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Fwd: [bioinfo] Post-doctoral position in computational mass spectrometry at CEA Saclay (France, Paris area)
by Dave Clements 15 Apr '14

15 Apr '14

Hello all, Forwarding this from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <etienne.thevenot(a)cea.fr> Date: Tue, Apr 15, 2014 at 1:07 AM Subject: [bioinfo] Post-doctoral position in computational mass spectrometry at CEA Saclay (France, Paris area) To: bioinfo(a)sfbi.fr Innovative algorithms and software tools for spectra interpretation and structure elucidation in metabolomics Background The Laboratory for Data Analysis and Smart Systems (LADIS) at CEA (French Alternative Energies and Atomic Energy Commission) has strong expertise in processing and analysis of mass spectrometry (MS) data and has a longstanding partnership with Laboratory of Drug Metabolism (LEMM) which is specialized in LC-MS metabolomics. Together with three INRA platforms (PFEM, BMP and MetaToul at Clermont-Ferrand, Bordeaux and Toulouse, respectively), we develop the bioinformatics tools for MetaboHUB, the national infrastructure in metabolomics and fluxomics (www.metabohub.fr/en). The three main tasks are: 1) developing a Galaxy workflow for data processing, analysis and annotation (in collaboration with the French Institute for Bioinformatics), 2) building a reference database for compounds and spectra (NMR and MS) with the corresponding tools for spectra visualization, matching and interpretation, and 3) managing the data and metadata resulting from the analysis of samples from large cohorts on the four platforms. As metabolomics is increasingly used for biomarker discovery, high-throughput annotation of MS peak signals is critical. Within task 2, the development of efficient algorithms for mass spectra interpretation is tightly coupled to the building of a comprehensive database of high quality spectra. Whereas software tools exist for the determination of the chemical formula (based on mass accuracy, analysis of isotope distribution, etc.), the elucidation of de novo structures (i.e. from unknown compounds) through interpretation of fragmentation spectra (MS/MS) remains challenging due to the chemical diversity of metabolites. Such a task requires the ability to develop efficient combinatorial algorithms and interactive visualization tools in addition to a good knowledge of both the rules of ionization and fragmentation in the gas phase. Project Within the MetaboHUB project, the post holder will develop the software tools to interpret MS/MS spectra and determine the structure of previously uncharacterized compounds. He/she will work with Pr. Jean-Claude Tabet to automate the process of spectrum interpretation by 1) determining the metadata regarding spectrum acquisition to be stored in the database, 2) designing and implementing the algorithms for MS and MS/MS spectra matching, chemical structure elucidation and visualization, and 3) integrating the tools in the MetaboHUB database. In addition, the post holder will contribute to task 3 by benchmarking software tools and architecture solutions for collaborative management of the huge amount of raw and processed data generated simultaneously by the four MetaboHUB platforms. Profile The successful candidate should hold a PhD in cheminformatics, bioinformatics or computer science and have a strong understanding of organic chemistry. The candidate is expected to have experience with Java and C++, with database management systems (MySQL) and with web content management systems (jQuery). The candidate should have presented his/her Ph.D. thesis for less than two years before the starting date and should have a good record of scientific publications. Our offer 1-year contract (renewable once). Net salary: about 2200 €/month, depending on experience. Application Please send your CV and your letter of motivation to: Etienne Thévenot Laboratory for Data Analysis and Smart Systems CEA, Saclay Center, build. 565 (DRT/LIST/DM2I/LADIS) F-91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France Mail: etienne.thevenot(a)cea.fr Website: http://www-centre-saclay.cea.fr/en -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Cycle de formation "Bioinformatique Initiation" 2014 (Plateforme ABiMS / Institut Français de Bio-informatique - Grand Ouest)
by Dave Clements 10 Apr '14

