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September 2009

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[hg] galaxy 2707: Two fixes - functional tests should pass.
by Greg Von Kuster 21 Sep '09

21 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/bac909f808c2 changeset: 2707:bac909f808c2 user: Greg Von Kuster <greg(a)bx.psu.edu> date: Thu Sep 17 09:08:37 2009 -0400 description: Two fixes - functional tests should pass. 3 file(s) affected in this change: lib/galaxy/web/controllers/admin.py lib/galaxy/web/controllers/user.py templates/admin/user/grid.mako diffs (39 lines): diff -r a9c4d314ac89 -r bac909f808c2 lib/galaxy/web/controllers/admin.py --- a/lib/galaxy/web/controllers/admin.py Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 +++ b/lib/galaxy/web/controllers/admin.py Thu Sep 17 09:08:37 2009 -0400 @@ -539,8 +539,8 @@ message = 'Enter a real email address' elif len( email) > 255: message = 'Email address exceeds maximum allowable length' - elif trans.app.model.User.filter( trans.app.model.User.table.c.email==email ).first(): - message = 'A user with that email already exists' + elif trans.app.model.User.filter_by( email=email ).all(): + message = 'User with that email already exists' elif len( password ) < 6: message = 'Use a password of at least 6 characters' elif password != confirm: diff -r a9c4d314ac89 -r bac909f808c2 lib/galaxy/web/controllers/user.py --- a/lib/galaxy/web/controllers/user.py Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 +++ b/lib/galaxy/web/controllers/user.py Thu Sep 17 09:08:37 2009 -0400 @@ -177,8 +177,7 @@ email_error = "Please enter a real email address" elif len( email ) > 255: email_error = "Email address exceeds maximum allowable length" - elif trans.app.model.User.filter( and_( trans.app.model.User.table.c.email==email, - trans.app.model.User.table.c.deleted==False ) ).first(): + elif trans.app.model.User.filter_by( email=email ).all(): email_error = "User with that email already exists" elif len( password ) < 6: password_error = "Please use a password of at least 6 characters" diff -r a9c4d314ac89 -r bac909f808c2 templates/admin/user/grid.mako --- a/templates/admin/user/grid.mako Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 +++ b/templates/admin/user/grid.mako Thu Sep 17 09:08:37 2009 -0400 @@ -95,7 +95,7 @@ No users were returned for the current query. Click the Show all users button or a letter below. %endif: <% - letters = ['A','B','C','D','E','F','G','H','I','J','K','L','M','N','O','P','Q','R','S','T','U','V','W','X','Y','Z', '0'] + letters = ['A','B','C','D','E','F','G','H','I','J','K','L','M','N','O','P','Q','R','S','T','U','V','W','X','Y','Z'] %> <div class="toolFormBody"> <div class="form-row">

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[hg] galaxy 2708: Add a MAF to Interval converter that produces ...
by Greg Von Kuster 21 Sep '09

