '13

Forwarding from the SFBI list. Dave C. ---------- Forwarded message ---------- From: <abarre(a)u-bordeaux2.fr> Date: 2013/11/7 Subject: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de l’esturgeon" To: bioinfo(a)sfbi.fr Sujet : Première annotation du transcriptome de l’esturgeon européen (Acipenser sturio) L’esturgeon européen est une espèce en danger critique d’extinction. La dernière population sauvage vit actuellement dans le bassin versant de la Gironde. La surpêche, la destruction des zones de frayères, la construction de barrages … ont sans doute historiquement contribué au déclin de cette espèce. L’impact de la pollution des eaux et du réchauffement climatique sur la dynamique de la population n’a jamais été étudié. Ces facteurs pourraient compromettre la reconstitution des effectifs de cette espèce en Gironde et dans d’autres estuaires européens. Un ambitieux projet de recherche financé par L’Agence National de la Recherche (ANR CESA) et la région Aquitaine a été récemment lancé pour étudier la vulnérabilité et l’adaptabilité de l’esturgeon européen à la pollution, à l’hypoxie et à la l’hyperthermie (projet SturTOP). Il est prévu notamment d’étudier les réponses biologiques de larves d’esturgeon soumises à des stress multiples d’ordre chimique, thermique ou hypoxique afin de déterminer précisément leur gamme de tolérance à ces facteurs. Le séquençage et l’analyse du transcriptome des larves d’esturgeon européen doit permettre d’identifier les gènes exprimés à ce stade de développement et de caractériser les séquences traduites. Quatre échantillons de larves provenant de deux couples de géniteurs ont été soumis à un séquençage haut débit (RNA-Seq) de type Illumina GAIIx. Les séquences obtenues feront l'objet d'un assemblage ab initio car il n'existe pas de génome de référence. A la suite de cet assemblage le principal défi est d'annoter les séquences obtenues. Le stage proposé se situe dans cette dernière étape et vise à définir et mettre en place des méthodes bioinformatiques permettant de réaliser l'annotation fonctionnelle des séquences. En liaison avec les biologistes, le candidat devra analyser précisément les besoins, réaliser un cahier des charges, proposer et mettre en œuvre une solution logicielle intégrée répondant à la demande. La solution mise en œuvre pourra être intégrée sur la plateforme web GALAXY (http://galaxyproject.org/) du CBiB afin de permettre aux biologistes de visualiser et de valider les résultats obtenus. Ce stage est susceptible de faire appel aux concepts et langage de programmation suivants : base de données, python, interface web, shell script, perl. Le stage sera réalisé au sein du Centre de de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB – http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/). Cette plate-forme scientifique et technologique située sur le campus de l'Université Bordeaux Segalen (campus Carreire) est adossée à l'équipe MaBioVis du LaBRI (UMR 5800). Elle regroupe des compétences d'ingénieurs et de chercheurs entre autre dans le domaine de l'analyse de séquences NGS et de la comparaison des génomes. Durée du stage : 6 mois Début du stage : mars 2014 Rémunération : application de la convention pour la rémunération des stagiaires Laboratoire d'accueil : Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) Plateforme Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) Université Bordeaux Segalen 146 Rue Léo Saignat 33076 Bordeaux - France Les candidatures ou demandes de renseignement sont à envoyer en format électronique à: Aurélien BARRE (abarre(a)u-bordeaux2.fr) -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Galaxy Day Ouverture des inscriptions
by Dave Clements 30 Oct '13

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And, also from bioinfo. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: INIZAN Olivier <oinizan(a)versailles.inra.fr> Date: 2013/10/28 Subject: [bioinfo] Galaxy Day Ouverture des inscriptions To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Le Groupe de Travail Galaxy-IFB (http://www.ifb-galaxy.org/index.html) organise une journée d'animation autour de la plateforme Galaxy le mercredi 4 décembre à Paris (Institut Curie). Cette journée permettra à la communauté d'exposer des retours d'expériences autour de la plateforme Galaxy. Les inscriptions sont ouvertes et gratuites (limitées à 90 personnes). http://www.ifb-galaxy.org/formations_formulaire.html Un pré-programme est disponible en ligne : http://www.ifb-galaxy.org/4dec2013.html La date limite des inscriptions est le 14 novembre. Le groupe de travail IFB-Galaxy -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD - Ingénieur de Recherche, Gif-sur-Yvette
by Dave Clements 30 Oct '13

30 Oct '13

Hello all, Forwarding from the bioinfo list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> Date: 2013/10/29 Subject: [bioinfo] CDD - Ingénieur de Recherche, Gif-sur-Yvette To: bioinfo(a)sfbi.fr CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) Poste : CDD. 2 ans renouvelable jusqu'à 3 ans Localisation : Gif-sur-Yvette, France Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS Contacts : Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr Description du poste : Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs. Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS. le (la) candidat(e) devra être titulaire d'un master minimum. Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Des connaissance de base en analyse des données NGS sont demandées. Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à joets(a)moulon.inra.fr -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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