10 Apr '14

Hello all, Cross-posting from SFBI list. Cheers, Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Caron <christophe.caron(a)sb-roscoff.fr> Date: 2014-04-01 5:40 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Cycle de formation "Bioinformatique Initiation" 2014 (Plateforme ABiMS / Institut Français de Bio-informatique - Grand Ouest) To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, le cycle 2014 de formation en Bio-informatique de la plateforme ABiMS est ouvert. Les cours sont dispensés par la plateforme, mais aussi par des formateurs avec qui nous collaborons. Si vous êtes intéressé(e) par l'un des modules ci-dessous, vous pouvez vous *pré-inscrire* et disposer de plus d'informations en ligne : http://abims.sb-roscoff.fr/formation * Linux initiation (1j) * Linux avancé (1j) * Linux scripting (1j) * Cluster (1j) * R Initiation (1j) * R Avancé (1j) * Galaxy initiation (1j) * Galaxy RNAseq de novo/avec référence & cleaning (2j) * Galaxy : initiation à la phylogénie (1j) Les frais d'inscriptions sont indiqués sur le site, et n'hésitez pas si vous avez des questions à envoyer un message à abims.formation(a)sb-roscoff.fr Cordialement La plateforme ABiMS -- Christophe Caron Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 - 29688 Roscoff Cedex Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/ tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77 -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Atelier Galaxy4Metabolomics - 8 JS RFMF - Lyon 19 mai 2014
by Dave Clements 10 Apr '14

10 Apr '14

Hello all, Cross-posting this from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: fgiacomoni inra <franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr> Date: 2014-04-07 1:41 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Atelier Galaxy4Metabolomics - 8 JS RFMF - Lyon 19 mai 2014 To: bioinfo(a)sfbi.fr Dans le cadre des 8ème journées scientifiques du réseau Français de Métabolomique et de Fluxomique, l'Infrastructure Nationale de Métabolomique (MetaboHUB) et l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) propose un atelier le 19 mai à 10h intitulé : "Initiation au traitement et à l'analyse des données métabolomiques sur la plateforme scientifique web Galaxy IFB-MetaboHUB." L'atelier s'adresse en priorité aux expérimentateurs souhaitant analyser leurs données ; les modules de traitement actuellement implémentés concernent uniquement les données LC-MS mais les modules d'analyses statistiques peuvent également s'étendre aux données de RMN. La participation à cet atelier nécessite des connaissances de base sur les étapes du traitement et de l'analyse des données métabolomiques. L'atelier souhaite proposer aux participants une expérience de premier niveau de la plateforme web Galaxy, apporter des connaissances sur les fonctionnalités de gestion de workflows et sur l'enchainement des étapes de traitement et d'analyse (depuis la donnée brute jusqu'à l'annotation) sur la plateforme Galaxy IFB-MetaboHUB. - Lieu et date de l'atelier : Lyon, lundi 19 mai 2014 - 10h . Salle informatique sur le site des 8 JS RFMF Campus INSA, Villeurbanne. - Durée de l'atelier : 3 h. - Inscription : https://colloque.inra.fr/8_js_rfmf_lyon_2014/Inscription - Nombre de places : limité à 34 participants. Merci d'avance pour votre participation, Les organisateurs, M. Landi, C. Duperier, M. Petera, F. Giacomoni (PF INRA PFEM) E. Thévenot (CEA, LIST) D. Jacob (PF INRA METABOLOME) M. Tremblay-Franco, JF. Martin (PF INRA AXIOM) G. Le Corguillé, M. Monsoor, S. Goulitquer, C. Caron (PF CNRS ABIMS) -- franck INRA <http://www.inra.fr> *Franck GIACOMONI* *Human Nutrition Unit - 'Metabolism Exploration Platform'* *Biological computing & Metabolomics* franck.giacomoni(a)clermont.inra.fr <mailto:franck.giacomoni@clermont.inra.fr> Tel. : +33 1 (0)4 73 62 47 72 *Centre de recherche de Clermont-Theix-Lyon* 63122 Saint Genès-Champanelle France Site web INRA <http://www.inra.fr> Site web de la PFEM <www.clermont.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme > Site web acces PFEM-LIMS <http://pfem-lims.clermont.inra.fr/session/new> -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/GCC2014 http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/

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outils dans Galaxy
by Alois GARAUD 14 Mar '14

14 Mar '14

Bonjour, Je cherche à analyser des données de séquençage de miRs. Je cherche à utiliser miRdeep2. Il est présent sur Galaxy Tool Shed (http://galaxy-contrib.genouest.org:9009/repository?repository_id=430d510d85…). Mais je n'arrive pas à l'utiliser pour mes données. Comment dois-je procéder? Merci beaucoup Aloïs ---------------------------------------------------------------- This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.