21 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/2afb7110c649 changeset: 2708:2afb7110c649 user: Dan Blankenberg <dan(a)bx.psu.edu> date: Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 description: Add a MAF to Interval converter that produces a set of intervals with sequence data. 7 file(s) affected in this change: test-data/maf_to_interval_out_hg17.interval test-data/maf_to_interval_out_panTro1.interval tool_conf.xml.main tool_conf.xml.sample tools/maf/maf_reverse_complement.xml tools/maf/maf_to_interval.py tools/maf/maf_to_interval.xml diffs (246 lines): diff -r bac909f808c2 -r 2afb7110c649 test-data/maf_to_interval_out_hg17.interval --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/maf_to_interval_out_hg17.interval Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +#chrom start end strand score name bosTau2 canFam2 dasNov1 hg17 mm7 panTro1 rheMac2 rn3 +chr7 127471910 127472074 + 94204.0 hg17_5_0 atgtgaacaa---------------------------------------------------------------------------------------------aacggacccgtgtgggactcggcggagcacacagattttgcgggagCACGTTCCCGTTAGGAAGTCTCTGATGCAATACGACCGGTGCCTTCAGGACCTG-TG--AGGCTGACTTTCCTTA-CCCCTCCACACCATCATCAAGGCAGGTGTGATTTTCCAGG cagtgaacaa---------------------------------------------------------------------------------------------aacagagccctgcagt-cttgatggagcacacaacctttg-gggaaCATGTTTCCATAAGAAAGTCTCCAATGTGATCTGA-TGGTGCCGCCAGGACCTA-TGTCAGCCTACCGTTCCATGTCCCCTCCACACCATCATCACTGCAGGTGTGTTTTCCCACA CAGTGAGCAA-----------------------------------------------------------------------------------------------CAGCCTGGCTCCGT-CC--GGGGGCCGCTCAGCAGCTC-GGGAGCGTGGAGACG---GGAAGTCTGTCACGCGATGCG-----------CTGGGCCCG------------CTGTTCCCGCCCCCCTCC---CCCC----------------TTTCCCAAG caatgaccaa----------------------------------------------------------------------------------------------atagactcctaccaa-ctc-aaagaatgcacattctCTG-GGA AACATGTTTCCATTAGGAAGCCTCGAATGCAATGTGACTGTGGTCTCCAGGACCTG-TGTGATCCTGGCTTTTCCTGTTCCCTCCG---CATCATCACTGCAGGTGTGTTTTCCCAAG caaaaaccaa------------------------------------------------------------------------------------------------aaaaACCTATAGC-CTC-ACAGGGTGGGTTGTCTTTG-AGGAACATGCATCCGCTAGAAAGTCCCAAGTACACTATGACAGTTG--CCCAGGCCCCGCCTTAAACCTGGTTTTCCTGGTTTCTTTCA---CATCATTACCACGAATATATTTCCTCAAG caatgaccaa----------------------------------------------------------------------------------------------atagactcctaccaa-ctc-aaagaatgcacattctCTG-GGAAACATGTTTCCATTAGGAAGCCTCGAATGCAATGTGACTGTGGTCTCCAGGACATG-TGTGATCCTGGCTTTTCCTGTTCCCTCTG---CATCATCACTGCAGGTGTATTTTCCCAAG caatgaccaa----------------------------------------------------------------------------------------------atagacccctaccga-ctc-aaagaatgtacattctTTG-GGAAACATGTTTCCATCAGAAAATCTCAAATGCAATGTGACTGGGGTCTCCAGGACCTG-TGTGAGCCTGGCTTTTCCTGTTCCCTCCA---CATCATCACTGCAGGTGTATTTTCCC--G --ATGACCAATATACACTGTTTACATGTATAGCATTGTGAATGGAGACATAAAAAGATAATCTAGCTTTGTG CTAGGTAGGTGCTGAGCTCTTAACAGTGCTGGGCAGAAACCTATAAC-CTC-ACAGGGTGGGTTGTCTTTG-AGGAGCGTGCTAACCCTAGGAAGTCTCAAATACAATGTGATGGTTGCCCCCAGGCACCACCTTGAACCTGGTCTTCCTGGTTTCTTTCA---CACCATTACCACAAATACATTTTCTCAGG diff -r bac909f808c2 -r 2afb7110c649 test-data/maf_to_interval_out_panTro1.interval --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/maf_to_interval_out_panTro1.interval Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 @@ -0,0 +1,2 @@ +#chrom start end strand score name bosTau2 canFam2 dasNov1 hg17 mm7 panTro1 rheMac2 rn3 +chr6 129885791 129885955 + 94204.0 panTro1_5_0 atgtgaacaa---------------------------------------------------------------------------------------------aacggacccgtgtgggactcggcggagcacacagattttgcgggagCACGTTCCCGTTAGGAAGTCTCTGATGCAATACGACCGGTGCCTTCAGGACCTG-TG--AGGCTGACTTTCCTTA-CCCCTCCACACCATCATCAAGGCAGGTGTGATTTTCCAGG cagtgaacaa---------------------------------------------------------------------------------------------aacagagccctgcagt-cttgatggagcacacaacctttg-gggaaCATGTTTCCATAAGAAAGTCTCCAATGTGATCTGA-TGGTGCCGCCAGGACCTA-TGTCAGCCTACCGTTCCATGTCCCCTCCACACCATCATCACTGCAGGTGTGTTTTCCCACA CAGTGAGCAA-----------------------------------------------------------------------------------------------CAGCCTGGCTCCGT-CC--GGGGGCCGCTCAGCAGCTC-GGGAGCGTGGAGACG---GGAAGTCTGTCACGCGATGCG-----------CTGGGCCCG------------CTGTTCCCGCCCCCCTCC---CCCC----------------TTTCCCAAG caatgaccaa----------------------------------------------------------------------------------------------atagactcctaccaa-ctc-aaagaatgcacattctCTG- GGAAACATGTTTCCATTAGGAAGCCTCGAATGCAATGTGACTGTGGTCTCCAGGACCTG-TGTGATCCTGGCTTTTCCTGTTCCCTCCG---CATCATCACTGCAGGTGTGTTTTCCCAAG caaaaaccaa------------------------------------------------------------------------------------------------aaaaACCTATAGC-CTC-ACAGGGTGGGTTGTCTTTG-AGGAACATGCATCCGCTAGAAAGTCCCAAGTACACTATGACAGTTG--CCCAGGCCCCGCCTTAAACCTGGTTTTCCTGGTTTCTTTCA---CATCATTACCACGAATATATTTCCTCAAG caatgaccaa----------------------------------------------------------------------------------------------atagactcctaccaa-ctc-aaagaatgcacattctCTG-GGAAACATGTTTCCATTAGGAAGCCTCGAATGCAATGTGACTGTGGTCTCCAGGACATG-TGTGATCCTGGCTTTTCCTGTTCCCTCTG---CATCATCACTGCAGGTGTATTTTCCCAAG caatgaccaa----------------------------------------------------------------------------------------------atagacccctaccga-ctc-aaagaatgtacattctTTG-GGAAACATGTTTCCATCAGAAAATCTCAAATGCAATGTGACTGGGGTCTCCAGGACCTG-TGTGAGCCTGGCTTTTCCTGTTCCCTCCA---CATCATCACTGCAGGTGTATTTTCCC--G --ATGACCAATATACACTGTTTACATGTATAGCATTGTGAATGGAGACATAAAAAGATAATCTAGCTTT GTGCTAGGTAGGTGCTGAGCTCTTAACAGTGCTGGGCAGAAACCTATAAC-CTC-ACAGGGTGGGTTGTCTTTG-AGGAGCGTGCTAACCCTAGGAAGTCTCAAATACAATGTGATGGTTGCCCCCAGGCACCACCTTGAACCTGGTCTTCCTGGTTTCTTTCA---CACCATTACCACAAATACATTTTCTCAGG diff -r bac909f808c2 -r 2afb7110c649 tool_conf.xml.main --- a/tool_conf.xml.main Thu Sep 17 09:08:37 2009 -0400 +++ b/tool_conf.xml.main Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 @@ -40,6 +40,7 @@ <tool file="fasta_tools/fasta_to_tabular.xml" /> <tool file="filters/gff2bed.xml" /> <tool file="maf/maf_to_bed.xml" /> + <tool file="maf/maf_to_interval.xml" /> <tool file="maf/maf_to_fasta.xml" /> <tool file="fasta_tools/tabular_to_fasta.xml" /> </section> diff -r bac909f808c2 -r 2afb7110c649 tool_conf.xml.sample --- a/tool_conf.xml.sample Thu Sep 17 09:08:37 2009 -0400 +++ b/tool_conf.xml.sample Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 @@ -75,6 +75,7 @@ <tool file="filters/gff2bed.xml" /> <tool file="filters/lav_to_bed.xml" /> <tool file="maf/maf_to_bed.xml" /> + <tool file="maf/maf_to_interval.xml" /> <tool file="maf/maf_to_fasta.xml" /> <tool file="fasta_tools/tabular_to_fasta.xml" /> <tool file="next_gen_conversion/solid_to_fastq.xml" /> diff -r bac909f808c2 -r 2afb7110c649 tools/maf/maf_reverse_complement.xml --- a/tools/maf/maf_reverse_complement.xml Thu Sep 17 09:08:37 2009 -0400 +++ b/tools/maf/maf_reverse_complement.xml Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -<tool id="MAF_Reverse_Complement_1" name="Reverse Compliment" version="1.0.1"> +<tool id="MAF_Reverse_Complement_1" name="Reverse Complement" version="1.0.1"> <description>a MAF file</description> <command interpreter="python">maf_reverse_complement.py $input1 $out_file1 $species</command> <inputs> diff -r bac909f808c2 -r 2afb7110c649 tools/maf/maf_to_interval.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/maf/maf_to_interval.py Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 @@ -0,0 +1,68 @@ +#!/usr/bin/env python + +""" +Read a maf and output intervals for specified list of species. +""" +import sys, os +from galaxy import eggs +import pkg_resources; pkg_resources.require( "bx-python" ) +from bx.align import maf +from galaxy.tools.util import maf_utilities + +assert sys.version_info[:2] >= ( 2, 4 ) + +def __main__(): + input_filename = sys.argv[1] + output_filename = sys.argv[2] + output_id = sys.argv[3] + #where to store files that become additional output + database_tmp_dir = sys.argv[4] + primary_spec = sys.argv[5] + species = sys.argv[6].split( ',' ) + all_species = sys.argv[7].split( ',' ) + partial = sys.argv[8] + keep_gaps = sys.argv[9] + out_files = {} + + if "None" in species: + species = [] + + if primary_spec not in species: + species.append( primary_spec ) + if primary_spec not in all_species: + all_species.append( primary_spec ) + + all_species.sort() + for spec in species: + if spec == primary_spec: + out_files[ spec ] = open( output_filename, 'wb+' ) + else: + out_files[ spec ] = open( os.path.join( database_tmp_dir, 'primary_%s_%s_visible_interval_%s' % ( output_id, spec, spec ) ), 'wb+' ) + out_files[ spec ].write( '#chrom\tstart\tend\tstrand\tscore\tname\t%s\n' % ( '\t'.join( all_species ) ) ) + num_species = len( all_species ) + + file_in = open( input_filename, 'r' ) + maf_reader = maf.Reader( file_in ) + + for i, m in enumerate( maf_reader ): + for j, block in enumerate( maf_utilities.iter_blocks_split_by_species( m ) ): + if len( block.components ) < num_species and partial == "partial_disallowed": continue + sequences = {} + for c in block.components: + spec, chrom = maf_utilities.src_split( c.src ) + if keep_gaps == 'remove_gaps': + sequences[ spec ] = c.text.replace( '-', '' ) + else: + sequences[ spec ] = c.text + sequences = '\t'.join( [ sequences.get( spec, '' ) for spec in all_species ] ) + for spec in species: + c = block.get_component_by_src_start( spec ) + if c is not None: + spec2, chrom = maf_utilities.src_split( c.src ) + assert spec2 == spec, Exception( 'Species name inconsistancy found in component: %s != %s' % ( spec, spec2 ) ) + out_files[ spec ].write( "%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n" % ( chrom, c.forward_strand_start, c.forward_strand_end, c.strand, m.score, "%s_%s_%s" % (spec, i, j), sequences ) ) + file_in.close() + for file_out in out_files.values(): + file_out.close() + +if __name__ == "__main__": __main__() diff -r bac909f808c2 -r 2afb7110c649 tools/maf/maf_to_interval.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/maf/maf_to_interval.xml Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 @@ -0,0 +1,127 @@ +<tool id="MAF_To_Interval1" name="MAF to Interval" force_history_refresh="True"> + <description>Converts a MAF formated file to the Interval format</description> + <command interpreter="python">maf_to_interval.py $input1 $out_file1 $out_file1.id $__new_file_path__ $input1.dbkey $species $input1.metadata.species $complete_blocks $remove_gaps</command> + <inputs> + <param format="maf" name="input1" type="data" label="MAF file to convert"/> + <param name="species" type="select" label="Select additional species" display="checkboxes" multiple="true" help="The species matching the dbkey of the alignment is always included. A separate history item will be created for each species."> + <options> + <filter type="data_meta" ref="input1" key="species" /> + <filter type="remove_value" meta_ref="input1" key="dbkey" /> + </options> + </param> + <param name="complete_blocks" type="select" label="Exclude blocks which have a species missing"> + <option value="partial_allowed">include blocks with missing species</option> + <option value="partial_disallowed">exclude blocks with missing species</option> + </param> + <param name="remove_gaps" type="select" label="Remove Gap characters from sequences"> + <option value="keep_gaps">keep gaps</option> + <option value="remove_gaps">remove gaps</option> + </param> + </inputs> + <outputs> + <data format="interval" name="out_file1" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input1" value="4.maf" dbkey="hg17"/> + <param name="complete_blocks" value="partial_disallowed"/> + <param name="remove_gaps" value="keep_gaps"/> + <param name="species" value="panTro1" /> +  + <output name="out_file1" file="maf_to_interval_out_panTro1.interval"/> + </test> + </tests> + <help> + +**What it does** + +This tool converts every MAF block to a set of genomic intervals describing the position of that alignment block within a corresponding genome. Sequences from aligning species are also included in the output. + +The interface for this tool contains several options: + + * **MAF file to convert**. Choose multiple alignments from history to be converted to BED format. + * **Choose species**. Choose additional species from the alignment to be included in the output + * **Exclude blocks which have a species missing**. if an alignment block does not contain any one of the species found in the alignment set and this option is set to **exclude blocks with missing species**, then coordinates of such a block **will not** be included in the output (see **Example 2** below). + * **Remove Gap characters from sequences**. Gaps can be removed from sequences before they are output. + + +----- + +**Example 1**: **Include only reference genome** (hg18 in this case) and **include blocks with missing species**: + +For the following alignment:: + + ##maf version=1 + a score=68686.000000 + s hg18.chr20 56827368 75 + 62435964 GACAGGGTGCATCTGGGAGGG---CCTGCCGGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- + s panTro2.chr20 56528685 75 + 62293572 GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCCAGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- + s rheMac2.chr10 89144112 69 - 94855758 GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCTGGGCCTTTG-TTCAAAACTAGATATGCCCCAACTCCAATTCTA------- + s mm8.chr2 173910832 61 + 181976762 AGAAGGATCCACCT------------TGCTGGGCCTCTGCTCCAGCAAGACCCACCTCCCAACTCAAATGCCC------- + s canFam2.chr24 46551822 67 + 50763139 CG------GCGTCTGTAAGGGGCCACCGCCCGGCCTGTG-CTCAAAGCTACAAATGACTCAACTCCCAACCGA------C + + a score=10289.000000 + s hg18.chr20 56827443 37 + 62435964 ATGTGCAGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG + s panTro2.chr20 56528760 37 + 62293572 ATGTGCAGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG + s rheMac2.chr10 89144181 37 - 94855758 ATGTGCGGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG + +the tool will create **a single** history item containing the following (**note** the name field is numbered iteratively: hg18_0_0, hg18_1_0 etc. where the first number is the block number and the second number is the iteration through the block (if a species appears twice in a block, that interval will be repeated) and sequences for each species are included in the order specified in the header: the field is left empty when no sequence is available for that species):: + + #chrom start end strand score name canFam2 hg18 mm8 panTro2 rheMac2 + chr20 56827368 56827443 + 68686.0 hg18_0_0 CG------GCGTCTGTAAGGGGCCACCGCCCGGCCTGTG-CTCAAAGCTACAAATGACTCAACTCCCAACCGA------C GACAGGGTGCATCTGGGAGGG---CCTGCCGGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- AGAAGGATCCACCT------------TGCTGGGCCTCTGCTCCAGCAAGACCCACCTCCCAACTCAAATGCCC------- GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCCAGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCTGGGCCTTTG-TTCAAAACTAGATATGCCCCAACTCCAATTCTA------- + chr20 56827443 56827480 + 10289.0 hg18_1_0 ATGTGCAGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG ATGTGCAGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG ATGTGCGGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG + + +----- + +**Example 2**: **Include hg18 and mm8** and **exclude blocks with missing species**: + +For the following alignment:: + + ##maf version=1 + a score=68686.000000 + s hg18.chr20 56827368 75 + 62435964 GACAGGGTGCATCTGGGAGGG---CCTGCCGGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- + s panTro2.chr20 56528685 75 + 62293572 GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCCAGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- + s rheMac2.chr10 89144112 69 - 94855758 GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCTGGGCCTTTG-TTCAAAACTAGATATGCCCCAACTCCAATTCTA------- + s mm8.chr2 173910832 61 + 181976762 AGAAGGATCCACCT------------TGCTGGGCCTCTGCTCCAGCAAGACCCACCTCCCAACTCAAATGCCC------- + s canFam2.chr24 46551822 67 + 50763139 CG------GCGTCTGTAAGGGGCCACCGCCCGGCCTGTG-CTCAAAGCTACAAATGACTCAACTCCCAACCGA------C + + a score=10289.000000 + s hg18.chr20 56827443 37 + 62435964 ATGTGCAGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG + s panTro2.chr20 56528760 37 + 62293572 ATGTGCAGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG + s rheMac2.chr10 89144181 37 - 94855758 ATGTGCGGAAAATGTGATACAGAAACCTGCAGAGCAG + +the tool will create **two** history items (one for hg18 and one for mm8) containing the following (**note** that both history items contain only one line describing the first alignment block. The second MAF block is not included in the output because it does not contain mm8): + +History item **1** (for hg18):: + + #chrom start end strand score name canFam2 hg18 mm8 panTro2 rheMac2 + chr20 56827368 56827443 + 68686.0 hg18_0_0 CG------GCGTCTGTAAGGGGCCACCGCCCGGCCTGTG-CTCAAAGCTACAAATGACTCAACTCCCAACCGA------C GACAGGGTGCATCTGGGAGGG---CCTGCCGGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- AGAAGGATCCACCT------------TGCTGGGCCTCTGCTCCAGCAAGACCCACCTCCCAACTCAAATGCCC------- GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCCAGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCTGGGCCTTTG-TTCAAAACTAGATATGCCCCAACTCCAATTCTA------- + + +History item **2** (for mm8):: + + #chrom start end strand score name canFam2 hg18 mm8 panTro2 rheMac2 + chr2 173910832 173910893 + 68686.0 mm8_0_0 CG------GCGTCTGTAAGGGGCCACCGCCCGGCCTGTG-CTCAAAGCTACAAATGACTCAACTCCCAACCGA------C GACAGGGTGCATCTGGGAGGG---CCTGCCGGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- AGAAGGATCCACCT------------TGCTGGGCCTCTGCTCCAGCAAGACCCACCTCCCAACTCAAATGCCC------- GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCCAGGCCTTTA-TTCAACACTAGATACGCCCCATCTCCAATTCTAATGGAC- GACAGGGTGCATCTGAGAGGG---CCTGCTGGGCCTTTG-TTCAAAACTAGATATGCCCCAACTCCAATTCTA------- + + +------- + +.. class:: infomark + +**About formats** + +**MAF format** multiple alignment format file. This format stores multiple alignments at the DNA level between entire genomes. + + - The .maf format is line-oriented. Each multiple alignment ends with a blank line. + - Each sequence in an alignment is on a single line. + - Lines starting with # are considered to be comments. + - Each multiple alignment is in a separate paragraph that begins with an "a" line and contains an "s" line for each sequence in the multiple alignment. + - Some MAF files may contain two optional line types: + + - An "i" line containing information about what is in the aligned species DNA before and after the immediately preceding "s" line; + - An "e" line containing information about the size of the gap between the alignments that span the current block. + + + </help> +</tool> +

