Bugfix - Summary Statistics Script - Python incompatibility - galaxy-dev

14 Jul 2017

      Dear all,
I hope this can be of use to somebody...
We were having problems with the Summary Statistics Tools
/galaxy/tools/stats/gsummary.py
As indicated there is a dependency on rpy2 (Version 2.7.8), which
requires python 3.5 and comes into conflict with the qsummary.py which
uses 2.*
Change
Line 63:  tmp_file = tempfile.NamedTemporaryFile( 'w+b' )
to
tmp_file = tempfile.NamedTemporaryFile( 'w+' )
Then it'll work.
Cheers,
Christopher
-- 
*Dr. Christopher Previti*
Genomics and Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician

German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
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