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appel à des .js dans un rendu html
by Lionel Chiron 13 Mar '14

13 Mar '14

Bonjour, pour l'intégration complète de d3.js dans les rendus html de Galaxy il me manque de savoir comment intégrer mes propres librairies js qui servent à faire les graphes d3. J'ai essayé de les mettre dans "static/scripts/viz".. puis d'y faire appel dans le code html produit.. Mais ca ne fonctionne pas .. Les appel sont transformés et notammé les deux librairies appelées sont renommées en .html.. j'imagine qu'il y a une manière plus propre de procéder non? Merci d'avance! Lionel

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outils dans Galaxy
by Lionel Chiron 13 Mar '14

13 Mar '14

Bonjour à tous, je cherche à produire des pages avec des graphes d3.js.. Quand une telle page est produite et attachée à un lien défini dans le fichier .xml au final le résultat ne contient pas le code html attendu.. Galaxy semble enlever le "header" ainsi que toutes les dépendances.. Comment faut il procéder pour que toutes les dépendances soient utilisées? Merci d'avance. Lionel

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Fwd: [bioinfo] Tutoriel « Utilisation du Cloud pour la Biologie »
by Dave Clements 04 Mar '14

04 Mar '14

Hello all, Forwarding from SFBI list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Christophe Blanchet <christophe.blanchet(a)ibcp.fr> Date: 2014-02-28 3:45 GMT-08:00 Subject: [bioinfo] Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >> To: Bioinfo <bioinfo(a)sfbi.fr> Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >> Les plateformes IDB-IBCP et GenOuest organisent une formation initiale à l 'utilisation du cloud computing pour des analyses de données biologiques avec les techniques usuelles en bioinformatique. Elle s'appuiera sur les deux clouds bioinformatiques actuellement opérationnels au niveau national: le cloud IDB à l'IBCP (Lyon, membre du PRABI) et le Génocloud à Genouest (Rennes, membre de IFB-GO). Ces deux infrastructures sont fonctionnelles depuis plusieurs années et proposent des services d'analyse à leur communauté propre d'utilisateurs. Ces clouds ont été choisis comme pilotes par l'institut Français de Bioinformatique (CNRS UMS3601) pour la préparation de son infrastructure de cloud académique. L'objectif est de former les utilisateurs, biologistes et bioinformaticiens, à l'utilisation du cloud IDB et GenoCloud comme précurseurs du futur cloud IFB. Le programme de la formation contiendra les concepts et principes généraux du cloud, ainsi que la description des outils, usages et avantages actuels pour la Bioinformatique. Une partie pratique sera effectuée par les participants sur le cloud concerné par la session (IDB ou Génocloud). L'inscription est gratuite mais obligatoire, par mail auprès des organisateurs. Le nombre de places étant limitées, les inscriptions se feront dans l'ordre d'arrivée. Ce tutoriel est soutenu par l'Institut Français de Bioinformatique - IFB. IDB-IBCP: http://idee-b.ibcp.fr GenOuest: http://www.genouest.org ## Date: 18 mars 2014, 9h-17h30 Lieu: Institut de Biologie et Chimie des Protéines, CNRS-IBCP, 7 passage du Vercors, Lyon, France ## Formateurs Christophe BLANCHET (IDB-IBCP) Olivier COLLIN (GenOuest) Clément GAUTHEY (IDB-IBCP) Charles LOOMIS (LAL) Cyril MONJEAUD (GenOuest) Olivier SALLOU (GenOuest) ## Programme (chaque session comprendra une partie théorique et une mise en application sur les clouds académiques en production à IDB-IBCP, GenOuest et P2IO) 9h00: Accueil 9h30: Cloud computing: principes généraux et exemple de StratusLab (C. Loomis) 11h00: pause café 11h30: Cloud pour la biologie: exemples des clouds IDB-IBCP (C. Blanchet, C. Gauthey) et GenOuest (O. Sallou, C. Monjeaud). 13h00: repas 14h00: Exemples d'applications de cloud en NGS (Galaxy), protéomique et analyse de séquences intensive avec Hadoop MapReduce 15h30: pause café 16h00: Perspectives et cas d'usage de la salle (Tous) 17h30: fin du tutoriel ## Bulletin d'inscription à envoyer à : Christophe Blanchet <christophe.blanchet(a)ibcp.fr>, Olivier Collin <olivier.collin(a)irisa.fr> Souhaite participer au Tutoriel << Utilisation du Cloud pour la Biologie >> le 18 mars 2014 à l'IBCP. Civilité (Mme, M., Pr., Dr): NOM: Prénom: Email: Tél.: Statut (chercheur, ens.-cherch., thésard, postdoc, etc.) : Organisme : Fonction: Laboratoire (Nom et Sigle) : Adresse postale: -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Disable seeding in BWA using Galaxy
by Thierry Grange 26 Feb '14