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[hg] galaxy 2709: html escaping for tags
by Greg Von Kuster 21 Sep '09

21 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/8fc33cdc1857 changeset: 2709:8fc33cdc1857 user: jeremy goecks <jeremy.goecks(a)emory.edu> date: Thu Sep 17 12:45:36 2009 -0400 description: html escaping for tags 4 file(s) affected in this change: lib/galaxy/web/framework/helpers/__init__.py static/scripts/autocomplete_tagging.js static/scripts/packed/autocomplete_tagging.js templates/tagging_common.mako diffs (116 lines): diff -r 2afb7110c649 -r 8fc33cdc1857 lib/galaxy/web/framework/helpers/__init__.py --- a/lib/galaxy/web/framework/helpers/__init__.py Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 +++ b/lib/galaxy/web/framework/helpers/__init__.py Thu Sep 17 12:45:36 2009 -0400 @@ -3,6 +3,7 @@ pkg_resources.require( "WebHelpers" ) from webhelpers import * +from galaxy.util.json import to_json_string from datetime import datetime, timedelta # If the date is more than one week ago, then display the actual date instead of in words diff -r 2afb7110c649 -r 8fc33cdc1857 static/scripts/autocomplete_tagging.js --- a/static/scripts/autocomplete_tagging.js Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 +++ b/static/scripts/autocomplete_tagging.js Thu Sep 17 12:45:36 2009 -0400 @@ -49,7 +49,7 @@ // Tag area. var area_id = "tag-area-" + (ac_tag_area_id_gen)++; - var tag_area = $("<div></div>").attr("id", area_id).addClass("tag-area"); + var tag_area = $("<div>").attr("id", area_id).addClass("tag-area"); this.append(tag_area); // @@ -72,7 +72,7 @@ var build_toggle_link = function() { var link_text = settings.get_toggle_link_text_fn(settings.tags); - var toggle_link = $("<a href='/history/tags'>" + link_text + "</a>").addClass("toggle-link"); + var toggle_link = $("<a href='/history/tags'>").text(link_text).addClass("toggle-link"); // Link toggles the display state of the tag area. toggle_link.click( function() { @@ -238,7 +238,7 @@ }); // Build tag button. - var tag_name_elt = $("<span>" + tag_str + "</span>").addClass("tag-name"); + var tag_name_elt = $("<span>").text(tag_str).addClass("tag-name"); tag_name_elt.click( function() { settings.tag_click_fn(tag_str); @@ -261,10 +261,10 @@ var t; if (settings.in_form) t = $( "<textarea id='history-tag-input' rows='1' cols='" + - settings.input_size + "' value='" + tag_text + "'></textarea>" ); + settings.input_size + "' value='" + escape(tag_text) + "'></textarea>" ); else // element not in form. t = $( "<input id='history-tag-input' type='text' size='" + - settings.input_size + "' value='" + tag_text + "'></input>" ); + settings.input_size + "' value='" + escape(tag_text) + "'></input>" ); t.keyup( function( e ) { if ( e.keyCode == 27 ) diff -r 2afb7110c649 -r 8fc33cdc1857 static/scripts/packed/autocomplete_tagging.js --- a/static/scripts/packed/autocomplete_tagging.js Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 +++ b/static/scripts/packed/autocomplete_tagging.js Thu Sep 17 12:45:36 2009 -0400 @@ -1,1 +1,1 @@ -var ac_tag_area_id_gen=1;jQuery.fn.autocomplete_tagging=function(c){var e={get_toggle_link_text_fn:function(u){var w="";var v=o(u);if(v!=0){w=v+(v!=0?" Tags":" Tag")}else{w="Add tags"}return w},tag_click_fn:function(u){},input_size:20,in_form:false,tags:{},use_toggle_link:true,item_id:"",add_tag_img:"",add_tag_img_rollover:"",delete_tag_img:"",ajax_autocomplete_tag_url:"",ajax_retag_url:"",ajax_delete_tag_url:"",ajax_add_tag_url:""};var p=jQuery.extend(e,c);var k="tag-area-"+(ac_tag_area_id_gen)++;var m=$("<div></div>").attr("id",k).addClass("tag-area");this.append(m);var o=function(u){if(u.length){return u.length}var v=0;for(element in u){v++}return v};var b=function(){var u=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);var v=$("<a href='/history/tags'>"+u+"</a>").addClass("toggle-link");v.click(function(){var w=(m.css("display")=="none");var x;if(w){x=function(){var y=o(p.tags);if(y==0){m.click()}}}else{x=function(){m.blur()}}m.slideToggle("fast",x);return false});return v};var s=b(); if(p.use_toggle_link){this.prepend(s)}var t=function(u){var v=new Array();for(key in u){v[v.length]=key+"-->"+u[key]}return"{"+v.join(",")+"}"};var a=function(v,u){return v+((u!=""&&u)?":"+u:"")};var h=function(u){return u.split(":")};var i=function(u){var v=$("<img src='"+p.add_tag_img+"' rollover='"+p.add_tag_img_rollover+"'/>").addClass("add-tag-button");v.click(function(){$(this).hide();m.click();return false});return v};var j=function(u){var v=$("<img src='"+p.delete_tag_img+"'/>").addClass("delete-tag-img");v.mouseenter(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img_rollover)});v.mouseleave(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img)});v.click(function(){var D=$(this).parent();var C=D.find(".tag-name").eq(0);var B=C.text();var z=h(B);var F=z[0];var y=z[1];var E=D.prev();D.remove();delete p.tags[F];var A=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);s.text(A);$.ajax({url:p.ajax_delete_tag_url,data:{tag_name:F},error:function(){p.tags[F]=y;if(E.hasClass("tag-button")){E.after(D) }else{m.prepend(D)}var G=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);alert("Remove tag failed");s.text(G);v.mouseenter(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img_rollover)});v.mouseleave(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img)})},success:function(){}});return true});var w=$("<span>"+u+"</span>").addClass("tag-name");w.click(function(){p.tag_click_fn(u);return true});var x=$("<span></span>").addClass("tag-button");x.append(w);x.append(v);return x};var d=function(v){var u;if(p.in_form){u=$("<textarea id='history-tag-input' rows='1' cols='"+p.input_size+"' value='"+v+"'></textarea>")}else{u=$("<input id='history-tag-input' type='text' size='"+p.input_size+"' value='"+v+"'></input>")}u.keyup(function(D){if(D.keyCode==27){$(this).trigger("blur")}else{if((D.keyCode==13)||(D.keyCode==188)||(D.keyCode==32)){new_value=this.value;if(return_key_pressed_for_autocomplete==true){return_key_pressed_for_autocomplete=false;return false}if(new_value.indexOf(": ",new_value.length-2)!=-1){thi s.value=new_value.substring(0,new_value.length-1);return false}if((D.keyCode==188)||(D.keyCode==32)){new_value=new_value.substring(0,new_value.length-1)}new_value=new_value.replace(/^\s+|\s+$/g,"");if(new_value.length<3){return false}this.value="";var A=j(new_value);var z=m.children(".tag-button");if(z.length!=0){var E=z.slice(z.length-1);E.after(A)}else{m.prepend(A)}var y=new_value.split(":");p.tags[y[0]]=y[1];var B=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);s.text(B);var C=$(this);$.ajax({url:p.ajax_add_tag_url,data:{new_tag:new_value},error:function(){A.remove();delete p.tags[y[0]];var F=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);s.text(F);alert("Add tag failed")},success:function(){C.flushCache()}});return false}}});var w=function(A,z,y,C,B){tag_name_and_value=C.split(":");return(tag_name_and_value.length==1?tag_name_and_value[0]:tag_name_and_value[1])};var x={selectFirst:false,formatItem:w,autoFill:false,highlight:false};u.autocomplete(p.ajax_autocomplete_tag_url,x);u.addClass("tag-input ");return u};for(tag_name in p.tags){var q=p.tags[tag_name];var l=a(tag_name,q);var g=j(l,s,p.tags);m.append(g)}var n=d("");var f=i(n);m.blur(function(u){r=o(p.tags);if(r!=0){f.show();n.hide();m.removeClass("active-tag-area")}else{}});m.append(f);m.append(n);n.hide();m.click(function(w){var v=$(this).hasClass("active-tag-area");if($(w.target).hasClass("delete-tag-img")&&!v){return false}if($(w.target).hasClass("tag-name")&&!v){return false}$(this).addClass("active-tag-area");f.hide();n.show();n.focus();var u=function(y){var x=m.attr("id");if(($(y.target).attr("id")!=x)&&($(y.target).parents().filter(x).length==0)){m.blur();$(document).unbind("click",u)}};$(window).click(u);return false});if(p.use_toggle_link){m.hide()}else{var r=o(p.tags);if(r==0){f.hide();n.show()}}return this.addClass("tag-element")}; \ No newline at end of file +var ac_tag_area_id_gen=1;jQuery.fn.autocomplete_tagging=function(c){var e={get_toggle_link_text_fn:function(u){var w="";var v=o(u);if(v!=0){w=v+(v!=0?" Tags":" Tag")}else{w="Add tags"}return w},tag_click_fn:function(u){},input_size:20,in_form:false,tags:{},use_toggle_link:true,item_id:"",add_tag_img:"",add_tag_img_rollover:"",delete_tag_img:"",ajax_autocomplete_tag_url:"",ajax_retag_url:"",ajax_delete_tag_url:"",ajax_add_tag_url:""};var p=jQuery.extend(e,c);var k="tag-area-"+(ac_tag_area_id_gen)++;var m=$("<div>").attr("id",k).addClass("tag-area");this.append(m);var o=function(u){if(u.length){return u.length}var v=0;for(element in u){v++}return v};var b=function(){var u=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);var v=$("<a href='/history/tags'>").text(u).addClass("toggle-link");v.click(function(){var w=(m.css("display")=="none");var x;if(w){x=function(){var y=o(p.tags);if(y==0){m.click()}}}else{x=function(){m.blur()}}m.slideToggle("fast",x);return false});return v};var s=b();if(p.us e_toggle_link){this.prepend(s)}var t=function(u){var v=new Array();for(key in u){v[v.length]=key+"-->"+u[key]}return"{"+v.join(",")+"}"};var a=function(v,u){return v+((u!=""&&u)?":"+u:"")};var h=function(u){return u.split(":")};var i=function(u){var v=$("<img src='"+p.add_tag_img+"' rollover='"+p.add_tag_img_rollover+"'/>").addClass("add-tag-button");v.click(function(){$(this).hide();m.click();return false});return v};var j=function(u){var v=$("<img src='"+p.delete_tag_img+"'/>").addClass("delete-tag-img");v.mouseenter(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img_rollover)});v.mouseleave(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img)});v.click(function(){var D=$(this).parent();var C=D.find(".tag-name").eq(0);var B=C.text();var z=h(B);var F=z[0];var y=z[1];var E=D.prev();D.remove();delete p.tags[F];var A=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);s.text(A);$.ajax({url:p.ajax_delete_tag_url,data:{tag_name:F},error:function(){p.tags[F]=y;if(E.hasClass("tag-button")){E.after(D)}else{m .prepend(D)}var G=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);alert("Remove tag failed");s.text(G);v.mouseenter(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img_rollover)});v.mouseleave(function(){$(this).attr("src",p.delete_tag_img)})},success:function(){}});return true});var w=$("<span>").text(u).addClass("tag-name");w.click(function(){p.tag_click_fn(u);return true});var x=$("<span></span>").addClass("tag-button");x.append(w);x.append(v);return x};var d=function(v){var u;if(p.in_form){u=$("<textarea id='history-tag-input' rows='1' cols='"+p.input_size+"' value='"+escape(v)+"'></textarea>")}else{u=$("<input id='history-tag-input' type='text' size='"+p.input_size+"' value='"+escape(v)+"'></input>")}u.keyup(function(D){if(D.keyCode==27){$(this).trigger("blur")}else{if((D.keyCode==13)||(D.keyCode==188)||(D.keyCode==32)){new_value=this.value;if(return_key_pressed_for_autocomplete==true){return_key_pressed_for_autocomplete=false;return false}if(new_value.indexOf(": ",new_value.length-2)!=-1 ){this.value=new_value.substring(0,new_value.length-1);return false}if((D.keyCode==188)||(D.keyCode==32)){new_value=new_value.substring(0,new_value.length-1)}new_value=new_value.replace(/^\s+|\s+$/g,"");if(new_value.length<3){return false}this.value="";var A=j(new_value);var z=m.children(".tag-button");if(z.length!=0){var E=z.slice(z.length-1);E.after(A)}else{m.prepend(A)}var y=new_value.split(":");p.tags[y[0]]=y[1];var B=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);s.text(B);var C=$(this);$.ajax({url:p.ajax_add_tag_url,data:{new_tag:new_value},error:function(){A.remove();delete p.tags[y[0]];var F=p.get_toggle_link_text_fn(p.tags);s.text(F);alert("Add tag failed")},success:function(){C.flushCache()}});return false}}});var w=function(A,z,y,C,B){tag_name_and_value=C.split(":");return(tag_name_and_value.length==1?tag_name_and_value[0]:tag_name_and_value[1])};var x={selectFirst:false,formatItem:w,autoFill:false,highlight:false};u.autocomplete(p.ajax_autocomplete_tag_url,x);u.addClass("tag- input");return u};for(tag_name in p.tags){var q=p.tags[tag_name];var l=a(tag_name,q);var g=j(l,s,p.tags);m.append(g)}var n=d("");var f=i(n);m.blur(function(u){r=o(p.tags);if(r!=0){f.show();n.hide();m.removeClass("active-tag-area")}else{}});m.append(f);m.append(n);n.hide();m.click(function(w){var v=$(this).hasClass("active-tag-area");if($(w.target).hasClass("delete-tag-img")&&!v){return false}if($(w.target).hasClass("tag-name")&&!v){return false}$(this).addClass("active-tag-area");f.hide();n.show();n.focus();var u=function(y){var x=m.attr("id");if(($(y.target).attr("id")!=x)&&($(y.target).parents().filter(x).length==0)){m.blur();$(document).unbind("click",u)}};$(window).click(u);return false});if(p.use_toggle_link){m.hide()}else{var r=o(p.tags);if(r==0){f.hide();n.show()}}return this.addClass("tag-element")}; \ No newline at end of file diff -r 2afb7110c649 -r 8fc33cdc1857 templates/tagging_common.mako --- a/templates/tagging_common.mako Thu Sep 17 11:47:37 2009 -0400 +++ b/templates/tagging_common.mako Thu Sep 17 12:45:36 2009 -0400 @@ -7,13 +7,13 @@ // <% ## Build string of tag name, values. - tag_names_and_values = list() + tag_names_and_values = dict() for tag in tagged_item.tags: tag_name = tag.user_tname tag_value = "" if tag.value is not None: tag_value = tag.user_value - tag_names_and_values.append( ("\"" + tag_name + "\" : \"" + tag_value + "\"") ) + tag_names_and_values[unicode(tag_name, 'utf-8')] = unicode(tag_value, 'utf-8') %> // // Returns the number of keys (elements) in an array/dictionary. @@ -71,20 +71,20 @@ var options = { - tags : {${unicode(", ".join(tag_names_and_values), 'utf-8')}}, - get_toggle_link_text_fn: get_toggle_link_text, - tag_click_fn: function(tag) { /* Do nothing. */ }, - <% tagged_item_id = trans.security.encode_id(tagged_item.id) %> - ajax_autocomplete_tag_url: "${h.url_for( controller='tag', action='tag_autocomplete_data', id=tagged_item_id, item_class=tagged_item.__class__.__name__ )}", - ajax_add_tag_url: "${h.url_for( controller='tag', action='add_tag_async', id=tagged_item_id, item_class=tagged_item.__class__.__name__ )}", - ajax_delete_tag_url: "${h.url_for( controller='tag', action='remove_tag_async', id=tagged_item_id, item_class=tagged_item.__class__.__name__ )}", - delete_tag_img: "${h.url_for('/static/images/delete_tag_icon_gray.png')}", - delete_tag_img_rollover: "${h.url_for('/static/images/delete_tag_icon_white.png')}", - add_tag_img: "${h.url_for('/static/images/add_icon.png')}", - add_tag_img_rollover: "${h.url_for('/static/images/add_icon_dark.png')}", - input_size: ${input_size}, - in_form: ${in_form}, - use_toggle_link: ${use_toggle_link} + tags : ${h.to_json_string(tag_names_and_values)}, + get_toggle_link_text_fn: get_toggle_link_text, + tag_click_fn: function(tag) { /* Do nothing. */ }, + <% tagged_item_id = trans.security.encode_id(tagged_item.id) %> + ajax_autocomplete_tag_url: "${h.url_for( controller='tag', action='tag_autocomplete_data', id=tagged_item_id, item_class=tagged_item.__class__.__name__ )}", + ajax_add_tag_url: "${h.url_for( controller='tag', action='add_tag_async', id=tagged_item_id, item_class=tagged_item.__class__.__name__ )}", + ajax_delete_tag_url: "${h.url_for( controller='tag', action='remove_tag_async', id=tagged_item_id, item_class=tagged_item.__class__.__name__ )}", + delete_tag_img: "${h.url_for('/static/images/delete_tag_icon_gray.png')}", + delete_tag_img_rollover: "${h.url_for('/static/images/delete_tag_icon_white.png')}", + add_tag_img: "${h.url_for('/static/images/add_icon.png')}", + add_tag_img_rollover: "${h.url_for('/static/images/add_icon_dark.png')}", + input_size: ${input_size}, + in_form: ${in_form}, + use_toggle_link: ${use_toggle_link} }; $("#${elt_id}").autocomplete_tagging(options)

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[hg] galaxy 2710: Added the Pileup-to-Interval tool to condense ...
by Greg Von Kuster 21 Sep '09

21 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/cf02fb92ee6a changeset: 2710:cf02fb92ee6a user: Kelly Vincent <kpvincent(a)bx.psu.edu> date: Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 description: Added the Pileup-to-Interval tool to condense pileup format 7 file(s) affected in this change: test-data/pileup_interval_in1.tabular test-data/pileup_interval_in2.tabular test-data/pileup_interval_out1.tabular test-data/pileup_interval_out2.tabular tool_conf.xml.sample tools/samtools/pileup_interval.py tools/samtools/pileup_interval.xml diffs (559 lines): diff -r 8fc33cdc1857 -r cf02fb92ee6a test-data/pileup_interval_in1.tabular --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/pileup_interval_in1.tabular Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,118 @@ +chr1 1 G 3 , 3 +chr1 5 A 5 , I +chr1 10 T 2 , I +chr1 11 C 3 , I +chr1 12 G 4 , I +chr1 13 C 2 , I +chr1 14 A 3 , I +chr1 15 T 3 , 6 +chr1 16 A 2 , 3 +chr1 17 T 4 , I +chr1 2735 C 3 , I +chrM 2736 t 3 , 9 +chrM 2737 t 3 , I +chrM 2738 a 3 , I +chrM 2739 c 3 , I +chrM 2740 a 3 , I +chrM 2741 c 3 , I +chrM 2742 t 4 , 5 +chrM 2743 c 5 , I +chrM 2744 a 2 , I +chrM 2745 g 1 , I +chrM 2746 a 1 , I +chrM 2747 g 1 , I +chrM 2748 g 1 , I +chrM 2749 t 1 , I +chrM 2750 t 1 , I +chrM 2751 c 1 , I +chrM 2752 a 1 , I +chrM 2753 a 1 , I +chrM 2754 c 1 , I +chrM 2755 t 1 , I +chrM 2756 c 1 , I +chrM 2757 c 1 , I +chrM 2758 t 5 , I +chrM 2759 c 3 , I +chrM 2760 t 1 , I +chrM 2761 c 1 , I +chrM 2762 c 1 n " +chrM 2763 c 1 n " +chrM 2764 t 1 , I +chrM 2765 a 1 , I +chrM 2766 a 1 , I +chrM 2767 c 1 , I +chrM 2768 a 1 , I +chrM 2769 a 1 , I +chrM 2770 c 1 ,$ I +chrM 9563 C 1 ^:, I +chrM 9564 T 1 , + +chrM 9565 G 1 , - +chrM 9566 A 1 , I +chrM 9567 C 1 , I +chrM 9568 T 1 , ? +chrM 9569 A 1 , I +chrM 9570 C 1 , D +chrM 9571 C 1 , I +chrM 9572 A 1 , I +chrM 9573 C 1 , I +chrM 9574 A 1 , I +chrM 9575 A 1 , I +chrM 9576 C 1 , I +chrM 9577 T 1 , I +chrM 9578 A 1 , I +chrM 9579 A 1 , I +chrM 9580 A 1 , I +chrM 9581 C 1 , I +chrM 9582 A 1 , I +chrM 9583 T 1 , I +chrM 9584 C 1 , I +chrM 9585 T 1 , I +chrM 9586 A 1 , I +chrM 9587 T 1 , I +chrM 9588 G 1 , I +chrM 9589 C 1 , I +chrM 9590 A 1 n " +chrM 9591 G 1 n " +chrM 9592 A 1 , I +chrM 9593 A 1 , I +chrM 9594 A 1 , I +chrM 9595 A 1 , I +chrM 9596 A 1 , I +chrM 9597 A 1 , I +chrM 9598 C 1 ,$ I +chrM 10864 T 1 ^!, ~ +chrM 10865 G 1 , ~ +chrM 10866 T 1 , ~ +chrM 10867 A 1 , ~ +chrM 10868 G 1 , ~ +chrM 10869 A 1 , ~ +chrM 10870 A 1 , ~ +chrM 10871 G 1 , ~ +chrM 10872 C 1 , ~ +chrM 10873 C 3 , ~ +chrM 10874 C 3 , ~ +chrM 10875 C 3 , ~ +chrM 10876 A 3 , ~ +chrM 10877 A 3 , ~ +chrM 10878 T 3 , ~ +chrM 10879 T 3 , ~ +chrM 10880 G 3 , ~ +chrM 10881 C 3 , ~ +chrM 10882 C 3 , ~ +chrM 10883 G 3 , ~ +chrM 10884 G 3 , ~ +chrM 10885 A 1 , ~ +chrM 10886 T 1 , ~ +chrM 10887 C 1 , ~ +chrM 10888 C 1 , ~ +chrM 10889 A 1 , ~ +chrM 10890 T 1 , ~ +chrM 10891 A 1 n ~ +chrM 10892 G 1 n ~ +chrM 10893 T 1 , ~ +chrM 10894 G 1 , ~ +chrM 10895 C 1 , ~ +chrM 10896 T 3 , ~ +chrM 10897 A 3 , ~ +chrM 10898 G 3 , ~ +chrM 10899 C 3 ,$ ~ diff -r 8fc33cdc1857 -r cf02fb92ee6a test-data/pileup_interval_in2.tabular --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/pileup_interval_in2.tabular Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,99 @@ +chr1 5016020 t T 33 0 25 2 .. II +chr1 5016021 g G 32 0 25 2 .. )I +chr1 5016022 t T 28 0 25 2 .. I$ +chr1 5016023 t T 33 0 25 2 .. II +chr1 5016024 t T 33 0 25 2 .. II +chr1 5016025 c C 39 0 25 4 ..^:,^:, II:/ +chr1 5016026 t T 28 0 25 4 ..,c III$ +chr1 5016027 c C 39 0 25 4 ..,, H0+7 +chr1 5016028 t T 28 0 25 4 ..,g III$ +chr1 5016029 g G 10 0 25 4 T.,t BII# +chr1 5016030 c C 39 0 25 4 .$.$,, @)6I +chr1 5016031 t T 33 0 25 2 ,, IF +chr1 5016032 t G 0 0 25 2 ,g IC +chr1 5016033 c C 33 0 25 2 ,, 1I +chr1 5016034 t T 33 0 25 2 ,, II +chr1 12459316 G G 7 0 0 2 .. II +chr1 12459317 G G 7 0 0 2 .. II +chr1 12459318 A A 10 0 0 3 ..^!. III +chr1 12459319 T T 10 0 0 3 ... III +chr1 12459320 C C 10 0 0 3 ... III +chr1 12459321 T T 10 0 0 3 ... III +chr1 12459322 A A 10 0 0 3 ... .II +chr1 12459323 C C 10 0 0 3 ... ?II +chr1 12459324 A A 10 0 0 3 ... G?I +chr1 12459325 C C 10 0 0 3 ... II; +chr1 12459326 A A 10 0 0 3 ... I@B +chr1 12459327 C C 10 0 0 3 ... 8II +chr1 12459328 A A 10 0 0 3 ... IH5 +chr1 12459329 T T 10 0 0 3 ... I;I +chr1 12459330 C C 10 0 0 3 ... IAI +chr1 12459331 T T 10 0 0 3 ... 3HI +chr1 49116109 C C 28 0 18 2 .. G? +chr1 49116110 A A 28 0 18 2 .. '@ +chr1 49116111 G G 26 0 18 2 .. 68 +chr1 49116112 A A 9 0 18 2 .. 1' +chr1 49116113 G G 20 0 18 2 .. I2 +chr1 49116114 G G 2 0 20 3 A.^:, &&$ +chr1 49116115 G G 21 0 20 3 .A, 8$I +chr1 49116116 T T 31 0 20 3 .., .9% +chr1 49116117 T T 36 0 20 3 .., I55 +chr1 49116118 T T 36 0 20 3 .., II+ +chr1 49116119 T T 36 0 20 3 .., II8 +chr1 49116120 G G 32 0 20 3 .., &%B +chr1 49116121 T T 36 0 20 3 .$., <63 +chr1 49116122 C C 33 0 25 2 ., +I +chr1 49116123 T T 33 0 25 2 ., -7 +chr1 49116124 G G 29 0 25 2 ., %I +chr1 49116125 C C 24 0 25 2 .$, +/ +chr1 126866554 G G 7 0 0 2 .. (I +chr1 126866555 C C 10 0 0 3 .$.^!. III +chr1 126866556 C C 7 0 0 2 .. II +chr11 1021425 C C 4 0 0 1 . I +chr11 1021426 A A 4 0 0 1 . I +chr11 1021427 G G 4 0 0 1 . I +chr11 1021428 G G 28 0 18 2 .^:. 0I +chr11 1021429 G G 19 0 18 2 C. $I +chr11 1021430 G G 36 0 20 3 ..^:. III +chr11 1021431 T T 36 0 20 3 ... III +chr11 1021432 G G 36 0 20 3 ... III +chr11 1021433 A A 36 0 20 3 ... @II +chr11 1021434 C C 36 0 20 3 ... %II +chr11 1021435 G G 36 0 20 3 ... #II +chr11 1021436 T T 36 0 20 3 ... 8II +chr11 1021437 G G 36 0 20 3 ... /II +chr11 1021438 G G 36 0 20 3 ... III +chr11 1021439 G G 36 0 20 3 ... ;II +chr11 1021440 C C 28 0 20 3 N.. "II +chr11 1021441 T T 36 0 20 3 ... IFI +chr11 1021442 G G 36 0 20 3 ... III +chr11 1021443 T T 36 0 20 3 ... III +chr11 1021444 G G 28 0 20 3 T.. #II +chr11 1021445 T T 28 0 20 3 C.. #II +chr11 1021446 C C 36 0 20 3 .$.. :II +chr11 1021447 T T 33 0 25 2 .. II +chr11 1021448 G G 33 0 25 2 .. II +chr11 1021449 T T 33 0 25 2 .. 7I +chr11 1021450 G G 33 0 25 2 .. II +chr14 1021451 T A 33 0 25 3 .. 4I +chr14 80839355 A A 33 0 25 2 .. I* +chr14 80839356 G G 28 0 25 2 .. I# +chr14 80839357 A A 31 0 25 2 .. I( +chr14 80839358 A A 32 0 25 2 .. I) +chr14 80839359 T T 39 0 25 4 ..^:,^:, I+I( +chr14 80839360 T T 39 0 25 4 ..,, I+I+ +chr14 80839361 C C 39 0 25 4 ..,, I&5( +chr14 80839362 T T 39 0 25 4 ..,, I3II +chr14 80839363 G G 39 0 25 4 ..,, G#I4 +chr14 80839364 G G 39 0 25 4 ..,, I'II +chr14 80839365 A A 39 0 25 4 ..,, @)IH +chr14 80839366 T T 39 0 25 4 ..,, I/I2 +chr14 80839367 A A 39 0 25 4 ..,, I,I= +chr14 80839368 T T 39 0 25 4 ..,, I.I7 +chr14 80839369 T T 39 0 25 4 ..,, I4II +chr14 80839370 T T 39 0 25 4 ..,, I2I0 +chr14 80839371 A A 39 0 25 4 .$.$,, ;+I? +chr14 80839372 C C 14 0 25 2 ,a 5$ +chr14 80839373 A A 33 0 25 2 ,, II +chr14 80839374 T T 33 0 25 2 ,, II +chr14 80839375 T T 33 0 25 2 ,, I? diff -r 8fc33cdc1857 -r cf02fb92ee6a test-data/pileup_interval_out1.tabular --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/pileup_interval_out1.tabular Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,10 @@ +chr1 0 1 G +chr1 4 5 A +chr1 10 12 CG +chr1 13 15 AT +chr1 16 17 T +chr1 2734 2735 C +chrM 2735 2743 ttacactc +chrM 2757 2759 tc +chrM 10872 10884 CCCAATTGCCGG +chrM 10895 10899 TAGC diff -r 8fc33cdc1857 -r cf02fb92ee6a test-data/pileup_interval_out2.tabular --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/pileup_interval_out2.tabular Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,7 @@ +chr1 5016024 5016030 ctctgc +chr1 12459317 12459331 ATCTACACACATCT +chr1 49116113 49116121 GGTTTTGT +chr1 126866554 126866555 C +chr11 1021429 1021446 GTGACGTGGGCTGTGTC +chr14 1021450 1021451 T +chr14 80839358 80839371 TTCTGGATATTTA diff -r 8fc33cdc1857 -r cf02fb92ee6a tool_conf.xml.sample --- a/tool_conf.xml.sample Thu Sep 17 12:45:36 2009 -0400 +++ b/tool_conf.xml.sample Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 @@ -349,5 +349,6 @@ <tool file="samtools/sam_merge.xml" /> <tool file="samtools/sam_pileup.xml" /> <tool file="samtools/pileup_parser.xml" /> + <tool file="samtools/pileup_interval.xml" /> </section> </toolbox> diff -r 8fc33cdc1857 -r cf02fb92ee6a tools/samtools/pileup_interval.