26 Feb '14

Bonjour à tous I would like to disable seeding when doing a sequence mapping using bwa. Apparently, this is commonly performed using the aln l option set at a value higher than the read length, and is often set at values above 1000. In Galaxy, the default option is -1 for this parameter, and it is indicated that -1 corresponds to infinity. Does that mean that seeding can be disabled using -1, and that it is disabled by default on Galaxy? I dont obtain exactly the same thing using -1 or 16000 for this parameter, even though the difference is marginal. Thanks for your insights Thierry Institut Jacques MONOD Paris

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Fwd: [bioinfo] Stage M2 Recherche : Provenance dans un système de workflows pour la bioinformatique
by Dave Clements 11 Feb '14

11 Feb '14

Hello all, Cross posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Sarah Cohen-Boulakia <Sarah.Cohen_Boulakia(a)lri.fr> Date: 2014-02-06 10:53 GMT-08:00 Subject: [bioinfo] Stage M2 Recherche : Provenance dans un système de workflows pour la bioinformatique To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Veuillez trouver ci-dessous une offre de stage de M2R pour la conception d'un module de provenance dans un système de workflows pour la bioinformatique. Cordialement, Sarah Cohen-Boulakia Sujet de stage M2 Recherche Conception d'un module de Provenance dans un système de workflow pour la bioinformatique Mots clés : plateformes d'analyses; intégration d'informations; bases de données; algorithmique (graphes) Encadrants : Sarah Cohen-Boulakia et Patrick Valduriez Lieu : Institut de Biologie Computationnelle (IBC), Montpellier (préféré) ou Laboratoire de Recherche en Informatique, Orsay Contact : cohen(a)lri.fr Contexte La taille et la quantité des données scientifiques produites et disponibles ont considérablement augmentées au cours des dernières années. En plus de devoir être stockées et gérées, la tâche la plus importante réalisée sur ces ensembles de données est leur analyse qui met en jeu une série d'outils bioinformatiques complexes et dédiés au domaine d'étude. Une telle analyse est typiquement réalisée par l'assemblage d'étapes impliquant une multitude de scripts, d'outils et d'algorithmes. Des efforts considérables ont été réalisés dans le développement de systèmes et plateformes capables de fournir un soutien à l'utilisateur lors de la conception et la gestion de telles analyses (appelés systèmes de workflows). Certains de ces systèmes ont depuis quelques années des modules de provenance, capable de garder la trace précise des lancements d'enchaînements d'outils effectués, offrant à l'utilisateur la possibilité de reproduire ses expériences bioinformatiques et d'accéder à des informations relatives à la qualité des résultats obtenus (qualité relative à la fiabilité des outils utilisés, des données prises en entrées, des types de paramètres utilisés etc.). Face à la multitude de représentations disponibles pour les données de provenance [MPB10], [ABM+09] une série de Provenance Challenges [MLA+08] [SGM11] a été organisée, débouchant sur la proposition d'un standard très général de provenance OPM, Open Provenance Model [MCF+11]. Dans ce stage on s'intéressera plus particulièrement à l'un des deux systèmes suivants : * Galaxy [GNT+10] qui est l'un des systèmes de workflows les plus utilisés par la communauté bioinformatique internationale pour analyser les données biologiques * OpenAlea [PDB+08] qui est une plateforme d'analyse, de visualisation et modélisation du fonctionnement et de la croissance de l'architecture des plantes qui compte aujourd'hui plusieurs centaines d'utilisateurs. L'Institut de Biologie Computationnelle de Montpellier a de nombreux utilisateurs et concepteurs de workflows Galaxy et OpenAlea. En fonction de la sensibilité du stagiaire, on pourra travailler sur l'un ou l'autre de ces systèmes. La problématique restant identique. L'objectif général de ce stage est de proposer un *module de provenance* capable de garder la trace précise de la composition des workflows et des exécutions (outils utilisés, paramètres et données prises en entrée et générées). Ce module devra permettre aux utilisateurs de connaître l'évolution d'un workflow : << quel module a été modifié ou ajouté entre deux versions de ce workflow ?