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/pileup_interval.py Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,105 @@ +#! /usr/bin/python + +""" +Creates a pileup file from a bam file and a reference. + +usage: %prog [options] + -i, --input=i: Input pileup file + -o, --output=o: Output pileup + -c, --coverage=c: Coverage + -f, --format=f: Pileup format + -b, --base=b: Base to select + -s, --seq_column=s: Sequence column + -l, --loc_column=l: Base location column + -r, --base_column=r: Reference base column + -C, --cvrg_column=C: Coverage column +""" + +from galaxy import eggs +import pkg_resources; pkg_resources.require( "bx-python" ) +from bx.cookbook import doc_optparse + +def stop_err( msg ): + sys.stderr.write( msg ) + sys.exit() + +def __main__(): + strout = '' + #Parse Command Line + options, args = doc_optparse.parse( __doc__ ) + coverage = int(options.coverage) + fin = file(options.input, 'r') + fout = file(options.output, 'w') + inLine = fin.readline() + if options.format == 'six': + seqIndex = 0 + locIndex = 1 + baseIndex = 2 + covIndex = 3 + elif options.format == 'ten': + seqIndex = 0 + locIndex = 1 + if options.base == 'first': + baseIndex = 2 + else: + baseIndex = 3 + covIndex = 7 + else: + seqIndex = int(options.seq_column) - 1 + locIndex = int(options.loc_column) - 1 + baseIndex = int(options.base_column) - 1 + covIndex = int(options.cvrg_column) - 1 + lastSeq = '' + lastLoc = -1 + locs = [] + startLoc = -1 + bases = [] + while inLine.strip() != '': + lineParts = inLine.split('\t') + seq, loc, base, cov = lineParts[seqIndex], int(lineParts[locIndex]), lineParts[baseIndex], int(lineParts[covIndex]) +# strout += str(startLoc) + '\n' +# strout += str(bases) + '\n' +# strout += '%s\t%s\t%s\t%s\n' % (seq, loc, base, cov) + if loc == lastLoc+1 or lastLoc == -1: + if cov >= coverage: + if seq == lastSeq or lastSeq == '': + if startLoc == -1: + startLoc = loc + locs.append(loc) + bases.append(base) + else: + if len(bases) > 0: + fout.write('%s\t%s\t%s\t%s\n' % (lastSeq, startLoc-1, lastLoc, ''.join(bases))) + startLoc = loc + locs = [loc] + bases = [base] + else: + if len(bases) > 0: + fout.write('%s\t%s\t%s\t%s\n' % (lastSeq, startLoc-1, lastLoc, ''.join(bases))) + startLoc = -1 + locs = [] + bases = [] + else: + if len(bases) > 0: + fout.write('%s\t%s\t%s\t%s\n' % (lastSeq, startLoc-1, lastLoc, ''.join(bases))) + if cov >= coverage: + startLoc = loc + locs = [loc] + bases = [base] + else: + startLoc = -1 + locs = [] + bases = [] + lastSeq = seq + lastLoc = loc + inLine = fin.readline() + if len(bases) > 0: + fout.write('%s\t%s\t%s\t%s\n' % (lastSeq, startLoc-1, lastLoc, ''.join(bases))) + fout.close() + fin.close() + +# import sys +# strout += file(fout.name,'r').read() +# sys.stderr.write(strout) + +if __name__ == "__main__" : __main__() diff -r 8fc33cdc1857 -r cf02fb92ee6a tools/samtools/pileup_interval.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/pileup_interval.xml Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,186 @@ +<tool id="pileup_interval" name="Pileup-to-Interval" version="1.0.0"> + <description>condenses pileup format into ranges of bases</description> + <command interpreter="python"> + pileup_interval.py + --input=$input + --output=$output + --coverage=$coverage + --format=$format_type.format + #if $format_type.format == "ten": + --base=$format_type.which_base + --seq_column="None" + --loc_column="None" + --base_column="None" + --cvrg_column="None" + #elif $format_type.format == "manual": + --base="None" + --seq_column=$format_type.seq_column + --loc_column=$format_type.loc_column + --base_column=$format_type.base_column + --cvrg_column=$format_type.cvrg_column + #else: + --base="None" + --seq_column="None" + --loc_column="None" + --base_column="None" + --cvrg_column="None" + #end if + </command> + <inputs> + <param name="input" type="data" format="tabular" label="Choose a pileup file to condense:" /> + <conditional name="format_type"> + <param name="format" type="select" label="which contains:" help="See "Types of pileup datasets" below for examples"> + <option value="six" selected="true">Pileup with six columns (simple)</option> + <option value="ten">Pileup with ten columns (with consensus)</option> + <option value="manual">Set columns manually</option> + </param> + <when value="six" /> + <when value="ten"> + <param name="which_base" type="select" label="Which base do you want to concatenate"> + <option value="first" selected="true">Reference base (first)</option> + <option value="second">Consensus base (second)</option> + </param> + </when> + <when value="manual"> + <param name="seq_column" label="Select column with sequence name" type="data_column" numerical="false" data_ref="input" /> + <param name="loc_column" label="Select column with base location" type="data_column" numerical="false" data_ref="input" /> + <param name="base_column" label="Select column with base to concatenate" type="data_column" numerical="false" data_ref="input" /> + <param name="cvrg_column" label="Select column with coverage" type="data_column" numerical="true" data_ref="input" /> + </when> + </conditional> + <param name="coverage" type="integer" value="3" label="Do not report bases with coverage less than:" /> + </inputs> + <outputs> + <data format="tabular" name="output" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input" value="pileup_interval_in1.tabular" /> + <param name="format" value="six" /> + <param name="coverage" value="3" /> + <output name="output" file="pileup_interval_out1.tabular" /> + </test> + <test> + <param name="input" value="pileup_interval_in2.tabular" /> + <param name="format" value="ten" /> + <param name="which_base" value="first" /> + <param name="coverage" value="3" /> + <output name="output" file="pileup_interval_out2.tabular" /> + </test> + <test> + <param name="input" value="pileup_interval_in2.tabular" /> + <param name="format" value="manual" /> + <param name="seq_column" value="1" /> + <param name="loc_column" value="2" /> + <param name="base_column" value="3" /> + <param name="cvrg_column" value="8" /> + <param name="coverage" value="3" /> + <output name="output" file="pileup_interval_out2.tabular" /> + </test> + </tests> + <help> + +**What is does** + +Reduces the size of a results set by taking a pileup file and producing a condensed version showing consecutive sequences of bases meeting coverage criteria. The tool works on six and ten column pileup formats produced with *samtools pileup* command. You also can specify columns for the input file manually. The tool assumes that the pileup dataset was produced by *samtools pileup* command (although you can override this by setting column assignments manually). + +-------- + +**Types of pileup datasets** + +The description of pileup format below is largely based on information that can be found on SAMTools_ documentation page. The 6- and 10-column variants are described below. + +.. _SAMTools: http://samtools.sourceforge.net/pileup.shtml + +**Six column pileup**:: + + 1 2 3 4 5 6 + --------------------------------- + chrM 412 A 2 ., II + chrM 413 G 4 ..t, IIIH + chrM 414 C 4 ...a III2 + chrM 415 C 4 TTTt III7 + +where:: + + Column Definition + ------ ---------------------------- + 1 Chromosome + 2 Position (1-based) + 3 Reference base at that position + 4 Coverage (# reads aligning over that position) + 5 Bases within reads where (see Galaxy wiki for more info) + 6 Quality values (phred33 scale, see Galaxy wiki for more) + +**Ten column pileup** + +The `ten-column`__ pileup incorporates additional consensus information generated with *-c* option of *samtools pileup* command:: + + + 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 + ------------------------------------------------ + chrM 412 A A 75 0 25 2 ., II + chrM 413 G G 72 0 25 4 ..t, IIIH + chrM 414 C C 75 0 25 4 ...a III2 + chrM 415 C T 75 75 25 4 TTTt III7 + +where:: + + Column Definition + ------- ---------------------------- + 1 Chromosome + 2 Position (1-based) + 3 Reference base at that position + 4 Consensus bases + 5 Consensus quality + 6 SNP quality + 7 Maximum mapping quality + 8 Coverage (# reads aligning over that position) + 9 Bases within reads where (see Galaxy wiki for more info) + 10 Quality values (phred33 scale, see Galaxy wiki for more) + + +.. __: http://samtools.sourceforge.net/cns0.shtml + +------ + +**The output format** + +The output file condenses the information in the pileup file so that consecutive bases are listed together as sequences. The starting and ending points of the sequence range are listed, with the starting value converted to a 0-based value. + +Given the following input with minimum coverage set to 3:: + + 1 2 3 4 5 6 + --------------------------------- + chr1 112 G 3 ..Ta III6 + chr1 113 T 2 aT.. III5 + chr1 114 A 5 ,,.. IIH2 + chr1 115 C 4 ,., III + chrM 412 A 2 ., II + chrM 413 G 4 ..t, IIIH + chrM 414 C 4 ...a III2 + chrM 415 C 4 TTTt III7 + chrM 490 T 3 a I + +the following would be the output:: + + 1 2 3 4 + ------------------- + chr1 111 112 G + chr1 113 115 AC + chrM 412 415 GCC + chrM 489 490 T + +where:: + + Column Definition + ------- ---------------------------- + 1 Chromosome + 2 Starting position (0-based) + 3 Ending position (1-based) + 4 Sequence of bases + + </help> +</tool> + +

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[hg] galaxy 2711: First pass of consolidating NGS tools
by Greg Von Kuster 21 Sep '09

21 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/8d3037d55621 changeset: 2711:8d3037d55621 user: Anton Nekrutenko <anton(a)bx.psu.edu> date: Fri Sep 18 10:27:03 2009 -0400 description: First pass of consolidating NGS tools 2 file(s) affected in this change: tool_conf.xml.sample tools/samtools/sam2interval.xml diffs (117 lines): diff -r cf02fb92ee6a -r 8d3037d55621 tool_conf.xml.sample --- a/tool_conf.xml.sample Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 +++ b/tool_conf.xml.sample Fri Sep 18 10:27:03 2009 -0400 @@ -19,14 +19,6 @@ <tool file="data_source/epigraph_import_test.xml" /> <tool file="data_source/hbvar.xml" /> <tool file="validation/fix_errors.xml" /> - </section> - <section name="Get ENCODE Data" id="encode"> - <tool file="data_source/encode_import_chromatin_and_chromosomes.xml"/> - <tool file="data_source/encode_import_genes_and_transcripts.xml"/> - <tool file="data_source/encode_import_multi-species_sequence_analysis.xml"/> - <tool file="data_source/encode_import_transcription_regulation.xml"/> - <tool file="data_source/encode_import_all_latest_datasets.xml" /> - <tool file="data_source/encode_import_gencode.xml" /> </section> <section name="Send Data" id="send"> <tool file="data_destination/epigraph.xml" /> @@ -167,17 +159,63 @@ <tool file="taxonomy/lca.xml" /> <tool file="taxonomy/poisson2test.xml" /> </section> - <section name="Solexa tools" id="solexa_tools"> - <tool file="sr_mapping/fastq_statistics.xml" /> - <tool file="sr_mapping/lastz_wrapper.xml" /> - </section> -  + <tool file="fastx_toolkit/fastq_to_fasta.xml" /> + <tool file="fastx_toolkit/fastq_quality_converter.xml" /> +  + <tool file="fastx_toolkit/fastx_trimmer.xml" /> + <tool file="fastx_toolkit/fastx_renamer.xml" /> + <tool file="fastx_toolkit/fastx_reverse_complement.xml" /> + <tool file="fastx_toolkit/fastx_artifacts_filter.xml" /> + <tool file="fastx_toolkit/fastq_quality_filter.xml" /> +  + <tool file="metag_tools/split_paired_reads.xml" /> + </section> + <section name="454: QC" id="short_read_analysis"> + <tool file="metag_tools/short_reads_figure_score.xml" /> + <tool file="metag_tools/short_reads_trim_seq.xml" /> + </section> + <section name="SOLiD: QC" id="solid_tools"> + <tool file="solid_tools/solid_qual_stats.xml" /> + <tool file="solid_tools/solid_qual_boxplot.xml" /> + <tool file="solid_tools/maq_cs_wrapper.xml" /> + </section> + <section name="NGS: Mapping" id="solexa_tools"> + <tool file="sr_mapping/lastz_wrapper.xml" /> + <tool file="metag_tools/megablast_wrapper.xml" /> + <tool file="metag_tools/megablast_xml_parser.xml" /> + <tool file="sr_mapping/bowtie_wrapper.xml" /> + <tool file="sr_mapping/bwa_wrapper.xml" /> + </section> + <section name="NGS: SAM Tools" id="samtools"> + <tool file="samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml" /> + <tool file="samtools/sam2interval.xml" /> + <tool file="samtools/sam_to_bam.xml" /> + <tool file="samtools/sam_merge.xml" /> + <tool file="samtools/sam_pileup.xml" /> + <tool file="samtools/pileup_parser.xml" /> + </section> + -  + +======= --> <section name="SOLiD Data Analysis" id="solid_tools"> <tool file="solid_tools/solid_qual_stats.xml" /> @@ -351,4 +392,5 @@ <tool file="samtools/pileup_parser.xml" /> <tool file="samtools/pileup_interval.xml" /> </section> +>>>>>>> other </toolbox> diff -r cf02fb92ee6a -r 8d3037d55621 tools/samtools/sam2interval.xml --- a/tools/samtools/sam2interval.xml Fri Sep 18 10:15:09 2009 -0400 +++ b/tools/samtools/sam2interval.xml Fri Sep 18 10:27:03 2009 -0400 @@ -31,7 +31,7 @@ **What it does** -Converts positional information from a SAM dataset into interval format with 0-based start and 1-based end. To calculate the end position the tool uses the CIGAR string. +Converts positional information from a SAM dataset into interval format with 0-based start and 1-based end. CIGAR string of SAM format is usd to compute the end coordinate. -----

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[hg] galaxy 2712: Forgot Ross' tools
by Greg Von Kuster 21 Sep '09

21 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/c1e0a15b5cd5 changeset: 2712:c1e0a15b5cd5 user: Anton Nekrutenko <anton(a)bx.psu.edu> date: Fri Sep 18 10:29:34 2009 -0400 description: Forgot Ross' tools 1 file(s) affected in this change: tool_conf.xml.sample diffs (102 lines): diff -r 8d3037d55621 -r c1e0a15b5cd5 tool_conf.xml.sample --- a/tool_conf.xml.sample Fri Sep 18 10:27:03 2009 -0400 +++ b/tool_conf.xml.sample Fri Sep 18 10:29:34 2009 -0400 @@ -209,6 +209,25 @@ <tool file="samtools/sam_pileup.xml" /> <tool file="samtools/pileup_parser.xml" /> </section> + <section name="Rg Data" id="rgData1"> + <tool file="rgenetics/rgenetics_import.xml"/> + <tool file="rgenetics/rgLpedPbed.xml"/> + <tool file="rgenetics/rgClean.xml"/> + <tool file="rgenetics/rgQC.xml"/> + </section> + <section name="Rg Simulate" id="rgSim1"> + <tool file="rgenetics/rgfakePhe.xml"/> + </section> + <section name="Rg Visualise" id="rgVis1"> + <tool file="rgenetics/rgQC.xml"/> + <tool file="rgenetics/rgEigPCA2.xml"/> + <tool file="rgenetics/rgQQ.xml"/> + </section> + <section name="Rg Model Data" id="rgModel1"> + <tool file="rgenetics/rgGLM.xml"/> + <tool file="rgenetics/rgCaCo.xml"/> + <tool file="rgenetics/rgTDT.xml"/> + </section>  -======= - --> - <section name="SOLiD Data Analysis" id="solid_tools"> - <tool file="solid_tools/solid_qual_stats.xml" /> - <tool file="solid_tools/solid_qual_boxplot.xml" /> - <tool file="solid_tools/maq_cs_wrapper.xml" /> - </section> - <section name="FASTA manipulation" id="fasta_manipulation"> - <tool file="fasta_tools/fasta_compute_length.xml" /> - <tool file="fasta_tools/fasta_filter_by_length.xml" /> - <tool file="fasta_tools/fasta_concatenate_by_species.xml" /> - <tool file="fasta_tools/fasta_to_tabular.xml" /> - <tool file="fasta_tools/tabular_to_fasta.xml" /> - </section> - <section name="FASTA/Q Information" id="cshl_library_information"> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_quality_statistics.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastq_quality_boxplot.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_nucleotides_distribution.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fasta_clipping_histogram.xml" /> - </section> - - <section name="FASTA/Q Preprocessing" id="cshl_fastx_manipulation"> - <tool file="fastx_toolkit/fastq_to_fasta.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastq_quality_converter.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_clipper.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_trimmer.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_renamer.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_reverse_complement.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fasta_formatter.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fasta_nucleotide_changer.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_artifacts_filter.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastq_quality_filter.xml" /> - <tool file="fastx_toolkit/fastx_collapser.xml" /> -  - </section> - <section name="Short Read QC and Manipulation" id="short_read_analysis"> - <tool file="metag_tools/short_reads_figure_score.xml" /> - <tool file="metag_tools/short_reads_figure_high_quality_length.xml" /> - <tool file="metag_tools/short_reads_trim_seq.xml" /> - <tool file="metag_tools/blat_coverage_report.xml" /> - <tool file="metag_tools/split_paired_reads.xml" /> - </section> - <section name="Short Read Mapping" id="solexa_tools"> - <tool file="metag_tools/shrimp_color_wrapper.xml" /> - <tool file="metag_tools/shrimp_wrapper.xml" /> - <tool file="sr_mapping/lastz_wrapper.xml" /> - <tool file="metag_tools/megablast_wrapper.xml" /> - <tool file="metag_tools/megablast_xml_parser.xml" /> - <tool file="metag_tools/blat_wrapper.xml" /> - <tool file="metag_tools/mapping_to_ucsc.xml" /> - <tool file="sr_mapping/bowtie_wrapper.xml" /> - <tool file="sr_mapping/bwa_wrapper.xml" /> - </section> - <section name="Tracks" id="tracks"> - <tool file="visualization/genetrack.xml" /> - </section> - <section name="SAM Tools" id="samtools"> - <tool file="samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml" /> - <tool file="samtools/sam2interval.xml" /> - <tool file="samtools/sam_to_bam.xml" /> - <tool file="samtools/sam_merge.xml" /> - <tool file="samtools/sam_pileup.xml" /> - <tool file="samtools/pileup_parser.xml" /> - <tool file="samtools/pileup_interval.xml" /> - </section> ->>>>>>> other </toolbox>