>>, << quelles sont les différences entre deux workflows ayant le même but général (ie produisant le même type de donnée) mais ayant été conçu par deux équipes/personnes différentes >> ?... Ce module devra aussi permettre aux utilisateurs de comprendre mieux les résultats différents obtenus par les exécutions d'un même workflow (rôle du paramétrage des outils impliqués dans le workflow, rôle des données d'entrée...) [BCD+09]. Les réponses à ces questions doivent pouvoir être considérées à différents niveaux de granularité [BCD+08] en fournissant à l'utilisateur des niveaux de détails plus ou moins important selon ses souhaits pour ne pas être submergé d'informations. Travail attendu Le but de ce stage est (i) de proposer une représentation concise, expressive et capable de prendre en compte des niveaux de granularités de provenance différents des workflow de Galaxy ou Open Alea et de leurs exécutions (compatible avec les standards de provenance) et (ii) d'introduire un algorithme efficace de comparaison de ces workflows et exécutions. Plus spécifiquement, les différentes tâches attendues sont les suivantes : * Représentation des workflows (modules et les liens entre les modules), représentation des exécutions des workflows (données consommées et produites lors d'une exécution et exécution de modules), définition de la relation entre ces représentations ("models of computation"). Différents niveaux de granularité/détail devront pouvoir être considérés dans ces représentations. * Proposition d'une structure de stockage et d'un format d'échange pour les workflows et leurs exécutions * Conception et implémentation d'un algorithme de comparaison de workflows et d'exécutions à divers niveaux de granularités * Implémentation d'un module de provenance et de la fonctionnalité de différenciation des workflows et exécutions dans Galaxy ou OpenAlea Références [ABM+09] Anand, M. K., Bowers, S., McPhillips, T., & Ludäscher, B. (2009, March). Efficient provenance storage over nested data collections. In Proceedings of the 12th International Conference on Extending Database Technology: Advances in Database Technology (pp. 958-969). ACM. [BCD+09] Bao, Z., Cohen-Boulakia, S., Davidson, S. B., Eyal, A., & Khanna, S. (2009, March). Differencing provenance in scientific workflows. In Data Engineering, 2009. ICDE'09. IEEE 25th International Conference on (pp. 808-819). IEEE. [BCD+08] Biton, O., Cohen-Boulakia, S., Davidson, S. B., & Hara, C. S. (2008, April). Querying and managing provenance through user views in scientific workflows. In Data Engineering, 2008. ICDE 2008. IEEE 24th International Conference on (pp. 1072-1081). IEEE. [GNT+10] Goecks, J., Nekrutenko, A., Taylor, J., & Team, T. G. (2010). Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences. Genome Biol, 11(8), R86. [MCF+11] Moreau, L., Clifford, B., Freire, J., Futrelle, J., Gil, Y., Groth, P., & den Bussche, J. V. (2011). The open provenance model core specification (v1. 1). Future Generation Computer Systems, 27(6), 743-756. [MLA+08] Moreau, L., Ludäscher, B., Altintas, I., Barga, R. S., Bowers, S., Callahan, S., et al (2008). Special issue: The first provenance challenge. Concurrency and computation: practice and experience, 20(5), 409-418. [MPB10] Missier, P., Paton, N. W., & Belhajjame, K. (2010, March). Fine-grained and efficient lineage querying of collection-based workflow provenance. In Proceedings of the 13th International Conference on Extending Database Technology (pp. 299-310). ACM. [PDB+08] C. Pradal, S. Dufour-Kowalski, F. Boudon, C. Fournier, C. Godin. OpenAlea: A visual programming and component-based software platform for plant modeling. Functional Plant Biology [SGM11] Simmhan, Y., Groth, P., & Moreau, L. (2011). Special Section: The third provenance challenge on using the open provenance model for interoperability. Future Generation Computer Systems, 27(6), 737-742. Autres informations Rémunération (gratification) : 436 euros/mois -- Sarah Cohen-Boulakia Maître de conférences Laboratoire de Recherche en Informatique Université Paris Sud -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Stage M1/M2, Institut Curie, Paris
by Dave Clements 11 Feb '14