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[hg] galaxy 2706: Added sam2interval converter
by Greg Von Kuster 21 Sep '09

21 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/a9c4d314ac89 changeset: 2706:a9c4d314ac89 user: Anton Nekrutenko <anton(a)bx.psu.edu> date: Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 description: Added sam2interval converter 6 file(s) affected in this change: test-data/sam2interval_noprintAll.dat test-data/sam2interval_printAll.dat test-data/sam_bioinf_example.sam tool_conf.xml.sample tools/samtools/sam2interval.py tools/samtools/sam2interval.xml diffs (218 lines): diff -r e2d37ea1a436 -r a9c4d314ac89 test-data/sam2interval_noprintAll.dat --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sam2interval_noprintAll.dat Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +ref 6 22 + +ref 8 19 + +ref 8 14 + +ref 15 40 + +ref 28 33 - +ref 36 45 - diff -r e2d37ea1a436 -r a9c4d314ac89 test-data/sam2interval_printAll.dat --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sam2interval_printAll.dat Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +ref 6 22 + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * +ref 8 19 + r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * +ref 8 14 + r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 +ref 15 40 + r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * +ref 28 33 - r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 +ref 36 45 - r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * diff -r e2d37ea1a436 -r a9c4d314ac89 test-data/sam_bioinf_example.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sam_bioinf_example.sam Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,6 @@ +r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * +r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * +r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 +r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * +r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 +r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * diff -r e2d37ea1a436 -r a9c4d314ac89 tool_conf.xml.sample --- a/tool_conf.xml.sample Wed Sep 16 15:30:17 2009 -0400 +++ b/tool_conf.xml.sample Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 @@ -343,6 +343,7 @@ </section> <section name="SAM Tools" id="samtools"> <tool file="samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml" /> + <tool file="samtools/sam2interval.xml" /> <tool file="samtools/sam_to_bam.xml" /> <tool file="samtools/sam_merge.xml" /> <tool file="samtools/sam_pileup.xml" /> diff -r e2d37ea1a436 -r a9c4d314ac89 tools/samtools/sam2interval.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/sam2interval.py Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,100 @@ +#!/usr/bin/env python + +import sys +import optparse +import re + +def stop_err( msg ): + sys.stderr.write( msg ) + sys.exit() + +def main(): + usage = """%prog [options] + +options (listed below) default to 'None' if omitted + """ + parser = optparse.OptionParser(usage=usage) + + parser.add_option( + '-f','--input_sam_file', + metavar="INPUT_SAM_FILE", + dest='input_sam', + default = False, + help='Name of the SAM file to be filtered. STDIN is default') + + parser.add_option( + '-c','--flag_column', + dest='flag_col', + default = '2', + help='Column containing SAM bitwise flag. 1-based') + + parser.add_option( + '-s','--start_column', + dest='start_col', + default = '4', + help='Column containing position. 1-based') + + parser.add_option( + '-g','--cigar_column', + dest='cigar_col', + default = '6', + help='Column containing CIGAR or extended CIGAR string') + + parser.add_option( + '-r','--ref_column', + dest='ref_col', + default = '3', + help='Column containing name of the refernce sequence coordinate. 1-based') + + parser.add_option( + '-e','--read_column', + dest='read_col', + default = '1', + help='Column containing read name. 1-based') + + parser.add_option( + '-d','--debug', + dest='debug', + action='store_true', + default = False, + help='Print debugging info') + + parser.add_option( + '-p','--print_all', + dest='prt_all', + action='store_true', + default = False, + help='Print coordinates and original SAM?') + + + options, args = parser.parse_args() + + if options.input_sam: + infile = open ( options.input_sam, 'r') + else: + infile = sys.stdin + + cigar = re.compile( '\d+M|\d+N|\d+D|\d+P' ) + + for line in infile: + line = line.rstrip( '\r\n' ) + if line and not line.startswith( '#,@' ): + fields = line.split( '\t' ) + start = int( fields[ int( options.start_col ) - 1 ] ) - 1 + end = 0 + for op in cigar.findall( fields[ int( options.cigar_col) - 1 ] ): + end += int( op[ 0:len( op ) - 1 ] ) + + strand = '+' + if bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0010 ): + strand = '-' + read_name = fields[ int( options.read_col ) - 1 ] + ref_name = fields[ int( options.ref_col ) - 1 ] + + if options.prt_all: + print '%s\t%s\t%s\t%s\t%s' % (ref_name, str(start), str(end+start), strand, line) + else: + print '%s\t%s\t%s\t%s' % (ref_name, str(start), str(end+start), strand) + +if __name__ == "__main__": main() + diff -r e2d37ea1a436 -r a9c4d314ac89 tools/samtools/sam2interval.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/sam2interval.xml Wed Sep 16 16:00:09 2009 -0400 @@ -0,0 +1,69 @@ +<tool id="sam2interval" name="Convert SAM" version="1.0.0"> + <description>to interval</description> + <command interpreter="python">sam2interval.py --input_sam_file=$input1 $print_all > $out_file1 + </command> + <inputs> + <param format="sam" name="input1" type="data" label="Select dataset to convert"/> + <param name="print_all" type="select" label="Print all?" help="Do you want to retain original SAM fields? See example below."> + <option value="-p">Yes</option> + <option value="">No</option> + </param> + </inputs> + <outputs> + <data format="interval" name="out_file1" /> + </outputs> +<tests> + <test> + <param name="input1" value="sam_bioinf_example.sam" ftype="sam"/> + <param name="flags" value="Read is mapped in a proper pair"/> + <param name="print_all" value="Yes"/> + <output name="out_file1" file="sam2interval_printAll.dat" ftype="interval"/> + </test> + <test> + <param name="input1" value="sam_bioinf_example.sam" ftype="sam"/> + <param name="flags" value="Read is mapped in a proper pair"/> + <param name="print_all" value="No"/> + <output name="out_file1" file="sam2interval_noprintAll.dat" ftype="interval"/> + </test> + +</tests> + <help> + +**What it does** + +Converts positional information from a SAM dataset into interval format with 0-based start and 1-based end. To calculate the end position the tool uses the CIGAR string. + +----- + +**Example** + +Converting the following dataset:: + + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * + r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 + r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * + r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 + r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +into Interval format will produce the following if *Print all?* is set to **Yes**:: + + ref 6 22 + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + ref 8 19 + r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * + ref 8 14 + r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 + ref 15 40 + r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * + ref 28 33 - r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 + ref 36 45 - r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +Setting *Print all?* is set to **No** will generate the following:: + + ref 6 22 + r001 + ref 8 19 + r002 + ref 8 14 + r003 + ref 15 40 + r004 + ref 28 33 - r003 + ref 36 45 - r001 + + + </help> +</tool>

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hiring ad
by Kanwei Li 18 Sep '09

18 Sep '09

Could we move the greeting for hiring a developer to a universe.wsgi setting unless it's intentional? -Kanwei

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[hg] galaxy 2705: merge
by Nate Coraor 16 Sep '09

16 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/e2d37ea1a436 changeset: 2705:e2d37ea1a436 user: Nate Coraor <nate(a)bx.psu.edu> date: Wed Sep 16 15:30:17 2009 -0400 description: merge 0 file(s) affected in this change: diffs (39 lines): diff -r fc1be2626130 -r e2d37ea1a436 eggs.ini --- a/eggs.ini Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 +++ b/eggs.ini Wed Sep 16 15:30:17 2009 -0400 @@ -23,7 +23,6 @@ python_lzo = 1.08 threadframe = 0.2 guppy = 0.1.8 -numpy = 1.2.1 [eggs:noplatform] Beaker = 1.4 @@ -63,7 +62,6 @@ ; source location, necessary for scrambling [source] -numpy = http://downloads.sourceforge.net/numpy/numpy-1.2.1.tar.gz bx_python = http://bitbucket.org/james_taylor/bx-python/get/4bf1f32e6b76.bz2 Cheetah = http://voxel.dl.sourceforge.net/sourceforge/cheetahtemplate/Cheetah-1.0.tar… DRMAA_python = http://gridengine.sunsource.net/files/documents/7/36/DRMAA-python-0.2.tar.gz diff -r fc1be2626130 -r e2d37ea1a436 lib/galaxy/jobs/__init__.py --- a/lib/galaxy/jobs/__init__.py Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 +++ b/lib/galaxy/jobs/__init__.py Wed Sep 16 15:30:17 2009 -0400 @@ -495,8 +495,14 @@ shutil.move( dataset_path.false_path, dataset_path.real_path ) log.debug( "finish(): Moved %s to %s" % ( dataset_path.false_path, dataset_path.real_path ) ) except ( IOError, OSError ): - self.fail( "Job %s's output dataset(s) could not be read" % job.id ) - return + # this can happen if Galaxy is restarted during the job's + # finish method - the false_path file has already moved, + # and when the job is recovered, it won't be found. + if os.path.exists( dataset_path.real_path ) and os.stat( dataset_path.real_path ).st_size > 0: + log.warning( "finish(): %s not found, but %s is not empty, so it will be used instead" % ( dataset_path.false_path, dataset_path.real_path ) ) + else: + self.fail( "Job %s's output dataset(s) could not be read" % job.id ) + return job_context = ExpressionContext( dict( stdout = stdout, stderr = stderr ) ) for dataset_assoc in job.output_datasets: context = self.get_dataset_finish_context( job_context, dataset_assoc.dataset.dataset )

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[hg] galaxy 2704: A tool for filtering SAM datasets on bitwise f...
by Nate Coraor 16 Sep '09

16 Sep '09

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/fc1be2626130 changeset: 2704:fc1be2626130 user: Anton Nekrutenko <anton(a)bx.psu.edu> date: Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 description: A tool for filtering SAM datasets on bitwise flag. 4 file(s) affected in this change: test-data/sam_bw_filter.sam test-data/sam_bw_filter_0002-yes.sam tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.py tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml diffs (1935 lines): diff -r 6555560039d6 -r fc1be2626130 test-data/sam_bw_filter.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sam_bw_filter.sam Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 @@ -0,0 +1,1000 @@ +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915 99 chr9 58119878 60 36M = 58120234 392 GACCCCTACCCCACCGTGCTCTGGATCTCAGTGTTT IIIIIIIIIIIIIIIIEIIIIIII7IIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915 147 chr9 58120234 60 36M = 58119878 -392 ATGAGTCGAATTCTATTTTCCAAACTGTTAACAAAA 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II8?8IFIEIIEII@=IIII4IIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:700:965 99 chr4 77364721 60 36M = 77365069 384 GTTCTTTATGCCTGGGCACTGGCAAGACAGGAGGGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGI>IIIIDI5IB XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:700:965 147 chr4 77365069 60 36M = 77364721 -384 TTTTAAACTTGAACTGGTTTGGTAAAGCTTTACATT IF?GIIIG9IIIIGEIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:806:1149 83 chr22 45999765 60 36M = 45999385 -416 CAATAAGGGGTCGGCTATATCAAATGTGGTATGTTC +IIDIIIIIICFIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:806:1149 163 chr22 45999385 60 36M = 45999765 416 GACCAAGGAAGTAGTCATTGTGCATGATGCTCTGGG IIIIIIII?HIIIIII?IIFIAI.I<:IG9>I?,.< XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1452:1353 99 chr10 58807606 60 36M = 58807990 420 GAATTTAAAGTTCAGTATCCAGTTCATAAAAGATTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1452:1353 147 chr10 58807990 60 36M = 58807606 -420 CTCAGACCTATCTAAGCTGAAATGACAGGAAAGAAA 7?6III5E+III<IIDD7IIII3IIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:740:1110 99 chr26 28484134 60 36M = 28484454 356 GAAATGACTGTATTAAGTATTTAAGAACAACTTCGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIFIII'I XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:8A27 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:740:1110 147 chr26 28484454 60 36M = 28484134 -356 CTGCGTTTTCCCTGAAGTGGCAGTTTGTGGAGAAAC 76I;I,I=2IHI2IIIIIIIIII=IIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1688:233 83 chr28 14171283 60 36M = 14170902 -417 CAAAAATAAAAAACCTAGAAATCAGAGGTACTTTTC 3IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1688:233 163 chr28 14170902 60 36M = 14171283 417 AACCTGTGGACCCAGGCTGCTGAAGTGGAGCATGCC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII6IIGII7IIIII1I XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1167:1000 99 chr2 99368079 60 36M = 99368455 412 GTTCCTCCAGAGAAACAGATTCAGTAGGGGAAAAGA IIIIIIIIIIGIIIHIII;IIIII9IIIIII>III4 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1167:1000 147 chr2 99368455 60 36M = 99368079 -412 TTTCCCATAAAAATTACCATCACATTGGCATACACA AIC*H%I=IIIIICIIIIIII9IIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1461:1145 83 chrX 69768894 60 36M = 69768541 -389 AAATAAATAACACCTTGATGTTAAGATATTAGATGC IIIIIII<IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1461:1145 163 chrX 69768541 60 36M = 69768894 389 TAAAGGCAATTTGATTGGACAATATTGGCAATGCCT IIIIIIIIIIIIIIIII0IE?2IIHFIIII*IB@8+ XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1702:751 83 chr3 29339305 60 36M = 29338902 -439 TGCTCTTCTCCCACCCCTGGCTCCCTGGGGAGCTCC AHIEIIDIIIIIDIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1702:751 163 chr3 29338902 60 36M = 29339305 439 CAGCAGTTTGCAGCTGGCGCTGCCCGGCGCCGCCTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIHIIII.DI,III>D8/ XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:690:1215 99 chr4 46913196 60 36M = 46913525 365 GAAGTTTATTCACATGTGACAAATGAGATCAAAGTG IIIIIIIIIIIIIII7I3III8AII4EIIII>5&@- XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:690:1215 147 chr4 46913525 60 36M = 46913196 -365 CACAGATGAGCATATTCCTAAAAAGAAGGACAATGA *(a);III+III.IIIII'E2IIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1719:746 83 chr20 18695923 60 36M = 18695597 -362 CAAAACAAACATCCCAGGTATCTTAACTGACCATCC 1IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1719:746 163 chr20 18695597 60 36M = 18695923 362 TGCTTTTAAGAAGGAAAACTATGGTGCCAATAGTCT IIIIIIIIIIIIIIIII9IIIIII(I@I6-III(8I XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 diff -r 6555560039d6 -r fc1be2626130 tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.py Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 @@ -0,0 +1,177 @@ +#!/usr/bin/env python + +import sys +import optparse + +def stop_err( msg ): + sys.stderr.write( msg ) + sys.exit() + +def main(): + usage = """%prog [options] + +options (listed below) default to 'None' if omitted + """ + parser = optparse.OptionParser(usage=usage) + + parser.add_option( + '--0x0001','--is_paired', + choices = ( '0','1' ), + dest='is_paired', + metavar="<0|1>", + help='The read is paired in sequencing') + + parser.add_option( + '--0x0002','--is_proper_pair', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_proper_pair', + help='The read is mapped in a proper pair') + + parser.add_option( + '--0x0004','--is_unmapped', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_unmapped', + help='The query sequence itself is unmapped') + + parser.add_option( + '--0x0008','--mate_is_unmapped', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='mate_is_unmapped', + help='The mate is unmapped') + + parser.add_option( + '--0x0010','--query_strand', + dest='query_strand', + metavar="<0|1>", + choices = ( '0','1' ), + help='Strand of the query: 0 = forward, 1 = reverse.') + + parser.add_option( + '--0x0020','--mate_strand', + dest='mate_strand', + metavar="<0|1>", + choices = ('0','1'), + help='Strand of the mate: 0 = forward, 1 = reverse.') + + parser.add_option( + '--0x0040','--is_first', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_first', + help='The read is the first read in a pair') + + parser.add_option( + '--0x0080','--is_second', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_second', + help='The read is the second read in a pair') + + parser.add_option( + '--0x0100','--is_not_primary', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_not_primary', + help='The alignment for the given read is not primary') + + parser.add_option( + '--0x0200','--is_bad_quality', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_bad_quality', + help='The read fails platform/vendor quality checks') + + parser.add_option( + '--0x0400','--is_duplicate', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_duplicate', + help='The read is either a PCR or an optical duplicate') + + parser.add_option( + '-f','--input_sam_file', + metavar="INPUT_SAM_FILE", + dest='input_sam', + default = False, + help='Name of the SAM file to be filtered. STDIN is default') + + parser.add_option( + '-c','--flag_column', + dest='flag_col', + default = '2', + help='Column containing SAM bitwise flag. 1-based') + + parser.add_option( + '-d','--debug', + dest='debug', + action='store_true', + default = False, + help='Print debugging info') + + options, args = parser.parse_args() + + if options.input_sam: + infile = open ( options.input_sam, 'r') + else: + infile = sys.stdin + + option_values = { '0': False, '1': True, None: None } + + states = []; + states.append( option_values[ options.is_paired ] ) + states.append( option_values[ options.is_proper_pair ] ) + states.append( option_values[ options.is_unmapped ] ) + states.append( option_values[ options.mate_is_unmapped ] ) + states.append( option_values[ options.query_strand ] ) + states.append( option_values[ options.mate_strand ] ) + states.append( option_values[ options.is_first ] ) + states.append( option_values[ options.is_second ] ) + states.append( option_values[ options.is_not_primary ] ) + states.append( option_values[ options.is_bad_quality ] ) + states.append( option_values[ options.is_duplicate ] ) + + for line in infile: + line = line.rstrip( '\r\n' ) + if line and not line.startswith( '#' ): + fields = line.split( '\t' ) + sam_states = [] + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0001 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0002 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0004 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0008 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0010 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0020 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0040 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0080 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0100 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0200 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0400 ) ) + + joined_states = zip(states,sam_states) + searchable_fields = [] + + for i in range( len( joined_states ) ): + if joined_states[i][0] != None: + searchable_fields.append( joined_states[ i ] ) + + valid_line = True + + for i in range( len( searchable_fields ) ): + if searchable_fields[i][0] != searchable_fields[i][1]: + valid_line = False + + if valid_line: + print line + if options.debug: + for i in range( len( joined_states ) ): + print i, joined_states[i][0], joined_states[i][1] + +# if skipped_lines > 0: +# print 'Skipped %d invalid lines' % skipped_lines + + +if __name__ == "__main__": main() + diff -r 6555560039d6 -r fc1be2626130 tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 @@ -0,0 +1,96 @@ +<tool id="sam_bw_filter" name="Filter SAM" version="1.0.0"> + <description>on bitwise flag values</description> + <command interpreter="python"> + sam_bitwise_flag_filter.py + --input_sam_file=$input1 + --flag_column=2 + #for $bit in $bits + '${bit.flags}=${bit.states}' + #end for + > $out_file1 + </command> + <inputs> + <param format="sam" name="input1" type="data" label="Select dataset to filter"/> + <repeat name="bits" title="Flag"> + <param name="flags" type="select" label="Type"> + <option value="--0x0001">Read is paired</option> + <option value="--0x0002">Read is mapped in a proper pair</option> + <option value="--0x0004">The read is unmapped</option> + <option value="--0x0008">The mate is unmapped</option> + <option value="--0x0010">Read strand</option> + <option value="--0x0020">Mate strand</option> + <option value="--0x0040">Read is the first in a pair</option> + <option value="--0x0080">Read is the second in a pair</option> + <option value="--0x0100">The alignment or this read is not primary</option> + <option value="--0x0200">The read fails platform/vendor quality checks</option> + <option value="--0x0400">The read is a PCR or optical duplicate</option> + </param> + <param name="states" type="select" display="radio" label="Set the states for this flag"> + <option value="0">No</option> + <option value="1">Yes</option> + </param> + </repeat> + </inputs> + <outputs> + <data format="sam" name="out_file1" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input1" value="sam_bw_filter.sam" ftype="sam"/> + <param name="flags" value="Read is mapped in a proper pair"/> + <param name="states" value="1"/> + <output name="out_file1" file="sam_bw_filter_0002-yes.sam" ftype="sam"/> + </test> + </tests> + <help> + +**What it does** + +Allows parsing SAM datasets using bitwise flag (the second column). The bits in the flag are defined as follows:: + + Bit Info + ------ -------------------------------------------------------------------------- + 0x0001 the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair + 0x0002 the read is mapped in a proper pair (depends on the protocol, normally + inferred during alignment) 1 + 0x0004 the query sequence itself is unmapped + 0x0008 the mate is unmapped 1 + 0x0010 strand of the query (0 for forward; 1 for reverse strand) + 0x0020 strand of the mate 1 + 0x0040 the read is the first read in a pair (see below) + 0x0080 the read is the second read in a pair (see below) + 0x0100 the alignment is not primary (a read having split hits may + have multiple primary alignment records) + 0x0200 the read fails platform/vendor quality checks + 0x0400 the read is either a PCR duplicate or an optical duplicate + +Note the following: + +- Flag 0x02, 0x08, 0x20, 0x40 and 0x80 are only meaningful when flag 0x01 is present. +- If in a read pair the information on which read is the first in the pair is lost in the upstream analysis, flag 0x01 should be present and 0x40 and 0x80 are both zero. + +----- + +**Example** + +Suppose the following dataset was generated with BWA mapper:: + + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * + r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 + r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * + r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 + r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +To select properly mapped pairs click the **Add new Flag** button and set *Read mapped in a proper pair* to **Yes**. The following two reads will be returned:: + + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +For more information please consult the `SAM format description`__. + +.. __: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19505943 + + + </help> +</tool>

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