11 Feb '14

Hello all, Cross posting from the SFBI List. Cheers, Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Valentina Boeva <valentina.boeva(a)gmail.com> Date: Fri, Feb 7, 2014 at 9:09 AM Subject: [bioinfo] Stage M1/M2, Institut Curie, Paris To: bioinfo(a)sfbi.fr Development and integration of computational methods into the Galaxy analysis framework Type de poste: Stage M1/M2 Durée du poste: 6 mois Date de début: 15/03/2014 or later Laboratoire: Bioinformatics, Biostatistics, Epidemiology and computational Systems Biology of Cancer Adresse: U900, Institut Curie - INSERM - Mines ParisTech Laboratoire de Bioinformatics 26 rue d'Ulm 75005 Paris Nom du contact: Boeva Valentina Email du contact: Boeva.Valentina(a)curie.fr Date de validité: 01/05/2014 Description du poste: Contexte : Located in the center of Paris, our laboratory hosts 4 groups working on the cutting edge of bioinformatics and computational biology of cancer: Bioinformatics and computational systems biology of cancer, Clinical biostatistics, Epidemiology of cancer, and Statistical machine learning and modelling of biological systems. One of the main axes of the lab is to create computational methods for analysis of biomedical data, including data for personalized medicine, in particular, high throughput sequencing data. The methods we have developed allow detecting mutations in individual genomes, deciphering regulation of cellular processes and obtaining information about epigenetic profile of the genome. Among the methods we have developed, we count ncPROseq for analysis of non-coding RNA, Control-FREEC for detection of copy number alterations, SVDetect for detection of structural rearrangements in the genome, HMCan for detection of histone modifications, MICSA for detection of transcription factor binding sites in the genome. These methods are highly used by bioinformaticians all around the world to perform the analyses of high throughput sequencing data. We would like that the methods we develop serve both the community of bioinformaticians and biologists. To facilitate the use of our computational methods by biologists we have a common practice to integrate our tools into the Galaxy work environment. Galaxy is an open source, web-based platform for data intensive biomedical research. It can be used by scientists independent of their physical location. The fact that we make our tools easily accessible to biologists via Galaxy significantly multiplies their use. It thus contributes to the progress of biomedical research. Scientists in our laboratory work in a close collaboration with biologists from other units of Institut Curie. Our collaborators use the local instance of Galaxy to run analysis pipelines we developed. Integration of new tools into the local instance of Galaxy would accelerate the advancement of research projects in our institute and thus make a difference in the fight against cancer. The objective of the internship is to implement in Galaxy the computational methods developed in the lab and create Galaxy interfaces for public tools necessary for the functioning of the institutional pipelines of biomedical data analysis. Description du stage : - Development and implementation of scripts and pipelines for analysis of biomedical data - Tool integration into the Galaxy environment (in collaboration with researchers from biology units) - Tool documentation Profil recherché : - Knowledge of Unix/Mac OS, command line, shell - Programming languages Perl and/or Python - Fluent English Environnement de travail : The intern student will work in a Linux environment. He/she will collaborate with bioinformaticians and biologists from Institut Curie. The work will be coordinated by a research scientist. Rémunération : oui. Dossier de candidature : CV et lettre de motivation -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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